摘要：目的:探讨肝阳上亢型急性脑出血患者与健康人群的肠道菌群差异。方法:选取2018年于广州中医药大学第一附属医院颅脑科病房收治的9例肝阳上亢型急性脑出血患者的粪便样本为观察组,同时,选取体检的6例健康人粪便样本为对照组,提取两组样本中细菌总DNA,根据16S rRNA V4区设计引物进行扩增,通过Illumina MiSeq平台进行双端测序(paired-end),通过生物信息分析软件对测序结果进行分析,比较两组样本菌群组成和结构。结果:操作分类单元(OTU)的韦恩图分析(Venn分析)显示观察组与对照组之间OTU数目存在明显差异。偏最小二乘法-判别分析(PLS-DA)显示肝阳上亢型急性脑出血患者与健康人在肠道菌群组成上具有明显差异。物种及其丰度分析上,门分类水平上观察组厚壁菌门与拟杆菌门的相对丰度比值(F/B)较正常组明显增加,其中疣微菌门的相对丰度明显低于对照组(P <0. 05)。属分类水平上,两组的普雷沃氏菌属、拟杆菌属、阿克曼氏菌属、布劳特氏菌属、氨基酸球菌属相对丰度差异有统计学意义(P <0. 05,P <0. 01),其中观察组拟杆菌属和普雷沃氏菌属的相对丰度比值(B/P)显著高于对照组。种分类水平上两组在普氏菌、阿克曼粘细菌、卵形拟杆菌、脆弱拟杆菌、伶俐瘤胃球菌上具有明显差异(P <0. 05,P <0. 01)。主坐标分析显示两组样本被显著分开,说明两组样本菌群结构存在显著差异。结论:肝阳上亢型急性脑出血与肠道菌群结构紊乱有关,其中普氏菌和阿克曼粘细菌的相对丰度下降是其发生的主要原因。

摘要：本试验旨在探究海带粉作为饲料原料对饲喂高精料饲粮奶牛瘤胃发酵参数及菌群结构的影响。试验选用体重为(605±36)kg的健康泌乳中后期荷斯坦奶牛15头,随机分为3组,每组5头。采用随机试验设计,3组奶牛分别饲喂45%低精料饲粮、55%高精料饲粮和55%高精料+5%海带粉饲粮。试验期为35d,于试验末对晨饲前奶牛经口腔采集瘤胃液,测定其pH,氨态氮、微生物蛋白、挥发性脂肪酸浓度和菌群结构。结果显示:1)相比55%高精料饲粮,在55%高精料饲粮中添加5%海带粉后,瘤胃中pH显著升高(P0.05)。在门水平上,与44%低精料饲粮相比,55%高精料饲粮显著增加了瘤胃中放线菌门的相对丰度(P<0.05),显著降低了瘤胃中SR1_Absconditabacteria的相对丰度(P<0.05);而在55%高精料饲粮中添加5%海带粉后,瘤胃中拟杆菌门的相对丰度显著降低(P<0.05),瘤胃中厚壁菌门的相对丰度显著增加(P<0.05),同时进一步显著增加了瘤胃中放线菌门的相对丰度(P<0.05)。在属水平上,相对于45%低精料饲粮,55%高精料饲粮显著增加了瘤胃中瘤胃球菌属2(Ruminococcus_2)和毛螺菌科NK3A20类群(Lachnospiraceae_NK3A20_group)的相对丰度(P<0.05),显著降低了瘤胃中普雷沃氏菌属1(Prevotella_1)和普雷沃氏菌科UCG-003(Prevotellaceae_UCG-003)的相对丰度(P<0.05);在55%高精料饲粮中添加5%海带粉后,进一步显著降低了瘤胃中Prevotella_1的相对丰度(P<0.05),并显著增加了瘤胃中Ruminococcus_2的相对丰度(P<0.05)。综上可见,在55%高精料饲粮中添加5%的海带粉可以改善饲喂高精料饲粮奶牛的瘤胃发酵环境,调整瘤胃菌群结构,对瘤胃细菌多样性的影响较小。

