摘要：为了建立一种敏感、特异的致对虾急性肝胰腺坏死病(AHPND)的一类弧菌(VpAHPND)的荧光定量PCR(qPCR)检测方法,本研究根据Gen Bank中该类弧菌(本研究所用的VpAHPND为副溶血弧菌变异株,下同)PirB毒素基因(KU145397),设计q PCR扩增引物,并采用该引物经PCR扩增PirB基因片段,构建重组质粒p MD18-T-PirB并经PCR和测序鉴定正确后作为质粒标准品。以10倍倍比稀释的重组质粒标准品进行q PCR扩增,建立标准曲线,并经反应条件优化初步建立了检测该类VpAHPND的SYBR Green I q PCR方法。以白斑综合征病毒、传染性皮下及造血组织坏死病毒、虾虹彩病毒、虾肝肠胞虫及该VpAHPND的基因组DNA为模板,采用本研究建立的SYBR Green I q PCR方法检测,评估该方法的特异性;以8.3×10^(1)拷贝/μL~8.3×10^(8)拷贝/μL的质粒标准品作为模板,利用本研究建立的SYBR Green I q PCR以及常规PCR检测,比较两种方法的敏感性;以3个不同浓度的质粒标准品作为模板,利用该方法分别进行批内和批间重复性试验,评估该方法的重复性。建立的该q PCR方法的标准曲线显示,各浓度的质粒标准品的拷贝数与其Ct值均呈良好的线性关系,相关系数R^(2)为0.998。特异性试验结果显示,该方法仅能检出VpAHPND,而其他病原均为阴性结果,特异性强;敏感性试验结果显示,该方法对质粒标准品的检测限为83拷贝/μL,敏感性是水产行业标准常规PCR的1000倍。重复性试验结果显示,批内和批间重复性试验变异系数分别在0.31%~0.81%和2.05%~4.34%,重复性好。利用该方法对61株虾源弧菌样品检测,结果显示阳性检出率为29.5%(18/61),阴性样品检测率为70.5%(43/61),与行业标准的常规PCR检测方法结果完全一致,二者的阳性符合率为100%,总符合率为100%。本研究建立了一类致对虾VpAHPND的SYBR Green I q PCR检测方法,该方法特异性强、敏感性高、重复性好,为AHPND的诊断、监测与流行病学调查提供技术支撑。

摘要：弧菌是海水中最常见的细菌类群之一。弧菌属的一些种是致病菌,能引起海洋生物弧菌病,给养殖业造成损失。根据已有弧菌16S核糖体RNA基因(16S rDNA)序列,设计了3条弧菌属特异引物VF169、VR744和VR1150,与细菌16S rDNA通用引物VF27一起,组成VF169/VR744、VF169/VR1150和VF27/VR744 3引物对。从海水中直接提取浮游生物总DNA,用VF169/VR744,VF169/VR1150和VF169/VR744(巢式)以及VF27/VR744引物分别扩增弧菌16SrDNA片段并克隆,分别构建了弧菌16S rDNA片段变异类型文库。从各文库中分别随机选取一定数量的克隆测序,共获得72条序列。系统学分析表明所有72个序列都与已知的弧菌属细菌的序列聚类,具有很高的相似性,证明所设计的引物能用于海水样品弧菌菌群分析。另外,VF27/VR744既具有对海洋弧菌的高度特异性,也具有恰当的海洋弧菌覆盖面,是1对选择扩增海水中弧菌16S rDNA的较理想引物。从获得序列的分布情况看,胶州湾存在较高的弧菌多样性,其中,类灿烂弧菌菌群(Vibrio splendidus-related group)是优势类群。

摘要：研究基于弧菌属16S rRNA保守基因片段设计引物,利用恒温条件进行扩增,建立并优化了弧菌属环介导等温扩增(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)检测方法,在LAMP检测方法最优条件下,验证LAMP方法的特异性、灵敏度和实际应用性。结果表明:最佳反应条件为反应温度61℃、Mg^(2+)、dNTPs和甜菜碱的浓度分别为4 mmol/L、1.8 mmol/L和0.4 mol/L;在最佳检测条件下,以4种弧菌(溶藻弧菌、哈维氏弧菌、副溶血弧菌、创伤弧菌)和8种其他菌株作为验证模板,发现该方法仅对弧菌有阳性扩增结果,证明该方法具有较高的特异性;同时,该方法对创伤弧菌DNA的最小检出量为940 fg/μL,其检测下限比常规PCR法降低了2个数量级。该研究成功建立了弧菌属细菌的快速检测方法,且方法具有良好的特异度和敏感度,为弧菌的快速检验提供了技术支撑。

