摘要：为准确高效鉴定萝卜杂交种的种子纯度,在萝卜杂交种圆都1号亲本全基因组重测序的基础上,利用亲本间的差异性位点设计特异插入/缺失引物,通过indel标记开展高效准确的圆都1号杂交种纯度鉴定。试验选定引物L-4,其亲本带型互补、清晰度高、分离速度快,以此对358株萝卜杂交种圆都1号进行纯度鉴定,检测出母本或异花粉杂株5株,纯度为98.60%。indel标记的分子检测结果与田间表型鉴定结果对比显示有355株萝卜的鉴定结果完全一致,吻合度高达99.16%。因此,应用indel标记引物L-4能够对萝卜杂交种圆都1号进行高效准确的纯度鉴定。

摘要：碱基插入/缺失(indel)是基因组中丰富的遗传变异形式。indel以其密度高、易于基因型分型等优点成为分子标记开发的理想来源。本研究利用262份陆地棉品系重测序数据鉴定的indel位点,在全基因组范围内设计了3206个indel标记并挑选均匀分布的320个标记进行验证。320个标记筛选出87个多态性标记,多态性率为26.88%。利用多态性标记对不同地理来源的262份陆地棉种质资源进行基因分型,共检测到160个等位位点;多态性信息含量(PIC)为0.0836～0.3750,平均值为0.3073;基因多样性指数变异范围为0.0874～0.5000,平均值为0.3876,表明我国陆地棉遗传基础相对狭窄。群体结构分析将262份陆地棉品系大致划分为2个亚群,聚类分析和主成分分析的结果与之基本一致。采用混合线性模型(Mixed linear model)对6个纤维品质性状的关联分析检测到65个关联位点(P <0.01),各位点对表型变异贡献率为2.57%～8.12%。本研究旨在利用重测序数据开发全基因组范围的可用于凝胶检测的indel标记,为棉花种质资源研究和分子标记辅助选择育种提供便捷工具。

摘要：选取3份长豇豆种质资源进行全基因组重测序,利用重测序数据挖掘indel位点,根据这些位点开发分子标记,并验证这些标记的有效性和应用价值。经过严格筛选,获得981个易于凝胶电泳检测的长度大于30 bp且多态性高的indel位点,挑选其中在基因组上均匀分布的165个设计引物并进行验证。用6份长豇豆材料对165对引物进行初筛,其中162对可获得PCR扩增产物,共扩增出673条条带;85对引物表现出多态性,多态性带333条(占总带数的49.48%)。利用85个多态性高的标记对173份长豇豆资源进行基因分型和遗传多样性分析,共检测到333个等位位点;多态性信息含量(PIC)为0.01~0.37,平均值为0.29;基因多样性指数变异范围为0.01~0.50,平均值为0.36,表明现有长豇豆资源遗传背景相对狭窄。通过聚类分析,173份长豇豆被分为2个类群,成功将不同类型长豇豆划分到不同亚群。另外,选用亲本间多态性标记用于6个杂交组合的F1代真实性鉴定,鉴定出5个真实杂交种。本研究所开发的多态性indel标记在长豇豆遗传多样性分析、杂交种纯度鉴定、遗传连锁图谱构建、基因定位和分子标记辅助选择育种等方面具有很好的应用前景。

摘要：插入/缺失(indel)分子标记具有使用简单,结果清晰可靠的优点。本研究通过比对粳稻品种日本晴和籼稻品种93-11的基因组序列,在全基因组范围内设计了634对indel候选标记,通过PCR检测比较2种粳稻(日本晴和台中65)和2种籼稻(93-11和黄华占)的多态性,发现295对标记在2种籼稻间及2种粳稻间均带型一致,而在籼、粳亚种间有多态性,因此这套295对标记可以在涉及籼粳亚种的基因定位和分子育种中应用。

摘要：碱基插入/缺失(indel)是基因组上广泛分布的遗传变异形式。但甘蓝型油菜白花基因indel连锁标记还未见有关研究报道。本研究以甘蓝型油菜双单倍体(doubled haploid,DH)纯系黄花Y05和甘蓝型油菜纯系白花W01杂交构建F_(2)群体。在F_(2)群体中选取30株极端纯白花和30株极端纯黄花构建叶片DNA子代池,对亲本和DNA子代池进行30×重测序。以法国甘蓝型油菜Darmor-bzh为参考序列,QTL-seq流程和PoPoolation2流程相互结合鉴定白花基因候选区间,2种方法均将白花基因定位于法国甘蓝型油菜Darmor-bzh C03染色体52~54 Mb区间。利用IGV软件可视化白花基因候选区间插入缺失(indel)变异位点,依据候选区间序列信息设计indel引物,聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选到8个与白花基因连锁共分离的indel标记。上述研究为甘蓝型油菜白花基因精细定位和分子标记辅助选育以及白花基因功能标记开发奠定了研究基础和工作思路。

