摘要：目的探讨血清乳酸脱氢酶(LDH)水平联合高通量测序对重症肺炎支原体肺炎(SMPP)患儿的预测价值。方法回顾性分析2023年10月至2024年3月在华中科技大学协和深圳医院就诊的99例肺炎支原体肺炎(MPP)患儿的临床资料。根据病情严重程度,将患儿分为轻症组(33例)和重症组(66例)。采用Spearman相关进行相关性分析,Logistic回归分析SMPP的影响因素,受试者工作特征(ROC)曲线评估LDH预测SMPP的价值。结果重症组LDH水平高于轻症组(P<0.05),高通量测序结果显示,重症组中检出的毒力阳性和耐药基因A2063G位点突变占比高于轻症组(P<0.05)。多因素Logistic回归分析结果显示,LDH水平和耐药基因A2063G位点突变均与SMPP有关(P<0.05)。ROC曲线分析表明,LDH联合高通量测序检测耐药基因A2063G位点突变预测SMPP有较高价值,曲线下面积为0.724。结论血清LDH联合高通量测序检测耐药基因A2063G位点突变可作为预测SMPP的有效指标。

摘要：将脱硫菌的筛选与新一代高通量测序技术相结合,探索脱硫菌筛选的新方法,为生物甲烷的高值化利用提供技术支持。实验将富含硫细菌的环境土样及经过培养基富集培养后的液样分别进行16S rDNA V6区的高通量测序,并分析了物种组成和丰度、Alpha多样性和菌群结构。结果表明,高通量测序的平均数据利用率达99.177%,测序量能够充分反映样品在该区域细菌的群落组成和结构。取自环境的土壤样品物种组成丰富,含有Pseudomonadales(假单胞菌目)、Rhizobiales(根瘤菌目)、Desulfuromonadales(除硫单孢菌目)、Desulfobacterales(脱硫杆菌目)、Acidithiobacillales(酸硫杆状菌目)等脱硫菌目。经过培养基富集后,菌群多样性显著降低,主要组成菌为Pseudomonadales(假单胞菌目)和Rhizobiales(根瘤菌目)。通过高通量测序技术,能够在筛选脱硫菌之前就了解实验样品的菌群结构和组成,为有针对性地设计筛选脱硫菌实验提供了一种新的方法。

摘要：为探明传统四川泡菜母水中的微生物群落及其变化规律,构建传统四川泡菜发酵模型,运用高通量测序方法对不同发酵阶段(20代发酵)泡菜母水微生物群落组成和多样性进行分析。泡菜母水中的细菌群落主要包括7个门,其中厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)分别占94.64%和2.73%,为优势菌门;真菌群落主要包括3个门和1个未分类种群,其中子囊菌门(Ascomycota)占99.93%,为优势菌门。泡菜母水中含量在0.1%以上的细菌属有7个,主要包括乳杆菌属(Lactobacillus)、拉乌尔菌属(Raoultella)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、乳球菌属(Lactococcus)等;泡菜母水中的真菌属主要是Kazachstania,含量超过99%。通过分析不同发酵阶段泡菜母水中的微生物群落组成和多样性,结果表明随着发酵代数的增加,泡菜母水中的细菌与真菌多样性呈下降趋势,微生物群落构成趋于稳定:Lactobacillus是达到稳态的泡菜母水中的主要细菌属,Kazachstania是达到稳态的泡菜母水中的主要真菌属。

摘要：研究黄芩汤(HQT)对溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)大鼠肠道菌群的影响,探讨黄芩汤改善溃疡性结肠炎与肠道菌群的关系。选取15只雄性Wistar大鼠随机平均分为对照组(control group)、模型组[三硝基苯磺酸(TNBS)group]和黄芩汤给药组(TNBS+HQT group),以复合法(TNBS+乙醇)制备细胞免疫反应UC大鼠模型。给药10天后,采集15只大鼠粪便样本,提取粪便样本总DNA,根据细菌16S rRNA V3~V4区设计引物进行扩增,利用Illumina Miseq平台进行高通量测序。研究发现:主成分分析(PCA)、主坐标分析(PCoA)和基于β多样性距离的非度量多维尺度分析(NMDS)结果显示3组大鼠肠道菌群组成存在明显差异;与对照组相比,模型组乳酸杆菌属显著减少(P<0.05),毛螺菌属、脱硫弧菌属、罗氏菌属和瘤胃菌属显著增多(P<0.05);与模型组比较,黄芩汤给药组乳酸杆菌属显著增多(P<0.01)、理研菌属显著减少(P<0.05)。本研究表明黄芩汤可能是部分通过调节肠道菌群的结构而发挥治疗溃疡性结肠炎的作用。