摘要：目的建立基于环介导等温扩增（LAMP）技术的副溶血弧菌快速检测方法。方法针对副溶血弧菌toxR基因序列设计一套LAMP引物，应用LAMP技术对33株副溶血弧菌、22株其他种属细菌及含不同副溶血弧菌参考菌株（ATCC17802）基因组拷贝数（5×10^0-5×10^5拷贝）／μ1）的样品进行检测，对平行样品分别应用普通PCR法和TaqMan探针实时PCR法进行检测，对3种检测方法的特异度、灵敏度及检测下限及反应时间进行比较。结果LAMP技术、普通PCR法、TaqMan探针实时PCR法检测副溶血弧菌的特异度、灵敏度均为100％（分别为22／22，33／33），检测下限分别为5×10^1、5×10^3、5×10^2拷贝）／μ1，反应所需时长分别为22min、3h、50min。结论与普通PCR、TaqMan探针实时PCR检测相比，LAMP技术检测下限低，检测时长短，适于对副溶血弧菌进行快速检测。

摘要：通过检索、多重比对、分析和筛选GenBank中对虾白斑综合征病毒(WSSV)、传染性皮下和造血器官坏死病毒(IHHNV)、副溶血弧菌、创伤弧菌、哈维氏弧菌和溶藻胶弧菌的基因序列,设计了10对特异性引物,以已知毒株和菌株的DNA为模板进行PCR,均能扩增出与实验设计相符合的DNA片段,对PCR扩增条件进行优化,建立了可同时检测鉴别WSSV、IHHNV、副溶血弧菌、创伤弧菌、哈维氏弧菌和溶藻胶弧菌,并且能同时区分WSSV不同地理毒株的同步PCR方法。研究结果表明,该方法检测特异性好,检测通量大,适合于对虾多种病原的同时检测。

摘要：为了建立一种能同时检测1类整合子、4类超级整合子和1型插入序列共同区的多重PCR检测方法,根据Gen Bank中1类整合子整合酶基因int1、4类超级整合子整合酶基因intSXT和1型插入序列共同区转座酶基因ISCR1的序列,应用Primer Plex 2.61设计3对特异性引物,通过改变引物浓度和退火温度对多重PCR体系进行了优化。此后,评价了所建立多重PCR体系的特异性和灵敏度,并应用于222株海水养殖源弧菌中3种整合子相关元件的检测。结果显示,设计的3对引物能分别单独且特异性地扩增出569 bp、430 bp和651 bp的目的条带;当int1、intSXT和ISCR13对引物(10 pmol/μL)的体积依次为0.3μL、0.6μL和0.6μL,退火温度为50℃时,多重PCR体系能特异性地扩增出3个条带清晰、区分度良好的目的条带,方法的灵敏度达到0.02 ng/μL弧菌基因组模板DNA;利用所建立的方法对222株临床分离弧菌进行3种整合子元件检测得到的结果与文献报道的单引物检测结果一致。从上述研究结果可以看出,该多重PCR方法能快速准确地检测Int1、SXT和ISCR1,适用于整合子相关元件流行监测及整合子相关的耐药性研究。

摘要：目的:筛选湖北淡水小龙虾弧菌分离株毒力基因并建立一种特异、灵敏的检测方法。方法:应用分子生物学——聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)技术,根据文献记载的弧菌属中6种不同的分离株CTX基因元件中的ctxA、RS1、zot基因,VPI毒力岛中的tcpA、toxT基因,RTX基因簇中的rtxC,以及toxR、T139、tcpH、toxRS、toxS、ctxAB基因序列设计PCR引物建立PCR检测方法。结果:该方法能够有效地对弧菌分离株毒力基因进行检测,简便快速、特异性强、检测周期短。

