摘要：本研究旨在建立一种灵敏、快速检测猪δ冠状病毒(porcine deltacoronavirus,PDCoV)的TaqMan荧光定量RT-PCR方法。参照GenBank中PDCoV有关基因序列,设计一对特异性引物用于扩增PDCoV M 基因。将测序正确的基因片段克隆入pMD18-T载体,构建重组质粒作为建立标准曲线的病毒模板。设计合成一对特异性引物与TaqMan探针,进行反应条件和反应体系的优化,建立快速检测PDCoV的TaqMan实时荧光定量RT-PCR方法,并进行该方法的灵敏性、特异性与重复性验证。结果表明,该方法能有效扩增1.0×10^1 ~1.0×10^9 拷贝·μL^-1 的PDCoV标准质粒,建立的标准曲线呈现良好的线性关系。该方法的检测灵敏度为1.0×10^1 拷贝·μL^-1;对猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪伪狂犬病病毒等病原不发生交叉反应,具有很好的特异性;重复性试验结果显示变异系数(CV)小于1%,重复性良好。对2017—2018年期间收集的河南省不同猪场的100份腹泻病料进行检测,PDCoV的阳性检出率为23%(23/100),与PDCoV SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR检测方法的符合率为100%。人工感染PDCoV的仔猪,取攻毒后不同时间的粪便样品,应用本研究建立方法与常规RT-PCR方法对样品进行检测,TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的灵敏度远远优于常规RT-PCR。上述结果表明,本研究所建立的TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法能够灵敏、特异地检测PDCoV,可用于临床PDCoV的检测。

摘要：以大肠杆菌表达系统表达的猪δ冠状病毒(porcine deltacoronavirus,PDCoV)截短抗原S1-CTD蛋白作为包被抗原,建立能够检测血清特异性IgA抗体的间接ELISA方法。以本实验室分离保存的PDCoV流行株CH/XJYN/2016(MN064712)的S基因为模板设计合成特异性引物,通过RT-PCR扩增出S基因抗原表位区S1-CTD(877~1299 bp),构建原核表达载体pET24a-S1-CTD,经IPTG诱导表达重组蛋白S1-CTD,纯化后作为包被抗原建立了检测PDCoV特异性IgA抗体的间接ELISA方法。结果显示,抗原最佳包被质量浓度为8 mg/L,血清和酶标二抗最佳稀释比例为1∶10和1∶5000;S/P≥0.489判定为阳性,S/P<0.489判定为阴性。该方法与猪流行性腹泻病毒、猪嵴病病毒、口蹄疫病毒及猪瘟病毒的标准阳性血清均无交叉反应,特异性良好;批内和批间变异系数均小于10%,具有较好的重复性。间接ELISA检查方法的建立为PDCoV的血清学调查及免疫效果评价提供了有效的检测手段,为进一步开发临床检测试剂盒奠定基础。

摘要：为了快速准确地检测猪δ冠状病毒(porcine deltacoronavirus,PDCoV),本研究根据PDCoV基因序列保守区设计特异性引物和TaqMan-MGB探针,建立了一种特异性检测PDCoV的TaqMan-MGB荧光定量方法。结果显示,该方法特异性良好,对猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪伪狂犬病病毒、猪细小病毒和猪圆环病毒2型等的检测结果均为阴性,无交叉反应;模板浓度在3.15×108～3.15×101copies/?L范围内具有良好的线性关系;敏感性高,最低检测限为10 copies/?L的模板;重复性好,批内和批间重复性试验变异系数分别为0.25%～1.06%和0.58%～1.27%;对临床样品的检测结果显示,本研究建立的荧光定量检测方法对PDCoV的阳性检出率(40%)高于常规PCR方法对PDCoV的阳性检出率(31.7%)。该方法的建立为PDCoV的实验室鉴别诊断及流行病学调查提供了快速、准确的检测手段。

摘要：为了获得具有天然构象且反应原性良好的猪δ冠状病毒((PDCoV))受体结合域(RBD)蛋白,根据PDCoV流行株CC-HN2K-02株S蛋白编码序列,筛选、设计、优化并合成其RBD段DNA序列,将其亚克隆至杆状病毒双表达载体pFastBac^(TM) Dual上,获得pFBD-PDR重组质粒。将该重组质粒转化到DH10Bac^(TM)大肠杆菌感受态细胞中,进行2轮蓝白斑筛选并进行PCR鉴定获得阳性重组杆状质粒Bacmid-PDR;通过脂质体转染SF9细胞进行病毒拯救,出现明显病变后收取上清,并在正常SF9细胞中盲传3代,获得的杆状病毒命名为rBV-PDR。利用间接免疫荧光法(IFA)和Western blot检测rBV-PDR感染昆虫细胞后的蛋白表达情况。结果:重组质粒pFBD-PDR酶切验证正确,重组杆粒Bacmid-PDR构建成功,杆状病毒中能够表达PDR蛋白且能与Sterp-tag抗体发生特异性结合,IFA鉴定出特异性红色荧光,表明本试验成功表达了PDCoV-RBD蛋白,为深入开展PDCoV抗体的制备、新型疫苗、诊断试剂研发奠定了基础。