摘要：为了探究不同发酵时期酱醪中微生物群落结构及其动态变化,采用传统可培养和Illumina MiSeq高通量测序技术相结合的方法,研究0~6个月酱醪中的微生物群落多样性和动态变化。结果显示,酱醪发酵整个阶段细菌群落厚壁菌门(Firmicutes)占94.04%,为优势菌门。四联球菌属(Tetragenococcus)和魏斯氏菌属(Weissella)分别占41.55%和25.84%,为优势菌属。发酵前期非嗜盐乳酸菌含量最高,活菌数达到108CFU/mL,发酵中期乳酸菌种类和数量逐渐减少,发酵后期以嗜盐乳酸菌为主导。真菌群落主要以子囊菌门(Ascomycota)为优势菌门,占99.83%;Starmerella、Candida和Aspergillus为优势真菌属,该研究首次发现Starmerella在酱醪发酵过程中作为主要真菌属。研究表明,酱醪发酵主要参与的微生物是米曲霉、酵母菌和乳酸菌,其中米曲霉仅存在于发酵前期,发酵中期主要以乳酸菌为主要菌属,发酵后期以嗜盐乳酸菌和酵母菌为主。探究酱油酿造中微生物的变化规律,有利于指导人工添加乳酸菌和酵母菌来提高国内酱油的风味和品质。

摘要：为研究具有富营养化特征的白洋淀湖泊岸边陆向深层土壤中厌氧氨氧化细菌的群落结构组成,针对厌氧氨氧化的功能基因hzs B(联氨合成酶关键基因)进行高通量测序.结果显示,白洋淀湖泊岸边陆向深层土壤共8个样品处理后共得到77082条序列,在相似度90%下聚类得到40个OTUs.多样性分析(OTUs水平)表明,在白洋淀湖泊岸边近湖岸交界处,上层土壤中厌氧氨氧化细菌的群落多样性要高于下层,而在远湖岸交界处则相反,下层土壤中厌氧氨氧化细菌的群落多样性要高于上层土壤.PCo A分析(OTUs水平)表明,近湖岸交界处采样点各不同深度土壤层之间的厌氧氨氧化细菌的群落结构更相似,而远湖岸界面处采样点各不同深度之间的厌氧氨氧化细菌的群落结构差异较大.群落结构分析表明,在白洋淀湖泊岸边陆向深层土壤中,序列隶属于Candidatus‘Brocadia anammoxidans’(34.07%)、Candidatus‘Brocadia fulgida’(24.66%)、Candidatus‘Jettenia sp.’(3.00%)、Candidatus‘Kuenenia sp.’(0.22%)、Candidatus‘Scalindua sp.’(0.08%)及与Genbank中已探明的厌氧氨氧化细菌亲缘关系较远的Anammox-like cluster(37.98%).相关性分析(p<0.10)表明,在白洋淀湖泊岸边陆向深层土壤中,厌氧氨氧化细菌α-多样性指数中丰富度Chao指数与含水率(MC)呈负相关,多样性Shannon指数与氨氮(NH+4)呈负相关,优势度Simpson指数与NH+4呈正相关;但厌氧氨氧化细菌群落组成中Candidatus‘Brocadia anammoxidans’的富集与总碳(TC)及总硫(TS)含量呈正相关.综上,本文针对厌氧氨氧化功能基因hzs B扩增进行高通量测序,一定程度上揭示了具有富营养化特征的白洋淀湖泊岸边陆向深层土壤中厌氧氨氧化细菌的多样性、群落组成及其与土壤环境因子的关系.

