摘要：目的探讨广州地区儿童感染的星状病毒基因组分子结构特点和基因型。方法参考GenBank上的星状病毒基因组设计分段扩增引物,进行RT-PCR分段扩增星状病毒基因组,克隆于T载体上,序列测定,用Clustal W和DNAStar软件分析基因组序列。结果星状病毒HASTVgz01全基因组为6721bp,提交到GenBank上的序列号为DQ344027,其中5′端非编码区(5′UTR)长82bp,3′端非编码区末端长81bp,病毒基因组编码区全长6558个核苷酸,分别编码ORF1a、ORF1b、ORF2,ORF1a基因长2763bp(83～2845nt),ORF1b基因长1557bp(2785～4332nt),其中ORF1a、ORF1b两基因有71个核苷酸的重叠区；ORF2全长2316nt,位于基因组中4325～6640nt。ASTVgz01与GenBank中8种基因型星状病毒的ORF2基因氨基酸序列同源性比较发现,HASTVgz01与4型的同源性为93％,其他的同源性在61％～70％之间。结论广州地区儿童腹泻感染的星状病毒HASTVgz01全基因组为6721 bp,GenBank序列号为DQ344027,HASTVgz01与4型星状病毒的ORb2基因氨基酸序列比较同源性为最高,确认HASTVgz01是4型星状病毒。

摘要：近期作者实验室从腹泻牦牛粪便样本中鉴定出一种新型星状病毒(AstV)——牦牛AstV,本研究旨在建立检测牦牛AstV的RT-PCR方法。首先设计引物扩增牦牛AstV 630bp的ORF2基因片段,进行序列分析;在此基础上设计检测引物,建立检测牦牛AstV的RT-PCR方法。结果显示,从20份牦牛腹泻粪便中扩增出13个牦牛AstVORF2基因片段,核苷酸相似性为99.3%~100%,而与牛肠源星状病毒(BAstV)ORF2基因的相似性仅为59.5%~80.8%;所建立的RT-PCR方法只扩增牦牛AstV的特异片段,对BAstV和其他无关病原无扩增;对病毒核酸的最低检测限为57.3fg·μL^(-1);比较试验表明,所建立的RT-PCR方法对牦牛AstV的检出率明显优于现有检测BAstV的RT-PCR方法。其对牦牛腹泻与健康粪便样本中牦牛AstV的检出率分别为55.5%(76/137)和7.7%(2/26)(P<0.01)。试验结果表明,扩增的ORF2基因片段的核苷酸序列在牦牛AstV毒株间高度保守,但相对于BAstV变异大;基于该序列建立的检测牦牛AstV的RT-PCR方法特异性好,灵敏度高,稳定性好,为牦牛AstV的检测和流行病学调查提供了有力工具;同时,本试验结果也提示牦牛AstV与犊牦牛腹泻有联系。

摘要：本研究根据鹅Ⅰ型星状病毒(GAstV-1)的保守基因序列设计一对特异性引物和探针,建立并优化荧光定量PCR检测方法,并分别进行了特异性、敏感性、重复性进行了试验,且采用田间样品进行验证。结果显示,本研究建立的检测方法与新城疫病毒(NDV)、鸭坦布苏病毒(DTMUV)、禽流感病毒AIV(H9N2)、鹅细小病毒(GPV)、鹅圆环病毒(GoCV)、水禽大肠杆菌(***)、鸭疫里默氏杆菌(RA)均无交叉反应;对重组质粒标准品的检测限为1.0×10^(1)copies/μL,组内和组间的变异系数均≤1.00%。13份田间临床样品检测结果显示,本研究建立的荧光定量PCR法阳性检出率为100%。由此可见,本研究建立的GAstV-1荧光定量PCR特异性强、灵敏度高、重复性好,为鹅星状病毒的检测和监测提供了有效的技术手段方法。

