摘要：【目的】L-D_(1)基因调控陆地棉叶形。本研究设计特异分子标记精准鉴定L-D_(1)等位基因,为其在陆地棉冠层结构改良中的应用提供支撑。【方法】利用具有鲁棉研28号遗传背景的L-D_(1)等位基因近等基因系,分析不同等位基因组合对叶形的影响。根据4个等位基因的启动子和编码区的多态性设计特异分子标记,并对不同叶形中的等位基因进行检测。【结果】L-D_(1)基因从3叶期开始调控叶片叶裂的形成,4~8叶期叶裂不断加深,从9叶期开始基本稳定;L-D_(1)等位基因不同组合可形成相似叶形,仅从形态上难以准确辨别。克隆获得L-D_(1)位点4个等位基因起始密码子前约4 kb的启动子片段,发现24个SNPs(Single nucleotide polymorphism,单核苷酸多态性)、1个133 bp及1个14 bp的插入缺失。根据等位基因启动子及编码区的SNP和缺失插入开发了1个Indel分子标记InDel_8和2个衍生酶切扩增多态性序列标记dCAPS_192、dCAPS_519,分别为l2、L2o、L2s的特异分子标记。【结论】根据陆地棉中控制叶形的L-D_(1)等位基因间的差异开发了3个特异性分子标记,可用来鉴定不同的L-D1等位基因。

摘要：中间偃麦草(Thinopyrum intermedium,2n=6x=42,JJJSJSStSt或Ee Ee EbEbStSt)是小麦遗传改良的重要近缘植物,高抗锈病、白粉病等病害,耐逆性强。开发中间偃麦草基因组特异分子标记对于加快其优异基因向普通小麦中的转移和利用具有重要意义。为建立快速准确开发中间偃麦草基因组特异分子标记的新体系,首先利用RNA-seq技术对中间偃麦草及其基因组供体二倍体长穗偃麦草、百萨偃麦草、假鹅观草的苗期叶片进行转录组测序,然后根据测序结果设计EST-SSR引物,对普通小麦、中间偃麦草及其基因组供体材料进行DNA扩增分析,从中筛选鉴定中间偃麦草基因组特异标记。结果表明,在所合成的200对ESTSSR引物中,有75对引物(37.5%)在中间偃麦草、二倍体长穗偃麦草、百萨偃麦草和假鹅观草中具有特异扩增,引物多态率较高。说明利用RNA-seq技术开发EST-SSR引物可以高效地用于筛选中间偃麦草基因组特异分子标记,这一技术体系也可应用于其他作物及其近缘物种的特异分子标记开发。

摘要：为了给小麦远缘亲本的研究和利用提供参考,根据已定位于普通小麦1DS和1BL上的EST序列设计96对STS引物,对中国春、簇毛麦、中国春-簇毛麦的1V附加系和易位系进行多态性分析,开发出4个簇毛麦1V染色体臂的STS标记。其中,BE499250-STS和BE591682-STS/RsaⅠ为共显性标记,可以扩增出1条1VS片段,同时还可以扩增出1条1DS片断,能将1DS和1AS、1BS区分开来;BE581358-STS/HaeⅢ和BE585781-STS/RsaⅠ是显性标记,能分别扩增出2条和1条1VL片段,但扩增的小麦染色体片段不能区分1DL和1A、1B。这些标记已成功地应用于小麦-簇毛麦整臂互补易位系T1DL.1V#3S和T1DSo1V.3L的筛选。

摘要：利用PCR从3份携带抗稻瘟病Pi40基因的粳稻材料中扩增、筛选获得特异性片段,通过测序分析比对和引物设计,开发出一个SCAR分子标记3F。该标记在15份抗稻瘟病单基因系和抗性品种中能够特异性的检出Pi40基因系。利用Pi40品系4163与丽江新团黑谷构建F2群体123株,发现3F在其中96个单株中检测到550 bp的目标条带,同时田间稻瘟病抗性鉴定结果表明该96个单株田间表现为R,另外27份未检出目标条带的单株表现S,卡方检测分离比符合3:1。进一步利用3F在183份云南水稻育成品种中检测,结果显示仅在其中9份材料中有目标带型出现,而在其它174份云南水稻品种中没有检测到目标带型,这为有目的地开展品种抗性改良提供直接而高效的筛选标记,结果表明3F是一个具有很高的特异性,在云南稻作系统中有实际应用价值的分子标记。以3份感病粳稻材料与4163杂交,构建稻瘟病抗性改良F2群体,利用3F筛选出来的单株经稻瘟病菌喷雾接种鉴定,表现为R,而未检出目标条带的单株则表现为S。