摘要：建立寨卡病毒(Zika virus,ZIKV)、登革病毒(Dengue virus,DENV)和黄热病毒(Yellow fever virus,YFV)3种蚊媒传染病核酸快速实时荧光定量检测方法。以寨卡病毒polyprotein gene基因,登革病毒NS5基因,黄热病毒3’UTR基因作为靶区域设计相应的引物探针,探针的5’端分别标记不同的荧光基团,3’端标记相应的淬灭基团,对扩增体系中引物探针浓度、热启动Taq酶浓度、逆转录酶浓度、RNA酶抑制剂浓度分别进行优化。构建了一种可同时用于寨卡病毒、登革病毒和黄热病毒三重快速荧光PCR检测体系,25μL扩增体系中ZIKV、DENV和YFV的引物浓度分别为200 nmol/L、240 nmol/L和240 nmol/L;探针浓度分别为200 nmol/L、240 nmol/L和80 nmol/L;热启动Taq酶、逆转录酶和RNA酶抑制剂的终浓度为分别为2.5U/反应、60U/反应和80U/反应。该检测体系对3种病原体的最低检测限均为1.0×10^(3)拷贝/mL,在MIC IAT C2-48和ABI7500两种不同型号的实时荧光定量PCR仪上检测结果一致,对登革热、寨卡和黄热病毒血清样本检测均为阳性扩增,与丙型肝炎病毒、乙型脑炎病毒、副流感病毒、腺病毒等无交叉反应。因此,本研究建立的寨卡病毒、登革病毒和黄热病毒的三重快速荧光PCR检测体系可用于对上述3种病毒的定性或定量检测。

摘要：本研究拟建立一种多重荧光PCR检测技术,可同时检测登革病毒(Dengue virus,DENV)、寨卡病毒(Zika virus,ZIKV)和西尼罗病毒(West Nile virus,WNV)。通过设计上述3种病原体的特异性引物,优化荧光PCR反应体系和扩增条件,再对多重荧光PCR反应体系的特异性、灵敏度和重复性进行验证。实验结果显示,建立的多重荧光PCR方法的引物和探针终浓度分别为600 nmol/L和400 nmol/L,退火温度为60℃;其最低检测限浓度为1.0×10^(3)拷贝/mL,具有较好的特异性和重复性,病原体之间无交叉反应。本研究所建立的多重荧光PCR检测方法可用于登革病毒、寨卡病毒和西尼罗病毒的定性检测,为蚊媒传染病的检测提供重要技术支持。

摘要：目的建立快速筛查登革病毒(DENV)、乙型脑炎病毒(JEV)、寨卡病毒(ZIKV)、黄热病毒(YFV)以及基孔肯雅病毒(CHIKV)5种蚊媒病毒的重组酶介导等温扩增(RAA)方法。方法分析上述5种病毒的保守基因作为靶标区域并引入人核糖核酸酶P(RNaseP)基因作为内对照,设计6组特异性引物和探针,并根据引物二聚体和错配等生物信息学分析将6组引物和探针组合成3组双重荧光RT-RAA检测体系,在相同反应条件下进行检测。用5种病毒的体外转录RNA验证3组荧光RT-RAA检测体系的灵敏度,用疟原虫、汉坦病毒、汉城病毒以及流感病毒核酸验证方法的特异性;分别用中浓度(10^(4)拷贝/μl)、低浓度(10^(2)拷贝/μl)5种病毒的体外转录RNA验证3组双重荧光RT-RAA检测体系的重复性。结果通过生物信息学分析,将5种病毒和RNaseP组合为3组双重荧光RT-RAA检测体系,分别为DENV与ZIKV、JEV与YFV以及CHIKV与RNaseP,均在39℃反应15 min。3组双重荧光RT-RAA检测体系检测5种病毒体外转录RNA的灵敏度介于1~10^(2)拷贝/μl,其中检测DENV、ZIKV和YFV的灵敏度均为1拷贝/μl,JEV灵敏度为10拷贝/μl,CHIKV灵敏度为10^(2)拷贝/μl;3组荧光RT-RAA检测体系均与其他病毒无交叉反应。5种病毒的中浓度体外转录RNA的检出率均达到100.0%,低浓度体外转录RNA也能达到83.3%。结论本研究建立的检测方法具有良好的敏感性、特异性和重复性,可用于人体及蚊类样本中5种蚊媒病毒的筛查。

摘要：目的建立检测多种蚊媒病毒的液相芯片方法。方法从NCBI数据库分别下载乙脑病毒(JEV)、登革病毒(DENV)、基孔肯雅病毒(CHIKV)、寨卡病毒(ZIKV)、黄热病毒(YFV)、裂谷热病毒(RVFV)基因组序列,比对分析后,在各病毒保守区域分别设计扩增引物和检测探针,以标准品质粒为模板,建立多重PCR扩增体系;将核酸探针偶联至荧光编码微球,建立液相芯片检测方法,并对方法进行评价。结果基于多重PCR和液相芯片技术的常见蚊媒病毒的检测方法能同时对其中任意1种、2种、3种、4种、5种和6种病毒进行检测,具有良好的灵敏性,JEV、DENV、CHIKV、RVFV的灵敏度为1×104拷贝/反应;ZIKV、YFV的灵敏度为1×105拷贝/反应。结论建立的方法能同时快速检测6种常见蚊媒病毒,为蚊媒传染病的预警和控制提供参考。

摘要：【目的】建立检测新型阿卡斑病毒(AKAV)的SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR,并结合序列测定开展广西边境地区蚊携带新型AKAV调查,了解其流行趋势及遗传进化特征,为建立重要蚊媒病毒病预警机制提供技术支持。【方法】分别针对新型AKAV的S基因和M基因主要变异位点设计引物,建立SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR并通过Ct值、标准曲线斜率、相关系数、扩增效率及扩增准确性等指标确定最佳反应体系及扩增程序;以优化的SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR检测2019年6-10月在广西边境地区采集的139份蚊样品,获得的新型AKAV经测序后采用ClustalW构建遗传进化树。【结果】SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR最佳反应体系:SYBR Premix Ex Taq Ⅱ 10.0μL,上、下游引物(4μmol/L)各1.0μL,标准品或反转录产物2.0μL,双蒸水补齐至20.0μL。扩增程序:95℃预变性30 s;95℃30 s,64℃(S基因)/66℃(M基因)30 s,72℃30 s,进行40个循环。SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR检测新型AKAV S基因和M基因的极限为1.0×101copies/μL和1.0×102copies/μL,对应的扩增效率分别为98.61%和105.81%,但不能扩增蓝舌病病毒、鹿流行性出血热病毒、竹鼠圆环病毒和布鲁氏杆菌;检测S基因和M基因的批内重复试验、批间重复试验变异系数(CV)均低于5.00%。采用建立的SYBR Green I荧光定量RT-PCR成功从广西边境地区防城港市、东兴市、宁明县、大新县及北海市的阿蚊和库蚊中检出新型AKAV,且均属于基因Ia型,尤其与广东和湖南蠓虫、中华按蚊、致倦库蚊分离毒株具有较高的相似性。【结论】针对新型AKAV S基因和M基因建立的SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR具有特异性强、灵敏度高、重复性好的特点,更适用于检测病毒拷贝数低的样品。此外,从广西边境地区蚊样品中检出的AKAV毒株均为新型AKAV,属于基因Ia型,与广东和湖南蠓虫、中华按蚊、致倦库蚊分离毒株具有较高的相似性,推测新型AKAV已在广西周边省份流行。