摘要：为了在茶树中开发est-ssrs功能性标记，利用生物信息学方法对NCBI网上公开的3288奈茶树（Camellia subebsus）ests序列进行est-ssrs特征分析。剔除冗余序列，得到非冗余序列2083条。在非冗余序列中发现含不同重复基元ssrs的est序列有385条，共486个est-ssrs，平均相隔2．10kb出现1个SSR。在2～6bp的重复基元中，二核苷酸重复基元的ssrs出现频率最高（51．97％），其次是三核苷酸（19．55％）。对所有的重复基元类型进行统计分析发现，所占比例最高的是AG／CT（47．74％），其次分别是AT／TA（4．73％）和AAG／CTT（4．73％）。利用Prime5软件，设计了206对est-ssrs引物，随机选用72对引物进行SSR扩增，发现31对引物可以扩增出条带，其中29对引物具有多态性，多态性比率为93．5％。这些est-ssrs将有助于茶树基因组学方面的研究。

摘要：本研究对大菱鲆est数据库中12 434条序列进行微卫星搜索,共搜索出831条est-SSR序列,其中l6条为明确标注免疫相关功能的基因序列.根据此l6条est-SSR序列设计引物,经过PCR扩增检测和反应条件的优化,最终筛选出9对扩增效果理想的est-SSR标记对大菱鲆减数分裂雌核发育二倍体子代进行遗传变异检测,结果表明:在Scoph-2-1、Scoph-7-1、Scoph-10-1微卫星位点上大菱鲆亲本和雌核发育二倍体子代均为纯合基因型,其余6个微卫星位点(Psetta-1-1、Psetta-1-2、Psetta-3-1、Psetta-3-2、Scoph-4-1、Scoph-6-1)在大菱鲆雌核发育二倍体仔鱼群体中的观测杂合度≥0.700,期望杂合度>0.460,平均期望杂合度为0.503.大菱鲆减数分裂雌核发育二倍体还显示出较高的重组率,平均重组率为89%;综合上述结果推断,9个免疫相关est-ssrs标记可有效地用于分析大菱鲆减数分裂雌核发育二倍体子代的遗传变异;6个位点的重组率计算结果能够为今后对大菱鲆的着丝粒进行精确定位提供依据.

摘要：为了解普通小麦est来源的微卫星的多样性,从大约1 000个包含微卫星的ests中设计了300对引物,研究和评估了它们的多态性水平,并且将多态性标记加入到现有的遗传图谱中。在五种不同类型的重复单元中,三个碱基的重复单元出现最多,占到77%。几乎所有的est-ssrs标记(99.3%)的重复单元都含有G-C碱基对。37.4%的微卫星都是四次重复。对于扩增和多态性,300对引物中有60对没有扩增,21.3%的扩增引物没能产生预期的扩增片断。58%的标记至少在所用8个材料的一个中显示出多态性。W7984和Opata组合表现出最高的多态性水平。大多数普通小麦est-ssrs标记的重复次数小于10,并且4次重复是最为普遍的。81个新的est-SSR位点被添加到两个已有的参照遗传图谱中(62个加到ITMI,19个加到CTCS)。研究结果表明小麦est-ssrs标记展示了一些不同于基因组微卫星的特异特征,在标记发展和其他遗传应用中,这就使得它们能够成为一种非常有价值的资源。

摘要：利用蒺藜苜蓿(Medicagotruncatula)est数据库开发新的est-ssrs标记,分析est-ssrs的分布特征。利用SSRIT软件对NCBI上公布的285 285条蒺藜苜蓿est序列进行SSR序列的检测,共检测出6 688个SSR序列,分布于6 512个est中,占整个est数据库的2.28%。其中二核苷酸重复基元出现的频率最高,占总est-ssrs的34.4%(2 301条),其次是三核苷酸重复基元,占29.6%(1 982条),4～6核苷酸重复基元所占比例均较小。利用Pri mer Premier 5.0随机设计100对est-ssrs引物,PCR扩增结果表明,85对引物在蒺藜苜蓿RIL群体亲本A17和A20上有清晰的扩增条带,占合成引物总数的85%,在RIL-8群体中检测到29个est-ssrs引物有多态性,占可扩增引物的34.1%。本研究开发了85个蒺藜苜蓿est-ssrs新标记。

摘要：随着橡胶树大量ests序列的产生,为est-ssrs发掘提供了丰富的公共序列资源。本研究首先将11809条橡胶树ests组装成3932条非冗余序列,其中323条ests检索到ssrs358个,ssrs出现的频率为9.1%。SSR重复单元共93种,其中二核苷酸重复(57.5%)、三核苷酸重复(26.0%)和六核苷酸重复(12.8%)占所有重复单元的96.3%。对323条SSR-ests进行特异扩增引物设计,共获得158对引物,对48份包括31份魏可汉种质、12份1981'野生种质、2份色宝橡胶、2份光亮橡胶和1份少花橡胶扩增,其中60对引物扩增出1条预期长度DNA片段,占所有设计引物的38%,并筛选到40对具有多态性的引物。est-ssrs标记的发掘为巴西橡胶树分子辅助育种、种质资源功能遗传多样性分析等研究提供了良好的标记。

