摘要：背景:反转录聚合酶链反应用于基因表达分析越来越显示出其重要性,其中合适的内参基因选择很重要,目前并没有适合于所有体系可作为内参的管家基因。大鼠是常用动物模型,选择合适的大鼠管家基因作为内参尤其必要。目的:比较分析使用最广泛的4个标准管家基因3-磷酸甘油醛脱氢酶、β-肌动蛋白、酸性核糖体磷蛋白P0及18S核糖体RNA在老年大鼠肝、肾、心、肺组织和大脑皮质中的表达情况。设计、时间及地点:观察对比实验,于2007-07/08在泰山医学院生命科学研究所分子生物学实验室及泰安市疾控中心病毒检测中心实验室完成。材料:选用老年SD大鼠3只,用于检测管家基因表达情况。方法:采用反转录实时荧光聚合酶链反应技术检测老年大鼠肝、肾、心、肺组织和大脑皮质中有着不同表达丰度和功能的4个管家基因3-磷酸甘油醛脱氢酶、β-肌动蛋白、酸性核糖体磷蛋白P0及18S核糖体RNA的表达情况。主要观察指标:老年大鼠不同组织内4个管家基因的表达水平及不同组织间的表达差异。结果:①酸性核糖体磷蛋白P0在老年大鼠不同组织间表达差异最小。②老年大鼠肾组织中表达最稳定的管家基因是β-肌动蛋白;心脏组织和肺组织中表达最稳定的管家基因是3-磷酸甘油醛脱氢酶。结论:老年大鼠组织间信使RNA分析仅用1个内参基因是不合适的,至少应该使用两个参照基因,1个选用18S核糖体RNA;另一个基因的选择标准如下:适用于分析不同组织间基因表达情况的内参基因是酸性核糖体磷蛋白P0,而心脏和肺组织研究适用3-磷酸甘油醛脱氢酶,肾组织研究适用β-肌动蛋白。

摘要：目的探索一种为棒状乳杆菌管家基因设计PCR引物的方法,并验证所设计引物的PCR扩增效率和特异性。方法先用在线引物设计工具Primer-BLAST为棒状乳杆4个菌管家基因设计PCR引物。然后用软件oligo 6.44评价引物的各项参数,综合考虑PCR引物设计的各项原则,人工筛选出最佳引物,最后通过PCR扩增验证引物的效率和特异性。结果每个管家基因用Primer-BLAST程序设计得到10对引物,最后各选出1对引物。经PCR扩增验证,这些引物不仅效率高,而且特异性好。结论本研究所用的引物设计方法简单实用,用于设计棒状乳杆菌管家基因PCR引物效果理想。

摘要：采用实时荧光PCR方法鉴别含麸质的谷类成分,选择大麦Hordein管家基因、小麦Gliadin管家基因、黑麦Sec1管家基因和燕麦Avenin管家基因作为物种鉴定的特异性标记基因,设计适合于Taqman探针实时荧光PCR扩增的引物和探针,从而达到鉴别检测食品中含麸质的谷类大麦、小麦、黑麦、燕麦成分的目的.特异性实验结果表明,分别采用大麦、小麦、黑麦、燕麦的引物和探针进行实时PCR扩增时,经检测25种样品,只有相对应的阳性物种样品产生荧光信号,其余非该物种样品均不产生荧光信号,表现出了很高的物种鉴定特异性.以大麦为例的灵敏性实验结果表明,原料样品检测灵敏性可达到0.01%,加工后的食品则可达到0.05%,符合食品成分痕量检测要求.

