摘要：为揭示马铃薯y病毒（Potato virus y,PVy）pipo基因的分子变异和结构特征,文章根据文献报道的马铃薯y病毒属（Potyvirus）pipo基因保守区序列设计一对简并引物,从感染PVy的马铃薯病叶中克隆获得pipo基因的cDNA全长序列,分析其核苷酸序列和氨基酸序列的特征,并基于氨基酸序列使用贝叶斯法重建了Potyvirus的系统发育树。结果显示：20个PVy分离物成功扩增出预期大小（约235bp）的特异性片段,其核苷酸序列与已报道的其它PVy株系的pipo基因核苷酸序列一致性均在92%以上;5′端均含有典型的G1-2A6-7基序（motif）,无碱基插入/缺失,所有的核苷酸变异都是碱基置换,共发现13个多态性位点,其中4个简约信息位点,9个单一变异位点,表明该基因高度保守,但不同分离物也存在一定的分子变异;PIPO蛋白理论等电点11.26~11.62,无信号肽和跨膜区,是可溶的亲水性蛋白;整个蛋白含有3个保守区,其中位于10~59aa的基序最为保守。该蛋白主要定位于线粒体中,可能是线粒体导肽。系统发育分析结果显示,源于PVy不同株系优先相聚成簇,而向日葵褪绿斑驳病毒（Sunflower chlorotic mottle virus,SuCMoV）与辣椒重花叶病毒（Pepper severe mosaic virus,PepSMV）的亲缘关系较PVy相比更近,与前人的结果相一致,表明PIPO蛋白可以作为研究Potyvirus系统发育关系的新的分子标记。

摘要：为揭示马铃薯y病毒(Potato virus y,PVy)P1基因的分子变异及结构特征,并查明福建分离物P1基因的变异来源。文章设计一对简并引物从感染PVy的马铃薯病叶扩增、克隆获得福建分离物P1基因的cDNA全长序列,分析其核苷酸序列和氨基酸序列的特征,并采用贝叶斯法重建P1基因的系统发育树。结果显示,12个福建分离物均成功扩增出预期大小(约915 bp)的特异性片段,P1基因的核苷酸序列与已报道的PVy不同株系的核苷酸序列一致性为73%～99%;QK44、XT02、XT08、LH05分离物的309 nt位置均检测到一个强烈的重组信号。12个PVy分离物中,P1蛋白有85个变异的氨基酸位点,表明其高度变异;P1蛋白的第41～275位是一个高度保守的结构功能域,含有3个保守的活性位点(H192、D201、V235);系统发育分析显示,福建分离物形聚为3种不同的簇,其对应的卷曲结构(Coiled-coil domain)和空间结构也不相同,表明不同株系型的P1基因在系统发育关系上分化较大。该研究结果表明PVy P1基因在核苷酸序列、氨基酸序列以及空间结构具有高度变异性,但行使P1蛋白功能的活性位点所在的氨基酸(H192、D201和V235)均高度保守;福建分离物P1基因的变异源主要来自碱基突变和基因重组。

摘要：根据已克隆的马铃薯y病毒坏死株系(PVyN)的基因组序列设计引物,利用PCR扩增HC-Pro、CI、NIb和CP4个基因的3′端400bpcDNA区段,分别反向插入含有査尔酮合成酶基因(Chalcone synthase,CHS)内含子的双元载体pRCHS中,构建了含内含子的发夹结构RNA(intron splicing hpRNA,ihpRNA)表达载体pRCHS-HC-Pro、pRCHS-CI、pRCHS-NIb和pRCHS-CP。利用农杆菌介导法转化烟草品种NC89,获得了多种转基因植株。病毒抗性检测的结果显示:转pRCHS-HC-Pro、pRCHS-CI、pRCHS-NIb和pRCHS-CP的烟草中,抗性植株的比例分别为55.34%、73.69%、61.54%和84.21%。大分子RNA和siRNA的Northern blot分析表明,目的片段转录产物的积累量与转基因植株的抗病性呈负相关,转基因植株中可检测到siRNA,说明所获得的抗病性是RNA沉默介导的。

摘要：根据文献报道和GenBank已登录序列设计引物建立了马铃薯y病毒(potato virus y,PVy)实时荧光定量RT-PCR检测技术体系。该技术标准曲线循环阈值与模板浓度呈现良好的线性关系,相关系数R^2为0.9912,可特异性检测PVy,灵敏度达常规RT-PCR的1000倍,重复性好。利用建立的检测方法对山东省、青海省、贵州省、黑龙江省和河北省5个地区马铃薯植株中的PVy进行检测,检出率较常规RT-PCR技术分别高16.00、33.33、25.00、14.29、20.00百分点。因此,建立的PVy实时荧光定量RT-PCR检测体系具有特异性强、灵敏度高的特点,可以快速、准确地检测马铃薯带病种薯和植株中PVy的含量,为马铃薯y病毒的早期监测和有效防治提供了有效的技术手段。