摘要：为建立一种快速、准确同时检测5种致病性弧菌的高通量液相芯片技术,本研究针对霍乱弧菌、副溶血弧菌、创伤弧菌、溶藻弧菌和拟态弧菌的10个目的基因,包括5个种特异性基因和5个毒力基因,分别设计特异性引物和探针,多重PCR扩增后的产物与偶联有不同核酸探针的微球混合物进行杂交反应,利用液相芯片检测仪分析结果。结果显示,本方法同时检测这5种致病性弧菌时,检出限最高达到1.8×10^(2)CFU/mL;检测包括大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、河流弧菌、沙门菌、李斯特杆菌和铜绿杆菌等常见细菌时,均无交叉反应,表明特异性好;检测不同批次的样品时,变异系数均小于8%,表明重复性良好。本研究建立的液相芯片检测方法能够快速同时检测这5种致病性弧菌,具有高通量、灵敏性高、重复性好、可控性强、节省样本和时间等优点,对水产品中多种重要致病性弧菌的检测和流行病学调查提供了技术支持。

摘要：对鱼源4种病原弧菌(鳗弧菌、哈氏弧菌、鱼肠道弧菌、秦皇岛弧菌)进行了对常用抗菌类药物的耐药性测定,结果表明,鳗弧菌对青霉素G、苯唑青霉素、氨苄青霉素、克林霉素、万古霉素、杆菌肽等6种常用药物耐药;哈氏弧菌对青霉素G、苯唑青霉素、氨苄青霉素、杆菌肽等4种常用药物耐药;鱼肠道弧菌对苯唑青霉素和杆菌肽等2种耐药;秦皇岛弧菌对青霉素G、苯唑青霉素、氨苄青霉素、克林霉素、杆菌肽等5种耐药。根据已知的弧菌外膜蛋白OmpK序列设计1对简并引物,利用聚合酶链式反应(PCR)方法从4种病原弧菌总DNA中均扩增外膜蛋白OmpK的基因片断,结果鳗弧菌、哈氏弧菌、秦皇岛弧菌及鱼肠道弧菌均扩增得到约800bp DNA片段,但鱼肠道弧菌扩增的片段较模糊。

摘要：【目的】建立一种能扩增dna J基因全长的PCR检测方法,为弧菌的快速筛查及种类鉴定提供技术支持。【方法】以弧菌dna J基因为靶基因,在其首尾的保守区域设计一对简并引物,经优化退火温度和引物浓度,建立能扩增弧菌接近全长dna J基因的PCR检测方法,并通过特异性试验、灵敏度试验和临床应用评价等验证其适用性。【结果】优化后的PCR反应体系50.0μL:2×F8 Fast Long PCR Master Mix 25.0μL,上、下游引物(20μmol/L)各2.0μL,DNA模板5.0μL,灭菌水补足至50.0μL。扩增程序:94℃预变性3 min;94℃10 s,55℃15 s,72℃15 s,进行35个循环;最后72℃延伸5 min。该PCR检测方法对副溶血弧菌、哈氏弧菌、创伤弧菌、河流弧菌、溶藻弧菌、拟态弧菌、霍乱弧菌和栖黑海弧菌等8种弧菌属细菌具有很强的特异性,对弧菌的最低检出限为102CFU/m L。应用建立的PCR检测方法对51株分离自海水样品的弧菌和32株分离自对虾样品的弧菌进行检测,结果显示全部为阳性,其中,海水样品中包括有副溶血弧菌、溶藻弧菌、创伤弧菌、河流弧菌、哈氏弧菌和栖黑海弧菌,对虾样品中包括副溶血弧菌、溶藻弧菌、创伤弧菌、河流弧菌和哈氏弧菌;经测序及同源性比对分析发现,种间菌株的dna J基因序列相似度为79.5%~92.8%,种内菌株间的dna J基因序列相似度为98.2%~99.9%。【结论】基于dna J基因建立的弧菌PCR检测方法能扩增出弧菌接近全长dna J基因,具有快速便捷、灵敏准确、适应性好等优点,结合测序技术,可为弧菌快速筛查及种类鉴定提供更全面和更准确的技术手段。