摘要：[目的]探究不同土层和间伐强度对辽东山区红松人工林林下土壤真菌的影响。[方法]采用Illumina-Miseq高通量测序技术,分别测定对照组(不间伐)、弱度区、中度区、强度区和极强度区的表层(0~10cm)及亚表层(10~20cm)林地土壤。[结果]共获得572932条高质量ITS序列,在97%序列相似性基础上可划分为9329个OTUs;优势菌门有担子菌门(Basidiomycota)、子囊菌门(Ascomycota)、被孢霉门(Mortierellomycota)、罗茨菌门(Rozellomycota)、毛霉门(Mucoromycota)、壶菌门(Chytridiomycota)、球囊菌门(Glomeromycota)和分类不明确的门。排名前10的优势菌属有蜡壳耳属(Sebacina)、被孢霉菌属(Mortierella)、红菇属(Russula)、乳牛肝菌属(Suillus)、Geminibasidium、白环蘑属(Leucoagaricus)、角孢革菌属(Tylospora)、鹅膏菌属(Amanita)、Delastria、口蘑属(Tricholoma);表层真菌丰富度大于亚表层;不同间伐强度的土壤真菌种群丰富度表现为极强度区>弱度区>对照组>强度区>中度区;方差分析结果显示,不同土层和间伐强度在门水平上相对丰度均无显著差异,在属水平上,不同土层在白环蘑属(Leucoag-aricus)和角孢革菌属(Tylospora)的相对丰度间存在显著差异,不同间伐强度在白环蘑属(Leucoagaricus)、鹅膏菌属(Amanita)和口蘑属(Tricholoma)的相对丰度间均存在显著差异;表层与亚表层、极强与弱度区真菌物种组成相近,极强与弱度区和对照组相近程度高于中度和强度区。[结论]在辽东山区红松人工林中,间伐强度及土层可在一定程度上影响林下土壤真菌在丰富度、多样性和物种组成。

摘要：目的探讨一例初步诊断疑似丙酸血症的患儿的遗传学病因,对疾病进行精准诊断,为患儿的诊疗及该家系后续遗传咨询提供依据。方法采集患儿外周血后提取基因组DNA,对其甲基丙二酸血症和丙酸血症相关致病基因(MUT、MMACHC、MMAA、MMAB、MMADHC、LMBRD1、PCCA、PCCB和SLC22A5)进行高通量测序,筛查致病变异位点;针对高通量测序未覆盖区域设计引物后进行一代测序;抽取其父母和姐姐的外周血提取基因组DNA后进行变异位点验证。结果患儿MUT基因存在c.1560+2T>C和c.729_730insTT(***244fs)复合杂合变异,丙酸血症相关基因未发现致病变异。患儿姐姐与父亲携带MUT基因c.1560+2T>C杂合变异;患儿母亲携带MUT基因c.729_730insTT(***244fs)杂合变异。结论患儿为MUT基因c.729_730insTT(***244fs)和c.1560+2T>C复合杂合变异所致的甲基丙二酸血症患者,患儿姐姐与患儿父母为携带者;基因检测利于甲基丙二酸血症和丙酸血症的鉴别诊断。

摘要：目的 从1999年案件中保留关键物证的凝胶电泳谱带中回收DNA,重新检测STR基因座重复单位序列和重复次数。方法 首先,确定凝胶电泳谱带中检测的STR基因座及引物序列,通过NCBI数据库查找获得STR基因座扩增序列范围,并在序列范围内重新设计扩增片段更小的引物,并验证引物扩增的特异性;其次,将凝胶中STR基因座谱带切割回收,每个基因座谱带单独回收;最后,用新设计的引物,扩增回收的模板DNA,再高通量测序。结果 从聚丙烯酰胺凝胶中成功回收到10个STR基因座DNA,并通过高通量测序获得10个STR基因座的重复单位序列和重复次数。结论 通过获得10个STR基因座的重复单位序列和重复次数排查侦破命案积案。

摘要：使用MiSeq高通量测序技术对15个奶豆腐样品中细菌多样性进行了解析。结果表明,新疆维吾尔自治区塔城地区奶豆腐中优势细菌门为Proteobacteria(变形菌门)、Frimicutes(硬壁菌门)、Actinobacteria(放线菌门)和Bacteroidetes(拟杆菌门)。在所有样品中均存在且相对含量大于1.0%的细菌属为Lactobacillus(乳杆菌属,19.66%)、Acetobacter(醋酸杆菌属,16.69%)、Lactococcus(乳球菌属,13.90%)、Enterobacter(肠杆菌属,11.42%)、Staphylococcus(葡萄球菌属,3.33%)、Acinetobacter(不动杆菌属,2.79%)和Streptococcus(链球菌属,1.14%)。核心分类操作单元矩阵OTU注释为乳酸杆菌属、Macrococcus(巨球菌属)、乳球菌属、肠杆菌属、不动杆菌属和醋酸杆菌属。由此可见,塔城地区奶豆腐中含有大量的细菌类群,且以乳杆菌属、醋酸杆菌属、乳球菌属和肠杆菌属细菌为主。

