摘要：目的:比较现有的DNA制备方法,建立一种从甲醛固定石蜡包埋组织(formalin-fixed paraf-fin-embedded tissues,FFPET)提取高质量基因组DNA的方法。方法:将传统基因组DNA提取方法与市场供应的DNA亲和层析柱结合在一起,以水浴脱腊法替代二甲苯脱腊法,设计一种改良的基因组DNA快速提取方法,从石蜡包埋宫颈癌组织标本提取基因组DNA,并用琼脂糖凝胶电泳法和聚合酶链式反应法进行鉴定。结果:改良的基因组DNA提取法整合了水浴脱蜡与DNA亲和层析柱的优点,从石蜡包埋宫颈癌组织中获得了高质量的基因组DNA,特别是能以很高的效率回收大于20 kb的基因组DNA大片段。结论:改良的基因组DNA提取方法简单快捷,是一种从石蜡包埋组织中回收高质量基因组DNA的有效途径。

摘要：目的 用基于多重PCR (multiplex PCR,mPCR)扩增子的二代测序(next-generation sequencing,NGS)技术(mPCR-NGS)检测MTB的耐药基因突变,并评估其检测石蜡包埋组织标本诊断耐药结核病的临床应用价值.方法 选取北京市昌平区结核病防治所2013年4月至2015年10月常规进行了利福平、异烟肼、乙胺丁醇、链霉素、卷曲霉素、卡那霉素、阿米卡星和氧氟沙星比例法检测且具有药敏试验结果的50株MTB临床分离株,包括42株耐药MTB和8株敏感MTB菌株.参考耐药基因数据库及相关文献,针对以上8种抗结核药物主要耐药基因及常见位点设计耐药基因组合,建立有效的检测方案.收集首都医科大学附属北京胸科医院病理科2017年11月至2018年9月耐药结核病患者55例的石蜡包埋组织标本,探针熔解曲线法检测结果为利福平、异烟肼、乙胺丁醇和氟喹诺酮类至少存在一种耐药相关基因突变.首先对已知表型药敏试验结果的MTB临床分离株进行mPCR-NGS检测,验证该方法检测纯菌样本的有效性,再进一步检测结核病患者石蜡包埋组织标本进行临床验证.主要评价指标为敏感度和特异度以及一致性.结果 以比例法为金标准,mPCR-NGS检测利福平、异烟肼、链霉素和乙胺丁醇的敏感度分别为95% (38/40)、93%(27/29)、93% (27/29)和72%(13/18),特异度分别为100%(10/10)、95% (20/21)、100%(21/21)和94%(30/32);二线注射类药物卷曲霉素、卡那霉素和阿米卡星敏感度均为100% (2/2,3/3,3/3),特异度分别为98%(47/48)、100%(33/33)和100%(47/47);氧氟沙星的敏感度为70%(7/10),特异度为100%(40/40).总符合率为94%,一致性检验Kappa值为0.87.纳入的55例石蜡包埋组织标本经探针熔解曲线法检测,28例利福平耐药,37例异烟肼耐药,13例乙胺丁醇耐药,17例氟喹诺酮类耐药.mPCR-NGS与探针熔解曲线法比较,利福平、异烟肼、乙胺丁醇和氟喹诺酮类的敏感度分别为100%(28/28)、95%(35/37)、100%(13/13)和100%(17/17);特异度均为100%(27/27,18/18,42/42,38/38).两种方法总符合率为99%,一致性检验Kappa值为0.98.结论 mPCR-NGS检测MTB临床分离株及结核病患者石蜡包埋组织标本耐药基因突变的敏感度、特异度和符合率较高,有望成为耐药结核病准确、快速的分子病理诊断新技术.

摘要：背景与目的:在国内,几乎所有的医院和科研机构均应用普通甲醛固定手术标本,但因为普通甲醛固定石蜡包埋组织中的DNA降解相对严重,从这些蜡块中提取高质量的DNA非常困难。本研究的目的是寻找从普通甲醛固定石蜡包埋组织中提取DNA的理想方法。方法:取我院2000年甲醛固定石蜡包埋的手术切除食管癌标本15例,分别以蛋白酶K消化和不同pH值下加热两种裂解方法裂解细胞,以酚氯仿抽提法提取其DNA;并在蛋白酶K消化法进行DNA提取的过程中,应用交叉设计对二戊烯或二甲苯脱蜡、37℃或56℃消化48h或72h、氯化钠盐析或酚氯仿抽提4种参数进行研究,所得DNA质量以电泳分析和PCR扩增结果判断。结果:蛋白酶K消化酚氯仿抽提法所得DNA产量(平均值为17.88μg)和质量均高于pH值为7～12条件下的加热提取法(P<0.05)。56℃消化所得的DNA质量明显优于37℃,而消化72h的DNA亦明显优于48h者。不同脱蜡方法和抽提方法对DNA的产量和质量影响不大,结论:以蛋白酶K消化氯化钠盐析法,从普通甲醛固定石蜡包埋组织中提取DNA质量较可靠。并且,应用蛋白酶K于56℃消化3天更能获得高质量和高产量的DNA。

