摘要：目的设计能检测麻疹病毒、犬瘟热病毒、牛瘟病毒、海豹瘟热病毒、海豚瘟热病毒和小反刍兽疫病毒的基因芯片探针,制备芯片用于以上病毒的种特异性检测。方法在ncbi网站下载上述病毒全部基因组序列信息,利用生物学软件CLUSTAL W对从GenBank中获得的6种病毒所有序列进行比对,获得每种病毒有意义的特异序列,以此作为设计oligo探针的备选序列,利用生物软件Primer Premier 5.0设计探针。选择最优化探针,制备基因芯片,并进行特异性验证。结果获得6条长度均一,退火温度相近,特异性良好的种特异性寡核苷酸探针。结论利用GenBank数据库和生物学软件Primer Premier 5.0设计病毒检测基因芯片探针,是一种快速、有效的方法。

摘要：目的建立主要麻疹病毒属病毒(麻疹病毒、犬瘟热病毒、小反刍兽疫病毒、牛瘟病毒、海豹瘟热病毒、海豚瘟热病毒等)种特异性检测基因芯片。方法应用生物信息学方法从GenBank获得麻疹病毒属病毒的全部基因组序列,以Primer Premier5.0软件设计针对上述病毒的寡核苷酸探针并制备基因芯片,以上述6种病毒及犬副流感病毒、VERO细胞及健康犬组织等验证寡核苷酸芯片的特异性,以细胞毒和临床病料检测基因芯片的灵敏度、特异性和重复性,芯片制备后低温放置3、6、12个月后检验其检测稳定性。结果基因芯片检测到麻疹病毒属病毒种特异性信号,无杂信号及交叉信号,芯片方法的灵敏度为10-2TCID50,是PCR的100倍,病料检测与PCR相符率为100%。结论初步建立了麻疹病毒属病毒种特异性基因芯片,该方法灵敏度高,特异性强,适用于麻疹病毒属的流行病学调查和种特异性鉴定。

摘要：小反刍兽疫病毒属于副黏病毒科麻疹病毒属成员。本研究对我国首次分离的小反刍兽疫病毒株China/Ti-bet/07进行了全基因组序列测定及分子生物学特征分析。根据GenBank公布的小反刍兽疫病毒基因组序列设计引物通过RT-PCR扩增病毒基因组内部序列,通过3′和5′-RACE获得病毒基因组末端序列。序列测定与分析的结果表明,China/Tib/07株全长15948bp,预测编码6种结构蛋白和2种非结构蛋白,与已发表小反刍兽疫病毒基因组的长度和结构相似;在系统进化上与西南亚流行毒株有很高的同源性(91.6%～98.1%);与麻疹病毒属的其它成员相比,与牛瘟病毒的同源性最高(64.3%)。