摘要：目的表达纯化肠出血性大肠杆菌（EHEC）0157：H7的紧密黏附素（intimin）及突变体intiminN916Y，并构建其转位紧密黏附素受体（translocatedint intin receptor，Tir）结合片段（intiminbinding domain，Tir-IBD），通过BIACore技术检测紧密黏附素及突变体intiminN916Y与***蛋白质相互作用特性的变化，探索特定氨基酸的突变对其黏附结合功能的影响。方法设计引物采用PCR法自EHEC0157：H7基因组扩增Tir—IBD的编码基因tir-~d，TA克隆后构建原核表达质粒pET-21a（＋）-tir—ibd，经测序鉴定后转化最coliBL21（DE3），IPTG诱导表达，PAGE检测。目的蛋白经***亲和纯化后，再用阴离子交换柱ResourceQ和分子筛柱Superdex200进行纯化。同时按包涵体复性后纯化的方案制备紧密黏附素及突变体intiminNgl6Y，将所得高纯度目的蛋白Tir-IBD适当稀释后耦联BIACore3000配套的NTA芯片，在25℃和37℃条件下分别以紧密黏附素及突变体***916Y作为流动相进行BIACore检测。结果EHEC0157：H7基因组扩增出了约270bp的目的片段；原核表达质粒pET-21a（＋）-tir-ibd经酶切及测序鉴定与设计序列一致。转化EcoliBL21（DE3）后IPTG诱导目的蛋白表达率约15％；PAGE初步测定目的蛋白的相对分子质量（肘，）约10x103，破菌后电泳证实目的蛋白为可溶表达。Ni-NTA亲和纯化和阴离子交换纯化效果明显，高纯度的Tir-IBD蛋白耦联NTA芯片，在25℃和37℃条件下对紧密黏附素及突变体intiminN916Y与＇***相互作用的BIACore检测结果显示，intiminN916Y特定氨基酸的突变对其结合能力有明显影响并呈温度依赖性。结论EHEC0157：H7的紧密黏附素、突变体intiminN916Y及Tir-IBD经基因克隆后获得了较好的表达，纯化后获得高纯度的目的蛋白。在此基础上建立了蛋白相互作用的BIACore检测体系，证明intiminN916Y特定氨基酸的突变对其结合能力有明显影响并呈温度依赖性。

摘要：通过分析已获成功的融合蛋白实例,提出融合蛋白是由能同时在机体内发挥作用的2个或多个蛋白演变而来的假设。根据这种假设,提出以协同作用、联合作用、相互作用及相同途径为基础,设计筛选融合蛋白组成蛋白算法的构想,并设计实现了该系统。经验证表明,通过系统算法获得的2个蛋白质匹配值与其是否在同一簇和是否相互作用有显著关联性,说明该系统可发展为融合蛋白质筛选的辅助系统。

摘要：人类基因组计划(HGP)的完成和蛋白质组计划(HPP)的启动,获得了数量巨大的基因和蛋白质信息,而要对如此庞大的信息进行全面的处理和研究,必须设计和利用更为高效的硬件和软件技术,建立新型、高效、快速的检测分析方法.生物芯片正是在这种背景下应运而生,其不仅在高通量基因测序、基因表达研究、蛋白质相互作用等方面发挥重要作用,亦将在临床诊断中占据重要地位[1].液相芯片(liquichip)是美国纳斯达克上市的Luminex公司研制出的新一代生物芯片技术,它既能为后基因组时代科学研究提供强大的技术支持,又能提供高通量的新一代分子诊断技术平台.现就液相芯片的基本技术原理、制备方法、与传统固相芯片比较的优越性及其初步临床应用进行综述。

摘要：目的分析SLC30A8蛋白功能并构建与SLC30A8蛋白相互作用的11种蛋白的相互作用网络,为新药靶位点的发现和药物设计提供理论基础。方法利用NCBI数据库和蛋白质相互作用数据库搜集与SLC30A8相互作用的蛋白质,利用ProtParam软件、HPRD、GO数据库和STRING数据库分别对它们的功能、物化属性、亚细胞定位进行鉴定并构建蛋白的相互作用网络。结果鉴定了11种蛋白的功能、物化属性、亚细胞定位并构建了11种蛋白的相互作用网络,对所构建的SLC30A8相关蛋白质相互作用网络进行了分析。结论①SLC30A8促进锌从细胞质进入细胞内,维持细胞内锌离子的平衡;②与SLC30A8有直接相互作用的蛋白主要为膜转运蛋白、转录因子、酶、整合膜蛋白、RNA结合蛋白、生长因子。

