摘要：拓扑异构酶Ⅰ(TopoisomeraseⅠ,TopoⅠ)抑制剂已成为新型抗肿瘤药物研究的热点.识别靶酶上全新的药物结合位点对于设计、优化TopoⅠ抑制剂具有重要意义,据此设计的化合物不仅可以创新结构类型,克服现有的喜树碱类药物的毒性,而且有望很好地解决与现有的喜树碱类药物的交叉耐药性问题.通过对真核DNA拓扑异构酶Ⅰ蛋白超家族多元序列联配研究,构建了蛋白质系统进化树,并在此基础上采用进化踪迹分析识别得到了人拓扑异构酶Ⅰ上重要功能残基.研究发现,喜树碱分子7,9位周围存在亚家族特异性的疏水性残基Ala351,Met428,Pro431,表明在喜树碱分子对应区域引入疏水性基团取代,会提高抗肿瘤活性.尤其值得注意的是,超家族保守的蛋白残基Lys436,有望成为新型喜树碱类药物改造的重要靶点,据此设计的新型化合物将有望解决喜树碱类药物水溶性差的问题.此外,突变将导致喜树碱耐药性的蛋白残基Asn352,Arg364为真核TopoⅠ蛋白超家族保守残基,由于对接研究已表明它们均不与喜树碱直接相互作用,因此它们将是发现新型非喜树碱类TopoⅠ抑制剂的重要药物结合位点.

摘要：NDF1、IPF1和HNF4是与胰岛素基因表达有关的DNA结合蛋白,通过比较SWISSPROT蛋白质数据库中人类、小鼠、大鼠这三种核蛋白氨基酸一级序列、模体和结构域,发现其结构十分相似,根据蛋白质结构和功能的关系,推测这些DNA结合蛋白与胰岛素基因结合的核苷酸序列相似;从GenBank核酸数据库中获得人类、小鼠、大鼠胰岛素DNA序列,用ClustalW比较三者Promoter区的核苷酸序列,显示有一段核苷酸序列较为相似,同时搜索TRANSFAC基因转录数据库中NDF1、IPF1和HNF4蛋白核苷酸结合位点,发现核酸比对保守的部分序列与TRANSFAC数据库中这三个转录因子的DNA结合位点一致,另外一些核酸保守序列可能为其他未知DNA结合蛋白的结合位点。这种核酸序列比对设计为分子生物学实验寻找和验证胰岛素DNA结合蛋白与核苷酸的结合位点提供了简单而实用的方法。

摘要：采用ELISA技术,建立人甘露聚糖结合凝集素(MBL)与MBL相关丝氨酸蛋白酶(MASP)结合的检测体系。设计合成一系列MBL胶原样区(CLR)的相应短肽进行抑制实验,发现MASP结合于MBL分子CLR中一个含16个氨基酸残基的区域,即成熟MBL肽链的第45～60位氨基酸残基,该区域位于Gly-X-Y三联体重复序列中Gly-Gln断裂的C端。还发现分别含1个突变残基的3种突变型(32Cys、34Asp和37Glu)MBL蛋白与MASP的结合具有类似野生型MBL蛋白的特征,但其结合能力明显降低,表明这3个突变残基位于MBL的MASP结合位点之外。

摘要：蝎毒素多肽是一种通道门控调节剂,早先研究发现其通过与离子通道的电压感受域结合影响通道的门控特性。新近研究表明,门控调解剂毒素与离子通道孔区也具有额外结合位点。因此,本文就蝎毒素多肽与钠通道特异性结合位点相关研究展开综述,以梳理门控调节剂毒素的结构与调节功能,为蝎毒素多肽与钠通道结合位点结构与功能的解析提供依据,也为靶向钠通道药物的设计与开发提供参考。

摘要：1RT1蛋白是一个HIV-1逆转录酶核心蛋白,是抑制剂药物分子的作用靶点.非核苷类抑制剂MKC分子是1RT1蛋白中的配体分子.采用量子力学密度泛函理论,B3LYP计算方法,结合6-31G(d,p)基组,逐个计算MKC分子与其周围半径0.7 nm结构范围内的34个氨基酸残基相互作用和结合能,发现在1RT1蛋白中103Lys残基是MKC分子的结合作用位点,结合能值为-46.73 ***-1.该结合位点的发现将为进一步设计和寻找抗HIV-1逆转录酶抑制剂药物分子提供一些理论基础.

