摘要：天然产物是发现抗肿瘤药物的重要来源,吴茱萸碱作为传统中药吴茱萸的有效成分,具有微弱的抗肿瘤活性,近年来,以其为先导结构开展的药物研究发现了多个高活性抗肿瘤候选药物,取得了较为显著的研究进展。本文综述了以吴茱萸碱为先导结构开展的抗肿瘤药物设计策略的研究进展,以期为以天然产物为先导结构的新药开发提供借鉴和参考。

摘要：随着现代药物研究的不断深入,传统计算机模拟已经不能满足未来药物设计实验的需求。分子模拟作为传统计算机模拟的经典技术之一,可以构造分析复杂的分子模型,研究分子运动的动态过程,但模拟结果受人为因素影响大,准确度较低。近年来,人工智能与分子模拟技术的融合成为药物设计研究的新方法。人工智能技术利用大数据筛选出对应的化合物进行分子模拟,并将模拟结果反馈给人工智能系统进行学习,不断优化人工神经网络。联用人工智能与分子模拟技术,提高了药物设计研究的效率,降低了人为因素对模拟结果的影响,增加了模拟结果的可信度。该文总结了当前国内外应用人工智能和分子模拟技术进行药物设计的研究成果,以期为未来药物研发从计算机辅助药物设计(CADD)向人工智能辅助药物研发(AIDD)的转变提供参考。

摘要：近年来,传统计算机辅助药物分子设计(computer-aided drug molecular design,CADD)和人工智能技术的融合为创新药物发现带来新的契机。分子动力学模拟(molecular dynamics simulation,MD)是CADD中一项不可或缺的经典技术,作为一种强大的模拟计算方法,常常用来研究靶标和药物之间相互作用的动态过程;机器学习(machine learning,ML)作为一种数据驱动的建模方法,正在被广泛应用于药物发现的各个阶段。MD和ML内在互补的特性,为两者的有机结合提供了诸多可能。一方面,ML可以用来分析MD中产生的海量、高维结构动态信息,通过特征提取、降维等策略,识别关键状态和构象,阐明生物体系动态演变背后的潜在机制;另一方面,MD产生的包含结构动态信息的数据可以用于ML模型训练,提高模型对靶标-药物体系热力学性质和动力学性质的预测精度。因此,MD和ML的有效结合在基于结构的药物设计领域的应用具有重要意义。

摘要：随着药物化学和有机化学的发展,越来越多经典的和非经典的生物电子等排体被运用到新药的设计中。近几年来,双环[1.1.1]戊烷基团(BCP)作为苯环、叔丁基和炔烃的生物电子等排体越来越受到药物化学家和有机化学家们的广泛关注。本文综述了BCP在药物设计中的应用,旨在为新药研究人员提供参考。

摘要：大数据和人工智能(AI)技术不仅可以对海量的生物医学数据进行准确和综合地分析,而且可以帮助构建药物设计领域的预测模型。随着算法和统计方法的发展,大数据和AI技术已应用于计算机辅助药物设计(CADD)。CADD可被用于有效克服药物设计领域的困难,从而高效地设计和开发新药。介绍了药物设计和发现过程中数据预处理和建模步骤、药物设计和发现过程中基于AI的建模方法、大数据和AI技术在CADD中的最新应用,以期为我国药物设计和开发提供参考。

摘要：核磁共振技术在方法学和硬件上的迅速发展 ,使其成为化学和结构生物学中最重要的波谱技术。特别是生物核磁共振技术在药物研发过程中 ,提供从药物设计结构信息到基于NMR技术进行配体的筛选的广泛应用 ,使得生物核磁共振技术在药物研究领域地位不断加强 ,成为药物研究的基础工具。

摘要：双环[1.1.1]戊烷(BCP)是一种非经典的三维小环骨架,可作为内炔、叔丁基和对位取代芳基的生物电子等排体,被广泛用于药物设计和研发[1].引入BCP骨架可显著提高药物和候选药物的药代动力学性质,如代谢稳定性、水溶性和被动渗透性等,已经成为药物研发领域的研究热点之一[2].特别是一些功能化的BCP杂芳基衍生物,作为许多药物相关化合物的生物电子等排体,开发其合成方法具有重要意义(图1).合成双功能化BCP的传统方法一般是通过两步法C—C偶联.

摘要：AutoDock是一款开源的分子模拟软件,并可在多平台运行,因此适用性非常广泛。通过对AutoDock软件的用途,结合十款包含商业和学术软件的性能打分评估,以及目前存在的不足,结合Python代码块功能进行可行性优化改进,使可以利用其良好的核心程序来完成全流程的自动化虚拟筛选。

摘要：构象限制的模拟肽具有更好的生物活性和代谢稳定性,可以作为酶和受体活性位点的多肽替代物,是重要的药物设计工具。将特定的结构引入到生物活性肽中进行构象限制就得到了模拟肽,设计合成特定结构的模拟肽,需要一些方法作为指导,这些方法可以使模拟肽按设想产生特定的生物活性而减少设计的盲目性。本文综述了模拟肽构象限制的两类方法,即模拟肽的局部构象限制和模拟肽的整体环化。通过这两种主要方式的结构改进得到的构象限制的模拟肽,对改进模拟肽的药效学和药代动力学性质起了重要作用,包括提高其生物活性、选择性、代谢的稳定性和吸收性质。

摘要：本文综述了药物设计中的模拟肽学方法。