摘要：采用Topomer comfa方法对42个4-羟氨基-α-吡喃酮甲酰胺类似物进行三维定量构效关系(3D-QSAR)分析.所得最优模型的拟合、交互验证、及外部验证的复相关系数分别为0.926、0.638、0.923,结果表明该模型具有良好的稳定性和预测能力.采用Topomer Search技术在ZINK数据库中进行虚拟筛选,筛选出2个R1基团和16个R2基团,进而设计出32个具有更高活性的新型4-羟氨基-α-吡喃酮甲酰胺类化合物.采用分子对接技术对药物与受体的作用机制进行了研究,结果显示,药物与蛋白酶的ARG47、ILE368和GLY201位点作用明显,该QSAR的研究结果可为新药合成提供理论参考.

摘要：髓细胞白血病因子-1(Mcl-1)在多种细胞的生存与死亡中发挥着重要的作用,参与多种肿瘤的发生,已经成为新的研究热点。本文针对52个Mcl-1抑制剂2-吲哚酰基磺酰胺类化合物进行三维定量关系(3D-QSAR)研究,研究其结构与活性的关系。为此,基于分子的共同骨架叠合运用比较分子立场分析(comfa)和比较分子相似性指数分析(CoMSIA)两种经典的方法进行了三维定量构效关系的研究,建立相应模型,进行分子结构和抗肿瘤活性的分析。comfa模型的交叉验证系数q^2为0.714,相关系数r^2为0.992,预测相关系数r^2pred为0.654,立体场和静电场对活性的贡献为62%和38%。CoMSIA模型的交叉验证系数q^2为0.785,相关系数r^2为0.984,预测相关系数r^2pred为0.763。立体场、静电场、疏水场对活性的贡献为25.1%、41.0%和33.9%。数据证明上述模型都显示出了较好的预测性,为设计新型高活性的小分子抑制剂提供了有效信息。

摘要：采用"一锅法"设计合成了12个新的N-硝基-2,4,6-三氯苯基脲类化合物,并通过核磁共振氢波谱、红外光谱和元素分析对所有化合物的结构进行了表征。在系统测定化合物对苋菜除草活性的IC50值的基础上,采用comfa方法对其定量构效关系进行了研究。三维定量构效关系研究表明:对于脲桥右侧苯环取代基的改造,宜在3位引入一些体积较小的电负性基团,而在4位上应该引入体积较大的电正性取代基,有利于化合物除草活性的提高。

摘要：定量构效关系是目前国际上一个比较活跃的研究领域.本文简要介绍了定量构效关系的发展历史及定量构效关系研究中常用方法等,其中较为详细地介绍了三维定量构效关系中广泛应用的comfa方法.综述了定量构效关系在环境污染物分析以及在农药、医药设计中的应用,并对定量构效关系研究的发展趋势进行了展望.

摘要：准确地预测配体－受体的结合常数是基于受体结构设计（ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ－ｂａｓｅｄｄｅｓｉｇｎ）的一个重要方面。目前的全新设计（ｄｅｎｏｖｏｄｅｓｉｇｎ）或３Ｄ数据库搜寻的方法大都侧重于结构的生成而对结构的定量评价有所忽视，本文以附睾维甲酸结合蛋白（ＥＲＡＢＰ）为模板，用ＤＯＣＫ程序研究了一组维甲类化合物与受体的相互作用，得到一个预测受体结合常数的方程。另外，对ＤＯＣＫ后的分子构象进行了ＣｏＭＦＡ分析，得到这类化合物的作用模型。

