摘要：肿瘤-药物-基因语义关系的及时发现和获取，在肿瘤个体化用药中发挥着重要作用。本文收集并整合了肿瘤、药物和基因相关的科学文献数据，设计并实现了面向肿瘤个体化用药的文献挖掘系统CDG（Cancer-Drug-Gene Relationship Identification）。该系统可以从生物医学文献中自动识别肿瘤、药物和基因命名实体，进而提取出上述命名实体之间的语义关系，并且支持用户对多个命名实体的多种组合查询和查询结果的批量下载。

摘要：目的针对目前数据库在提供组织、存储和展示文献来源的蛋白质相互作用知识和数据支撑方面的不足,设计并构建了蛋白质相互作用信息数据库系统(protein-protein interaction information database,dbPPII)。方法根据文献来源的蛋白质相互作用数据的特点,使用MySQL设计包含蛋白质相互作用、文献及本体三方面信息的数据库结构,引入本体工具展示数据,并使用JSP等技术开发实现。结果数据库系统实现了基于本体的信息组织和展示,提供多种数据查询方式及丰富的文献信息,并具有数据下载功能。目前,dbPPII系统已经应用于组织、存储和展示人及小鼠肝脏相关文献挖掘得到的蛋白质相互作用信息。结论 dbPPII系统具有存储和检索文献来源的蛋白质相互作用信息的多种优势,并有效地利用了蛋白质相互作用本体信息框架组织和展示蛋白质相互作用数据。dbPPII访问主页:http://***。

摘要：探讨生物医学文献信息检索过程与可视化设计对用户知识发现的影响与作用,从输入输出、搜索过程、信息定位几方面介绍文献信息检索过程交互流模型,分析文献信息可视化设计的方法,包括颜色与字体、统计图表、分类列表与标签、层次结构与网络图等方面。

摘要：以CNKI文献为基础,对1995~2020年大学计算机基础课程研究相关文献资源进行文献挖掘与可视化分析,通过对文献外部特征及内部特征的分析探究大学计算机基础课程改革的发展与变迁、热点与前沿趋势,为未来大学计算机基础课程教育改革提供新的思路与案例参考。

摘要：目的从基因表达谱水平探讨2株人成纤维细胞和低剂量电离辐射3个时间点的可能交互效应,掘其差异表达基因。方法应用GeneSifter在线软件和Panther生物学信息数据库,对下载于NCBI的GEO(Gene Expression Omnibus)数据库的12个样品GSM(数据包含2株成纤维细胞和每株细胞3个辐照时间点),运用混合设计二因子的Two-Way ANOVA方法进行数据挖掘,并对差异表达基因进行聚类、主成分分析、模式分类、功能归类分析,最后用GenCLiP软件进行文献挖掘。结果获得41条交互效应的差异表达基因,主成分分析示每株细胞24h时间点的特征向量明显远离其他向量,差异基因表达可分为3种模式。基因功能归类分析提示,多个生物通路如有丝分裂、细胞周期、细胞结构、细胞凋亡等被显著激活,其中参与有丝分裂和细胞周期的差异表达基因由细胞骨架基因、微管运动基因、蛋白激酶基因等构成,细胞凋亡等效应获得文献支持。结论2株人成纤维细胞和低剂量电离辐射3个时间点有交互效应,存在基因差异表达,这些基因有可能成为鉴定成纤维细胞和辐照时间交互效应的生物标记。