摘要：研究寡核苷酸芯片的重复性与间隔臂(spacer)和探针长度之间的相关性。设计12条不同长度的带有不同spacer的探针,与749bp荧光标记靶序列杂交。扫描分析三次杂交结果,用Quantarray定量分析软件进行分析。随探针长度的延长,杂交信号的变异系数逐步降低。15mer的探针杂交的信号较弱,杂交不够稳定,重复性也相对较差。20mer、25mer、30mer的探针的变异系数逐渐降低。spacer为15时变异系数最小。说明选择spacer为poly(dT)15的25mer和30mer的探针可以获得较好的重复性。

摘要：生物芯片技术是基于杂交原理发展而来的 ,是将固相反应的原理和形式应用于大分子识别反应 (核酸杂交、抗原抗体结合或酶促的模板依赖性的连接、延伸等反应 )中 ,以达到对大量的目标分子进行快速、平行的特异识别。寡核苷酸芯片的制备过程中关键部分是基片的表面化学处理和探针末端的不同修饰。为了比较不同末端修饰探针在不同化学处理的载玻片上的杂交信号的强弱 ,本研究根据HLA DRB1 12的序列设计 8种不同类型的探针 ,即 4种 5′末端修饰探针 ,包括末端氨基修饰探针 (N) ,氨基加四聚乙二醇间隔臂探针 (NL) ,硫代探针 (S) ,硫代加四聚乙二醇间隔臂探针 (SL)和 4种 3′末端修饰探针 ,同样包括末端氨基修饰探针 ,氨基加四聚乙二醇间隔臂探针 ,硫代探针 ,硫代加四聚乙二醇间隔臂探针。将这 8种探针分别固定在溴化芯片和醛基芯片上 ,与末端标记荧光的不对称的PCR产物进行杂交 ,通过比较杂交结果荧光信号的强弱 ,筛选出探针同活化基片的最佳组合 ,从而达到优化寡核苷酸芯片制备的目的。另外 ,为了进一步比较四聚乙二醇间隔臂对杂交信号的影响 ,设计末端连接不同数目四聚乙二醇的 3′氨基探针。结果显示 ,3′末端修饰探针杂交信号强于 5′末端修饰探针 。