摘要：猪δ冠状病毒(PDCoV)和猪流行性腹泻病毒(PEDV)可引起新生仔猪腹泻、呕吐,猪萨佩罗病毒(PSV)可引起猪脑脊髓灰质炎、腹泻等多系统综合征,临床上这3种病毒混合感染很普遍,疾病症状相似,依靠临床症状和剖检变化很难对这3种病毒做鉴别检测,需借助实验室诊断方法。为了建立快速鉴别检测这种病毒的方法,本研究参照GenBank中登录的PEDV M基因、PDCoV N基因和PSV 2C基因的保守序列,利用Prime6.0软件设计3对引物,经各反应条件的优化建立了能同时检测PDCoV、PEDV和PSV的多重RT-PCR方法,并进行特异性、敏感度和重复性试验。结果显示,该方法除了对PDCoV、PEDV和PSV有特异性扩增外,对猪伪狂犬病毒、猪圆环病毒、猪博卡病毒、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒等猪常见病毒的扩增结果均为阴性,特异性较强;建立的多重RT-PCR方法对3种重组质粒标准品的最低检测限分别为1.40×10^(2)拷贝/μL(PDCoV)、1.53×10^(2)拷贝/μL(PEDV)、1.57×10^(3)拷贝/μL(PSV);而以3种质粒标准品为模板的各单一PCR对PDCoV、PEDV和PSV的检测限分别为1.40×10^(2)拷贝/μL、1.53×10^(2)拷贝/μL、1.57×10^(2)拷贝/μL,该方法虽然对PSV质粒标准品检测的敏感性较低,但总体而言敏感性较高。以PDCoV、PSV病毒核酸及PEDV阳性病料的cDNA为模板,不同时间重复检测3次,检测结果均一致,表明该方法重复性较好。利用该方法和各单一PCR分别对河南部分地市的92份临床腹泻猪的粪便样品和肠道样品进行检测。多重RT-PCR的检测结果显示,PDCoV、PEDV和PSV阳性检出率分别为39.13%(36/92)、57.61%(53/92)和22.83%(21/92);PDCoV、PEDV和PSV 3种病毒混合感染样品3份,阳性检出率为3.26%;与单一RT-PCR方法的检测结果均一致,且两种方法的符合率均为100%。本研究建立的多重RT-PCR检测方法为PDCoV、PEDV和PSV的快速检测和流行病学调查提供了技术手段。

摘要：为研究猪δ冠状病毒(PDCoV)西安株M基因的遗传特征,以分离并鉴定的PDCoV西安株(CHN-XA18-35株)为材料,根据GenBank中已发表的PDCoV M基因保守序列设计引物,经RT-PCR扩增PDCoV西安株M全基因序列并测序,应用生物信息学方法对M基因进行分析。结果显示,CHN-XA18-35株M基因序列与其他地区PDCoV参考株的核苷酸同源性为98.47%~99.54%,推导的氨基酸序列同源性为97.24%~99.08%;CHN-XA18-35株与其他地区PDCoV参考株相比,M蛋白第189位氨基酸由异亮氨酸(IIe)突变为精氨酸(Arg);CHN-XA18-35株M蛋白的10-27、34-56、66-87位氨基酸属于跨膜区;跨膜区氨基酸多为疏水性氨基酸,且存在α-螺旋;潜在的B细胞抗原表位位于M蛋白的102-107 aa(LSPESR)、149-158 aa(NGISVRNPPQ)、200-209 aa(LHTITTSKAG)。结果表明,CHN-XA18-35株M蛋白第189位氨基酸发生了突变,其B细胞抗原表位与其他PDCoV株相比未发生改变。