摘要：肌动蛋白(Actin)基因是研究植物功能基因表达模式中最常用,也是最重要的内参基因。本研究以泌盐型强旱生植物红砂(Reaumuria soongorica)地上部总RNA为模板,根据其他植物Actin基因的保守序列设计一对简并引物,采用RT-PCR方法克隆其Actin基因片段。序列分析结果表明,该基因片段长度为598bp,编码198个氨基酸,与GenBank中登陆的其他植物Actin基因核苷酸序列和氨基酸序列的一致性分别在82%和90%以上,说明其为Actin基因片段,命名为RsACT。进化分析显示,RsACT与陆地棉(Gossypium hirsutum)和白杨(Populus trichocarpa)肌动蛋白的亲缘关系最近。

摘要：目的建立纹带棒状杆菌的多位点序列分型(MLST)方法,探讨临床分离纹带棒状杆菌的种群结构和遗传进化关系。方法筛选出7个管家基因(gyrA、gyrB、hsp65、sodA、secA1、rpoB、16S rRNA),设计引物并进行PCR扩增和测序,测序所得序列通过SeqMan软件进行拼接。采用DnaSP 5.10.01软件、Splits tree 4.14.2软件对管家基因的多样性及基因重组特征进行评价;采用MEGA 7.0.14软件基于序列型别(ST)采用M-L法构建系统发育树,采用BioNumerics软件基于ST特征值构建最小生成树,并用eBURST软件分析ST间遗传进化关系。结果所选的7个位点在所有试验菌株中均获得了预期的扩增产物;Splits tree表明所有纹带棒状杆菌的聚类一致,提示基因重组是推动纹带棒状杆菌进化的潜在动力;MLST将344株纹带棒状杆菌分成72个STs,85.7%的菌株形成克隆复合体(CC)结构,CC19形成了优势克隆复合体,但包含菌株数最多的ST为该克隆复合体中的ST16。ST具有一定的地域聚集性且与分离年份具有一定的相关性。结论我国纹带棒状杆菌呈现高度的遗传多样性,CC19为优势克隆复合体。本研究建立的MLST分型方案可用于纹带棒状杆菌的分型,但尚需优化改进。

摘要：对植物原料产品和植物源性食品中芥末成分的快速鉴定是避免过敏性疾病发生的重要措施。依据芥末Sin A1管家基因的核酸序列设计特异性引物和探针,对3种芥末样品和21种非芥末植物样品进行实时荧光PCR检测,结果显示,过敏原芥末管家基因的样品FAM通道有荧光信号检出,非芥末样品FAM通道均无荧光信号检出。灵敏度实验表明,植物原料产品中对芥末的检测低限可达到1mg/kg。此外对市售的芥菜籽等样品和深加工的芥末致敏原参考物质(葡萄糖)进行实际样品的检测,均能很好检出致敏原芥末成分。

摘要：【目的】确定鸡杆菌河南分离株的具体种属和进化地位。【方法】以9株鸡杆菌河南分离株为研究对象,根据GenBank上登录的相关序列,针对鸡杆菌3个管家基因rpoB、infB和atpD设计引物,并进行PCR扩增、克隆和序列测定分析;将9株鸡杆菌的3个管家基因部分核苷酸序列,与已知的鸡杆菌属和巴氏杆菌科其他属相关参考株的相应基因序列进行比较分析并构建进化树。【结果】扩增出rpoBi、nfB和atpD3个管家基因部分序列,长度分别为566,531和1 441 bp,将测序结果登陆到GenBank。鸡杆菌分离株间的同源性分别为98.3%~100%（rpoB）、90.5%~100%（infB）和98.3%~100%（atpD）;分离株与国外鸭源鸡杆菌分离株间的同源性分别为97.1%~98.5%（rpoB）8、5.2%~93.2%（infB）和98.3%~98.8%（atpD）;分离株与国外鸡杆菌属其他种的同源性分别为84.3%~86.8%（rpoB）,83.1%~86.7%（infB）;鸡杆菌分离株与巴氏杆菌科其他代表属的同源性分别为77.4%~79.3%（rpoB）、78.2%~79.7%（infB）和83.5%~84.1%（atpD）。遗传进化分析显示,9株鸡杆菌河南分离株与鸭源鸡杆菌处于同一大分支之中。【结论】9株鸡杆菌河南分离株均为鸭源鸡杆菌。