摘要：本试验旨在探究不同蛋白源日粮条件下添加乳酸链球菌素(nisin)对育肥湖羊瘤胃发酵及微生物菌群结构的影响。试验采用2×2因子设计,两因子分别为蛋白源[豆粕(SBM)、干玉米酒精糟及其可溶物(DDGS)]和nisin(添加水平为0或30.5 mg·kg^(-1) DM),两两组合,配制4种等氮等能日粮。选取32只体重(23±2)kg的断奶湖羊公羔,按照随机区组设计,根据体重分为2个区组(低体重组,16只;高体重组,16只),每个区组的湖羊随机分配到4个组并分别饲喂对应日粮,单栏饲喂。试验预饲期1周,正式期9周,试验期结束时每组从高、低体重区组中各随机选取3只湖羊(共24只)进行屠宰,采集瘤胃内容物,提取微生物基因组DNA,利用Illumina MiSeq测序和Real-time qPCR方法分析瘤胃微生物菌群结构。研究结果表明,除Ruminococcaceae NK4A214 group和Unclassified Bacteroidetes相对丰度外,日粮蛋白源与nisin对其他所有测定指标(瘤胃发酵参数、瘤胃菌群数量、瘤胃细菌多样性及相对丰度等)均不存在交互作用(P>0.05)。日粮添加nisin对所有测定指标均无显著影响(P>0.05)。与饲喂豆粕湖羊相比,饲喂DDGS湖羊瘤胃乙酸、氨态氮浓度及总支链脂肪酸(BCVFA)浓度显著降低(P<0.05)。qPCR结果显示,饲喂不同蛋白源日粮湖羊瘤胃总菌、真菌及甲烷菌数量均无显著差异(P≥0.053),但相对于饲喂豆粕湖羊而言,饲喂DDGS湖羊瘤胃内原虫和嗜氨梭菌(***)数量显著降低(P<0.05)。Illumina-MiSeq测序结果表明,饲喂DDGS湖羊瘤胃内细菌Chao1指数和ACE指数显著升高(P<0.05)。不同日粮处理组在门水平上的优势菌门均为Bacteroidetes及Firmicutes;在属水平各处理组的主要优势菌属为Prevotella 1、Christensenellaceae R-7 group和Ruminococcaceae NK4A214 group。饲喂不同蛋白源湖羊瘤胃细菌在门水平上并未产生显著影响(P≥0.14);在属水平上,饲喂DDGS湖羊瘤胃Pseudobutyrivibrio和Roseburia丰度均显著高于饲喂豆粕湖羊(P<0.05),而Butyrivibrio 2以及Ruminococcaceae UCG-005的相对丰度显著低于饲喂豆粕湖羊(P<0.05)。综上所述,使用DDGS作为日粮蛋白源改变了湖羊瘤胃发酵参数及微生物菌群结构,原虫和***数量的降低可能是导致瘤胃氨态氮浓度显著降低的主要原因;日粮添加30.5 mg·kg^(-1) DM的nisin对育肥期湖羊瘤胃发酵参数及微生物菌群结构均无显著影响。

摘要：本试验旨在研究饲粮菊糖添加水平对肉仔鸡盲肠和直肠菌群结构和主要菌群数量的影响。采用单因素完全随机化设计,选用300只1日龄爱拔益加肉仔鸡,随机分成5组,每组6个重复,每个重复10只。5组肉仔鸡分别饲喂在基础饲粮中添加0(对照组)、0.5、1.5、2.5和5.0 g/kg菊糖的试验饲粮。试验期为6周。采用PCR-变性梯度凝胶电泳(DGGE)和定量PCR(q PCR)技术对42日龄肉仔鸡盲肠和直肠菌群结构及主要菌群数量进行测定。结果表明:1)饲粮菊糖添加水平对肉仔鸡盲肠和直肠菌群丰富度、盲肠菌群香农指数以及直肠菌群均匀度均无显著影响(P>0.05),但显著降低了盲肠菌群均匀度和直肠菌群香农指数(P<0.05)。PCRDGGE图谱上部分优势条带序列分析表明,饲粮添加菊糖促进了肉仔鸡盲肠和直肠厚壁菌门(Firmicutes)中产粪甾醇真细菌(Eubacterium coprostanoligenes)、肠单胞球菌(Intestinimonas sp.)和盲肠肠球菌(Enterococcus cecorum)等细菌的增殖。2)饲粮菊糖添加水平显著影响了肉仔鸡盲肠、直肠总细菌和大肠杆菌数量(P<0.05)。二次曲线分析显示,当菊糖添加水平分别为2.71和2.66 g/kg时,盲肠总细菌和大肠杆菌数量最少;与对照组相比,饲粮添加1.5、2.5、5.0 g/kg菊糖显著降低了盲肠乳酸菌数量(P<0.05),饲粮添加0.5 g/kg菊糖显著增加了直肠乳酸菌数量(P<0.05);饲粮添加5.0 g/kg菊糖时肉仔鸡盲肠、直肠双歧杆菌数量及直肠产气荚膜梭菌数量均为最高,且与对照组差异显著(P<0.05)。综上,在本试验条件下,有利于改善肉仔鸡肠道菌群结构和促进有益菌增殖的菊糖添加水平为2.5~5.0 g/kg。