摘要：目的 探讨广州地区儿童感染的星状病毒ORF2基因特点和基因类型。方法 参考CenBank上的星状病毒Ⅰ型ORF2基因设计了两对特异性引物，进行巢式PCR扩增出目标片段，克隆于T载体上，测定序列，用phylip3．65软件、NJ法构建进化树。结果 星状病毒ORF2基因为2316bp，编码771个氨基酸，ClustalW同源性比较发现，Hastv-gz克隆与4型星状病毒氨基酸同源性为最高（93％），与其它基因型的同源性为61％～70％。结论 广州地区儿童腹泻感染的星状病毒Hastv-gz克隆ORF2基因序列为2316bp，Hastv-gz克隆与4型星状病毒同源性为93％，以phylip3．65软件、NJ法构建ORF2基因进化树中，Hastv-gz与4型星状病毒密切相关，确认Hastv-gz是4型星状病毒。

摘要：目的建立以特异性荧光探针为特点的Taq Man荧光定量RT-PCR检测星状病毒。方法根据星状病毒基因组保守序列设计引物和探针,建立并分析荧光定量RT-PCR的重复性、特异性、敏感性;以所建立方法对128例病毒性腹泻患者粪便标本进行检测,同时以基因测序进行验证。结果所建立的荧光定量RT-PCR检测方法对星状病毒具有很好的特异性和重复性,灵敏度达102copy/μl。128例粪便标本中星状病毒的检出率为3.1%,与基因测序比对结果相符。结论构建的星状病毒荧光定量RT-PCR方法具有快速、特异且灵敏的特点,可用于临床病原诊断和流行病学调查。

摘要：目的建立能同时检测轮状病毒A群和星状病毒双重实时荧光定量反转录-聚合酶链反应(rRT-PCR)方法。方法根据上述2种病毒基因组保守序列设计引物和探针,建立并分析多重rRT-PCR的重复性、特异性、敏感性;以所建立方法对128例病毒性腹泻患者粪便标本进行检测,同时以基因测序进行验证。结果所建立的双重rRT-PCR检测方法对轮状病毒A群和星状病毒具有很好的特异性和重复性,轮状病毒A群灵敏度达到每个反应101拷贝,星状病毒灵敏度达到每个反应102拷贝。128例粪便标本中,轮状病毒A群和星状病毒的检出率分别为18.0%和3.1%。通过基因测序比对结果相符。结论构建可用于轮状病毒A群及星状病毒的双重rRT-PCR方法快速、特异且灵敏,可用于临床病原诊断和流行病学调查。

摘要：目的建立能同时检测星状病毒、轮状病毒和甲型肝炎病毒的单管多重荧光定量RT-PCR方法。方法根据Gen Bank上下载的上述3种病毒基因组保守序列设计引物和探针,建立并分析多重荧光RT-PCR的重复性、特异性和敏感性;以所建立方法对128例病毒性腹泻患者粪便标本进行检测,同时以基因测序进行验证。结果所建立的多重荧光RT-PCR检测方法对轮状病毒、星状病毒和甲型肝炎病毒具有很好的特异性和重复性,轮状病毒灵敏度达到101拷贝,星状病毒和甲型肝炎病毒灵敏度达到102拷贝。128份粪便标本中,轮状病毒和星状病毒的检出率分别为17.97%和3.13%,甲型肝炎病毒未检出。与基因测序比对结果相符。结论用于轮状病毒、星状病毒和甲肝病毒的单管多重荧光定量RT-PCR方法快速、特异且灵敏,可用于临床病原诊断和流行病学调查。

