摘要：本研究运用Illumina Miseq高通量测序技术系统地分析了鄂尔多斯市荒漠草原在不同退化梯度下(轻度、中度、重度、极重度、对照)土壤微生物群落的多样性和群落组成等。结果显示:(1)土壤铵态氮(65.53 mg/kg)在轻度退化下表现较好;有效磷(22.12 mg/kg)在轻度退化下表现较好;速效钾(367.73 mg/kg)和有机质(82.49 g/kg)在对照下表现较好;pH变化不明显。(2)在中度退化下的细菌和真菌AsV种类相对较多,分别为975和209,土壤真菌较细菌变化更为显著;Alpha多样性指数在中度退化时表现较好,其中,细菌和真菌群落Chao1指数分别为2 338.02和384.49,shannon指数分别为10.28和5.80,在中度退化下均达到最高。在门分类水平上,土壤优势微生物种类相同;在属分类水平上,土壤优势微生物种类相差较大。(3)对荒漠草原土壤微生物的各项指标进行隶属函数综合分析,细菌表现为中度(0.55)>对照(0.51)>轻度(0.50)>重度(0.48)>极重度(0.47),真菌表现为中度(0.53)>对照(0.51)=轻度(0.51)>极重度(0.48)>重度(0.45)。由此可见,中度退化程度对土壤微生物影响最大,有利于促进荒漠草原区生态环境的可持续发展。

摘要：铜绿微囊藻(Microcystis aeruginosa)可引起藻类水华,其大量繁殖会对水体环境造成严重威胁。微生物除藻技术具有良好的应用前景。从陕西省西安市某水库的底泥中分离出一株对铜绿微囊藻具有溶解作用的菌株G2,经16s rdna序列分析鉴定为纤维弧菌属(Cellvibrio sp.),GenBank登录号为MW221316,并对G2溶解铜绿微囊藻的可行性进行了研究。结果表明,G2通过分泌胞外物质间接溶藻,稳定期的G2对藻类去除效果最佳;提高G2的投加比例(>10%)有助于提升溶藻效果;G2对温度的变化较敏感,5和25℃时除藻率分别可达(59.42±0.88)%和(63.10±1.42)%,温度高于75℃除藻效果不佳;pH和光照对除藻效果影响不显著,G2具有对酸碱耐受能力强(pH 3~11)的特点。综上,G2能有效地抑制铜绿微囊藻繁殖,可作为一种潜在的控制有害藻华的生物制剂。

摘要：菌群在促进人类健康方面发挥着重要的作用,而人体菌群紊乱可导致或加剧多种疾病。由于肺部菌群和肺部病变在空间上重叠,二者可能存在更紧密的联系。有研究者以肺部菌群为切入点,探索肺部疾病和健康的关系。但目前关于肺部菌群的检测技术和送检样本类型等实验实施过程中涉及的方法学问题尚未达成共识,样本污染问题在收集和测序过程中出现的频率越来越高,降低了研究的科学性和说服力。因此,为使研究者了解肺部菌群研究的方法学进展,避免陷入实验设计和方法选择的误区,本文就该领域的主要研究技术和影响肺部菌群检测结果的因素作一综述。

