摘要：目的研究苯并咪唑类衍生物抗宫颈癌的构效关系,对其进行合理设计与修饰,并运用分子对接技术模拟化合物与PI3Kα以及微管蛋白的作用方式。方法运用比较分子力场分析法(CoMFA)和比较分子相似性指数分析法(CoMSIA)对30个苯并咪唑类衍生物进行三维定量构效关系(3d-qsar)分析,同时采用分子对接研究化合物与PI3Kα亚型激酶4JPS、微管蛋白1SA0之间的相互作用方式。结果与结论构建的CoMFA(q^(2)=0.618,R^(2)=0.877)和CoMSIA(q^(2)=0.612,R^(2)=0.855)模型具有良好的统计学意义和预测能力,依据该模型设计9个新化合物,其中化合物33预测值最高。分子对接显示化合物33可与4JPS的Asn467、1SA0的Asp251氨基酸残基形成氢键作用,结合能高于模板化合物16。本研究可为苯并咪唑类PI3Kα和微管蛋白双重抗宫颈癌药物的设计和结构优化提供参考。

摘要：本文通过三维定量构效关系(3d-qsar)建模、分子对接和分子动力学模拟,探讨了41个N-取代马来酰亚胺类衍生物与人单酰甘油脂肪酶(hMGL)的相互作用,并构建了相关模型。其中,比较分子力场分析模型(CoMFA、q^(2)=0.541、r^(2)=0.972)和比较分子相似性指数分析模型(CoMSIA、q^(2)=0.588、r^(2)=0.919)具有较好的预测能力。qsar模型等势图阐明了该系列化合物生物活性与结构的关系,并依此设计了系列衍生物。采用分子对接和分子动力学模拟探讨了高活性化合物36、46与hMGL(PdB Id:3PE6)的结合模式和稳定性,结果表明二者主要通过氢键和疏水相互作用与hMGL结合并且形成了稳定的复合物。随后对pIC_(50)预测值优于文献报道中最高活性化合物36的8个衍生物进行分子对接和AdMET预测,选择2个衍生物进行分子动力学模拟,结果表明2个衍生物分别与hMGL形成的复合物结合构象稳定。本研究为新型N-取代马来酰亚胺类hMGL抑制剂的开发提供了理论依据。

摘要：使用比较分子力场分析法(CoMFA)和比较分子相似性指数法(CoMSIA)对33个已报道的喹啉酮类BRd4抑制剂进行3d-qsar模型建立,研究了其化学结构和生物活性间的关系,并用计算机辅助药物设计(computer-aided drug design,CAdd)设计出7个喹啉酮类抑制剂。结果表明,建立的CoMFA(q^(2)=0.926,r^(2)=0.997,r^(2)_(pred)=0.744)和CoMSIA(q^(2)=0.939,r^(2)=0.991,r^(2)_(pred)=0.786)模型具有较好的预测能力,基于这些模型设计的7个新喹啉酮类BRd4抑制剂具有高活性,并对其进行AdMET性质评价和类药性分析。以上研究结果有助于改造和开发更加有效的喹啉酮类BRd4抑制剂。

摘要：在药物设计合成过程中计算机辅助药物设计已经成为一种不可或缺的工具,其中,三维定量构效关系方法的应用最为广泛.文章简要介绍了姜黄素的研究进展,重点介绍计算机辅助药物设计的原理方法,综述了三维定量构效关系在药物设计中的应用,分析了三维定量构效关系在指导姜黄素类似物设计合成方面的现状,对3d-qsar方法指导设计姜黄素类似物合成进行了展望,同时指出计算机辅助药物设计存在的一些问题.

摘要：N-甲基-d-天冬氨酸受体(NMdAR)拮抗剂用于治疗患者的疼痛,常用于缓解癌痛,近期文献中报道了NMdAR信号通路可以促进肿瘤生长和侵袭的能力,目的:本文中运用3d-qsar建模的方法对NMdAR拮抗剂进行构效关系分析并对其化合物结构进行优化改造。方法:基于共同骨架对分子进行叠合,并在此基础上采用Sybyl-X2.1中的三维定量构效关系(3d-qsar)模块建立了Co MFA和Co MSIA模型。结果:其中,基于公共骨架叠合方法所得3d-qsar模型的评价参数中最佳结果如下所示,Co MFA:Q^2=0.691,R^2=0.995,F=511.269,SEE=0.083;Co MSIA:Q^2=0.715,R^2=0.998,F=1396.317,SEE=0.051,(Q^2为交叉验证系数,R^2为非交叉验证系数)。结论:数据证明模型具有较好的预测能力,可以较好地指导四氢喹啉类NMdAR拮抗剂的设计和改造,得到活性更好地化合物。

