摘要：分子对接是研究分子间相互作用与识别的有效方法.其中,用于近天然构象挑选的打分函数的合理设计对于对接中复合物结构的成功预测至关重要.本文回顾了蛋白质-蛋白质分子对接组合打分函数中一些主要打分项,包括几何互补项、界面接触面积、范德华相互作用能、静电相互作用能以及统计成对偏好势等打分项的计算方法.结合本研究小组的工作,介绍了目前普遍使用的打分方案以及利用与结合位点有关的信息进行结构筛选的几种策略,比较并总结了常用打分函数的特点.最后,分析并指出了当前蛋白质-蛋白质对接打分函数所存在的主要问题,并对未来的工作进行了展望.

摘要：在不同类型复合物结合界面的物理化学特征不同的基础上,针对较难预测的Other类型复合物设计出特异性打分函数,用于在对接过程中挑选出有效结构.该函数由原子接触能(EACE)、范德华和静电相互作用能组成,通过多元线性回归方法获得各项的权重系数.对来自CAPRIbenchmark1中17个Other类复合物例子进行打分测试.结果表明,组合打分能够刻画出Other类型复合物单体间相互作用的特征,反映出复合物形成前后的能量变化,具备一定的从众多样本中筛选出有效结构的能力.相对于残基成对势(RP),该组合打分获得了更高的打分成功率.对CAPRI第八轮竞赛中两个结构预测模型进行打分排序,该组合打分也体现出强于RP的鉴别有效结合模式潜力.

摘要：分子对接是目前研究蛋白质-RNA相互作用与识别的有效方法之一.其中,打分函数的合理设计与分子结合位点的准确识别对成功预测蛋白质-RNA复合物结构至关重要.结合小组的工作,对用分子对接方法预测蛋白质-RNA复合物结构中所涉及2个关键性问题(即分子对接打分函数的设计和RNA结合位点的预测)及研究进展进行了回顾,并对几种常用的方法进行了比较.最后分析了这两方面研究目前所存在的主要问题,并对未来的发展方向进行了展望.

摘要：定量计算药物-靶标亲合性一直是分子靶向药物设计中的核心问题之一.亲合性打分函数适用范围宽、计算速度快且精度良好,特别适合与分子对接等方法联用,在药物研发中得到了广泛的应用.经过20多年的发展,目前存在数量繁多的打分函数,这些方法难免良莠不齐.建立客观公正的针对打分函数性能的评价体系,不仅可以帮助用户做出合理的选择,也为发展打分函数的理论研究人员提供依据,因此是打分函数研究领域中的一个基础问题.近年来,我们逐步发展了评价药物-靶标亲合性打分函数性能的方法体系(comparative assessment of scoring functions,CASF),为解决该问题提供了一种可行的方案.我们提出了一整套衡量打分函数性能的基本指标,为每种指标设计了相应的定量方法,并确立了将打分过程与构象采样过程分开处理的原则.我们的方法体系中所使用的测试集,源自对PDBbind-CN数据库中蛋白-配体复合物样本的层层筛选,质量较高并且具备结构多样性的特点.与前人的类似工作相比,我们的方法体系具有较强的系统性和先进性,受到了国内外同行的广泛认可和应用.本文介绍了我们建立的CASF方法体系的设计思想、获得的重要研究成果以及学术影响.

摘要：计算预测出TAL效应物的候选靶标有助于高效地确定TAL效应物的靶基因,进而阐明TAL效应物的生物学功能,但是目前在TAL效应物靶标计算预测方面的研究仍然很少.为了设计出预测TAL效应物靶标的有效算法,基于TAL效应物的已知靶标数据,构建了TAL效应物靶点的RVD-核苷酸关联矩阵,并将RVD-核苷酸关联矩阵归一化成RVD特异性概率矩阵,为靶标预测构造新的打分函数.实验结果表明,改进的TAL效应物靶标预测算法对大部分已知靶标预测的打分排名比已有算法更靠前,并且结合基因表达数据可以预测出TAL效应物的新的候选靶标.

摘要：一般的蛋白质对接程序能够提供大量的待选构象,但其中仅含有少量的正确构象。现在对接的主要工作在于如何从这些大量构象中挑出正确构象。我们先前的研究工作证明蛋白质界面比非界面表面具有更高的能量。在这里,我们使用由chen等人提出的一个用于检验、设计对接程序的蛋白质复合物标准库中的非抗原-抗体复合物,将侧链能量运用到对接中,并比较了侧链能量和残基配对倾向性、残基组成倾向性、残基保守性在对接中的表现。单独使用这四项的正确构象的平均百排分位排序分别为：38．6±19．6、26．3±20．8、22．7±16．6和37．8±26．1,但是对于个别蛋白,侧链能量的表现要优于其它的三个参数。我们将四个参数综合起来考虑,发展了一个新的打分函数,平均百排分位排序为22．2±7．8,并且提高了筛选效率。