摘要：为了探讨新疆干旱寒冷地区城市污水厂活性污泥的菌群结构特征,采用高通量测序技术对北疆5座城市污水厂活性污泥进行菌群分析。结果表明:5座污水厂基本可以达到各自的设计出水标准,其中3座污水厂运行中出现了污泥丝状膨胀。变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和绿弯菌门(Chloroflexi)是活性污泥的优势细菌门,相对丰度分别为30.65%~43.12%、21.15%~33.64%和5.02%~14.36%。放线菌门(Actinobacteria)在沉降性能良好的污泥中相对丰度为2.97%~6.17%,而在丝状膨胀污泥中相对丰度达到11.69%~15.64%。季节性膨胀污泥中微丝菌属(Microthrix)和黄杆菌属(Flavobacterium)相对丰度呈现出季节性变化,常年膨胀的污泥中腐螺旋菌属(Saprospiraceae_norank)为优势细菌属,相对丰度达到17.48%~18.30%。子囊菌门(Ascomycota)是丝状污泥膨胀中的优势真菌门,相对丰度达到56.60%~72.68%。研究结果可对干旱寒冷地区污水厂运行调控提供理论支撑。

摘要：本试验采用体内逐渐提高奶牛饲粮精料水平与体外批次培养相结合的方法建立亚急性瘤胃酸中毒模型,旨在研究不同精粗比饲粮对硫胺素微生物净合成量的影响,以及添加硫胺素对亚急性瘤胃酸中毒状态下奶牛体外瘤胃发酵参数和菌群结构的影响。试验采用2×4因子完全随机试验设计,因素1为硫胺素添加水平,设0和180 mg/kg 2个水平,因素2为饲粮的精粗比,设4个水平,分别为40∶60、50∶50、60∶40、70∶30。试验共设8个处理,每个处理3个重复,于体外培养0、3、6、9、12 h后采集样品。结果表明:随着精料水平的提高,培养液中硫胺素的微生物净合成量呈先升高后降低的趋势,其中精粗比为40∶60、70∶30的饲粮组培养液中硫胺素的微生物净合成量在3、9、12 h时均显著或极显著低于精粗比为50∶50和60∶40的饲粮组(P0.05),但可显著或极显著影响培养液中牛链球菌、乳酸杆菌和埃氏巨型球菌的数量(P0.05)。由此得出,在高精料饲粮条件下,瘤胃中硫胺素的微生物净合成量降低,发生亚急性瘤胃酸中毒;添加硫胺素可通过提高瘤胃pH,降低乳酸浓度,以及调节瘤胃菌群结构来缓解亚急性瘤胃酸中毒。

摘要：【目的】通过体外静态模拟瘤胃发酵法研究溶菌酶对瘤胃发酵、甲烷生成及微生物菌群结构的影响。【方法】采用单因素多水平试验设计,溶菌酶添加水平分别为0(L-0,对照组)、0.1 mg/100 m L(L-0.1)、1 mg/100 m L(L-1)、10 mg/100 m L(L-10)和100 mg/100 m L(L-100),定时测定产气量和甲烷产量,培养24 h后,发酵液用于发酵参数和微生物菌群数量的q PCR测定,其中L-0、L-1和L-100三个组发酵液同时进行16S r RNA基因Illumina高通量测序。【结果】与对照组相比,低剂量溶菌酶添加(L-0.1组)不影响甲烷产量、氨氮浓度、干物质消失率、有机物消失率和总挥发性脂肪酸等瘤胃发酵参数(P>0.05);随着剂量提高,L-1处理组甲烷产量、氨氮浓度显著降低(P0.05);而较高剂量组(L-10和L-100组)虽然甲烷产量显著降低,丙酸浓度显著增加(P0.05)。高通量测序主成分分析(PCA)显示对照组与溶菌酶添加组间瘤胃细菌组成的明显区分,说明添加溶菌酶显著改变了瘤胃细菌菌群结构。溶菌酶通过增加月形单胞菌和琥珀酸弧菌等丙酸生成菌的相对丰度,使更多的氢被用于生成丙酸,导致甲烷产量降低;溶菌酶可抑制普雷沃氏菌和拟杆菌属等蛋白降解菌的生长,进而减少蛋白质过度降解,降低氨氮浓度。【结论】添加适宜浓度(1 mg/100 m L)的溶菌酶可通过调控瘤胃微生态改变瘤胃发酵模式,降低瘤胃甲烷和氨的生成,短期内并不影响饲料消化。

