摘要：由类病毒引起的苹果病害在中国苹果主产区普遍发生,严重制约苹果产业的健康发展。对采自不同地区的带有典型症状的弘前富士、南方脆及惠民短枝富士果实,进行苹果锈果类病毒(ASSVd)和凹果类病毒(ADFVd)检测,发现两种病毒能够共侵染。根据ASSVd和ADFVd保守序列设计通用引物,建立了能快速、同时检测两种类病毒的RT-PCR方法。

摘要：【目的】检测从山东青岛采集的有“花脸”症状的火焰海棠(Malus‘Flame’)果实是否带有苹果锈果类病毒(Apple scar skin viroid,ASSVd)。【方法】提取带有“花脸”症状的火焰海棠果皮总RNA,设计ASSVd特异性引物,利用RTPCR方法进行检测。设计基因特异性引物扩增ASSVd基因组全长,并进行克隆、测序,利用CLC RNAWorkbench4预测其二级结构。用DANMAN软件比对来自中国不同地区、不同寄主的苹果锈果类病毒分离物基因序列。用MEGA-7软件分析山东火焰海棠ASSVd分离物与来自不同国家、不同寄主ASSVd分离物的遗传关系。【结果】从山东青岛采集的表现“花脸”症状的火焰海棠果皮中检测到ASSVd,推测火焰海棠果皮的“花脸”症状可能由ASSVd引起。利用基因特异性引物克隆4条ASSVd基因组全长序列,其长度为333~334 bp,在GenBank的登录号依次为MK102981-MK102984。ASSVd序列比对结果显示,来源于不同寄主的分离物存在差异。系统进化树显示ASSVd不存在明显的地区专化性,进一步对ASSVd二级结构分析发现不同寄主的ASSVd致病区(P)存在明显的差异。【结论】从山东青岛采集的带有“花脸”症状的火焰海棠果实带有ASSVd。本研究从火焰海棠检测到ASSVd,明确其为自然寄主之一,且火焰海棠果实的“花脸”症状形成可能与ASSVd侵染有关。

摘要：利用自行设计的方法分离提取总RNA,通过一对特异引物,扩增出苹果锈果类病毒的全长片段,该片段通过回收、克隆和测序,结果发现该片段全长330bp,与已发表的NC_001340同源性为99.7%,仅在第126有一个碱基差异。由此证明该片段是苹果锈果类病毒的全长序列,进一步证明该反应体系能很好地用于苹果锈果类病毒的RT-PCR检测,为快速鉴定类病毒奠定了良好基础。

摘要：本研究根据苹果锈果类病毒(ASSVd)基因组全序列设计LAMP特异性引物,并通过优化引物最终建立了ASSVd的RT-LAMP检测方法。该方法可有效区分同属的澳洲葡萄类病毒(AGVd)、葡萄黄点类病毒(GYSVd)、柑桔类病毒III(CiVd III),具有灵敏度高、特异性强及检测时间短的特点,可用于现场ASSVd的快速检测。

摘要：根据锤头型核酶的作用模式 ,设计、合成和克隆了特异切割苹果锈果类病毒ASSVd正链 (194- 196位点 )或负链 (89- 91位点 )RNA的 2个短臂锤头型核酶基因 :42nt的RzASSVd(+)和 40nt的RzASSVd(- )。经转录获得核酶转录物和3 2 P标记的ASSVd正、负链转录物。将核酶与ASSVd混合 ,5 0℃或 37℃保温 3～ 4h ,进行 8%PAGE(含8mol L尿素 )和放射自显影分析。体外切割检测表明 :2个核酶均具有特异切割活性 ,其中RzASSVd(- )对ASSVd负链的切割活性较高 ,对ASSVd正链不起作用。RzASSVd(+)对ASSVd正链的切割活性较弱 ,对ASSVd负链亦不起作用。在此基础上 ,构建得到双价核酶基因pGEMRzASSVd(± )。