摘要：运用比较分子力场(comfa)和比较相似性指数分析(CoMSIA)方法研究了50个HLA-A* 0201限制性CTL表位九肽结构与亲和性间的关系,另外15个表位九肽作为预测集用于检验模型的预测能力。结果表明,采用CoMSIA得到的构效关系模型(q2 =0.608,r2 =0.987,F=440.4,SD=0. 111)要明显优于采用comfa得到的构效关系模型。在CoMSIA计算中,当引入疏水场时,三维构效关系模型得到明显改善,通过该三维构效关系模型,可较精确地估算预测集中15个CTL表位肽与HLA-A* 0201间的亲和力(r2pred=0. 703,SD=0. 368)。通过分析分子场等势面图在空间的分布,可以观察到表位肽分子周围的立体及疏水特征对表位肽与HLA-A* 0201间结合亲和力的影响,从而为进一步对CTL表位肽进行结构改造并基于此进行治疗性疫苗分子设计提供理论基础。

摘要：UDP-N-乙酰胞壁酰-L-丙氨酸-D-谷氨酸连接酶(MurD)在细胞质中催化D-谷氨酸(D-Glu)和UDP-N-乙酰胞壁酰-L-丙氨酸(UDP-MurNAc-L-Ala)之间的酰胺键形成UDP-N-乙酰胞壁酰-L-丙氨酸-D-谷氨酸(UDP-MurNAc-L-Ala-DGlu).由于MurD对D型氨基酸表现出非常高的特异性,使得它被认为是发现选择性抗菌剂的新靶标之一.通过利用从相关文献中获取的31个大肠杆菌MurD抑制剂建立3D-QSAR预测模型.以分子对接获得的打分较高的活性构象为模版,对选择的分子进行叠合,从中随机选择26个化合物作为训练集建立比较分子场分析(comfa)模型,该模型的去一交叉验证(LOO)相关系数q^2=0.515(comfa).剩余的5个化合物组成测试集以验证模型的预测性能,相应的相关系数R2press=0.701 8(comfa).结果表明建立的comfa模型具有较好的预测能力,研究结果将为今后的MurD抑制剂设计和开发提供参考信息.

摘要：TGF-β信号的转导与纤维化疾病的发生及癌细胞的侵入和转移高度相关,而TGF-β信号通路中的重要节点ALK5是治疗这些疾病的理想靶标。本文针对31个新型咪唑[2,1-b][1,3,4]噻二唑类ALK5抑制剂,分别运用Co MFA和Co MSIA两种经典方法进行了3D-QSAR研究,并获得了预测能力较优的两个模型(Co MFA:q2=0.803,r2=0.969;Co MSIA:q2=0.765,r2=0.938)。3D-QSAR模型三维等值图揭示了一些结构特性与抑制活性的关系,为该类药物结构改造提供了有效信息,可减少设计合成工作量,提高新药研发成功的可能性。

摘要：目的　建立NMDA受体甘氨酸位点拮抗剂的三维构效关系 (3D QSAR)模型。方法和结果　使用比较分子场分析法 (comfa)建立的 3D QSAR模型 ,交叉验证回归系数R2 cv、非交叉验证回归系数R2 和标准偏差SEE分别为 0 6 5 0 ,0 940和 0 330 ,说明系列化合物分子周围立体场和静电场的分布与生物活性间存在良好的相关性。结论　所得模型较好的模拟了受体结合腔穴的立体和静电性质 ,可用于综合解释已报道的甘氨酸位点拮抗剂构效关系研究结果 ,并对文献中较少或较模糊的一些区域作了新的探讨 ,可用来指导设计新的先导物分子。

摘要：对-羟苯基丙酮酸双氧化酶(HPPD)是治疗络氨酸Ⅰ型血症的重要靶标。HPPD抑制剂可以有效的缓解络氨酸Ⅰ型血症症状。文章针对33个以吡唑-苯并咪唑酮为基本骨架的HPPD抑制剂,分别运用比较分子场分析(Co MFA)和比较分子相似性分析(Co MSIA)两种经典方法进行了三维定量构效关系(3D-QSAR)研究,并获得了预测能力较优的两个模型(Co MFA:q2=0.792,r2=0.947;Co MSIA:q2=0.836,r2=0.934)。3D-QSAR模型三维等值图揭示了一些结构特性与抑制活性的关系,为该类药物结构改造提供了有效信息,可减少设计合成工作量,提高新药研发成功的可能性。