摘要：目的针对轮状病毒、诺如病毒、星状病毒和扎如病毒四种常见腹泻病毒,建立基于同源加尾(Homo-Tag AssistedNon-Dimer,HAND)系统的一步法四重RT-PCR检测方法。方法根据4种病毒基因组保守序列设计引物并在5'端加上同源尾巴序列。通过优化通用尾巴引物和特异性加尾引物的浓度等PCR参数构建四重RT-PCR反应体系,并系统评价其稳定性、特异性和灵敏度。结果成功建立基于HAND系统的4种腹泻病毒一步法多重RT-PCR检测方法。特异性分析显示四种病毒间无交叉反应,灵敏度分析显示轮状病毒、诺如病毒、星状病毒和扎如病毒的检测下限分别达到48、9.6、1.92和48 pg。结论所建立的基于HAND系统的4种腹泻病毒多重RT-PCR检测方法简便快速、灵敏特异稳定、成本低廉,非常适用于基层医学实验室。

摘要：【目的】调查北京地区犬猫肠道冠状病毒的感染情况,探索犬猫冠状病毒感染与年龄、季节的相关性,为犬猫冠状病毒病的防治提供参考。【方法】根据各病原基因保守区域序列设计特异性引物,采用PCR或RT-PCR方法,对采集的402份犬猫肛拭子(犬样本192份、猫样本210份)分别进行犬猫冠状病毒检测,并进行犬猫细小病毒、犬星状病毒(CaAstV)的混合感染检测。通过卡方检验对犬冠状病毒(CCoV)和猫冠状病毒(FCoV)感染与季节的相关性进行统计学分析,通过回归统计对CCoV、FCoV感染率与年龄的相关性进行分析,根据临床样本信息统计北京五区的犬猫免疫情况。【结果】192例犬样本中CCoV阳性率为44.27%(85/192),CCoV、犬细小病毒(CPV)混合感染率为34.12%(29/85),未检测到CaAstV阳性样本。210例猫样本中FCoV阳性率为45.71%(96/210),FCoV、猫泛白细胞减少症病毒(FPV)混合感染率为60.42%(58/96)。192例犬样本中,健康犬CCoV阳性率为19.39%(19/98),患病犬CCoV阳性率为70.21%(66/94)。210例猫样本中,健康猫FCoV阳性率为24.41%(31/127),患病猫FCoV阳性率为78.31%(65/83)。CCoV在冬季的检出率最高,为42.35%(36/85);FCoV四季检出率相近,冬季检出率相对较高,为29.17%(28/85)。在不同年龄段中,犬CCoV阳性率为28.6%~87.8%,其中0~3月龄犬CCoV阳性率高达87.8%,为CCoV主要发病群体;猫FCoV阳性率为36.4%~53.8%,各年龄段间无显著差异(P>0.05)。【结论】北京五区犬猫肠道冠状病毒的感染率较高,且在冬季更易流行,各年龄段犬猫CCoV、FCoV的检出率无显著差异,临床多出现冠状病毒与细小病毒混合感染的情况。

摘要：目的建立能同时检测病毒性腹泻患者粪便中星状病毒(astrovirus)、A族轮状病毒(group A rotavir-us)、肠道腺病毒(enteric adenovirus)、诺如病毒GⅠ/GⅡ(norovirus GⅠ/GⅡ)的多重荧光RT-PCR方法。方法根据各病毒基因组保守性序列设计引物和探针,建立多重荧光RT-PCR检测方法。对建立的多重荧光RT-PCR方法进行特异性、敏感性及灵敏性实验,并使用该法对256份病毒性腹泻粪便标本进行检测,同时使用基因测序进行验证。结果成功建立常见腹泻病毒的多重荧光RT-PCR检测方法,对星状病毒、轮状病毒、肠道腺病毒、诺如病毒以外的病原体不发生扩增反应。该法检测星状病毒、轮状病毒、肠道腺病毒、诺如病毒的灵敏度可达500copies/mL。256份标本中:星状病毒、轮状病毒、肠道腺病毒和诺如病毒阳性率分别为3.12%(8/256)、42.97%(110/256)9、.38%(24/256)和10.16%(26/256),与基因测序方法检测结果符合率达到100%。结论该多重荧光RT-PCR检测方法具有快速、灵敏、特异的优点,可用于临床病原诊断。