摘要：基于重测序进行金兰柚全基因组InDel标记开发。利用二代测序技术对‘金兰柚’进行全基因组重测序,运用BWA软件将测序得到的片段与参考基因组序列进行比对,利用严格的参数筛选杂合InDel,结合Primer 3.0设计扩增引物,进行PCR扩增并利用琼脂糖凝胶电泳验证,以重测序材料‘金兰柚’和47份柚品种检测其有效性。在全基因组范围内共筛选出81对扩增条带清晰的引物。筛选出的多态性标记涵盖了整个‘金兰柚’基因组,平均每条染色体上9个。选取的24对InDel标记可以将48份柚品种有效区分,最少使用2对引物就可将‘金兰柚’与其他47份柚品种完全区分。利用UPGMA构建48份柚品种的聚类树状图,在遗传相似系数为0.611的阈值处可将48个柚品种分为3大类群。本研究中的InDel标记带型简单易读,适宜柚DNA指纹图谱构建和品种鉴定,可为柚名优品种保护、原产地溯源管理等提供科学依据。

摘要：【目的】明确SbHKT基因棉花HKT-1株系的插入位点序列特征。【方法】对HKT-1株系重测序,本地BlastN比对获得插入位点处的侧翼序列,设计聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction,PCR)特异引物验证插入位点的准确性。【结果】获得SbHKT基因插入位点处107 bp的左边界(Left border,LB)端侧翼序列HKT1_LSEQ,122 bp的右边界(Right border,RB)端侧翼序列HKT1_RSEQ;锚定基因组后显示SbHKT基因的插入引发了陆地棉染色体结构变异。分别根据LB和RB端侧翼序列设计PCR特异引物扩增HKT-1株系T-DNA全长,目的条带含有完整的T-DNA骨架序列以及SbHKT基因序列,证实HKT1_LSEQ和HKT1_RSEQ是同一个插入位点的左右侧翼序列。【结论】基于重测序技术获得了SbHKT基因在陆地棉基因组中的侧翼序列,建立了SbHKT基因转化体特异性检测方法。

摘要：基于黄瓜基因组重测序结果,搜索InDel位点,按照每隔1～3M个碱基对的距离选择并设计遍布全基因组的代表性InDel引物134对,以16份黄瓜典型种质检测其有效性。结果显示,134对引物均获得扩增产物,其中具有多态性的引物116对,占引物总数的86.6%。116对引物充分揭示出16份种质的多样性和特异性。本研究所开发的InDel分子标记将为黄瓜种质资源和分子遗传育种研究提供有力的遗传工具。

摘要：旨在比较芯片与测序SNP分型技术、标记密度对遗传多样性、系统发生树和近交系数等分析结果的影响,探讨遗传结构分析中低成本、高效的分型方法和适宜的SNP密度。本研究以35头枣庄黑盖猪的CAUPorcineSNP50芯片数据和重测序数据为基础,以重测序数据为“原材料”构建了随机34K、均匀34K、均匀340K和均匀3400K 4个SNP面板,利用CAUPorcineSNP50芯片和各SNP面板的SNP标记分析了枣庄黑盖猪的遗传多样性、系统发生树和基因组近交系数。结果表明:1)利用芯片SNP标记分析的观察杂合度(observed heterozygosity,H_(O))(0.3859 vs.0.3200~0.3241)、期望杂合度(expected heterozygosity,H_(E))(0.3813 vs.0.3335~0.3346)、遗传距离(0.3057 vs.0.2798~0.2806)等遗传多样性指标值均高于各测序SNP面板,利用芯片SNP标记构建的系统发生树与各测序SNP面板存在较大不同,这可能是由于芯片设计中倾向于选择高MAF的SNP位点等原因所导致。2)各测序SNP面板对H_(O)(0.3200~0.3241)、H_(E)(0.3335~0.3346)、遗传距离(0.2798~0.2806)和系统发生树分析影响较小,但对纯合性片段(runs of homozygosity,ROH)的数目(784~106547)和长度(0.20~13.51 Mb)及基因组近交系数F_(ROH)(0.127~0.263)影响很大。目前畜禽基因组近交系数分析采用的50 K左右基因组SNP芯片有利于检测大片段ROH,对中小片段的ROH检测力差,故估计的基因组近交系数可能比实际值偏低。综上所述,不同SNP分型技术对遗传多样性、系统发生树和ROH的分析结果影响较大。测序组中,不同SNP密度对遗传多样性、系统发生树分析结果影响较小,但对ROH以及F_(ROH)分析结果影响很大。