摘要：目的筛选浅低温体外循环(cardiopulmonary bypass,CPB)手术前后基因表达变化研究的内参基因。方法通过阅读文献选择基因表达研究中常用的11个管家基因(housekeeping genes,HKGs),采用Beacon Designer软件设计PCR引物;收集4例浅低温CPB辅助手术患者CPB前、体温最低点、CPB末以及术后1d、3d、7d的静脉血24份,提取总RNA,采用SYBR Green I实时荧光定量RT-PCR法检测各样品中11个HKGs的循环阈值;对所得循环阈值进行转换,采用geNorm程序对候选基因的表达稳定性和所需内参基因数量进行分析。结果11个HKGs稳定性排序为:UBC<RPLP0<PGK1<18S-rRNA<PPIA<GAPDH<ACTB<TBP<B2M<EEF1A1/HPRT1;该研究需要的最佳内参基因数量为3个,即EEF1A1、HPRT1和B2M。结论确定了浅低温CPB手术前后11个HKGs中表达稳定性高的EEF1A1、HPRT1和B2M等3个基因为该条件下基因表达研究的内参基因。

摘要：本文通过16S rRNA基因和多位点序列分型(MLST)技术,对凝结芽孢杆菌不同菌株进行亲缘关系分析。试验选取国内具有代表性的15株凝结芽孢杆菌菌株,菌株纯化后提取基因组DNA,采用传统的16S rRNA基因分子鉴定和MLST技术相结合进行分析。其中MLST采用5个管家基因:adk、recF、sucC、rpoB和spoOA,结合参考凝结芽孢杆菌菌株DSM1的已知管家基因序列,用CE Design V1.04软件设计引物进行PCR扩增,测序结果剪接、串联后,做系统进化树分析。结果显示:16S rRNA基因显示所有菌株的基因序列相似性在99%以上,无法区分菌株间的差异性。而MLST结果显示,国内大部分凝结芽孢杆菌菌株G1-G9、E21和Y1、Y2为第一类别(Bootstrap值≥99),Y3、Y4、Y5三个菌株为第二类别(Bootstrap值≥99),参考菌株DSM1和国内凝结芽孢杆菌菌株差异较大为第三类别。

摘要：目的研究褪色沙雷菌的耐药率与分子流行病学规律,建立多位点序列分析方法,明确其进化特征,为临床针对性使用抗菌药物和防控此致病菌感染提供依据。方法对2013年9月-2014年12月分离的40株褪色沙雷菌进行体外药物敏感性试验与多位点序列分析（MLSA）,并用Splits tree与CLUSTALW软件进行生物信息学分析,揭示其流行趋势。结果体外药敏试验结果表明,40株褪色沙雷菌对13种抗菌药物的耐药率在10.0%~52.5%,对亚胺培南耐药率为32.5%;MLSA设计4个管家基因,GC含量约为60.0%;各等位基因数分布于14~16,各多态性位点数分布于33~74,gyrB的多态性位点数最多（74个）;Splits tree软件分裂分解分析结果显示,大部分褪色沙雷菌聚在一起,形成一个克隆复合体;CLUSTALW软件聚类分析结果显示,40株褪色沙雷菌形成19个ST型,其中ST8型12株,且ST8型是耐碳青霉烯类抗菌药物褪色沙雷菌的流行与暴发型,ST8、ST9、ST10与ST11形成一个克隆复合体CC8。结论褪色沙雷菌对碳青霉烯类抗菌药物耐药率较高,且多为泛耐药菌株;褪色沙雷菌的分子流行病学趋势相对较慢,在基因组上高度保守,目前需要重点监测以ST8型为代表褪色沙雷菌CC8克隆复合体的流行,以防其在医院的大规模流行与暴发。