摘要：Aim and methods The study of three-dimensional quantitative structure-activity relationship （3d-qsar） of ddPH and its derivatives has been performed using Apex-3d programme. Results The result indicates that substituents of para- and ortho-positions in phenyl ring of aryloxyalkylamine greatly influence the bioactivity. Conclusion The biophore model and 3d-qsar equation help us not only further understand receptor-ligand interactions, but also design new compounds with better bioactivity.

摘要：大麻素2型受体可在多种病理情况下发挥作用,与各种神经退行性疾病、肾小管线粒体功能障碍和肾脏衰竭、抗炎镇痛、免疫调节、溃疡性结肠炎、缺血性卒中、骨质疏松、代谢障碍以及癌症等各类疾病的作用机制息息相关,显示出良好的治疗前景。为研究吲哚类CB2配体的3d-qsar模型,选取22个吲哚类CB2配体,构建两个不同的训练集,使用3d-qsar中CoMFA和CoMSIA方法构建四个可靠稳定且具有良好的预测能力的模型。其中3d-qsar模型的结果为CoMFA 1(q^(2)=0.645,r^(2)=0.984)、CoMSIA 1(q^(2)=0.516,r^(2)=0.970)与CoMFA_(2)(q^(2)=0.619,r^(2)=0.975)、CoMSIA_(2)(q^(2)=0.674,r^(2)=0.974),进一步采用测试集以及Y-随机化试验进行外部验证,结果显示四个模型均满足相应的验证标准,表明模型具有良好的预测能力。并对等势图进行分析,为后续吲哚类CB2配体的设计提供一定的理论参考。

摘要：组蛋白去乙酰化酶(HdAC)对染色质分布和基因调节起着重要的作用,也是治疗癌症和其它疾病的新靶点.羟肟酸类抑制剂是目前研究最多的组蛋白去乙酰化酶抑制剂.应用比较分子力场(CoMFA)法对一系列磺胺基羟肟酸类HdAC抑制剂进行了结构活性关系研究,得到的模型具有较高的交叉验证系数(q2=0.704).并在此基础上,建立了非交叉验证的偏最小二乘分析(PLS)模型.用该模型对随机选择的6个化合物组成的测试集进行了预测,得到了令人满意的结果,所建模型具有良好的预测能力.本研究对于设计高活性的HdAC抑制剂及抗癌药物都有指导意义.

摘要：以光系统Ⅱ抑制剂dISCO(dIStance COmparisons)模型的活性构象分子作为模板,利用比较分子场分析方法对三类结构不同的化合物进行了三维构效关系的研究。研究结果有助于对dISCO重叠模型的评估和新型PSⅡ抑制剂的设计与合成。

摘要：为了探寻以天然可再生资源为基础的生物活性分子,设计并合成了24个新型含天然蒎烯结构的4-酰基-3-氨基-1,2,4-三唑-硫醚衍生物,通过IR,^(1)H NMR,^(13)C NMR,ESI-MS和元素分析对所有目标化合物的结构进行了表征.初步的离体抑菌活性测试结果表明,在质量浓度为50μg/mL时,目标化合物对测试的8种植物病原菌表现出一定的抑菌活性,其中有4个化合物对苹果轮纹病菌有优良的抑菌活性,远优于阳性对照百菌清;2个化合物对花生褐斑病菌有良好的抑制活性,远优于阳性对照百菌清.使用比较分子力场分析法(CoMFA)对目标化合物的抗苹果轮纹病菌活性进行了初步的三维定量构效关系(3d-qsar)分析,建立了一个合理的3d-qsar模型(r^(2)=0.961,q^(2)=0.613).此外,分子对接结果表明,目标化合物诺卜醇基4-(4'-氟苯甲酰基)-3-氨基-1,2,4-三唑-硫醚(5k)在琥珀酸脱氢酶(SdH)活性口袋的结合模式与商品杀菌剂萎锈灵相似.