摘要：对分子对接理论作了简单介绍 ,建立了一个基于柔性配体分子与刚性受体分子对接的数学规划模型 ,将分子对接中的构象优化搜索转化为求解约束极小化问题的过程 ,并采用带有空间收缩的多种群并行遗传算法进行求解 在分布式存储的并行机曙光 30 0 0上模拟计算表明 ,该设计具有很高的并行加速比 ,在保证分子对接的准确性和有效性的前提下 。

摘要：目的探讨建立一种高通量的筛选DNA加合物结合位点的方法。方法以烷化剂氮芥处理人肝瘤HepG2细胞形成DNA加合物模型,利用基因表达系列分析技术(serrialanalysisofgeneexpression,SAGE)对连接介导聚合酶链式反应(ligationmediatedPCR,LMPCP)进行改良,以改良后的方法进行检测。结果PCR扩增产物大小约为75bp,与理论设计相符合。结论该方法的设计合理、可行。

摘要：采用同源克隆的方法,根据相近物种转铁蛋白(Transferrin, TF)基因的序列设计简并引物,在经感染真鲷的cDNA上进行PCR扩增,获得了真鲷TF的全基因编码序列(GeneBank Accession ***335444).该序列由2444bp核苷酸组成,含31 bp 5′非编码区和340 bp 3′非编码区以及2073 bp的开放阅读框,可编码691个氨基酸,预测分子量约为74.3kD,等电点为5.63.同源性分析表明,真鲷TF与鱼类TF的相似性很高,约为65%～75%;与哺乳类转铁蛋白和乳铁蛋白的相似性约40%～50%;与脊索动物海鞘和无脊椎动物昆虫也有一定的相似性.进化分析表明,该基因是转铁蛋白而不是乳铁蛋白.真鲷TF与其它动物TF结构相似,是由两叶相似的结构域构成的单一肽链;该基因有一信号肽序列,缺乏糖基化位点,在它的两个结构域上,分别有三个TF家族的标签序列及一个MHC分子标签序列;与哺乳类相比,参与蛋白二硫键形成的半胱氨酸以及铁离子结合位点高度保守.RT-PCR结果显示,真鲷TF在肝脏成组成型表达,但在其它组织中的表达可受病原调控,表现为经病原刺激后转铁蛋白基因的组织分布显著增多.

摘要：氢键具有方向性、较强的结合力、动态可逆性以及可预测的识别性能等优点,在超分子聚合物的构筑与性能改善方面有着广泛的应用。本文根据氢键结合位点的数目,系统地综述了主链型、侧链型和结合型氢键超分子聚合物的研究进展;重点阐述了各类氢键结合单元的设计及其在改善聚合物性能中的作用;同时介绍了氢键结合单元在纳米材料、凝胶、液晶等众多领域的应用。在此基础上,展望了未来氢键型超分子聚合物的研究方向,主要包括设计合成能够在生理条件下稳定的多重氢键结合单元以及深化组装机理的研究。

摘要：目的：构建μ阿片受体（μＯＲ）的三维结构模型并研究它与芬太尼衍生物的相互作用．方法：以细菌视紫红质为模板，模拟μＯＲ的三维结构；然后，将芬太尼衍生物对接到μＯＲ的七个α螺旋束之内，并计算结合能．结果：（１）得到受体－配基作用模型．（２）模型中，基本结合位点可能是Ａｓｐ１４７和Ｈｉｓ２９７．Ａｓｐ１４７与配基的正电性铵基形成强的静电和氢键相互作用，这种作用在Ｈｉｓ２９７和配基的羰基Ｏ原子之间较弱．受体、配基间还存在某些π－π相互作用．（３）受体配基结合能与芬太尼衍生物的镇痛活性间有良好的相关性．结论：模型有助于理解受体配基的相互作用和设计新的阿片μ选择性配基．