摘要：微卫星标记以其独有的优点广泛应用于遗传学研究,但无效等位基因(nullalleles)的存在与潜在影响是其最大缺陷之一,在研究工作中并未得到足够重视。本文在综述国内外相关文献的基础上,明确了微卫星无效等位基因的概念与特点,对其可能的产生原因、频率估算方法、相关分析软件及其对群体遗传学、亲本分析等研究结果的影响进行述评,以期对无效等位基因有较为全面、深入的了解。微卫星无效等位基因的产生与SSR侧翼序列的变异(点突变、插入或缺失)及引物结合位点有关,其与同工酶标记中的无效等位基因有本质区别,并非基因本身的自然属性。虽然微卫星无效等位基因具有普遍性、复杂性和隐匿性等特点,但完全可以通过Hardy-Weinberg平衡检验、亲子代基因型分析和重新设计引物等方法认识、检测并估算其频率。无效等位基因会对遗传学相关研究结果造成显著影响,如降低群体遗传多样性,加大群体间遗传分化;降低亲本分析排除率,甚至可能造成亲本分析结果的错误与混乱。今后研究工作中,我们应对无效等位基因予以足够重视并谨慎对待,从标记位点选择、无效等位基因数据调整及重新设计引物分析等多个方面尽可能减少和避免其影响,以获得最真实的分析结果。

摘要：使用RepeatMasker软件在栉孔扇贝的 6 935条ESTs中发现了 4 2条微卫星序列。选取其中的 7个序列 ,根据微卫星位点的旁侧序列设计引物 ,并对设计出的引物在中国、日本、韩国野生群体中进行多态性检测 ,发现有 6对引物能产生扩增产物 ,其中有 3对引物可望在以后的群体分析及连锁图谱的构建中加以应用。该结果初步证实了在栉孔扇贝的ESTs序列中存在微卫星位点 ,从而为扇贝生物中微卫星标记的筛选开辟了新的途径。

摘要：利用中国地方猪种蓝培猪(16头母猪)与外来品种长白猪(8头公猪)按F2设计建立资源家生活经验,根据美国肉畜中心(USDA-MARC2.0)公布的猪连锁图谱,在1、4、7和8号染色体上间隔10-20cM选择一个微卫星标记,共31个标记,采用WAVE核苷酸片段分析系统和ABI377DNA序列分析仪检测资源群体的P、F1和F2代个体微卫星的基因型,对其基因频率、杂合度和多态信息含量等进行统计分析。结果发现:利用ABI377检测的猪1、4和8号染色体上的有效微卫星标记21个,其中13个标记的18个等位基因片段大小超过了网上已报道的结果,发现新等位基因的标记占62%;在31个微卫星标记中,杂合度(h)在0.043-0.7855之间,总平均杂合度为0.6460,其中70%座位的h>0.60;总平均多态信息含量(PIC)为0.5949,有77.4%位点的PIC>0.5。统计分析结果表明,选用的微卫星标记能够较好地提供标记信息,为进一步在该家系中进行猪重要性状的QTL定位打下了良好的基础。

摘要：文章以M13通用引物和重复序列（CT）15、（AT）15引物，利用PCR法对中国龙虾（Panulirus stimpsoni Hoehuis）部分基因组DNA文库进行筛选。共获得78个微卫星序列，分别分布于55个阳性重组克隆中，其中完美型（perfect）共50个，占64％；非完美型（imperfect）3个，占3．8％；混合完美型（compound perfect）6个，占7．7％；混合非完美型（compound imperfect）19个，占24．5％。根据微卫星序列，设计并筛选出15对微卫星多态性引物，对中国龙虾的群体进行了遗传多样性分析。获得3～12个等位基因，等位基因大小在78～425bp之间，基本符合引物设计的理论长度。期望杂合度范围为0．48～0．87，平均值为0．71，表明中国龙虾基因组微卫星具有较高的杂合度与遗传多样性。15个微卫星位点的P1C值从0．44到0．84，平均值为0．60，说明这些微卫星位点在中国龙虾基因组中包含丰富的遗传信息，合适用于中国龙虾的各种分子标记及遗传学分析和应用。

摘要：以反刍动物为研究对象,应用多重PCR技术扩增绵羊基因组中X、Y染色体上的4个微卫星标记和SRY基因,根据基因型进行性别鉴定,试图通过一次DNA扩增同时提供性别鉴定和基因分型的信息。结果表明所设计SRY基因的引物具有高度特异性,是性别鉴定的主要依据,而Y染色体上的MCM158、MAF45两标记由于特异性不好,因此不适用于性别鉴定,对于X染色体上所选的两标记MILVET09和AE25只能进一步验证所鉴定的雄性个体。得出结论在被检个体中,能同时扩增出SRY基因、MCM158、MAF45,X染色体上MILVET09和AE25,且X染色体上的MILVET09、AE25基因型为纯合子的个体为正常的雄性;被检个体中只有Y染色体上MCM158、MAF45和X染色体上MILVET09、AE25的扩增产物,而没有SRY基因的扩增产物,则被检个体为雌性,且MILVET09、AE25的基因型对雌性个体的性别判断无影响。MCM158、MAF45两标记基因型不影响个体的性别鉴定结果。

