摘要：李白盾蚧Pseudaulacaspis prunicola(Maskell)寄主范围广泛,是一种重要的入侵害虫。本研究利用高通量测序平台(Illumina NovaSeq 6000)对李白盾蚧进行转录组测序、de novo从头组装及功能注释,在此基础上筛选其微卫星(SSR)位点,并挖掘微卫星引物。研究共获得李白盾蚧转录组60296条转录本,24967条单基因(unigenes)序列。通过GO数据库注释,将所有unigenes的功能分为生物学进程、细胞组分和分子功能三大类41个亚类功能区。KOG数据库注释结果显示,5085条unigenes归到25个基因家族,注释到一般功能预测的数目最多。KEGG代谢通路富集分析显示6668条unigenes注释到280个代谢通路,其中注释到内质网中蛋白质加工的数目最多。利用MISA软件共搜索到微卫星位点18193个,分布在9043条unigenes中,占总unigenes数量的36.22%,平均每2.29 kb出现一个SSR位点。其中主要重复类型为单核苷酸重复,占SSR位点总数的72.03%,其次为三核苷酸重复(15.90%)和二核苷酸重复(8.48%)。单核苷酸重复主要为A/T(71.16%),二核苷酸重复主要为AG/CT(5.20%)。基于Primer Primer 3软件设计出12538对李白盾蚧SSR引物,从中随机挑选50对引物进行PCR验证,共29对引物可以稳定扩增出目的片段。本研究成功组装了李白盾蚧转录组数据,并基于转录组数据成功筛选出其微卫星位点,为未来该虫的种群遗传学以及入侵生物学研究提供了数据支撑。

摘要：RNA-Seq技术凭借测序成本低、精度高、覆盖范围广等优点,已经成为了转录组分析的重要方法,为研究基因表达模式、疾病的生物标志物探测、作物抗逆性研究和分子育种等提供了新的手段。然而,RNA-Seq产生的海量数据也给数据分析带来了挑战,如何有效地对RNA-Seq数据进行处理和分析成为了生物信息学研究的热点。文中对基于RNA-Seq技术的转录组分析流程进行介绍,包括RNA-Seq数据预处理、差异表达分析和高层分析。其中,RNA-Seq数据预处理即对原始测序数据进行质控和定量计算;差异表达分析则是对基因进行筛选,通常基于统计学或机器学习两种方法;高层分析是对差异基因进一步处理,通过富集分析等手段确定基因功能和调控网络。最后,对基于RNA-Seq的转录组分析方法的发展进行了探讨。

摘要：对用木屑培养料(木屑组)和PDA培养基(PDA组)培养的香菇(Lentinula edodes)菌丝进行转录组测序分析,对两组样本进行主成分分析和相关性分析,对差异表达基因进行筛选和聚类分析;以PDA组为对照,对木屑组中显著差异表达的基因进行筛选以及GO功能富集、KEGG代谢通路分析;采用定量PCR方法验证9个差异表达基因表达情况。结果表明:培养基质造成的基因表达差异大于菌株,8个样本可分为两组(PDA组和木屑组);与PDA组相比,木屑组有677个基因的表达存在显著差异,其中445个基因(与木质纤维素降解相关的180个)上调,232个基因(与木质纤维素降解相关的38个)下调,表明木屑培养基能够显著诱导木质纤维素降解相关基因表达。GO功能富集分析结果表明,上调表达基因在氧化还原酶活性、水解酶活性、代谢过程、水解酶活性(水解O-糖基化合物)、水解酶活性(作用于糖基键)等代谢过程中显著富集。KEGG代谢通路分析结果表明,上调表达基因在溶酶体、转运蛋白、氨基糖和核苷酸糖代谢、精氨酸和脯氨酸代谢、淀粉和蔗糖代谢、肽酶和抑制剂通路中显著富集;下调表达基因在MAPK信号通路-酵母、不饱和脂肪酸生物合成、二噁英降解通路中显著富集。研究结果为揭示香菇培养基质利用的分子机制和选育高效利用基质菌株提供参考。

摘要：为了寻找耐盐新基因,培育耐盐新品种。本研究以23个小麦品种为材料,对TaPLD-2基因进行克隆及序列多态性分析,并对TaPLD-2基因响应盐胁迫表达模式进行了研究。结果表明,TaPLD-2基因的全长编码框为1301 bp,位于2DS染色体上,编码的蛋白定位于细胞质,为亲水蛋白,无跨膜区域,属于可溶性NAD(P)(H)氧化还原酶家族;TaPLD-2基因受盐胁迫诱导上调表达,表达量在盐胁迫24 h为对照组的1.8倍,48 h达到最高,为对照组5倍。分析表明SNP位点与相对根长、相对株高及K+、Na+含量都存在一定程度的相关性。

摘要：高通量RNA测序(RNA-seq)技术为研究人员提供了海量数据,如何对这些数据进行快速有效的分析,并为后续转录组、基因表达等研究提供支持,是生物信息学领域的热点方向。本文讨论了当前RNA-seq数据分析的发展水平和常用软件、算法,并设计了一系列数据处理模块和分析流程。同时,为了给用户提供更好的使用环境,我们设计了基于弹性资源管理系统的生物云平台BioCloud。该平台集成了丰富的软件,采用高灵活度、高扩展性的体系架构,在给用户提供低成本、高性能计算服务的同时,还提供个性化的流程定制服务。

摘要：目的:分离和鉴定红、黑枸杞基因组中的简单重复序列(SSR)位点.方法:Illumina Hiseq 2000进行红、黑枸杞的高通量转录组测序后,生物信息分析SSR的分布频率和重复基元的类型特征,PCR扩增和聚丙烯酰胺电泳验证SSR位点及引物.结果表明:转录组测序共得到了192,869条reads,总长度205,220,696bp.拼接后序列的数量为35,572条,序列平均长度约为1064bp.从中共预测到44,828个SSR位点,其中单、二、三、四、五、六个碱基重复单元的微卫星位点数分别有25,800、9186、8479、363、464和536个.从中随机选择30个位点,设计引物进行验证.23对引物在红黑枸杞中能扩增出产物,其中5对仅一个材料中有扩增产物,另有5个位点扩增产物能明显区分红黑枸杞.结论:利用Illumina测序技术得到的枸杞转录组中SSR位点出现频率高,类型丰富,对今后枸杞遗传多样性的研究以及种质资源鉴定打下了良好的理论基础.