摘要：试验旨在探明撒坝仔猪盲肠发育及微生物多样性的特征,选用35日龄撒坝和长白仔猪各9头进行屠宰,利用HE染色和16s rdna测序技术研究两猪种盲肠形态学和微生物多样性的差异。结果显示:撒坝仔猪盲肠肌层厚度高于长白仔猪(P<0.01),隐窝深度(P<0.05)和隐窝深度/肌层厚度(P<0.01)低于长白仔猪;长白仔猪盲肠微生物observed species和PD whole tree指数高于撒坝仔猪(P<0.05);门水平上,撒坝和长白仔猪盲肠核心菌群为Bacteroidetes、Firmicutes、Fusobacteria和Proteobacteria;撒坝仔猪盲肠中相对丰度最高的4个属依次为Bacteroides、Alloprevotella、Fusobacterium和Prevotella,长白仔猪依次为Prevotella、Bacteroides、Fusobacterium和Alloprevotella;Opitutae(纲)、Bifidobacteriales(目)、Bifidobacteriaceae(科)及Megasphaera等7个属在撒坝仔猪盲肠中显著富集,Fibrobacteres等3个门、subdivision5等5个纲、Fibrobacterales等4个目、Fibrobacteraceae等5个科、Acetanaerobacterium等14个属在长白仔猪盲肠中显著富集;Galactose metabolism等6个信号通路在撒坝仔猪中显著富集,Membrane and intracellular structural molecules等9个信号通路在长白仔猪中显著富集。结果表明撒坝仔猪盲肠微生物多样性低于长白仔猪,撒坝仔猪和长白仔猪盲肠微生物相对丰度与功能存在显著差异,ETB和ETP分别为2猪种的肠型。

摘要：为研究不同酸化奶饲喂量对荷斯坦犊牛生长及断奶后期瘤胃菌群多样性的影响,试验采用单因子完全随机设计,选择健康状况良好荷斯坦母犊12头,随机均分为2组,对照组(L1组:自由采食)和试验组(L2组:限量饲喂)。结果表明,①不同饲喂量对哺乳期及断奶后期犊牛体重和日增重均有显著影响,自由采食使犊牛体重和日增重显著升高,对肠道发酵参数无显著影响。②两组样本中相对丰度最高菌门为拟杆菌门与厚壁菌门,属水平上相对丰度最高菌类为普雷沃氏菌属、瘤胃球菌属和毛螺菌属,均无显著差异,限量饲喂显著降低未注释韦荣氏菌属相对丰度(P<0.05);③利用LEfse分析限量饲喂组梭菌目、梭菌纲、疣微菌科、未注释疣微菌科相对丰度较自由采食组显著增加(P<0.05);栖瘤胃普雷沃菌、未注释普雷沃氏菌科、拟杆菌目、拟杆菌纲、普雷沃氏菌科相对丰度较自由采食组显著减少(P<0.05)。综上所述,自由采食酸化奶显著增加犊牛体重和日增重,提高未注释韦荣氏菌属、栖瘤胃普雷沃菌、未注释普雷沃氏菌科、拟杆菌目、拟杆菌纲、普雷沃氏菌科相对丰度,在提高犊牛生长速度同时对肠胃菌群也有一定调节作用。

摘要：为了研究茶渣对奶牛瘤胃发酵参数和微生物菌群多样性的影响,试验基于体外模拟瘤胃发酵试验技术,采用单因子试验设计,构建了6组不同茶渣添加剂量的发酵体系,其中对照组不添加茶渣,试验Ⅰ~Ⅴ组茶渣添加量分别为饲粮干物质的5%、10%、15%、20%、25%,每个处理组3个重复,发酵24 h后,取发酵体系瘤胃液,采用16s rdna技术进行瘤胃微生物多样性分析。结果表明:(1)饲粮中添加不同比例的茶渣对奶牛体外瘤胃发酵体系中pH和MCP浓度无显著性影响(P>0.05);随着茶渣添加量的提高,试验Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ组的NH3-N浓度均显著低于对照组、Ⅰ组(P0.05)。(3)与对照组相比,试验Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ及Ⅴ组的Ace指数、Chao1指数、shannon指数和simpson指数差异均不显著(P>0.05)。(4)与试验组相比,脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)和克里斯滕森菌科(Christensenellaceae)在对照组富集。综上所述,本试验条件下,饲粮中添加茶渣会降低瘤胃NH3-N浓度,提高TVFA含量,提高拟杆菌门、螺旋体门及纤维杆菌门的相对丰度,降低厚壁菌门的相对丰度,但不会显著改变瘤胃微生物菌群多样性指数。