摘要：【背景和目的】在栽培烟草中,真核生物翻译起始因子(Eukaryotic translation initiation factor 4E1,eIF4E1-S)的缺失或突变能够抗马铃薯y病毒(Potato virus y,PVy)侵染。为了解烟草野生种eIF4E1-S同源基因的多样性和PVy抗性状况,预测野生种含有抗PVy新基因(即不同于eIF4E1-S基因缺失或突变的基因)的可能性。【方法】本文设计了普通烟草eIF4E1-S和其同源基因eIF4E1H-T(非感病基因)的特异引物,扩增测定了34个烟草野生种的同源基因cDNA序列,分析了野生种PVy抗性与感马铃薯y病毒属病毒eIF4E蛋白关键结构域序列(loop1和loop2)的相关性。【结果】在eIF4E1-S同源基因的系统进化树上,绒毛烟草组(Tomentosae)的4个抗PVy野生种Nicotiana otophora、***、***、***聚成一组,loop1和loop2的氨基酸序列与eIF4E1H-T一致,这4个野生种对PVy的抗性可能与eIF4E1进化为eIF4E1H-T有关、包含抗PVy新基因的可能性较低。圆锥烟草组(Paniculatae)的4个抗PVy野生种***、***、***、***聚成一组,同源基因氨基酸序列与eIF4E1-S一致率高于eIF4E1H-T,但loop1和loop2氨基酸序列相互之间差异较大,这4个野生种包含抗PVy新基因的可能性中等。与eIF4E1-S聚成一个小分支的***、***、***高抗5个PVy分离物(包含可克服va抗性的PVy分离物),其中***、***的同源基因loop1氨基酸序列与eIF4E1-S相同,loop2与eIF4E1-S之间只有1-2个氨基酸差异,***同源基因loop1与eIF4E1-S和eIF4E1H-T差异较大、loop2与eIF4E1-S之间只有1个氨基酸差异(V97M)。推测这3个野生种的PVy抗性与eIF4E1的突变无关且含有新的抗PVy基因可能性高,可作为重点抗源研究利用。【结论】根据PVy侵染栽培烟草所利用的寄主因子eIF4E1-S基因的同源基因的多样性,抗PVy烟草野生种存在抗PVy新基因的可能性划分为高、中和低三档。***、***、***含有新的抗PVy基因可能性高于其他供试野生种。

摘要：利用依据马铃薯y病毒(PVy)pl基因序列设计合成的一对引物yP1,yP2,以带毒烟草总RNA为模板,通过RT-PCR方法扩增得到了0.83kb的目的条带,测序结果表明为PVy pl基因。通过对PVy P1蛋白氨基酸序列分析发现PVy不同分离物间P1蛋白氨基酸序列存在明显差异,氨基酸序列同源性在64％～94％间。依据P1蛋白氨基酸序列建立了PVy系统关系树并对PVy进行了类型分析。

摘要：黄瓜花叶病毒、烟草花叶病毒和马铃薯y病毒是世界性分布的重要植物病毒,对农业生产危害较大。农作物感病多为复合侵染,症状表现较为复杂,急需建立快速、准确、能够一次检测多种病毒的检测方法。本研究根据3种病毒的外壳蛋白基因序列,设计引物和探针,制备基因芯片;用Cy3标记下游引物,RT-PCR扩增产物与芯片杂交,荧光扫描仪检测并分析信号。结果表明,该芯片可以从病毒侵染样本中检测到特异性识别信号,检测灵敏度比RT-PCR高10～100倍,该技术能对植物病毒做出快速、准确的检测。

摘要：为了解马铃薯y病毒在贵州烟田的发生和流行规律,对2013—2015年采集到的贵州省多个烟区呈现典型茎脉坏死症状的疑似受马铃薯y病毒(Potato virus y,PVy)侵染的烟草样品进行单斑分离和病毒鉴定,并以现有PVy序列信息为参考,设计了4对PVy特异引物,经过RT-PCR扩增、T载体连接、序列测定以及序列拼接,并利用MEGA软件进行系统进化分析。结果发现PVy福泉分离物(PVy Fuquan isolate,PVy-FQ)和PVy大方分离物(PVy Dafang isolate,PVy-DF)为优势株系并获得了PVy-FQ和PVy-DF的全基因组序列。PVy FQ整条基因组由9 699个碱基组成,编码多聚蛋白的开放阅读框位于第188~9 373nt;PVy DF整条基因组由9 706个碱基组成,编码多聚蛋白的开放阅读框位于第190~9 375nt。2条序列的基本特征与已报道PVy基因组一致。对PVy-FQ和PVy-DF全序列与已报道PVy序列进行系统进化分析发现,PVy-FQ与PVy NTN株系具有较高的亲缘关系,而PVy-DF与PVyN具有较高亲缘关系。

摘要：依据马铃薯y病毒基因组序列,设计合成了1对引物,以从山西省获得的带毒马铃薯叶片总RNA为模板,通过RT-PCR扩增得到852 bp的基因片段并进行了序列测定。BLAST分析表明,该DNA序列与PVy N:O株系pl基因序列相似性最高可达99%。

摘要：根据马铃薯y病毒(Potatovirusy,PVy)的外壳蛋白基因序列,设计合成了一对寡核苷酸引物,从感染PVy的马铃薯田间病叶组织中提取出病毒的RNA,进行cDNA合成及PCR扩增,得到一条长度约800bp的特异PCR扩增产物,与理论设计的基因片段大小一致,本试验建立了快速、灵敏、简便的PVy检测的方法。将RT-PCR扩增产物克隆到质粒pGEM-T上,并进行了序列分析。结果表明,克隆的cDNA片段由801个核苷酸组成,编码267个氨基酸组成的理论分子量为29kD蛋白,与PVy外壳蛋白的大小一致,与基因库登记的代表性株系相比,它们之间的核苷酸序列同源性为89 6%～98 8%,氨基酸序列的同源性为93 3%～98 5%,说明PVyCP基因具有高度的保守性(记为PVy-HBEI),与国内报道的PVy-CHU、PVy-ZHJ和PVy-ZHOU株系的氨基酸序列同源性分别为96 6%、98 5%和97 8%,与PVyN和PVyO株系的氨基酸序列同源性分别为93 6%和97 8%,从分子水平上确定PVy-HBEI归属于普通株系(PVyO株系)。