摘要：dna计算是将现实问题进行编码,映射到dna分子上,然后通过分子生物实验产生出代表问题解的dna分子,最后通过检测技术提取出该dna分子.高质量的dna编码可以尽可能避免或减少计算过程中出现的错误,并使检测阶段易于提取出代表问题解的dna分子.文中对基于汉明距离和基于自由能的dna核酸编码方法进行研究,分析了两类方法的约束条件对dna编码质量的影响,比较了两类方法排除非特异性杂交的完备性和计算量,进一步分析了两类方法编码dna序列的效率.通过分析和比较得到,两类dna计算编码方法都能有效地限制dna分子间的非特异性杂交,其中基于汉明距离的dna编码方法的计算量比较小,但是它仅能近似地估计dna分子间杂交的热力学稳定性,不能完全替代最小自由能的编码方法.在满足dna计算试验精度要求的条件下,采用基于汉明距离的dna编码设计方法不仅能有效地的挑选出特异性杂交和非特异性杂交的dna序列,还能有效地减少计算量,从而提高dna序列设计的效率.

摘要：编码问题仍是目前dna计算中的重点和难点之一,实践证明通过有效的编码设计能够提高dna计算过程中可靠性.本文介绍了约束条件的生物学特性,分析了约束条件与编码数量的关系,并给出编码的计数公式.文中设计了一种基于三字母表{A,T,C}的线性码的编码构造算法,并对运行结果进行了比较分析,同时分析了结果编码的热力学性质.最后指出dna计算编码存在的问题及下一步的研究方向.

摘要：提出了dna计算模型应用于圆柱度误差评定的方法,除了常规遗传算法搜索效率高、全局优化性能好的特点外,该方法的一个突出特点是可以根据待求设计参数的取值范围,设计相应的参数遗传密码表,从而将所有的误差评定算法统一在一个算法之中。

摘要：讨论了dna计算的机理,给出了dna计算的基本生化实验.对电路布线问题,提出了dna算法,即首先对导线的顺序进行dna编码,其次通过杂交反应产生所有可行解,最后通过电泳实验得到最优解.对所得结果进行检测时采用了dna芯片和分子信标技术,对探针进行生物素标记解读出最优解.该算法的核心运算是杂交反应,算法总的操作次数为n+3,其中n为电路布线问题的规模.最后,通过6对接线柱的例子说明了dna算法的有效性和正确性.

摘要：对赋权图上经典优化问题的dna计算方法进行探讨,改进原有dna计算模型中的权值编码方法,提出一些新的dna编码方法及dna算法.具体地说,通过设计赋权无向图的相对长度图给出了旅行商问题的一种相对长度dna编码方法及dna算法,通过设计赋权无向图的广义边图给出了中国邮递员问题的一种广义边图dna编码方法及dna算法,通过选取dna序列的最佳逆补比对给出了最小生成树问题的一种基于逆补比对的dna编码方法及dna算法,通过设计从顶点覆盖问题到Hamilton回路问题的一种改进多项式变换给出了顶点覆盖问题的一种基于多项式变换的dna编码方法及dna算法.所设计的dna计算方法提高了dna计算中表示数值和处理数值的能力.

摘要：提出了一种优化设计方案。该方案的各项评价指标均优于根据以往文献提供的方法所能得到的最好结果。尤其是所提出的海明距离测度方法,进一步保证了特异性杂交产生的自由能远大于非特异性杂交所产生的自由能,便于进行dna编码序列的设计与选择,为可控的dna计算提供可靠有效的编码序列。

摘要：将dna计算应用于产品创新设计的建模过程中。建立经验产品模型库,对产品的功能、结构、外观等因素进行dna编码。针对用户需求,对目标产品进行编码,利用dna计算实现联想记忆,构建计算模型。采用进化技术对建立的模型进行杂交、变异、布尔运算等创新操作,产生各种创新产品。通过一个桌子创新设计实例验证该方法的可行性和实用性。

摘要：电子计算机的发展给人类社会进步带来了极大的推动作用,但是随着电子计算机制造工艺趋于极限,人们迫切需要找到一种新的计算体系来满足日益增长的计算需求。dna计算因其超强的信息存储、大规模的并行计算能力和超低的能耗而受到了广泛的关注。自1994年Adleman博士在实验室利用dna完成了一个6顶点哈密尔顿路求解问题开始,各种计算模型纷纷涌现。本文首先对dna计算的基本原理和实验操作手段进行了简单的介绍,然后对dna相关的理论进行了阐述,包括dna计算中序列编码设计的理论、dna计算模型复杂度分析与通用计算能力的证明;在此基础上,对突破性的dna计算模型进行了概括,进而根据实验操作的具体手段将所有已知模型进行了分类,按照类别进行了综述,并随后挑选了该类别中经典的模型进行更为直观的分析。更进一步,在文章的最后,结合笔者的工作对dna计算领域的前景进行了展望。

摘要：用于逻辑调控基因表达分子自动机的研究是dna计算的重要研究领域.文中将脱氧核酶技术应用于dna计算研究当中,利用脱氧核酶的特性,特别是可以作为反义药物的特点,作为构建分子自动机的主要材料,设计了调控基因H-ras表达的dna计算模型,而且模型也可适用于其它过表达基因的调控.结合dna计算具备的高度并行性和智能性的优点,该模型为dna计算在基因表达调控方面的应用做了进一步探索.

摘要：文章重点讨论了在dna计算中突变误差的处理问题,其中包括突变误差的数据空间、突变误差的自动纠正和纠错码在dna操作系统设计中的应用问题。并在分析突变误差数据空间、突变误差纠错码的基础上,提出了解决dna计算中突变误差问题的方案。