摘要：毒蛇咬伤是热带、亚热带地区比较常见,给公众健康带来严重危害的一类疾病。动物源性的抗蛇毒血清是现代蛇伤治疗的主要手段,但是由于蛇毒成分复杂,且存在种内、种间变异,由全蛇毒免疫所获得的抗蛇毒血清存在诸多不足之处。随着蛋白组学技术在蛇毒研究的应用,使人们对蛇毒的研究有了一些新的认识,近年来出现的"蛇毒蛋白组学"(Venomics)和"抗蛇毒血清组学"(Antivenomics)技术的出现,为生产新型的、毒素特异性的抗蛇毒血清带来了可能,本文现就"蛇毒蛋白组学"(Venomics)和"抗蛇毒血清组学"(Antivenomics)在蛇毒研究及抗蛇毒血清设计和质量控制等几个方面进行综述。

摘要：为了探索新的抗菌剂,设计并合成了一系列含二硫键的1,3,4-噁二唑衍生物(X系列)和1,2,4-三唑衍生物(M系列),并被用于抗菌活性的评估.研究发现X系列和M系列都对水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae ***,Xoo)表现出不错的抗菌活性.其中,3-(5-(异丁基二硫基)-4H-1,2,4-三唑-3-基)-1H-吲哚(M1)对水稻白叶枯病菌表现出强效的抗菌活性,EC50值为(1.51±0.24)μg/mL,优于噻菌酮[(87.97±4.79)μg/mL]和叶枯唑[(66.88±4.06)μg/mL]的活性.在水稻活体方面,M1也表现了优于阳性对照药叶枯唑的抗菌活性.M1对水稻的治疗和保护作用分别为42.37%和38.64%,优于叶枯唑的治疗和保护作用(37.49%和36.55%).此外,通过对化合物M1机制的相关研究发现,化合物M1展示了抑制水稻白叶枯病菌生物膜的形成,提高水稻白叶枯病菌中活性氧的水平和诱导细菌形态变化的能力.蛋白质组分析揭示了化合物M1下调了三磷酸腺苷结合盒(ABC)转运蛋白,影响了水稻白叶枯病菌中的腺嘌呤核苷三磷酸(ATP)分解和磷的输运.最后实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)证明,化合物M1通过下调ABC转运蛋白中的磷酸盐特殊转运系统(pst)系统相关基因来发挥其抗菌作用.

摘要：siRNA的"脱靶效应"(off-target effects)是RNA干扰应用研究领域的热点问题.采用蛋白组学技术对质粒介导的siRNA稳定沉默原癌基因c-myc可能存在的"off-target"效应进行初步研究,为siRNA靶向特异性的系统评价奠定理论与实验基础.构建靶向c-myc的siRNA真核表达质粒p-Mat01-1及其错配质粒p-Mis09-1,空质粒pEGFP-C1为对照,并稳定转染MCF-7人乳腺癌细胞.通过RT-PCR和Western印迹分析结果显示p-Mat01-1稳定转染克隆中c-myc/c-MYC的表达降低.采用2-DE及LC-ESI-MS/MS等方法,研究了p-Mat01-1与pEGFP-C1稳定转染克隆的蛋白组表达差异.结果显示,p-Mat01-1稳定转染克隆中有47个c-myc非调控蛋白点表达升高或降低,约占423个随机检测蛋白点的11.1%.这些蛋白涉及细胞骨架、代谢、增殖、信号传导、分子伴侣、氧化还原等多条途径.实验结果表明,质粒介导靶向c-myc的siRNA在MCF-7细胞中存在明显的"off-target"效应,提示在设计siRNA实验及应用研究时应系统考察其靶向特异性.

摘要：本试验旨在利用TMT蛋白组学分析并筛选出抑制伪狂犬病病毒(pseudorabies virus, PRV)复制的关键宿主蛋白。前期通过TMT定量蛋白组学技术筛选出241个差异蛋白,Western blot和RT-qPCR验证4个差异表达的蛋白,结果与蛋白组学结果一致,表明蛋白组学结果真实可信。通过构建4个差异表达蛋白的真核表达载体,Western blot、RT-qPCR、病毒噬斑结果显示这4个宿主蛋白均可抑制PRV的复制;然后通过双荧光素报告基因检测IFN-β启动子活性,结果显示,MCCC1、STRAP促进IFN-β启动子活性效果更为显著;针对MCCC1和STRAP设计siRNA,Western blot和病毒噬斑结果显示,敲低STRAP显著促进PRV的复制。本试验最终筛选出显著影响PRV复制的宿主蛋白STRAP,为研究PRV与宿主互作的分子机制奠定基础。