摘要：Xp11．2易位性肾细胞癌（RCC）和腺泡状软组织肉瘤（ASPS）的共同特征为涉及染色体Xp11．2位点的多种易位，导致包括TFE3转录因子基因的多种融合基因的形成。检测涉及X染色体上TFE3基因易位对RCC和ASPS的诊断具有重要的价值。我们设计了一种可以识别石蜡包埋组织中染色体断裂点的双色分离探讨荧光原位杂交（FISH）方法，

摘要：目的探讨以甲醛固定石蜡包埋组织为材料、实时荧光定量PCR技术检测子宫内膜癌变组织中microR-NA-29b表达的可行性及其临床意义。方法选取甲醛固定石蜡包埋组织96份,其中正常子宫内膜16份,不典型增生内膜20份、子宫内膜癌60份。设计microRNA-29b和U6的茎环结构反转录引物和PCR扩增引物,以U6为内参,利用SYBR green实时荧光定量PCR技术检测子宫内膜癌变组织中microRNA-29b的含量,分析microRNA-29b在癌变组织中的表达及其与临床病理特征的关系。结果 microRNA-29b在甲醛固定石蜡包埋组织中有表达;mi-croRNA-29b在子宫内膜癌组织中的表达低于正常内膜及不典型增生内膜(P均<0.05);microRNA-29b表达与病理分期及有无淋巴结转移有关(P均<0.05)。结论可以利用甲醛固定石蜡包埋组织进行microRNA-29b的相关研究;microRNA-29b在子宫内膜癌变组织中表达的差异可能与子宫内膜癌的发生、发展有关,对子宫内膜癌的早期诊断、预后评估可能有一定的指导意义。

摘要：目的探索一种从福尔马林固定石蜡包埋组织(formalin-fixed para-ffin-embedded tissues,FFPET)中提取基因组DNA的简便、快速、重复性好方法。方法将传统二甲苯脱腊法与DNA提取试剂盒结合,设计一种改良的基因组DNA提取方法,从石蜡包埋结直肠癌标本中提取基因组DNA,并用琼脂糖凝胶电泳法和聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)进行鉴定。结果二甲苯脱腊法联合DNA提取试剂盒可获取目标组DNA,经PCR扩增后,可得到清晰126bp目标产物。结论二甲苯脱腊法联合DNA提取试剂盒可获取目标组DNA,具有简便、快速、重复性好的优点,是一种从石蜡包埋结直肠癌组织中提取基因组DNA的有效途径。

摘要：目的用基于多重PCR(mutiplex PCR,mPCR)扩增子的二代测序(next-generation sequencing,NGS)技术(mPCR-NGS)检测MTB的耐药基因突变,并评估其检测石端包埋组织标本诊断耐药结核病的临床应用价值。方法选取北京市昌平区结核病防治所2013年4月至2015年10月常规进行了利福平、异烟阱、乙胺丁醇、链霉素、卷曲霉素、卡那霉素、阿米卡星和氧氟沙星比例法检测且具有药敏试验结果的50栋MTB临床分离株,包括42株耐药MTB和8株敏感MTB菌株。参考耐药基因数据库及相关文献,针对以上8种抗结核药物主要耐药基因及常见位点设计耐药基因组合,建立有效的检测方案。收集首都医科大学附属北京胸科医院病理科2017年11月至2018年9月耐药结核病患者55例的石蜡包埋组织标本,探针熔解曲线法检测结果为利福平、异烟腓、乙胺丁醇和氟喹诺酮类至少存在一种耐药相关基因突变。首先对已知表型药敏试验结果的MTB临床分离株进行mPCR-NGS检测,验证该方法检测纯菌样本的有效性,再进一步检测结核病患者石蜡包埋组织标本进行临床验证。主要评价指标为敏感度和特异度以及一致性。结果以比例法为金标准,mPCR-NGS检测利福平、异烟阱、链霉素和乙胺丁酶的敏感度分别为95%(3840)、93%(2729)、93%(217129)和72%(13/18),特异度分别为100%(10/10)、95%(20/21)、100%(21/21)和94%(30/32);二线注射类药物卷曲霉素、卡那霉素和阿米卡星敏感度均为100%(22,3/3,3/3),特异度分别为9%(47148)、100%(3/33)和100%(4747),氧氟沙星的敏感度为70%(710),特异度为100%(40/40)。总符合率为94%,一致性检验Kappa值为0.87。纳人的55例石蜡包埋组织标本经探针熔解曲线法检测,28例利福平耐药,37例异烟腆耐药,13例乙胺丁醇耐药,17例氟喹诺酮类耐药。mPCR-NGS与探针熔解曲线法比较,利福平、异烟阱、乙胺丁醇和氟喹诺郦类的敏感度分别为100%(28/28)95%(35/37)、:100%(13/13)和100%(17/17);特异度均为100%(27/27,18/18,42/42,38/8)。两种方法总符合率为99%,一致性检验Kappa值为0.98。结论mPCR-NGS检测MTB临床分离株及结核病患者石蜡包埋组织标本耐药基因突变的敏感度、特异度和符合率较高,有望成为耐药结核病准确、快速的分子病理诊断新技术。