摘要：利用自行设计的方法分离提取总RNA,通过一对特异引物,分别扩增出不同梨树品种上苹果锈果类病毒的特异片段,通过对库尔勒香梨品种上获得的特异片段回收、克隆和测序。结果表明,该片段长250bp,与已发表的AF421195同源性为99%,在此基础上利用克隆的ASSVd质粒,通过RT-PCR合成了生物素标记的cDNA探针,利用该探针对梨样品进行了斑点杂交检测,取得了很好的检测效果。进一步证明该反应体系能很好地用于梨树苹果锈果类病毒的RT-PCR检测。

摘要：为简化苹果锈果类病毒(apple skin scar viroid,ASSVd)的常规RT-PCR检测步骤,找到更为快速准确的检测方法,以感染ASSVd的田间苹果枝条为试验材料,根据基因库中ASSVd的基因序列设计合成特异性引物,选用国产试剂盒,对RT-PCR体系进行优化。结果表明,总RNA和反转录产物的用量分别为37.4～74.8ng、1.0～3.0μL,退火温度为63.8℃,可以获得良好的两步RT-PCR扩增;而总RNA用量为3.74～7.48ng、退火温度在50.1～62.6℃范围内时,一步RT-PCR的扩增效果较好。采用优化的RT-PCR检测体系对山东采集的样品进行检测,2种检测体系的检测结果完全一致。研究建立的两步和一步RT-PCR优化体系为ASSVd的批量快速检测奠定了基础。

摘要：利用自行设计的方法分离提取总RNA,通过一对特异引物,分别扩增出不同梨树品种上苹果锈果类病毒(ASSVd)的特异片段,经由回收、克隆和测序,有10条序列已在GenBank(EU031467-EU031476)登录,利用克隆的ASSVd质粒,通过RT-PCR合成了生物素标记的cDNA探针,建立了斑点杂交检测技术。在此基础上以已知带有苹果锈果类病毒的库尔勒香梨和无类病毒梨树叶片为材料,利用DIG标记,研究了梨树类病毒的叶片石蜡切片IS-RT-PCR检测技术。包括SuperScriptⅡ浓度、4种碱基混合物(dNTPs)、RNA酶抑制剂(RNasin)及互补引物浓度对cDNA合成的影响,退火温度、LA Taq DNA聚合酶、Mg2+、引物浓度及循环次数对原位PCR效果的影响。研究结果表明:RNasin的用量大于0.2U/μL时,信号强度随着RNasin量的加大而增强;只有当dNTPs浓度达0.4mmol/L时才能生成一定量的cDNA;SuperScriptⅡ浓度在0.5￣1.3U/μL均可进行正常的逆转录,而且在该范围内产物的量随SuperScriptⅡ浓度提高而增多;引物浓度达到0.9μmol/L以上时才能进行有效的逆转录,并且生成的cDNA的量随引物浓度增大而增加。原位扩增ASSVd的cDNA适合退火温度为62℃。循环30￣35次可出现较强的蓝色信号,引物浓度在0.8￣1.2μmol/L时显色较好;LA Taq酶浓度为0.004U/μL以上,均显示较深的蓝色;Mg2+浓度为1.5mmol/L就可满足原位PCR所需。

摘要：苹果褪绿叶斑病毒(ACLSV)、苹果茎沟病毒(ASGV)、苹果茎痘病毒(ASPV)、苹果坏死花叶病毒(ApNMV)和苹果锈果类病毒(ASSVd)是影响我国苹果产业健康发展的重要病毒病害,建立快速、准确的检测方法是防控病毒病的基础。分别设计了ACLSV、ApNMV和ASSVd 3种病毒的检测引物ACL-F1/R1、ApN-F2/R2和ASS-F1/R1,片段的大小分别为1112、1025、213 bp。利用新设计和已报道的苹果病毒特异性引物,通过引物检测效果比较、组合筛选、用量优化及退火温度调试,建立了5种苹果病毒多重PCR检测体系。该检测体系的扩增片段大小分别为ACLSV1112 bp、ApNMV640 bp、ASGV449 bp、ASPV349 bp和ASSVd213 bp。利用多重PCR和单一PCR分别对50份田间苹果样品进行病毒检测,结果显示,各样品多重PCR检测与单一PCR检测结果一致,表明本研究建立的多重RT-PCR方法可准确、快速、高效地检测单一或复合侵染的5种苹果病毒。