摘要：小白菊内酯作为药用历史悠久的天然产物,引起了化学家和生物学家的浓厚兴趣。现有的研究表明其具有抗炎、抗肿瘤等药理活性,也揭示了其作用于NF-κB信号通路、DNMT1酶及Wnt/β-catenin信号通路等的生物调控功能,但其确切的生物学靶点仍有待系统阐明。蛋白降解剂为天然产物的靶点发现提供了新的策略,可通过蛋白组学的考察,探究细胞中蛋白的全景变化,从而分析其潜在的靶点。本研究基于这一思路,以小白菊内酯为母体结构,设计、合成了20个小白菊内酯降解剂,测定了其体外抗肿瘤增殖活性,并优选化合物开展蛋白组学实验,鉴定出139个下调的差异表达蛋白(DEPs),对小白菊内酯的作用靶点发现进行了初步探索。

摘要：为探究多杀性巴氏杆菌在厌氧条件下出现溶血现象的原因,设计以牛源A型多杀性巴氏杆菌PmCQ2为模式菌株,对其在有氧和厌氧环境培养条件下所得菌体进行TMT蛋白组学分析,结合生物信息学分析筛选潜在溶血因子,同时用qRT-PCR及Western blot方法验证蛋白组结果。结果显示,蛋白组学定量检测到1 603个蛋白,其中厌氧组较有氧组上调表达164个,下调表达282个,差异蛋白主要参与代谢及合成等生物进程、细胞和膜等细胞组分、催化活性和结合活性等分子功能;mRNA水平及蛋白水平的验证结果与蛋白组测定结果基本一致;基于蛋白注释、差异表达倍数、蛋白结构域、亚细胞定位和基因家族主要功能等共筛选到11个假定溶血候选因子,为多杀性巴氏杆菌溶血机制研究提供了理论依据。

摘要：为给野生大豆蛋白质组学分析提供技术支撑,以耐盐碱野生大豆叶片为材料,对Tris-饱和酚法、Tris-HCl法和TCA-丙酮法3种蛋白质提取方法进行了比较,并对蛋白上样量、等电聚焦参数及凝胶浓度进行了优化。结果表明:使用Tris-饱和酚法提取蛋白质,上样量为2 000μg,等电聚焦90 000 V·h,凝胶浓度为10%时,可获得背景清晰、蛋白点数较多、重复性较好的蛋白双向电泳图谱。

摘要：后基因组时代如何识别蛋白质复合物并预测其功能是蛋白组学的一项基本任务,然而传统实验方法获取的蛋白质复合物不仅数量有限而且成本代价高昂,采用新技术和方法提高蛋白质复合物的识别效率是现阶段与蛋白质相关的药物设计唯一现实可行的手段。本文基于蛋白质相互作用网络的小世界原理和蛋白质复合物内蛋白质之间的最短距离一般不超过2的事实提出了一种新的基于极大团扩展的蛋白质复合物识别算法NCIA。该算法针对蛋白质网络中的极大团利用聚类系数进行扩展以提高蛋白质复合物识别的准确率。将该方法应用于酵母蛋白质相互作用网络,相关数据表明与其他典型的蛋白质复合物识别算法相比较,该方法具有很好的识别能力。

摘要：水稻细菌性条斑病由Xanthom onas ***引起,是目前威胁亚洲稻区水稻生产的重要病害之一。以水稻品种9311为研究对象,通过差异蛋白质组学方法,研究了病菌侵染48 h后水稻叶片的差异表达蛋白质,通过分析比对、质谱分析以及数据库检索,从中选择了7个上调表达的鉴定蛋白,包括4个水稻LRK类基因,2个NBS-LRR类基因和1个PR-10基因家族成员基因。并设计相应的PCR引物,从水稻cDNA中获得相关基因片段做探针进行Northern杂交分析,结果显示,上述基因在接种病原菌12 h或48 h后表达量增加,表明这些蛋白质参与了抗病反应。

摘要：目的:为了获得清晰的蛋白凝胶图谱,建立适用于大头典竹蛋白组学双向电泳的优化体系。方法:对大头典竹蛋白提取方法、胶条的水化运行方式、等电聚焦(IEF)程序的设置、蛋白上样量等步骤进行优化。结果:大头典竹的蛋白斑点主要分布在pH5~8的范围;三氯乙酸-丙酮法与酚抽结合法更适合大头典竹蛋白的提取;IPG胶条胶面向上、被动水化方式、蛋白上样量为50μL,效果更好。结论:通过建立双向电泳(2-DE)的优化体系,获得的蛋白点均匀、清晰、横纵条纹少的凝胶图谱,提高了分辨率,为大头典竹差异蛋白组学研究奠定了基础。