摘要：通过对长体圆鲹(Decapterus macrosoma)基因组进行RAD-Seq高通量测序,共获得58 180条微卫星序列,选取112条二、三核苷酸重复的微卫星序列设计引物,经筛选后,共获得27个具有多态性的微卫星标记。利用一个长体圆鲹群体对通过筛选的微卫星标记的种群遗传学特征进行评价。结果显示,27对引物扩增的序列中18个位点为二核苷酸重复,重复次数为9~14次,9个位点为三核苷酸重复,重复次数为6~10次,等位基因数(Na)为5~17 (平均10.6),表观杂合度(Ho)为0.342 9~0.857 1 (平均0.631 7),期望杂合度(He)为0.538 3~0.911 8(平均0.796 8),多肽信息含量(PIC)为0.497~0.886 (平均0.780 9),除1个位点外,其他位点PIC值均大于0.500,表明开发的微卫星位点具有较高的多态性。"哈迪-温伯格"平衡(HWE)检测结果显示,19个标记等位基因频率符合HWE。连锁不平衡检测表明各位点间无连锁不平衡现象。该研究开发的27个微卫星标记可为长体圆鲹种群遗传学研究提供基础。

摘要：采用生物信息学方法,从塔玛亚历山大藻的ESTs数据库中筛选微卫星(Simple Sequence Repeat,SSR)位点,设计SSR引物,利用毛细管电泳对4株塔玛亚历山大藻(Alexandrium tamarense)、2株相关亚历山大藻(Alexandrium affine)和1株链状亚历山大藻(Alexandrium catenella)进行种内、种间遗传多样性分析,获得以下主要结果:(1)从6830条非冗余的ESTs中共查找到222个SSR,平均每18.5kb就有一个SSR,三核苷酸重复在所有的重复类型中所占比例最大,达到48.2%,重复单元CTG/CAG出现频率最高。进一步筛选出12条SSR引物,用于遗传多样性分析。(2)种内遗传多样性水平整体偏低,多态性引物比率仅为41.67%,Nei’s基因多样性平均为0.2130。种间遗传多样性水平较高,多态性引物比率为75%,Nei’s基因多样性平均水平为0.4643;另外,种间遗传分化系数较高,平均水平为0.7051。(3)对7个样品的聚类图分析发现,***116与***112遗传距离极为接近;***9301、CCMP1598和ATDH01相互聚在一起;***01与***分属两枝。以上结果表明,SSR标记在亚历山大藻种内遗传多样性分析方面是一种非常有用的工具。

摘要：应用Dynal磁珠生物素标记的微卫星探针与大熊猫基因组酶切片段杂交,捕获400～600bp含有微卫星序列的DNA片段,连接到pGEM T载体中,构建富集微卫星序列的小片段插入文库。应用γ32P标记的探针筛选文库,从2880个转化子中获得了260个阳性克隆。对54个序列进行了测序,并成功地设计了大熊猫微卫星引物37对。该方法能有效提高筛选微卫星标记的效率。

摘要：根据生物素与链霉亲和素的亲和原理,利用磁珠富集法筛选东方田鼠(Microtus fortis)微卫星分子标记。链霉亲和素磁珠捕获生物素标记的微卫星探针,然后与连有接头的单链限制性酶切片段复性结合,获得含有微卫星的单链片段,PCR扩增形成双链,连接T载体并转化感受态细胞,得到东方田鼠微卫星富集文库。随机挑选70个阳性克隆,经测序分析,获得微卫星序列92个。设计合成27对微卫星引物并成功筛选出21对可用引物,取其中10对引物,荧光标记后对3个人工驯养及野生东方田鼠种群进行遗传多样性分析。结果显示,文章所构建的东方田鼠微卫星文库的阳性克隆率较高,初步筛选的10个微卫星标记均为具有高度多态性的微卫星标记。在3个东方田鼠种群中,野生湖南种群的观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)均最高,人工驯养的湖南种群次之,人工驯养的宁夏种群最低。

摘要：采用FIASCO方法构建了中国鲎(Tachypleus tridentatus)(CA)_n微卫星富集文库,对214个阳性克隆进行测序,筛选获得60条含有微卫星的序列,其中可设计引物的序列共38条。38对微卫星引物在37个中国鲎个体中PCR检测发现,只有9个位点具有多态性,其等位基因数为5-14个,每个位点平均具有8.1个等位基因。9个位点之间不存在连锁。利用该9个具有多态性微卫星标记分析了中国沿海9个中国鲎地理群体的种群遗传多样性和遗传结构。结果表明:中国沿海的中国鲎种群遗传多态性水平仍较高,9个地方群体间无遗传差异,它们之间未见显著分化,且有着较高的基因流;推测人为的迁移是造成遗传无分化的主要原因。我们建议中国鲎已绝迹的海域可从其他海域引入中国鲎个体来恢复地方群体资源。