摘要：目的对棘球蚴AgB抗原家族的不同亚单位基因进行克隆,并对序列进行生物信息学分析和抗原表位预测分析。方法根据GenBank中的参考序列设计特异性引物,以我国新疆、甘肃和四川来源的细粒棘球蚴(Eg)和多房棘球蚴(Em)虫体DNA为模板扩增目的基因,将PCR产物克隆到TA载体中测序。用Bioedit分析软件和Blastn、NPS@和IEDB等在线分析系统对序列进行分析。结果分别从细粒棘球蚴和多房棘球蚴中克隆获得AgB抗原的全部5个亚单位基因,经测序确定为正确的目的序列;序列比对分析表明,EmAgB的5个亚单位基因序列高度保守,而EgAgB的亚单位基因变异性较大。细粒棘球蚴和多房棘球蚴种间差异分析显示,相同亚单位基因的序列一致性为87.69%～100%。AgB各亚单位抗原主要的二级结构包括α-螺旋、β-折叠和无规卷曲等3个类型。其中,AgB1、AgB2和AgB4等3个亚单位抗原中无规卷曲所占比例较高。AgB各亚单位抗原预测表位区共10个,分别是AgB1:1～7和21～27,AgB2:1～7和29～36,AgB3:1～11和18～28,AgB4:1～13、27～37和39～60,AgB5:1～11。结论 EgAgB和EmAgB亚单位抗原表位区的大部分序列一致或相似,预测的10个表位区主要位于序列N端。在5个亚单位抗原中,AgB1、AgB2和AgB4的抗原性较高。

摘要：目的用生物信息学的方法预测肺炎链球菌自溶酶蛋白(LytA)可能的抗原表位,合成带有linker(Gly4 Ser1)3序列的融合基因片断(l1l2),并在原核系统表达。方法利用多种生物信息学软件,在二级结构预测抗原表位分值的基础上结合单参数分析结果,预测并设计LytA可能的重组抗原表位(L1L2)。扩增该表位基因l1l2,利用分子克隆技术构建重组质粒。经测序鉴定后,转入宿主菌JM109中原核表达L1L2多肽片断与载体标签蛋白还原性谷胱苷肽(GST)的融合蛋白GST-L1L2。结果预测表明序列2～28(EINVSKLRTDLPQVGVQPYRQVHAHST)、序列98～112(FMTDYRLYIELLRNL)分别为可能的B细胞和T细胞抗原表位。用PCR技术合成了l1l2片段,构建重组质粒pGEX-4T-1-l1l2,成功转化大肠杆菌JM109。结论经测序验证成功构建了重组质粒pGEX-L1L2,并转化大肠杆菌JM109,SDS-PAGE分析显示该重组质粒在原核系统中得到了表达,为后继多肽疫苗研究奠定了基础。

摘要：抗体分子对蛋白抗原的结合主要通过表位区域进行,而表位区域的氨基酸残基通常形成不连续的、构象的或者空间的表位区域,而不是抗原表面上的线性连续片段.已有许多算法可以用来预测构象表位,并且基于各自的测试集,各种工具对空间表位的预测都声称取得了杰出的效果.本文收集了由实验方法确定的空间表位数据并建立了一套独立的测试集.基于这套测试集,采用灵敏度、真阳性预测率、成功挑选率和接受者操作特性曲线下面积(AUC)等参数对常用蛋白抗原空间表位预测工具进行了评估,工具包括SEPPA,CEP,DiscoTope,ElliPro,PEPOP和BEpro等.测试集评估结果表明,6种蛋白抗原空间表位预测工具预测性能仍有待提高.其中,SEPPA预测性能相对较好,然而计算得到的灵敏度、真阳性预测率、成功挑选率和平均AUC值也并不理想.评估结果还表明,预测工具采用的空间表位训练和测试数据集以及预测算法对预测结果的准确性有较大影响.以上分析结果为改进B细胞蛋白抗原空间表位预测方法和为免疫原性多肽和新型疫苗分子的设计提供新的启示.