摘要：【目的】利用农杆菌介导法获得了转GbTMEM214基因陆地棉品系,旨在明确转基因棉花株系中T-DNA插入位点的序列特征及检测方法,为其生物安全评价提供依据。【方法】基于基因组重测序技术,利用BLASTn将测序数据与陆地棉TM-1基因组序列进行比对分析,设计特异性引物通过聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)验证插入位点。【结果】携带目标基因GbTMEM214的T-DNA整合在陆地棉基因组D13号染色体57019068~57019106 bp,T-DNA插入导致受体基因组37 bp的片段缺失;通过PCR扩增获得携带GbTMEM214基因的T-DNA插入位点的侧翼序列,由此建立了转GbTMEM214基因棉花的特异性检测方法。【结论】基于基因组重测序技术获得了转GbTMEM214基因棉花的T-DNA插入位点及侧翼序列信息,可为转基因棉花的生物安全评价提供技术参考。

摘要：基于全基因组重测序进行分子标记开发是一种新的方法和趋势。本研究基于辣椒全基因组重测序数据鉴定出的InDel位点,在2号染色体上随机选择并设计了40个InDel标记,以24份辣椒种质验证其有效性。结果显示:40个标记可获得扩增产物,其中具有多态性的标记35个,多态率为87.5%,同时35个标记可以有效地区分24份辣椒种质的多样性和特异性。以上结果表明,基于重测序数据开发辣椒InDel标记切实可行。

摘要：番茄基因组测序的完成为InDel标记的开发提供了很多的研究基础。为了鉴别渐渗系‘IL71’和栽培种‘M82’之间的差异,本研究经过前期对栽培种‘M82’和野生型潘那利渐渗系‘IL71’进行重测序结果比较,结果表明,这两份番茄材料在12号染色体上存在较大差异。因此从存在较大差异的12号染色体上设计了1980对InDel标记引物,以便用分子标记的方法区别两份材料。本研究从中筛选出400对引物进行InDel标记检测,最终检测出40对特异性引物,检出率为10%。本研究结果为今后的杂交种检测提供依据。

摘要：碱基插入/缺失(InDel)在基因组中的分布密度仅次于SNP且易于基因型分型,成为分子标记开发的主要来源。为了开发芥蓝品种间有多态性的分子标记,本研究利用2份芥蓝自交系重测序数据鉴定的InDel位点,在全基因组范围内设计了367对InDel候选标记。通过PCR检测比较8个芥蓝自交系的多态性,发现284对标记在至少2个芥蓝自交系间有多态性,阳性率为77.4%。本研究利用重测序技术开发芥蓝品种间InDel标记效率较高,为种质资源分析、基因定位、分子标记辅助育种等提供了便捷工具。

摘要：【目的】开发弓背青鳉(Oryzias curvinotus)三亚群体(下称“三亚青鳉”)遗传性别鉴定分子标记,为进一步挖掘其性别决定基因奠定基础。【方法】用染色体商(Chromosome quotient,CQ)法比较雌雄两性个体的全基因组重测序覆盖度,筛选潜在的性别特异性序列区域(CQ<0.1)并设计引物,通过PCR扩增验证引物区分三亚青鳉群体及其子代性别的适用性。【结果】经CQ分析筛选,CQ<0.1的特异性区域279个,设计引物279对。随机挑选的60对引物中,29对标记引物在三亚青鳉群体雄鱼中扩增得一个DNA条带,雌鱼无条带,均可鉴定三亚青鳉遗传性别。从29对引物中随机挑选2对引物(命名为Marker1和Marker2)进一步验证,引物Marker1、Marker2在雄鱼中扩增产物分别为791、556 bp,两对引物对三亚青鳉子代群体的扩增结果与亲本一致。用两对性别特异性标记对三亚群体的F2代全同胞家系94个个体进行扩增,结果发现F2群体自然性别比约1∶1。【结论】性别特异性引物Marker1和Marker2均可对三亚青鳉群体进行遗传性别鉴定,在三亚青鳉野生亲本及其子代中均有稳定性和通用性,可用于弓背青鳉三亚群体遗传性别鉴定。

摘要：高粱是重要的禾谷类作物,其测序品种BTx623的全基因组序列已经公布,为高粱InDel标记的开发提供了研究基础。插入与缺失(insertion/deletion,InDel)标记作为高通量分子标记,在植物基因组中具有遗传稳定性高、分布广、多态性强、通用性强等优点,目前已在水稻、玉米、棉花等主要作物中得到广泛应用,然而在高粱中的研究尚不多见。以高粱品种JIUTIAN1基因组DNA为研究对象,利用Illumina平台进行重测序,进一步利用Trimmomatic软件对测序原始数据进行质量控制,剔除低质量数据,使用BWA软件将获得的高质量有效数据与测序品种BTx623参考基因组进行序列比对,从中检测出大量InDel位点。利用这些InDel位点在全基因组范围内设计均匀分布的205个标记,通过PCR验证后筛选出87个多态性标记,多态性为42.44%。高粱Indel标记的开发有望为高粱遗传连锁图谱的构建、遗传多样性分析、杂交种纯度鉴定、高粱重要农艺性状相关基因的定位和分子标记辅助选择育种等研究奠定基础。