摘要：目的:利用高通量测序,对红豆杉Taxus cuspidata转录组进行EST-SSRs发掘和研究。方法:提取红豆杉叶片cDNA,应用454 GS FLX Titanium测序,采用Newbler Assembler Software软件对序列(high-quality sequences)进行从头拼接,获得一致性序列(unique sequences)。用Simple Sequence Repeat Identification Tool(Perl Script)对一致性序列进行分析,检索SSRs模体;采用PRIMER3设计扩增引物。结果:高通量测序获得红豆杉81 148条ESTs,经拼接得到20 557条unique se-quences,从中发现了753个EST-SSRs。依据其邻近序列设计引物,共有519条EST-SSRs获得了扩增引物。在红豆杉EST-SSRs中随机挑选序列构建小样本,克隆测序结果表明87.5%的序列与Sanger测序结果一致。结论:首次获得了红豆杉属EST-SSRs,为红豆杉的种质资源培育、功能基因及基因组差异研究奠定了基础。

摘要：目的:建立基于多重PCR的基孔肯雅病毒全基因组高通量测序方法。方法:通过NCBI网站检索和下载CHIKV的各基因型序列,经序列比对筛选出备选参考序列,使用Primalscheme和Geneious Prime等软件进行引物方案的设计、筛选和人工优化,并使用7份CHIKV阳性样品对实验流程进行评估。结果:本研究所设计的引物方案可对各阳性样品进行成功扩增;在样品Ct值小于33时,可获得完整编码区序列;样品Ct值达到35时,可获得99.38%的编码区序列;使用多次迭代,逐步校正的拼接策略可将拼接成功率提高5.70%~25.43%。结论:建立的基于多重PCR的基孔肯雅病毒全基因组高通量测序方法操作简单,对多个浓度的基孔肯雅病毒阳性临床样品均表现良好。

摘要：分别以18Sr DNA的V4区和V9区为目标基因,采用高通量测序平台和生物信息学方法,分析海水样品中微型和微微型浮游植物多样性。利用在线分析软件对V4(F/R)、V9(F/R)和C4(F/R)3对引物的敏感性、特异性进行了评估和比较,发现自行设计的引物V4(F/R)对真核藻类的扩增特异性高于V9(F/R)和C4(F/R)。高通量测序结果显示,检测样品平均获得68834条原始序列,高质量数据占99%以上,获得基因注释的序列数达94%以上。3对引物V4(F/R)、V9(F/R)、C4(F/R)鉴定的平均微型/微微型浮游植物OTUs数分别为78、42、58,引物V4(F/R)鉴定效率相对较高,同时对细小微胞藻(Micromonas pusilla)、(金牛微球藻Ostreococcus tauri)、密球藻(Pycnococcus provasolii)、抑食金球藻(Aureococcus anophagefferens)、赤潮异弯藻(Heterosigma akashiwo)等优势种检出频率高于引物V9(F/R)。相对已发表的2对引物,设计的引物V4(F/R)对海洋微型和微微型藻类多样性检测更为高效。

摘要：目的研究不同pH饮用水对SPF小鼠肠道微生物多样性的影响。方法 21日龄SPF小鼠90只随机分成3组,每组30只,分别给予三类水,即酸化水(pH 3.0),中性水(pH 7.0)和碱性水(pH 9.0),并进行为期三个月的饲养。每组分别在饲养4周、8周、12周末各处死10只动物,取血清按SPF国标项目检测了细菌、病毒、寄生虫,取回盲部内容物,根据细菌16S rRNA的保守性设计引物,构建文库,进行高通量(Illumina)测序,获得10 G的数据,并对数据进行统计,聚类分析。结果以pH 3.0处理的小鼠肠道微生物丰富度适中,稳定性高。结论在规模化饲养条件下,选取pH 3.0饮用水小鼠能较长时间维持肠道微生物多样性,稳定性达到一个平台。本研究为长期稳定维持动物质量的生产实践提供了理论与技术支持,也是胃肠道宏基因组学技术在动物质量控制领域的一个具体应用。