摘要：番茄基因组测序的完成为indel标记的开发提供了很多的研究基础。为了鉴别渐渗系‘IL71’和栽培种‘M82’之间的差异,本研究经过前期对栽培种‘M82’和野生型潘那利渐渗系‘IL71’进行重测序结果比较,结果表明,这两份番茄材料在12号染色体上存在较大差异。因此从存在较大差异的12号染色体上设计了1980对indel标记引物,以便用分子标记的方法区别两份材料。本研究从中筛选出400对引物进行indel标记检测,最终检测出40对特异性引物,检出率为10%。本研究结果为今后的杂交种检测提供依据。

摘要：为了开发与含油量紧密相关、能用于分子辅助高油育种的分子标记,本研究根据与花生含油量相关的位点设计了29对引物,并在7份品种中进行初步筛选。结果显示,有一对引物ID14-3表现出多态性,可以分别扩增出278bp(ID14-3a)和272bp(ID14-3b)的片段。进一步用该引物对171份品种组成的自然群体进行扩增,含ID14-3b的品种平均含油量为48%,含ID14-3a的品种平均含油量为46%。ID14-3b与花生品种的高含油量相关,可以用于花生含油量的分子标记辅助选择育种和高油种质鉴定。

摘要：槟榔是海南重要的热带特色经济作物,栽培品种‘热研一号’全基因组已经公布,为indel标记的开发提供研究基础。本研究利用果实为长椭圆形的槟榔材料的重测序数据与参考基因组序列比对,在1号染色体上选取42个In Del位点设计引物,筛选出16对多态性好的引物对24份槟榔种质资源进行遗传多样评价,每个标记的信息多样性(PIC)值变幅为0.115 0~0.414 5,平均值0.325 8,进行聚类分析,在遗传相似系数0.64处将供试材料分为3组,一份来自云南的卵形果单独聚类为第Ⅲ组,来自中国台湾的2份资源与斯里兰卡的3份材料聚类为一个分支,大部分材料划分到第Ⅱ组,均为来自海南的栽培品种,表明国外收集引进的资源拓宽了海南栽培槟榔的遗传基础。本研究开发的indel标记能有效地揭示不同材料间的遗传距离,反映种质资源之间的亲缘关系,将来可有效应用于遗传连锁图谱构建、关联分析等方面的研究。

摘要：基于全基因组重测序进行分子标记开发是一种新的方法和趋势。本研究基于辣椒全基因组重测序数据鉴定出的indel位点,在2号染色体上随机选择并设计了40个indel标记,以24份辣椒种质验证其有效性。结果显示:40个标记可获得扩增产物,其中具有多态性的标记35个,多态率为87.5%,同时35个标记可以有效地区分24份辣椒种质的多样性和特异性。以上结果表明,基于重测序数据开发辣椒indel标记切实可行。

摘要：碱基插入/缺失(indel)在基因组中的分布密度仅次于SNP且易于基因型分型,成为分子标记开发的主要来源。为了开发芥蓝品种间有多态性的分子标记,本研究利用2份芥蓝自交系重测序数据鉴定的indel位点,在全基因组范围内设计了367对indel候选标记。通过PCR检测比较8个芥蓝自交系的多态性,发现284对标记在至少2个芥蓝自交系间有多态性,阳性率为77.4%。本研究利用重测序技术开发芥蓝品种间indel标记效率较高,为种质资源分析、基因定位、分子标记辅助育种等提供了便捷工具。

摘要：本研究旨在开发稳定可靠、操作简便的木薯indel分子标记,为木薯种质资源遗传多样性研究、品种鉴定等工作提供有力工具,为木薯育种发展提供保障。本研究基于22份木薯种质资源全基因组重测序分析结果随机挑选了64个indel分子标记进行引物设计并利用琼脂糖凝胶电泳检测进行有效性验证,结果有20对引物具有多态性,多态性率为31.25%。随后将具有多态性的且扩增效果最优的18个indel标记扩增条带数进行统计生成矩阵用于木薯种质资源遗传多样性研究,各标记的基因多样性指数于0.21~0.50之间,香农多样性指数于0.36~0.70之间。聚类结果分析将72份木薯材料在遗传相似系数0.62处划分为2大类群。且将中国的地方品种及选育品种大多划分至1#中的同一分支,其余薯肉颜色及内皮颜色相同的木薯材料大多都聚类到了一起。此外,本研究开发出的In Del分子标记IDC46具有特异性,可用于特定木薯材料鉴定。说明后期indel引物有望成为木薯指纹图谱及分子身份证构建的有效工具,本研究结果也将对木薯育种工作后续开展具有一定的参考意义。

摘要：利用籼粳杂种优势是实现水稻超高产育种目标的重要途径之一。利用根据粳稻日本晴和籼稻93-11基因组序列设计的34对特异性插入/缺失(Insertion/Deletion,indel)引物,对采自云南省7个地州17个县的181份糯稻品种进行籼粳性分析。通过对这些糯稻品种DNA样品在这34个indel位点上的籼型或粳型基因频率,确定各个糯稻品种的籼、粳性。结果表明:141份测试品种被鉴定为典型籼稻,18份为籼稻,8份为典型粳稻,13份为粳稻,1份为偏粳稻。主成分分析表明,云南糯稻籼粳分化明显。

摘要：根据黄瓜白粉病抗性主效基因/QTL的插入/缺失突变,将其设计成共显性的In Del分子标记。通过群体连锁分析,发现In Del-MLO1标记与黄瓜白粉病抗性主效基因共分离。应用该标记对24份来自世界各地且白粉病抗性已知的黄瓜材料进行抗性验证,21份材料的抗性表型与标记的带型一致,说明在黄瓜进化和驯化过程中,造成抗病表型的该插入/缺失突变发生普遍。因此,该In Del标记适合于大多数黄瓜材料的白粉病抗性鉴定和分子标记辅助育种,从而加快黄瓜白粉病抗病育种的进程。

摘要：以1株平菇白色变异菌株以及黑色出发菌株为试验材料,采用全基因组重测序技术对两个菌株进行重测序,针对indel变异位点设计17对引物对两个菌株的孢子单核菌株及杂交菌株进行遗传多样性分析。结果表明:重测序获得平菇白色变异菌株1 763 Mb高质量数据,平菇黑色出发菌株1 779 Mb高质量数据,在平菇白色变异菌株检测到331 099个indel变异位点,在平菇黑色出发菌株中检测到339 682个indel变异位点。随机选择indel变异位点并设计引物进行PCR扩增试验,最终选择17对引物对变异菌株的单核菌株以及杂交菌株进行PCR扩增,研究其遗传多样性;结果 17对引物中P4、P7、P8、P9、P14菌株具有明显的多态性。进一步对12个平菇杂交菌株进行扩增,共扩增出30条清晰条带,其中扩增条带最多的引物是P9菌株,共扩增出9条条带,扩增引物最少是P14菌株,扩增出3条条带,多态性位点占66%。用5对引物对12份材料进行遗传多样性分析,发现平菇P9菌株扩增条带中多数材料均能在760 bp处扩增出多态性条带。

摘要：本研究以青梗菜15039及其亲本为试验材料,通过对亲本进行全基因组重测序,分析设计出12对indel标记。从12对引物中筛选出1对可用于青梗菜15039进行快速纯度鉴定的indel标记jpk-7。使用这对引物对304株青梗菜纯度进行检测,有302株青梗菜检测结果与田间表型纯度相一致,比例为99.34%,因此,引物jpk-7可以应用于青梗菜15039植株纯度检测。