摘要：抗原表位是抗原分子的主要功能单位。B细胞抗原表位的准确定位对疫苗设计、诊断试剂的研发及高通量抗体的制备均具有重要意义。作者对目前常用的B细胞线性表位预测方法和B细胞构象表位预测方法进行概述,并对不同预测方法进行比较,旨在为病原微生物抗原表位研究提供一定的理论参考。

摘要：为预测并鉴定猪丹毒丝菌甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)分子线性B细胞表位,首先通过多序列比分析已经全基因组测序的10株菌株的GAPDH一级结构保守性;然后使用在线软件Bepipred-2.0预测猪丹毒丝菌GAPDH线性B细胞表位,接下来通过人工化学合方式合成GAPDH表位对应的多肽;最后使用间接ELISA法检测这些多肽与猪丹毒丝菌GAPDH高免血清之间的反应。研究发现已经完成全基因组测序的10株菌株的GAPDH一级结构高度保守。通过软件预测,找到了猪丹毒丝菌GAPDH的3个潜在的表位。ELISA检测结果表明74VLSERDPKNLPWKELGV90和178HAYTNDQNTLDGPHAKGDLRRGRAAAQSIIPNSTGA213与GAPDH高免血清反应明显,是猪丹毒丝菌GAPDH的表位。成功预测并鉴定到2个猪丹毒丝菌的抗原表位,这些表位将为以后基于猪丹毒丝菌GAPDH表位的诊断、疫苗设计及致病机制研究提供技术基础。

摘要：为了对猫细小病毒非结构蛋白基因进行克隆，试验根据猫细小病毒（CU-4）基因序列设计了1对引物，采用PCR方法对NS基因进行了扩增，将扩增产物纯化后克隆入pMD18-T载体，并应用DNAStar软件预测NS蛋白抗原表位。结果表明：NS基因的序列长度为2007bp，编码．668个氨基酸，厥段121～126aa？243～247aa、256—260aa、388—393aa、467～477aa、498～505aa、559—563aa、589—593aa和624—628aa等区域可能是线性表位优势区域。

摘要：表位,又称抗原决定簇,是指免疫应答中被特异的效应分子或T、B淋巴细胞识别的抗原分子的特定结构位点.B细胞表位是指抗原中可被B细胞抗原受体(BCR)或抗体特异性识别并相互结合的线性片段或空间构象型结构.B细胞表位的预测对免疫原性多肽和新型疫苗分子的设计都有很大的帮助,并有利于诊断试剂的开发以及临床疾病的诊断.

摘要：首先通过多序列比对分析不同血清型菌株GAPDH的一级结构保守性,然后使用在线软件Bepipred-2.0预测巴氏杆菌GAPDH线性B细胞表位,并通过人工化学合方式合成GAPDH表位对应的多肽。最后使用间接ELISA法检测这些多肽与巴氏杆菌GAPDH高免血清之间的反应,确认预测结果。研究发现,不同血清型菌株的GAPDH一级结构高度保守,只有D型菌株HN06发生A288T突变。本次试验预测到巴氏杆菌GAPDH的3个表位,ELISA检测结果表明_(177)HATTATQKTVDGPSAKDWRGGRGAAQNIIPSSTGA_(211)与GAPDH高免血清反应明显,是巴氏杆菌GAPDH的表位。本研究鉴定到了巴氏杆菌GAPDH的1个线性B细胞表位,这些表位将为以后基于巴氏杆菌GAPDH表位的诊断、疫苗设计及感染与免疫机制研究提供技术基础。

摘要：应用“Goldkey”软件，预测出人乙酰胆碱酯酶的8个抗原决定簇位点，可用于指导抗原多肽的合成或PCR引物设计。

摘要：旨在构建牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus,BVDV)多表位基因与BVDV结构蛋白E0、E2基因的表达载体并检测其免疫效果。从NCBI上获得BVDV的4种具有免疫原性的结构蛋白C、E0、E2、NS3基因序列,利用生物学方法预测其B、T细胞表位;将获得的序列进行连接,重组获得新肽段(命名为AKK),通过生物学在线软件分析AKK序列的二级结构、亲水性、抗原性、三级结构;PCR分别扩增上述基因序列,构建重组表达载体GV658-AKK-E0-E2、GV658-AKK、GV658-E0、GV658-E2,并将上述构建成功的无内毒素重组质粒转染至MDBK细胞,通过蛋白免疫印迹。经PCR扩增获得2910、1170、951和729 bp大小的目的条带,与预计相符;经蛋白免疫印迹验证,在34和68 kDa处有AKK蛋白及E0-E2蛋白的融合表达;经流式细胞术验证显示,在CD3^(+)、CD4^(+)细胞占比上,共表达组极显著高于PBS组,显著高于E0组,与ELISA检测IgG抗体水平结果一致。研究表明,试验成功设计了BVDV多表位序列AKK,并成功构建真核表达载体,AKK、E0、E2蛋白高效表达,共表达组能更好地刺激机体的体液免疫和细胞免疫应答。