摘要：本试验旨在探讨饲粮中添加酵母壁多糖对断奶仔猪盲肠菌群结构的影响。采用单因素试验设计,选取180头遗传背景相同、胎次相近、体重接近的21日龄断奶仔猪,随机分为4个处理,每个处理5个重复,每个重复9头猪。4个处理分别饲喂0%酵母壁多糖饲粮(对照组)、0.15%酵母壁多糖饲粮(0.15%组)、0.30%酵母壁多糖饲粮(0.30%组)和0.45%酵母壁多糖饲粮(0.45%组)。试验期为21 d。取盲肠内容物提取细菌DNA,PCR扩增获得16S r RNA基因V4标签片段,进行Mi Seq高通量测序。结果表明:当酵母壁多糖添加量达一定程度时,仔猪盲肠菌群多样性会发生改变;在不考虑群落中每个物种丰度的前提下,0.30%酵母壁多糖组仔猪盲肠菌群最丰富;仔猪盲肠优势菌群为拟杆菌门、厚壁菌门、螺旋体门和变形菌门;与对照组相比,添加0.30%酵母壁多糖能降低仔猪肠道拟杆菌门含量(P<0.05),添加0.30%或0.45%酵母壁多糖能显著增加盲肠厚壁菌门含量(P<0.05),添加0.45%酵母壁多糖还能提高仔猪盲肠软壁菌门含量(P<0.05);酵母壁多糖具有降低盲肠变形菌门含量的趋势(P=0.066);普氏菌属为仔猪盲肠优势菌属,酵母壁多糖能显著提高仔猪盲肠厌氧弧菌属、瘤胃杆菌属、粪球菌属和考拉杆菌属的含量(P<0.05),显著降低链球菌属的含量(P<0.05)。由此可知,当酵母壁多糖添加量达到一定水平时,短期添加可提高断奶仔猪盲肠厚壁菌门以及瘤胃杆菌属和粪球菌属等优势菌群的含量。

摘要：为探究亚硝酸盐对东北酸菜发酵过程中优势细菌属及理化指标的动态变化,设计自然发酵体系(S)和添加亚硝酸盐发酵体系(YS),监测发酵过程中东北酸菜理化指标及OD600nm值的变化,采用16S rDNA技术对理化指标变化明显时期的酸菜样本进行细菌属组成分析。结果表明,东北酸菜中的uncultured_bacterium_f_Enterobacteriaceae、Serratia等有害菌属大量繁殖,导致亚硝酸盐大量积累,而积累的亚硝酸盐对uncultured_bacterium_f_Enterobacteriaceae、Serratia和Enterococcus等有害菌的生长繁殖又起到抑制作用,其中对Serratia的抑制作用最强;乳酸菌能够降解亚硝酸盐,但亚硝酸盐对Lactococcus与Leuconostoc的生长代谢具有促进作用,对Lactobacillus具有抑制作用,随着亚硝酸盐被大量降解,其对Lactobacillus的抑制作用会解除。亚硝酸盐通过影响菌属结构及丰度,进而影响发酵体系的理化指标及OD600nm值的变化。

摘要：为研究性别对克氏原螯虾肠道菌群的影响,采用高通量测序技术对雌雄成虾的肠道菌群多样性进行分析。结果表明,雌性克氏原螯虾肠道细菌菌群多样性指数高于雄性克氏原螯虾,而真菌菌群多样性相反。雌性和雄性克氏原螯虾优势细菌菌群在门水平上均包括软壁菌门Tenericutes、变形菌门Proteobacteria、厚壁菌门Firmicutes、拟杆菌门Bacteroidetes等,雌性克氏原螯虾优势细菌菌群在属水平上包括毛螺菌属Lachnospira、厌氧杆菌属Anaerorhabdus、拟杆菌属Bacteroides、梭菌属Clostridium等,而雄性克氏原螯虾优势细菌菌群在属水平上包括Uliginosibacterium、梭菌属Clostridium、拟杆菌属Bacteroides、厌氧杆菌属Anaerorhabdus等,各优势菌群在个体间的丰度差异较大。雌性和雄性克氏原螯虾优势真菌菌群在门水平上均包括子囊菌门Ascomycota、担子菌门Basidiomycota、被孢霉门Mortierellomycota等。雌性克氏原螯虾优势真菌菌群在属水平上包括鬼伞属Coprinopsis、曲霉属Aspergillus、镰孢菌属Fusarium等,而雄性克氏原螯虾优势真菌菌群在属水平上包括曲霉属Aspergillus、赤霉菌属Gibberella、镰孢菌属Fusarium等,各优势菌群在个体间的丰度差异较大。对于了解克氏原螯虾肠道菌群组成及其演替规律,以及探讨这些肠道微生物在克氏原螯虾生长发育过程中行使的功能具有一定帮助。