摘要：为提高牛奶中大肠杆菌的检测效率,简化分析流程,该文建立基于成簇的规则间隔短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRIsPR)的牛奶中大肠杆菌快速检测体系。首先,构建CRIsPR相关蛋白(CRIsPR-associated protein,CRIsPR-Cas),CRIsPR-Cas12a的重组表达质粒,并将其转化至BL21感受态细胞,利用异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(lsopropyl β-D-thiogalactoside,IPTG)诱导表达Cas12a蛋白。然后,通过麦芽糖结合蛋白(maltose binding protein,MBP)亲和层析、凝胶过滤层析等方法将Cas12a蛋白进行纯化。最后,设计靶向大肠杆菌16s rdna目的片段的特异性CRIsPR RNA (crRNA),将特异性的crRNA、大肠杆菌16s rdna的聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)胶纯化产物和纯化的Cas12a蛋白进行混合,建立CRIsPR-Cas12a靶向切割体系。验证结果显示该体系可用于检测牛奶样品中的大肠杆菌。

摘要：海藻共附生细菌密切参与宿主的生长发育、营养吸收等重要过程,浒苔(Ulva prolifera)是构成黄海绿潮的唯一优势种,对其共附生细菌开展群落结构分析,有望为成灾机制研究提供重要线索。由于植物叶绿体基因组同时具备原核特征和高拷贝数,会严重干扰共附生细菌基于16s rdna的序列扩增。高等植物中开发了通用引物799F,利用其3′末端与植物同源区的非配对双碱基,可实现对细菌来源序列的特异性扩增。本文针对多个浒苔群体样本,首次评价了引物799F在藻类中的适用性,发现799F的3′末端与浒苔叶绿体同源区仅存在非配对单碱基,其扩增仍会受到浒苔叶绿体严重干扰。在引物799F的基础上,设计了新引物800F,与通用反向引物1492R配对扩增细菌16s rdna中具高分辨率的V5-V9可变区,配合使用具热启动功能、同时不具校对功能的DNA聚合酶,可基本完全避免浒苔叶绿体来源序列的扩增,并阐明了方法的原理。优化的引物扩增方案可用于浒苔共附生细菌群落结构分析。

摘要：采用悬浮载体生物膜反应器对连续流CANON系统进行了研究。结果表明,在进水NH4+-N为320~380 mg/L、温度为(32±1)℃的情况下,控制HRT为48 h、DO为1.0~1.5 mg/L时系统对NO2--N积累率>90%,在达到稳定亚硝化状态又运行164 d后,反应器逐渐转变为CANON系统。16s rdna宏基因组高通量测序显示,Proteobacteria和Planctomycetes是填料生物膜的主要脱氮菌群,系统未检测出NOB菌属。

摘要：试验旨在研究通过16s rdna高通量测序分析技术测定饲粮中添加γ-聚谷氨酸(γ-PGA)对小尾寒羊瘤胃发酵参数及菌群结构的影响。采用单因素完全随机试验设计,选取检疫合格、体重(37.1±0.5)kg的3月龄小尾寒羊公羊24只,随机分为对照组和试验组。对照组饲喂基础饲粮,试验组在基础饲粮中添加20 g/(只·d)的γ-PGA,预试期14 d,正试期7 d,正试期第7天晨饲2 h后通过瘤胃液采样器采集瘤胃液测定瘤胃发酵参数,并利用16s rdna高通量测序分析技术测定瘤胃液中菌群结构。结果表明:试验组小尾寒羊瘤胃液氨态氮(P0.05);在属水平上,饲粮添加γ-PGA后小尾寒羊瘤胃液中普雷沃式菌属的相对丰度提高了8.2%,并且可提高小尾寒羊瘤胃内解琥珀酸菌属的相对丰度(P<0.01)。由此可见,饲粮中添加γ-PGA能够极显著提高小尾寒羊瘤胃乙酸、氨态氮及菌群多样性,对其纤维素降解菌的生长影响显著,可提高拟杆菌门和互养菌门的相对丰度,还能够提高普雷沃式菌属的相对丰度。