摘要：利用NCBI公共数据库下载获得的3 306条茶树est,去除其中低质量和冗余的序列,得到全长为635.46 kb的1 335条无冗余est,在这些序列中共发现216个SSR,分布于185个est中,出现的频率为16.18%,平均每2.94 kb的表达序列中有1个SSR。茶树的est-SSR类型丰富,其中二核苷酸重复出现的频率最高,占主导地位。利用Primer 5.0软件从185条含有SSR的est中设计引物100对,从中随机选取60对引物检测est-SSR在云南茶树资源中的多态性。结果表明,有30对引物在供试的63份茶树资源中得到有效扩增,并具有多态性;共检测到等位基因数71个,每对引物检测出的等位基因数2~8个,平均4.9个;多态信息量（PIC）变幅为0~0.731,平均为0.499;观察杂合度变幅为0~0.970,平均0.392。est-SSR标记分析表明云南茶树资源具有较高的遗传多样性。

摘要：ests数据库的发展为分子标记的开发提供了宝贵的资源。本研究从NCBI下载与杨树木质部形成相关的5359条ests序列,在其中257条序列中检测到279个ssrs位点,检出率为5.2%。全部ssrs共分为84种重复单元,平均长度18.2bp,变幅为15～36bp,平均分布频率1/6.94kb。所有类型中三核苷酸重复单元占总ssrs的41.3%,处于主导地位。AAG占三核苷酸重复单元的比例为27.0%,是三核苷酸重复单元中的优势重复类型。利用primer3在线设计引物,通过生物信息学方法筛选出7对引物,其中6对扩增效果较好。利用筛选出的引物对19个杨树无性系进行扩增,每对引物产生多态性条带数目为3～6条,平均4.16条。引物多态信息量变化范围为0.2267～0.9845,平均0.5485。应用NTSYS软件在相似系数为0.68水平可将19个杨树无性系准确聚类。研究结果表明,利用ests序列进行ssrs的开发是一种切实有效的方法,为est-ssrs在杨树遗传图谱构建以及遗传多样性等方面的应用奠定了基础。

摘要：在前期月季花香突变体差减文库est序列信息的工作基础上,文章开发出新的与花香相关的SSR标记。从正反向差减文库391条est中检索到10条含有10个SSR的序列,SSR的检出率为2.6%,est-SSR的重复基元共搜索到10种。利用部分est-ssrs序列设计了6对SSR引物,以花香突变体‘往日情怀’及其野生型‘金银岛’DNA为模板,对引物进行筛选,5对引物有扩增条带,其中3对引物有特异性扩增条带。同时利用这些可扩增的引物对典型芳香和无香两组月季栽培品种进行多态性检测,发现这5对引物均显示多态性。表明所建立的SSR标记是一种可行而有效的方法。

摘要：以草鱼(Ctenopharyngodon idella)脑、肌肉、肝等组织构建cDNA文库,经测序获得unigenes序列45 318个,从中筛选微卫星序列共5 556个,据此设计est-SSR引物118对,其中19对引物能够扩增出带型清晰且多态性较高的谱带。用这19个est-SSR标记研究3个长江水系群体(石首、监利和长沙)和2个珠江水系群体(清远和肇庆)草鱼的遗传结构。结果表明,5个群体的平均多态信息含量(PIC)为0.415 4～0.460 4,显示草鱼群体的遗传多样性偏低;平均观测杂合度(Ho)为0.415 8～0.501 3,平均期望杂合度为(He)0.450 6～0.502 8,其中,长沙群体平均期望杂合度最高,为0.502 8,监利群体的平均观察杂合度和平均期望杂合度均最低,分别为0.415 8和0.450 6,即长沙群体的遗传多样性最高,监利群体的遗传多样性最低;对数据进行F-检验,结果表明,群体间的遗传分化程度低。Hardy-Weinberg平衡的卡方检验结果表明,5个群体均一定程度上偏离了平衡;聚类分析显示长沙群体、石首群体与监利群体聚成一支;肇庆群体与清远群体聚成一支,这与草鱼群体的流域分布一致。

摘要：利用Tandem Repeats Finder软件在红鳍东方鲀Takifugu rubriper BAC数据库和ests数据库中查找微卫星标记。选取其中22个序列(11个BAC-SSR s序列、11个est-ssrs序列)设计引物,并将22对引物用于庄河、河北Ⅰ和河北Ⅱ3个群体,均能扩增出产物,其中est-ssrs有2对引物扩增产物比预期扩增产物偏大,可能是相应基因组中有内含子导致。研究结果表明,est-ssrs标记要比BAC-SSR s标记的多态性低,其中11个BAC-SSR s和9个est-ssrs标记有很好的多态性,可以用于红鳍东方鲀的遗传多样性分析和重要经济性状筛选等方面的研究。