摘要：基于重测序进行金兰柚全基因组indel标记开发。利用二代测序技术对‘金兰柚’进行全基因组重测序,运用BWA软件将测序得到的片段与参考基因组序列进行比对,利用严格的参数筛选杂合indel,结合Primer 3.0设计扩增引物,进行PCR扩增并利用琼脂糖凝胶电泳验证,以重测序材料‘金兰柚’和47份柚品种检测其有效性。在全基因组范围内共筛选出81对扩增条带清晰的引物。筛选出的多态性标记涵盖了整个‘金兰柚’基因组,平均每条染色体上9个。选取的24对indel标记可以将48份柚品种有效区分,最少使用2对引物就可将‘金兰柚’与其他47份柚品种完全区分。利用UPGMA构建48份柚品种的聚类树状图,在遗传相似系数为0.611的阈值处可将48个柚品种分为3大类群。本研究中的indel标记带型简单易读,适宜柚DNA指纹图谱构建和品种鉴定,可为柚名优品种保护、原产地溯源管理等提供科学依据。

摘要：基于黄瓜基因组重测序结果,搜索indel位点,按照每隔1～3M个碱基对的距离选择并设计遍布全基因组的代表性indel引物134对,以16份黄瓜典型种质检测其有效性。结果显示,134对引物均获得扩增产物,其中具有多态性的引物116对,占引物总数的86.6%。116对引物充分揭示出16份种质的多样性和特异性。本研究所开发的indel分子标记将为黄瓜种质资源和分子遗传育种研究提供有力的遗传工具。

摘要：以具有不同开花习性的9份芸薹种作物为试材,根据开花相关基因BrFLC2序列设计引物进行PCR扩增,发现9份材料均获得约1 400 bp的片段。通过克隆测序分析发现9份材料存在片段大小差异,因此开发了与此相关的BrFLC2的indel标记。通过对来自8个不同栽培种群的146份自然群体材料的基因型检测与开花时间的相关性分析发现:开花时间早晚与BrFLC2的indel的基因型显著相关(r=0.412,P<0.01)。Del基因型材料开花时间(平均71 d)明显比In基因型(平均109 d)早。研究证明该标记与开花时间表型显著相关,可以用来进行分子标记辅助选择育种。

摘要：以精选表型和基因型丰富的29份代表性玉米自交系以及三联体验证材料,基于叶绿体基因组中11个indel位点进行引物设计、筛选评估,确定2对玉米S型不育鉴定特异引物。两对引物CPMIDP01CE和CPMIDP02CE的多态分别为83个和5个碱基的插入缺失变异,属于trnS-trnG和ndhJ-ndhK基因间区。CPMIDP01CE和CP?MIDP02CE引物的扩增产物如果含有83 bp插入序列(片段长度为339 bp),不含有5 bp的插入序列(片段长度为239 bp),所分析样品即为S型胞质不育材料。两对特异鉴定引物基于变性荧光毛细管、非变性凝胶毛细管、琼脂糖等不同电泳平台均建立了检测方法,并且具有兼容更高效的KASP、TaqMan等技术体系的潜力。

摘要：【目的】开发多态性丰富的的indel分子标记,为菜心育种提供研究基础。【方法】以Chiifu-401-42的基因组序列为模板,利用4份菜心材料的RAD-seq重测序数据,在全基因组范围内鉴定indel位点。利用生物信息学方法筛选4份菜心材料间具有潜在多态性的indel位点,挑选分布于10条染色体的80个indel位点设计引物,对55份菜心种质材料进行遗传多样评价。【结果】通过与参考基因组序列比对,在4份菜心材料的重测序数据中共鉴定出84510个indel位点,其中插入/缺失长度大于5 bp的3609个indel位点在4份菜心材料间具有潜在多态性。挑选80个indel位点进行PCR扩增验证,58个(72.5%)在4份测序样品中具有多态性,在55份菜心种质材料中检测到133个等位位点,多态性信息含量(PIC)为0.263~0.618,平均值为0.443。基于indel标记的检测结果可知,55份菜心种质的遗传相似系数在0.366~0.756,平均值为0.570;在遗传相似系数为0.564时55份菜心种质被分为4个类群,但各类群间的耐热性没有明显差异。【结论】本研究开发的indel标记具有良好的多态性,能有效地揭示不同菜心种质材料间的遗传距离,可为菜心遗传种质分析、新品种选育等方面提供可利用的标记信息。