摘要：背景与目的:通过聚合酶链反应(polymerasechainreaction,PCR)扩增免疫球蛋白重链(immunoglobulinheavychain,IgH)基因对其克隆性的检测,可以辅助诊断淋巴瘤。缺点是假阴性率较高,在石蜡包埋组织中尤为明显。本研究拟采用手工显微切割、免疫球蛋白重链和轻链(immunoglobulinlightchain,IgL)联合测定等方式,探讨该方法在石蜡包埋组织中非霍奇金淋巴瘤(non-Hodgkin\slymphoma,NHL)诊断中的价值。方法:选用1对IgH引物、1对T细胞受体γ(Tcellreceptorγ,TCRγ)、TCRγ引物、2对新设计的轻链引物,通过PCR、琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)及银染技术,检测经形态学及免疫组织化学确诊的58例石蜡包埋组织标本,包括39例B细胞淋巴瘤、16例T细胞淋巴瘤和3例淋巴结反应性增生组织。以DG75和Jurkat淋巴瘤细胞系DNA作为对照。结果:IgH引物P1在39例B细胞淋巴瘤检出阳性率79.5%(31/39),假阳性率6.25%(1/16),IgL引物在B细胞淋巴瘤检出阳性率71.8%(28/39),假阳性率12.5%(2/16),经统计学分析二者检出率无显著性差异(P>0.05)。二者联合检测,B细胞淋巴瘤阳性检出率可以达到92.3%,假阳性率并无明显提高(12.5%)。以上重排引物在反应性增生淋巴结组织中均未检出。结论:IgH与IgL引物联合检测可明显提高石蜡包埋组织中B细胞淋巴瘤的检出率,并为B-NHL的诊断及鉴别诊断提供了有效的辅助手段。

摘要：Bst DNA聚合酶大片段作为一种常用的DNA聚合酶,因其独特的特点:能引发链置换反应、高保真、耐高温等,而成为一种重要的DNA多重置换扩增酶。目的:为减少成本,设计一种高产,方便且扩增活性高的Bst DNA聚合酶大片段表达体系;探究该酶应用于胃癌石蜡包埋组织基因组DNA的扩增条件。方法:采用p TWIN1质粒作为载体克隆表达Bst DNA聚合酶大片段,应用几丁质亲和层析柱纯化该酶,使用该酶对人类基因组DNA进行不同温度下扩增,探究其最适反应温度,并据此对胃癌石蜡包埋组织基因组DNA进行扩增。结果:由此得到的Bst DNA聚合酶大片段能运用于胃癌石蜡包埋组织基因组DNA的扩增,扩增效率可达200倍,并能应用于a CGH芯片。结论:扩增得到保真性高,覆盖基因组范围大的DNA扩增产物。该应用与a CGH结合,使得对少量的癌症石蜡包埋组织DNA样本进行全基因组扩增,并进行其基因拷贝数变异研究成为可能。

摘要：为了直观、高效、特异性地检测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)感染细胞和组织中PRRSV RNA,本研究根据HP-PRRSV Hu N4株ORF7基因序列设计8对28 bp^36 bp双"Z"结构的寡核苷酸探针(PRRSV-Nprobes),建立了一种新的PRRSV RNA原位杂交检测的方法。该方法能特异性的检测PRRSV感染猪肺泡巨噬细胞(PAMs)中PRRSV RNA,而对猪圆环病毒2型(PCV2)、猪瘟病毒(CSFV)、猪伪狂犬病毒(PRV)感染PAMs中的核酸呈现阴性。应用该方法检测PRRSV感染仔猪肺脏、腹股沟淋巴结和胸腺石蜡包埋组织切片中PRRSV RNA,在感染的腹股沟淋巴结中PRRSV RNA呈现集中分布,而PRRSV RNA在肺脏和胸腺中呈弥漫性分布。该方法可用于细胞和组织中核酸的定位及分布规律的研究,特别是用于病毒含量较少的潜伏感染的检测,为PRRSV实验室检测和致病机理研究奠定了良好的试验基础和技术支持。