摘要：为制定科学合理的绿鳍马面鲀苗种生产计划,并及时监测和掌握其人工繁育群体在养殖过程中的遗传多样性水平及变化,笔者利用公布的绿鳍马面鲀全基因组序列筛选微卫星序列并设计引物,在随机挑选的50个候选微卫星位点中有20个可以高效、稳定地扩增出目的产物。利用绿鳍马面鲀野生群体对开发的20个微卫星标记进行评价,每个位点的等位基因数为4~13个,有效等位基因数为3.758~12.000,观测杂合度为0.267~0.833,期望杂合度为0.413~0.932,多态信息含量为0.361~0.910,香农-维纳多样性指数为0.806~2.520。绿鳍马面鲀野生和养殖群体的遗传多样性比较分析表明,野生和养殖群体的等位基因数平均值分别为8.2和7.3,有效等位基因数平均值分别为7.168和6.239,观测杂合度平均值分别为0.663和0.561,期望杂合度平均值分别为0.819和0.719,多态信息含量平均值分别为0.780和0.684,香农-维纳多样性指数平均值分别为1.914和1.647。试验结果显示,绿鳍马面鲀养殖群体的遗传多样性低于野生群体,但仍然维持在较高的多态性水平,表明绿鳍马面鲀的人工繁育会对其遗传多样性产生一定影响。笔者开发的微卫星标记可用于绿鳍马面鲀群体遗传学、分子标记辅助育种等研究,试验结果可为绿鳍马面鲀资源保护和良种选育提供一定理论依据。

摘要：目的使用QF-PCR技术对产前样本进行快速诊断,分析多重短串联重复序列(STR)标记杂合度以及三体峰型,为QF-PCR试剂盒STR位点的设计提供研究基础。方法选取2020年9月至2021年7月在中山市博爱医院产前诊断中心进行介入性产前诊断的525例样本作为研究对象,运用QF-PCR技术对13、18、21及性染色体非整倍体进行快速诊断,使用GeneMapper 5.0软件查看并记录STR分型结果图。结果13、18、21及X染色体的STR标记中杂合度最高分别为D13S742、D18S386、D21S1414、DXS8377;杂合度最低的分别为D13S628、D18S391、D21S1433、DXS981。QF-PCR技术发现异常样本共计31例(5.9%),其中三体型27例(21三体19例,18三体6例,13三体2例),X单体1例,染色体其他异常3例;检测到18和21三体中均有4例STR标记为2∶1或者1∶2的双峰;STR位点均为单峰2例,STR位点仅一个双峰23例。结论与传统染色体核型分析比较,QF-PCR技术能更快速诊断常见染色体非整倍体的数目异常,具有简便快速、特异性高的优点。在设计QF-PCR试剂盒时需要选择D13S742、D18S386、D21S1414等杂合度高的STR位点。

摘要：利用中国地方猪种蓝培猪(16头母猪)与外来品种长白猪(8头公猪)按F2设计建立资源家生活经验,根据美国肉畜中心(USDA-MARC2.0)公布的猪连锁图谱,在1、4、7和8号染色体上间隔10-20cM选择一个微卫星标记,共31个标记,采用WAVE核苷酸片段分析系统和ABI377DNA序列分析仪检测资源群体的P、F1和F2代个体微卫星的基因型,对其基因频率、杂合度和多态信息含量等进行统计分析。结果发现:利用ABI377检测的猪1、4和8号染色体上的有效微卫星标记21个,其中13个标记的18个等位基因片段大小超过了网上已报道的结果,发现新等位基因的标记占62%;在31个微卫星标记中,杂合度(h)在0.043-0.7855之间,总平均杂合度为0.6460,其中70%座位的h>0.60;总平均多态信息含量(PIC)为0.5949,有77.4%位点的PIC>0.5。统计分析结果表明,选用的微卫星标记能够较好地提供标记信息,为进一步在该家系中进行猪重要性状的QTL定位打下了良好的基础。

摘要：红花檵木花红叶艳、耐修剪、抗逆性强和生态适应性广,广泛应用于城市绿化和园林美化,是重要的中药材。其分子生物研究进展缓慢,红花檵木全基因组的破译能为其花色、叶色、株型、主要功能成分代谢等方面的深入研究提供坚实的基础。本研究基于Illumina测序平台测定了红花檵木基因组,运用生物信息学的方法预测其基因组大小,分析了基因组的杂合度、重复序列情况、GC含量等基因组特征,并进一步用SOAP de novo软件进行了基因组的组装。研究表明:红花檵木基因组大小的校正值为2.87 Gb;红花檵木基因组具有高重复序列和低杂合的特点,重复序列比率为76.32%,杂合率为0.20%,GC含量为35.52%;利用SOAP de novo软件对49.42 Gb Clean data进行了组装,得到4 333 224条Scaffold,拼接序列总长度为1 504 451 854 bp,组装后得到的最长序列为26 254 bp,N50为528 bp,N90为133 bp,后续研究建议采用Illumina+PacBio RSⅡ测序技术相结合方式,辅以Hi-C技术及其相应的拼接组装软件,有望得较好的红花檵木全基因组图谱。

摘要：本研究以前期获得的栉江珧(Atrina pectinata)转录组数据为基础,筛选获得10550条微卫星标记(SSR),检出率为8.2%,平均9.01 kb出现1个SSR位点。设计并合成120对SSR引物,筛选得到36对能够稳定扩增的引物,并利用已获得的36对SSR引物对青岛海区栉江珧进行了群体遗传多样性分析。结果显示,12对引物的扩增片段表现出多态性,共产生42个等位基因,平均每个位点产生3.5个等位基因,平均观测杂合度(H_o)、平均期望杂合度(H_e)和平均多态信息含量(PIC)分别为0.417、0.604和0.526,表明青岛海区栉江珧群体的遗传多样性较高。本研究获得的EST-SSR标记和群体遗传信息为栉江珧的种质资源保护提供了重要的参考资料。

摘要：应用NCBI网站上公布的EST序列,挖掘SSR位点,并根据SSR位点的侧翼序列设计引物,对18份油棕资源的DNA进行了PCR扩增,扩增结果显示,在72对引物的PCR扩增中,25对引物具有多态性特征,并且其杂合度在0.1049和0.6605之间,平均杂合度为0.4702,这暗示了这些标记具有中度的多样性。同时,应用这些有多态性的标记评估了这些油棕资源的遗传多样性和群体结构,分析结构显示:椰子研究所油棕资源圃的遗传多样性最为丰富,此外,聚类分析表明不同位置来源的油棕资源展现了显著的遗传差异。本研究开发的SSR标记将能被应用到油棕的遗传育种研究中。