摘要：【目的】制作核糖体蛋白(ribosomal protein,RP)基因芯片,探讨该芯片应用方法。【方法】设计、合成58mer寡核苷酸探针,打印芯片。收集溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)患者和正常自愿者结肠黏膜,提取总RNA。逆转录法Cy5-dCTP标记试验样品,试验样品包括正常组4例、混合正常组1例、UC 8例、UC混合1例,Cy3-dCTP标记共同参照,1例正常样品和共同参照进行Cy5-dCTP、Cy3-dCTP荧光交换。试验样品和共同参照配对杂交、扫描,应用BRB-TOOL(3.90)进行数据分析。【结果】制作了包括77条RP基因,2条RP类似基因(RPL26-like1、RPL7-like1)低密度芯片。UC混合样品杂交的信号值与UC 1～8分别杂交信号值之均数最为接近,健康人混合样品杂交的信号值和H 1～4分别杂交信号值之均数没有相近之处,但更接近于单样品杂交的结果;混合样品所得到的差异基因数明显少于样品分别杂交所得到的差异基因数。2例荧光交换Ratio值高度相关。【结论】成功制作了RP基因芯片。样品混合会影响杂交数据的统计,同时,均一化能轻微减弱荧光染料引起数据的偏差。

摘要：目的研究健康人、溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)脾虚证和湿热证患者核糖体蛋白(ribo-somal protein,RP)基因表达差异情况,为从蛋白合成角度理解"脾为气血生化之源"提供实验依据。方法制作RP基因芯片,对4名健康人、4例UC脾虚证和4例UC湿热证患者结肠黏膜进行检测,应用BRB-TOOL(3.9)软件包进行数据分析,对差异基因进行生物信息学分析。结果成功制作了包括77条RP基因,2条RP类似基因(RPL26-like1、RPL7-like1)的低密度芯片。UC(脾虚证+湿热证)患者与健康人之间有12条差异基因,全部为下调基因;湿热证与健康人之间有19条差异基因,全部呈下调趋势;脾虚证与健康人有3条差异表达基因,全部为下调基因;脾虚证与湿热证有6条差异表达基因,全部为上调基因。聚类分析显示健康人与UC患者样品可以根据本芯片的基因表达谱进行分类,湿热证和脾虚证可以通过聚类分开。多个差异基因有共同转录调节因子。结论成功制作了RP基因芯片,UC脾虚证和湿热证RP基因表达下调;健康人、UC脾虚证和UC湿热证都有各自相应的RP基因表达谱。

摘要：【目的】克隆青稞核糖体蛋白基因HbRPL19,分析其序列特征并在大肠杆菌中诱导目的蛋白,为后续的研究奠定基础。【方法】根据鉴定得到的青稞HbRPL19的序列设计了引物,从青稞叶片的c DNA中扩增得到目的片段,并对目的基因序列进行了测序鉴定和序列分析,同时构建了原核表达载体p ET28a-RPL19,转化入大肠杆菌BL21(DE3)后利用IPTG诱导外源蛋白质表达并检测。【结果】成功扩增出了青稞核糖体蛋白基因HbRPL19的CDS全长序列,大小为654 bp。根据生物信息学分析的结果,HbRPL19编码的蛋白质含有217个氨基酸,相对分子质量为24.47 KD,理论等电点(p I)为10.42,总平均亲水性(GRAVY)为-0.353,不稳定系数为53.46,存在典型的SH3-like结构域和核糖体蛋白L19结构域。系统进化分析表明,HbRPL19与小麦和山羊草的RPL19具有较近的亲缘关系。蛋白表达结果显示,重组蛋白主要以包涵体形式存在于沉淀中。【结论】获得了青稞抗寒相关基因HbRPL19的序列和蛋白。

摘要：核糖体是细胞进行蛋白质合成的重要场所。为了解枣60S核糖体蛋白L8-3基因的结构,以‘月光’枣为材料,根据GenBank中登录的苹果、桃和柑橘等植物60S核糖体蛋白保守序列设计引物,采用RT-PCR法,从枣叶片中克隆出该基因,并对其编码蛋白进行了生物信息学分析。生物信息学分析表明:该基因包含完整的开放阅读框为783bp,编码260个氨基酸残基,预测分子量为28.025kDa,理论等电点为10.83,命名为ZjRPL8-3(登录号:KM106202);保守结构域分析表明,该序列属于L2超家族蛋白;分子进化树显示,枣ZjRPL8-3与蔷薇科植物中该基因的蛋白序列亲缘关系最近,此结果一定程度上反应了物种间的亲缘关系。

