摘要：本研究旨在为蒙古莸在分子水平上提供理论依据,以便对濒危稀有种制定科学的保护策略。本研究下载GenBank数据库公布的蒙古莸叶绿体基因组信息,利用生物信息学对蒙古莸叶绿体基因组进行cpSSR分析。利用MISA软件全面搜索蒙古莸叶绿体基因组SSR分子标记,并对其分析;运用Primer Premier 3.0设计并筛选多态性较好的引物用于后续研究。在全长151 707 bp的蒙古莸叶绿体基因组中,共鉴定出31个cpSSR位点,位点间平均分布距离为4 893.77 bp,其中以单核苷酸重复为主,且主要分布于LSC区,占SSR位点总数的74.19%;其次是四核苷酸重复,分布于LSC及SSC两区,占SSR位点总数的19.35%,分布最少为三核苷酸,仅占总位点数的3.23%。将所有31个位点合成31对叶绿体微卫星引物,通过毛细管电泳检测,最终筛选出8对多态性引物。此外,挑选多态性好的马鞭草EST-SSR引物,扩增结果产生非特异性条带,且与马鞭草扩增片段范围相差较大。基于软件的参数设置,单核苷酸重复数量占比最多,三核苷酸重复占比最少;从31对引物筛选出8对多态性引物,扩增率达100%,多态率为26%;此外,马鞭草与蒙古莸的扩增条带范围相差较大,说明二者有较大差异的遗传背景。在此基础上,本研究为后续蒙古莸的种质鉴定、系统发育、群体遗传进化分析提供理论依据。

摘要：高原鼠兔(Ochotona curzoniae)是青藏高原的关键种,对其分子标记的开发有助于高原鼠兔种群生态等问题的研究。基于简化基因组测序技术获得了高原鼠兔简化基因组序列信息,并开发了微卫星分子标记。结果表明:通过MISA软件分析共检测到7064个SSR位点,其中单核苷酸和二核苷酸重复基序数量最多,各占46.15%和38.37%。四核苷酸重复基序的类型最多,达83种;其次是三核苷酸重复基序的类型,为50种。不同类型SSR位点基序的重复次数也不同。通过取SSR与InDel的交集,获得182处符合条件的SSR区域,并最终设计出90对引物。随机选择70对引物在8个高原鼠兔样本中进行验证,有42对引物具有单一条带,且多态性较好,占总检测引物的60%。研究表明,本方法在筛选高原鼠兔SSR标记中是可行的,所得引物可以应用于高原鼠兔遗传多样性、种群遗传分析等问题的研究中。

摘要：将 2 1对铲鲟 (ScaphirhynchusplatorynchusRafinesque)的微卫星引物在中华鲟 (AcipensersinensisGray)基因组DNA上进行PCR扩增 ,1 4对 (约占 67% )引物得到了扩增产物 ,其中有 1 0对 (约占 48% )表现为多态性 ,但只有 2对 ( 9 5 % )引物Spl 1 0 0和Spl 1 68的多态性较高 ,且带型清晰 ,可直接作为分子标记应用于相关的研究。此外 ,对具有特异性扩增 ,但有Stutterband现象的 4对引物的部分可分离PCR产物进行了回收和测序 ,并对其中的 3对引物的序列进行了重新设计 ,最后得到两对可应用于中华鲟的引物As 1 0 0和Spl 1 70b。研究结果表明 ,对相近种的微卫星引物进行优化设计来获得一个物种的微卫星引物是一条简捷有效的途径。

摘要：采用正交设计法,从dNTPs浓度、引物浓度、Mg2+浓度、Taq DNA聚合酶用量4个因素3个水平出发,优化设计圆尾鲎DNA的PCR反应体系(引物为中国鲎微卫星引物).并采用直观分析方法分析正交试验结果,最终建立了圆尾鲎SSR-PCR最佳反应体系:总体积20μL,Taq DNA聚合酶1.5 U、dNTPs 0.16 mmol/L、引物0.2μmol/L、Mg2+2.0 mmol/L;并通过PCR梯度实验进一步优化模板DNA质量浓度、退火温度及退火时间,获得最佳反应条件:模板DNA质量浓度为30 ng/μL,退火温度为48℃,退火时间为20～25 s.对最佳反应体系和反应条件进行了检验,结果显示该反应体系稳定性高、重复性好.

摘要：基于AFLP和ISSR标记原理,采用基因组步移技术,建立了一种新的分离甜菜基因组微卫星引物的方法。具体步骤为:(1)构建基因组DNA限制性内切酶文库,ISSR引物扩增文库中两端含微卫星序列的片段并进行克隆测序,根据测序结果设计微卫星序列间的引物IP1和IP2;(2)巢式PCR进行基因组步移,扩增IP2引物下游序列并测序,进而设计微卫星引物IP3,引物IP2和IP3即为SSR标记引物。对获得的SSR引物进行PCR验证,结果表明,SSR引物产率为16%,研究获得的SSR引物具有较高的多态性,对于后续的遗传多样性检测和遗传连锁图构建具有重要意义。