摘要：为了筛选NOS2在鸡雄性生殖细胞形成过程中的互作蛋白,通过克隆NOS2序列,构建pGEX-6p-NOS2原核表达载体且诱导表达NOS2蛋白,采用GST pull-down联合质谱分析技术筛选与鸡NOS2相互作用的蛋白质。结果显示:经GST pull-down质谱分析鉴定到316个与鸡NOS2相互作用的候选蛋白质,其中12个高评分蛋白具有相同的功能注释,参与精子运动调控,且主要分布在细胞质、细胞核等细胞组分中,可能通过与其它蛋白质、核酸等分子结合而参与MAPK、Notch等信号通路;质谱分析还发现GOT1蛋白与NOS2互作最为明显,该蛋白参与Notch信号通路,后续将作为重点候选互作蛋白以探究其与NOS2蛋白的互作方式。该结果为进一步探究NOS2在鸡胚胎干细胞向雄性生殖细胞分化中的调控机制奠定了实验基础。

摘要：蛋白质之间的相互作用对生命活动的调节具有重要意义,为了精确检测纳米级蛋白质之间的相互作用,促进高端成像技术的发展。利用共聚焦显微镜系统和图像处理软件ImageJ,开发和优化了受体光漂白荧光共振能量转移(FRET)技术。该实验总结了FRET荧光对的特点并提出选择方法,确定了受体光漂白FRET技术的操作步骤,分析了FRET技术的限制条件并给出了优化方案,详细描述了图像展示和数据分析的具体方法。该文建立了从实验设计到数据分析的一整套实用可靠的操作方案,可为显微成像技术从业者提供借鉴。

摘要：蛋白质的错误折叠和聚集与一系列神经退行性疾病密切相关,比如阿尔茨海默病、帕金森病等,其主要病理特征是以蛋白质异常聚集形成的淀粉样纤维为主要成分的包涵体。近期研究表明疾病相关蛋白大多能够发生液液相分离,形成动态可逆的液态凝聚物(亦称无膜细胞器),并参与细胞生理过程,而突变、翻译后修饰以及微环境等因素则能促进其发生不可逆液固相变形成病理性纤维。本文以几种神经退行性疾病相关蛋白为例,重点介绍蛋白质病理性聚集和液液相分离的实验研究方法和前沿进展,蛋白质相互作用、聚集和相分离微观机理的理论和计算研究,以及预测蛋白相分离能力的机器学习方法。这些研究对深入理解蛋白质病理性聚集、相变和相分离的微观机制,以及相关疾病致病机理具有重要的科学意义,并对治疗药物的设计和开发具有潜在应用价值。

摘要：从两个角度讨论应用于生物信息学中的文本挖掘方法。以搜索生物知识为目标,利用文本挖掘方法进行文献检索,进而构建相关数据库,如在PubMed中挖掘蛋白质相互作用和基因疾病关系等知识。总结了可以应用文本挖掘技术的生物信息学问题,如蛋白质结构与功能的分析。探讨了文本挖掘研究者可以探索的生物信息学领域,以便更多的文本挖掘研究者可以将相关成果应用于生物信息学的研究中。

摘要：蛋白质复合物是不同蛋白质链通过相互作用形成的,自然界中很多蛋白质通过形成复合物而执行功能,因此准确地预测复合物的结构对于理解和掌握功能至关重要。近两年来,单条蛋白质链的结构预测有了突破性的进展,从氨基酸序列出发预测蛋白质结构的水平大幅提高。但相较于单体蛋白质,蛋白质复合物结构预测的准确性仍然较低。本文旨在总结蛋白质复合物结构预测的相关算法以及介绍最新进展。首先简要介绍蛋白质结构预测领域的相关人工智能算法,主要包括共进化分析与蛋白质接触预测、深度学习方法与蛋白质结构预测、预训练模型与蛋白质表征学习几个方面;其次系统总结了蛋白质复合物链间相互作用预测的基本方法,从复合物的多重序列比对构建到对于同源或异源复合物的链间残基接触预测;最后从相互作用位点指导复合物结构预测、蛋白质分子对接算法、端到端的复合物结构预测方法等方面阐述了蛋白质复合物结构预测的基本方法和思路。总体来说,目前蛋白质复合物结构预测精度不够高,有效地解决多重序列比对的配对和多聚体复合物模板搜索等问题,或者在大量的序列或结构数据上结合预训练模型的新范式,是一个合理而有效的方案。提升蛋白质复合物结构预测水平在合成生物学领域如抗体设计、药物发现等方面有很好的应用前景。

摘要：当前,人工智能技术已应用于药物设计和药物发现的全过程,正深刻影响着传统医药行业。上海交通大学徐雷教授、涂仕奎副教授带领的团队对此进行了深入研究,本文展示了人工智能技术从化合物一蛋白质相互作用(CPI)的精准预测,到针对特定蛋白靶点的分子设计,再到复杂的分子逆合成规划等各个阶段的研究和应用进展。