摘要：根据已知核糖体蛋白L21(RPL21)基因的保守序列设计1对引物,采用PCR技术从石蒜〔Lycoris radiata(L'Hér.)Herb.〕叶片全长cDNA文库中筛选出阳性克隆。通过测序和分析,获得1条石蒜RPL21基因全长cDNA序列,命名为LrRPL21,GenBank登录号为FJ972626;序列全长709 bp,编码1条具有164个氨基酸残基的多肽。采用多种分析程序对石蒜RPL21的理化性质以及氨基酸序列的同源性进行了分析比较。结果显示:石蒜RPL21的预测分子量为18 628,理论等电点为10.36,分子式为C833H1348N254S4,总平均疏水性指数为-0.668,为亲水性蛋白;石蒜RPL21与其他8种植物RPL21的氨基酸序列同源性百分率均较高,达到85%～95%;根据系统树可推测其与油棕(Elaeis guineensis Jacq.)RPL21的进化关系最近。

摘要：目的构建微小脲原体核糖体蛋白L23基因原核表达载体并表达蛋白,为研究微小脲原体的生物学特性提供依据。方法根据NCBI上的微小脲原体核糖体蛋白L23基因序列设计引物,以微小脲原体基因组DNA为模板,通过PCR扩增目的基因后进行纯化,利用限制性内切酶BamH I和Not I对原核表达载体pGEX-6P-2和目的基因进行双酶切,并通过T4连接酶连接,连接产物转化XL1-Blue感受态细菌后接种至含氨苄青霉素的LB固体培养基培养,对形成的菌落进行PCR筛选和质粒测序验证,利用IPTG诱导表达GST融合蛋白,表达产物超声裂解后经GST Sepharose 4B纯化,SDS-PAGE电泳鉴定。结果经PCR成功克隆出目的基因,全长345bp,使用pGEX-6P-2质粒通用引物对转化有连接产物的大肠杆菌菌落进行PCR筛选鉴定,阳性菌落的PCR条带大小为468bp,与预期相符,对筛选出的菌落扩大培养并提取质粒进行基因测序,测序结果与NCBI中的基因序列完全一致,对诱导表达的重组蛋白进行SDS-PAGE鉴定,融合蛋白分子量质约为36.6kD,与预期一致。结论成功构建了微小脲原体核糖体蛋白L23原核表达载体,并在大肠杆菌中实现融合蛋白的表达,为微小脲原体核糖体蛋白L23基因以及解脲脲原体的后续研究奠定了基础。

摘要：用酿酒酵母(Saccharyomyces cerevisae)泛素融合蛋白基因从COGEME(Consortium for the functional ge-nomics of microbial eukaryotes)植物病原菌EST(Expressed sequence tag)库中BLAST(Basic local alignment searchtool)得到栗疫病菌的泛素融合蛋白EST,设计引物从栗疫病菌cDNA中克隆到该基因并测序,得到在进化上高度保守的基因,该基因开放阅读框为387 bp,编码128个氨基酸残基组成的泛素融合蛋白前体;由cDNA序列推定的氨基酸序列分析结果表明,泛素融合蛋白前体包括氮末端的泛素结构域(76个氨基酸残基)和碳末端的核糖体蛋白L40结构域(52个氨基酸残基)。该蛋白为高碱性蛋白,碳末端含有一个"锌指"模式结构。与19个物种比较的结果表明,栗疫病菌与真菌泛素融合蛋白氨基酸序列相似度较高,具有高度的保守性。

摘要：采用基于SMART(SwitchingMechanismAt5'endofRNATranscript)原理的cDNA末端快速扩增技术(RapidAmpli ficationofcDNAends:RACE),对日本对虾性腺差异表达基因cDNA5'端进行克隆,即在逆转录过程中通过SMARTⅡoligo的介导,在cDNA第1条链的3'端接上接头,然后根据已知序列设计的基因特异性引物(GSP1和GSP2)和接头引物(UPM和NUP)进行Nested PCR特异性扩增,并对特异产物进行克隆和序列分析,最终获得全长cDNA序列.测序结果表明,在卵巢内表达量高于精巢的GD13基因全长为656bp,编码164氨基酸,经NCBI检索,此基因与文昌鱼、家鼠的核糖体蛋白L24及黄牛的核糖体蛋白L30氨基酸序列同源性分别高达58%、56%和56%,可断定该基因为编码日本对虾核糖体蛋白L24亚基的基因.为进一步认识对虾生长发育和繁殖的调控机制奠定基础.