摘要：目的设计针对结核杆菌耐链霉素(SM)rpsL43密码子的发夹型DNA探针,尝试运用荧光分光光度仪直接观测液相中发夹探针与rpsL43密码子扩增产物杂交后荧光信号,从而检出该位点突变。方法运用软件Beacon designer设计针对rpsL43密码子的发夹探针,应用荧光分光光度仪检测rpsL43密码子扩增片段与探针杂交后荧光信号,并比较扩增产物测序结果。结果通过荧光分光光度仪观测到结核杆菌标准株及SM耐药rpsL43密码子扩增产物杂交荧光信号存在显著差异;20株SM耐药组与10株H37RV标准株对照组荧光信号强度比较,SM耐药组rpsL43密码子突变检出率为70%,测序法突变检出率为65%,发夹探针杂交法假阳性株1例(504S)。结论应用荧光分光光度仪直接观测发夹探针液相杂交荧光信号具有简单、灵敏等优特点;rpsL43密码子点突变是重庆地区SM耐药的主要因素之一。

摘要：文章旨在建立一种基因组目标靶序列捕捉文库的方法,并结合第二代测序技术,以实现候选基因区段的深度测序。利用Agilent公司的eArray在线平台,对1250个基因的11824个外显子共2414977bp的基因组序列进行120个碱基长度的捕捉探针(钓饵)设计,并制备成SureSelect液相靶序列捕获试剂。选用2例人基因组DNA,超声打断后末端补平并磷酸化,连接SOLiD接头,回收150bp～200bp的DNA片段,与靶序列探针杂交捕获目标序列,油包水微乳滴PCR扩增后,磁珠分离富集,上SOLiD测序系统通过工作流程分析(WFA)进行文库质量的评价,或正式测序反应。结果显示对所包含的11147个基因外显子片段设计出并合成了46509个捕捉探针,制备成SureSelect试剂盒。探针可有效地捕捉并富集基因组DNA的目标靶片段,定量PCR显示富集效率可达29倍。WFA分析表明文库可以在SOLiD仪器进行正式测序。测序结果显示靶序列区域的测序数占有效总测序数的比例达到70%,覆盖率均在200×以上。结果表明本研究所建立的SureSelect基因组靶序列捕捉、富集建立测序文库的技术路线可行,可直接用于SOLiD测序仪的测序。

摘要：基因组DNA的递减杂交(genomic subtaction)是根据变性的DNA双链,在一定的条件下可以复性(再结合)的特性设计的,是分离缺失或扩增DNA片段的简单而有效的方法.Lamar等率先用来克隆了人Y染色体特异的基因探针.Kunkel等和Nussbaum等分别用该方法克隆了DMD(Duchenne muscular dystrophy)和脉络膜缺损(choroidermia)座位的探针.二者都是利用了X染色体上这两种疾病座位的大片段缺失,但对于一些小范围的缺失,如小于100kb,单纯的递减杂交就难以有效地富集这种缺失的DNA.