摘要：为建立检测血清中猪δ冠状病毒(PDCoV)抗体的间接ELISA方法,本研究根据PDCoV的N基因序列设计特异性引物,扩增出N蛋白全基因序列,将其克隆至低温表达载体p Cold I中并转入BL21,诱导表达获得大小约为41 ku的可溶性目的蛋白;western blot试验表明所表达的蛋白具有反应活性。以纯化的重组N蛋白作为包被抗原,建立了PDCoV间接ELISA抗体检测方法。结果表明,本研究建立的ELISA方法阴阳性临界值为0.316,与猪流行性腹泻病毒等6种猪常见病原阳性血清均无交叉反应,具有良好的特异性。批内和批间重复性试验的变异系数均小于10%,重复性和稳定性均较好。应用建立的间接ELISA方法,对收集自江西各地区282份猪血清进行检测,阳性率为12.8%(36/282),表明PDCoV在我省猪群中普遍存在。本实验建立的PDCoV抗体捕获间接ELISA为临床上猪群PDCoV感染监测和流行病学调查提供了实验依据。

摘要：建立一种快速检测猪δ冠状病毒(PDCoV)的方法。根据GeneBank收录的PDCoV M基因序列,设计两对特异性引物和TaqMan探针,对PDCoV TaqMan荧光定量RT-PCR反应条件进行优化。Ct值与质粒模板之间呈现良好的线性关系,标准方程为y=-3.6421x+34.194,相关系数R 2=0.9992。荧光定量RT-PCR方法仅对PDCoV呈现特异性扩增,无交叉反应。敏感度试验结果显示,最低检出量为1.25×10^(1)copies/μL,灵敏度高。重复性试验结果显示,批内和批间测定均具有良好的重复性。TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法是一种可靠的快速检测PDCoV的方法。

摘要：为灵敏、快速检测猪δ冠状病毒(porcine deltacoronavirus,PDCoV),根据PDCoVM基因保守区域设计引物和探针,建立了一种PDCoV实时荧光RT-PCR检测方法,并评价了该方法的特异性、灵敏性和重复性。结果显示,该方法的拷贝数对数值与Ct值在1.3×10^(3)-1.3×10^(7) copies/μL拷贝数浓度范围内呈现良好的线性关系,R^(2)=0.994;最低检出限为13 copies/μL,且无非特异性扩增;批内和批间重复性试验变异系数(CV)为0.24%~2.15%,均小于3%。利用该方法和普通RT-PCR对42份临床样品同时进行检测,发现本方法比普通RT-PCR灵敏性更高,二者符合率为95.2%。以上结果表明,本试验建立的实时荧光RT-PCR方法灵敏、特异、可靠,可用于PDCoV的临床检测和流行病学调查。

摘要：为建立检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪δ冠状病毒(PDCoV)和猪急性腹泻综合征冠状病毒(SADS-CoV)的多重荧光定量RT-PCR方法,本研究针对PEDV、PDCoV、SADS-CoV的M基因、M基因、N基因序列保守区分别设计特异性引物/探针,经各反应条件优化后,建立了检测PEDV、PDCoV、SADS-CoV的多重荧光定量RT-PCR方法。特异性试验结果显示,该方法仅对PEDV、PDCoV、SADS-CoV检测为阳性,对猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒、猪伪狂犬病毒、猪圆环病毒2型、猪细小病毒、猪瘟病毒和口蹄疫病毒等的核酸检测均为阴性。敏感性试验结果显示,该方法对PEDV、PDCoV、SADS-CoV重组质粒标准品的检测下限均为1.0×10^(1)拷贝/μL,且在10^(1)拷贝/μL~10^(6)拷贝/μL范围内各重组质粒均与各自的Ct值有良好的线性关系。重复性试验结果显示,批内、批间重复性试验的变异系数均在0.33%~2.53%,重复性和稳定性均较好。利用建立的多重荧光定量RT-PCR方法对采自河南各地的100份临床样品进行检测,并与3种病毒的单一RT-PCR检测方法、相应病毒的标准检测方法(由于SADS-CoV无标准检测方法,则采用RT-PCR扩增后测序并经NCBI BLAST比较分析测序结果)进行比较分析,以评估本实验建立检测方法的临床应用效果。多重荧光定量RT-PCR结果显示,PEDV、PDCoV、SADS-CoV的阳性率分别为38%(38/100)、14%(14/100)、5%(5/100),不存在混合感染现象,与PEDV、PDCoV标准检测方法的符合率为100%,且敏感性高于单一RT-PCR方法。本研究首次建立了一种特异、敏感、快速的多重荧光定量RT-PCR方法,可以用于PEDV、PDCoV、SADS-CoV的鉴别检测,为猪腹泻类疫病鉴别诊断及防控奠定基础。