摘要：本研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术解析伊犁哈萨克自治州奶疙瘩中细菌的群落结构,进而为新疆地区传统发酵乳制品的微生物解析提供数据支持。结果发现优势细菌门为Firmicutes(厚壁菌门),平均相对含量为99.26%、优势细菌属为Lactobacillus(乳杆菌属)和Streptococcus(链球菌属),平均相对含量分别为87.59%和9.48%;有18个操作分类单元(operational taxonomic units,OTU)存在于所有样品中,包含序列占总序列数的85.15%,其中OTU3705(属于Lactobacillus)、OTU4026(属于Lactobacillus)和OTU1780(属于Streptococcus)的平均相对含量分别为56.60%、18.76%和7.56%;通过PICRUSt分析发现,奶疙瘩中细菌代谢碳水化合物和氨基酸的功能较强。由此可见,奶疙瘩中具有大量代谢碳水化合物和氨基酸的细菌菌群,且以Lactobacillus和Streptococcus为优势细菌属。

摘要：目的探究溃疡性结肠炎大肠湿热证人群与健康人群肠道菌群结构差异。方法研究共采集14例溃疡性结肠炎大肠湿热证患者和14例健康人群粪便标本;根据细菌16S rRNA V3-V4区设计引物进行扩增,利用Illumina HiSeq2500平台进行高通量测序;测序结果经过Reads拼接,OUTs(operational taxonomic units)聚类,物种注释,α多样分析,主成分分析,最终得到样品物种信息。结果在溃疡性结肠炎大肠湿热组和健康人群组中之间肠道菌群存在显著性差异,(P=0.008<0.01);且大肠湿热证溃疡性结肠炎患者的肠道菌群多样性高于健康人群;溃疡性结肠炎患者与健康人群肠道菌群的丰度之间存在显著的差异,其中健康人群中以Bacteroidaceae、Bacteroides、Firmicutes、Clostridia等为主;溃疡性结肠炎患者以Lactobacillus、Lactobacillaceae、Erysipelotrichaceae、Erysipelotrichales等为主。另外,Akkermansia菌在溃疡性结肠炎患者中处于富集状态结论大肠湿热证溃疡性结肠炎患者与健康人群在肠道菌群多样性方面、菌群结构上存在显著差异。

摘要：椰枣是多年生的雌雄异株植物,生长速率缓慢,一般需要经过5到8年的营养生长阶段才开花,营养阶段无法辨别雌雄,而苗期保留更多的雌株会带来更大的经济效益。为了开发出椰枣早期性别鉴定高效、稳定的分子标记,本研究借助椰枣基因组高通量测序结果,运用生物信息学分析软件设计了14对SSR引物,最终通过PCR技术筛选出引物对DPSSR9能在椰枣雄性植株中扩增出稳定特异性条带,并进行了进一步验证。本研究结果对于椰枣早期性别鉴定具有一定的参考价值。

摘要：【目的】通过高通量测序平台对带鱼肌肉组织进行转录组测序,从海量数据中查找微卫星(SSR)位点并进行生物信息学分析,为科学制定带鱼种质资源保护对策和管理措施提供参考依据。【方法】基于Illumina HiSeq^(TM) 2500高通量测序平台对采自浙江舟山近海的带鱼肌肉组织进行转录组测序,经FastQC和Trimmomatic进行数据质量评估和过滤后,使用Trinity组装、去冗余得到Unigenes,再运用Micro-Satellite(MISA)挖掘SSR信息,并以Excel 2010计算SSR的数目、发生频率、出现频率、分布距离与密度、重复基元类别及重复区段长度等信息。【结果】带鱼肌肉组织转录组测序共获得40424018条Raw reads,经Trinity从头组装获得70113条Transcripts,去冗余后得到50482条Unigenes,其总长度为33886190 bp,平均长度为671.25 bp。使用MISA进行筛选,结果共发现18873个SSR位点,且这些SSR位点仅分布在其中的13082条Unigenes上,发生频率为25.91%,出现频率为37.39%。SSR按核苷酸重复类型进行分类,可分为单核苷酸重复、二核苷酸重复、三核苷酸重复、四核苷酸重复、五核苷酸重复和六核苷酸重复6种类型,以单核苷酸重复SSR数最多(10763个),出现频率高达21.32%;带鱼肌肉组织转录组SSR中共检测出173种重复基元,以四核苷酸重复基元种类最多(66种)、单核苷酸重复基元种类最少(4种)。单核苷酸重复中以A碱基的数量最多,有5167个(占48.09%);二核苷酸重复基元以TG为主,有692个(占19.55%);三核苷酸重复基元中以GAG为主,有206个(占10.08%);四核苷酸重复基元出现频率较高的有AAAC、ATGG、ATGT、CTGT、CTTT和TCCA,出现频率均为3.64%;五核苷酸重复和六核苷酸重复的基元类型数量分布较均匀,无明显优势重复基元。SSR基元重复次数主要分布在5~6次和10~12次,共9864个,占SSR总数的52.27%。【结论】经高通量测序获得的带鱼肌肉转录组SSR可用性高且具有较高的多态性潜能,在此基础上可有针对性进行引物设计,为带鱼遗传多样性评价、遗传结构分析及功能基因克隆等研究提供有效的分子标记,进而为其种质资源的保护与利用提供遗传学数据资料。

