摘要：用45个已知功能的植物抗病(R)基因序列对粳稻全基因组序列进行搜索, 共找出2119个R基因同源序列或类似物(RGA), 表明RGA在水稻基因组中成簇存在, 呈非随机分布. 采用隐马尔柯夫模型(HMM), 将这些RGA按其功能域分成了21类. 将粳稻的RGA与籼稻的基因组序列进行比较, 共找到702个两亚种间等位的RGA, 并发现其中有671个(占95.6%)RGA的基因组序列(包括编码区和非编码区)在两亚种间存在长度差异(InDel), 表明水稻RGA在两亚种间存在很高的多态性. 通过在InDel两侧设计引物并进行e-PCR验证, 共开发出402个基于PCR的、表现为共显性的候选RGA标记. 这些候选标记在两亚种间的长度差异在1～742 bp之间, 平均为10.26 bp. 有关数据均可从我们的网站(http://***/RGAs/***)上获得.

摘要：一些低丰度的m iRNA和组织特异性m iRNA往往很难发现,利用生物信息学方法,根据已知水稻m iRNA的各种属性,设计m iRNA前体预测程序——P reM iRF ind,从全基因组范围中预测出1 375条m iRNA前体,然后利用已知拟南芥的m iRNA对这1 375条前体进行同源检索,找出166条m iRNA前体,再用水稻已知的m iRNA对这166条序列进行检索,发现其中153条与已知的水稻m icroRNA完全相同,对剩余的13条m iRNA前体预测序列用m Fo ld作进一步结构分析,最后得到10条新的候选m iRNA基因序列。

摘要：中国农业科学院作物科学研究所水稻分子设计技术与应用创新团队和上海交通大学合作,基于111份代表性水稻资源的二代和三代全基因组测序数据,构建了高质量水稻泛基因组,获得了9个水稻代表性群体的高质量参考基因组,其中包括5个无缺水稻基因组。相关数据对深度挖掘基因组变异和优良基因,培育突破性的水稻新品种提供重要依据。相关研究成果在线发表在《基因组研究》。

摘要：中国农业科学院作物科学研究所水稻分子设计技术与应用创新团队和上海交通大学合作,基于111份代表性水稻资源的二代和三代全基因组测序数据,构建了高质量水稻泛基因组,获得了9个水稻代表性群体的高质量参考基因组,其中包括5个无缺水稻基因组。相关数据对深度挖掘基因组变异和优良基因,培育突破性的水稻新品种提供重要依据。相关研究成果在线发表在《基因组研究》。

摘要：由中国主导的国际间科研大协作项目“3000份水稻基因组研究”近日结出硕果,国际顶级学术期刊《自然》正式发表《3010份亚洲栽培稻基因组研究》.该研究针对水稻起源、分类和驯化规律进行了深入探讨,揭示了亚洲栽培稻的起源和群体基因组变异结构,剖析了水稻核心种质资源的基因组遗传多样性.

摘要：一种利用菌落直接PCR扩增DNA并用于测序的实验方法 .通过对引物的设计和菌液浓度控制 ,使PCR反应后的内容物对测序干扰减到最小 .与传统的测序过程比较 ,它省去了抽提模板DNA一步 ,节省了大量时间和实验成本 .另外此方法可对BAC亚克隆库构建时由连接转化过程中导致的假阳性起筛选和鉴定作用 .采用该法成功测定了籼稻 (Oryzasativaindica)广陆矮 4号的L3173号BACDNA全长序列 (约 10 0kb) ,GenBank登录号 :AL5 12 5 42 .

摘要：构建基因组文库是一项非常基础和重要的工作。但利用传统方法构建基因组文库存在操作步骤繁琐、背景高等问题。为了解决这些问题,对传统构建文库的方法进行了改进。由于EarⅠ位点经酶切后突出3个可变碱基,经过设计可使酶切后的两个粘端无法匹配,从而防止载体环化,所以用两个EarⅠ位点作为克隆位点。基因片段是通过用Sau3AⅠ部分酶切基因组总DNA,并在部分酶切片段的3′凹端补一个碱基G获得,因此片段无法串连或环化。实验构建了基于上述改进的ARS探针载体pHBM803/Trp,并分别用改进方法和传统方法构建水稻基因组文库进行比较。实验结果表明,经过上述两点改进可使文库质量大大提高。

摘要：为使得隐马尔可夫模型(HMM)能够处理非相邻可见符号之间的依赖关系,将延时机制引入标准的HMM中。该技术仅仅改变了高阶状态发射概率的计算。所有适用于HMM的算法基本保持不变。该文设计了一个一阶延时隐马尔可夫模型和一个一阶标准隐马尔可夫模型,将两者分别应用于水稻基因剪接供体位点的识别。识别结果显示,延时模型的判别能力在一定程度上优于标准模型。对那些特征很不符合的位点,延时模型给出了相对低得多的得分。

摘要：“3000份水稻基因组”研究是由中国主导的国际间科研大协作项目,近日《自然》杂志发表项目组重大成果.项目组成员、论文第一作者、中国农业科学院作物科学研究所副研究员王文生在接受科技日报记者专访时表示,项目建立了基于水稻基因组信息的数据库和应用平台,将提升规模化优良基因发掘和水稻分子育种效率,开启了“后基因组时代的水稻设计育种”,实现传统“经验育种”向现代“精准育种”的跃升.

摘要：水稻种内极为丰富的遗传变异是遗传改良的基础。2018年,中国农业科学院作物科学研究所牵头安徽农业大学等多家单位完成了"3000份水稻基因组计划",揭示了水稻核心种质的基因组多样性。然而,作为水稻种内遗传多样性最重要的方面—基因编码区(CDS)的功能单倍型在水稻种质资源中的变异特征尚不清晰。