摘要：【目的】明确引致广西平乐县慈姑大面积黄化的主要病原物,为该病害的防治提供参考。【方法】从广西平乐县采集自然表现褪绿黄化症状的慈姑植株,分别提取其叶片和茎组织的总RNA,利用RNA-Seq高通量测序技术对其转录组进行测序,并对序列组装获得的重叠群(contigs)进行BLAST注释,筛选出注释为植原体16S rRNA序列的contigs,根据其序列设计引物Phy-F和Phy-R,以采集的褪绿黄化症状慈姑植株和无症状植株的叶片样本总DNA为模板,进行PCR鉴定。【结果】对扩增获得的长度为1.5 kb的DNA片段进行序列测定,从分子水平证实慈姑黄化病的病原为植原体(strain:AY-China)。将测序获得的植原体16S rRNA序列与GenBank收录的15个植原体分组代表菌株的16S rRNA序列进行比对分析并构建系统发育进化树,发现AY-China与翠菊黄化植原体16SrI组(Aster yellows group:16SrI)聚类在同一分支,且各组代表菌株的16S rRNA序列相似性在88.3%～96.0%。进一步将AY-China与16SrI不同亚组代表菌株的16S rRNA序列进行多重比对并构建系统发育进化树,发现AY-China与翠菊黄化植原体16SrI-B亚组聚类到在一分支,且与16SrI-B亚组代表菌株的16S rRNA序列相似性高达99.5%,说明AY-China应属于16SrI-B亚组。【结论】广西平乐县慈姑黄化病病原为植原体,其隶属于翠菊黄化植原体16SrI-B亚组。

摘要：【目的】探究甘蔗间作猫豆对甘蔗根际土壤微生物多样性的影响,为改善甘蔗根际土壤微生物群落结构及促进甘蔗生长提供理论参考。【方法】采用单因素试验设计,分析单作甘蔗(CK)和甘蔗间作猫豆(T处理)2种种植方式对甘蔗根际土壤养分的影响,并采用Illumina HiSeq高通量测序技术,在门和属水平上分析甘蔗根际土壤微生物群落结构,在种水平进行主成分(PCA)分析。【结果】T处理的根际土壤中全氮、全钾、水解性氮、有效磷和有机质含量均大于CK。T处理的根际土壤中细菌的丰富度和多样性高于真菌的丰富度和多样性;T处理的根际土壤中细菌丰富度高于CK,但差异不显著(P>0.05,下同),其多样性显著高于CK(P<0.05,下同);T处理的根际土壤中真菌的丰富度和多样性均显著高于CK。CK和T处理土壤样品的主要优势细菌门为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)和酸杆菌门(Acidobacteria),其相对丰度均大于10.00%,优势细菌属分别为水恒杆菌属(Mizugakiibacter)、游动四孢属(Luedemannella)、乳杆菌属(Acidothermus)和布氏杆菌属(Bryobacte),但T处理根际土壤样品中水恒杆菌属、游动四孢属和乳杆菌属的相对丰度分别较CK下降2.47%、1.78%和0.68%,其他细菌属分别增加0.10%~0.86%。CK和T处理根际土壤中优势真菌门为子囊菌门(Ascomycota),分别为80.00%和92.00%,其次是担子菌门(Basidiomycota),分别为8.00%和6.00%,排名前3的优势真菌属均为戴氏霉属(Taifanglania)、毛壳属(Chaetomium)和镰刀菌属(Fusarium)。CK和T处理的6份根际土壤样品在种水平上的主成分(PCA)分析结果显示,细菌群落PC1的变异为29.37%,PC2的变异为20.26%,二者的总贡献率为49.63%;真菌群落PC1的变异为33.44%,PC2的变异为27.73%,二者的总贡献率为56.17%。CK与T处理的细菌群落分别属于不同象限,CK位于第1和第3象限,而T处理位于第2和第4象限。【结论】甘蔗间作猫豆可改善甘蔗根际的土壤养分状况,改变甘蔗根际微生物的群落结构,提高细菌和真菌的丰富度和多样性,但未影响优势菌门的排序。