摘要：目的建立一个FTP服务器为院内生物医学研究人员提供快速下载ncbi常用生物数据库的FTP服务。方法采用Linux系统和perl、shell程序设计,构建FTP服务系统。结果与结论系统实现了数据下载、更新、系统管理等功能,并进行了测试,目前系统已经上线服务。

摘要：通过ncbi提供的eUtils程序,我们可以通过自行设计的应用程序平台,深度利用ncbi 20多个生物医学数据库中的数据,获取资料,甚至开展数据挖掘。eUtils由7个应用程序组成,它们既可以单独使用,也可以整合起来使用。

摘要：为了明确芦笋EST序列中SSR的总体分布特点,开发芦笋EST-SSR标记,为利用EST-SSR分子标记进行芦笋遗传研究提供了理论依据。本研究从ncbi数据库上获得了8 615条EST,并利用在线软件ssrtool和websat检测所含SSR位点序列,并进行分析。共检索出483条SSR序列,检出率为5.61%。其中二核苷酸重复基元的EST-SSR占主导地位,占总SSR数目的 32.3%。利用在线引物设计软件Primer3.0开发了424对EST-SSR引物,随机挑选50对引物,以4份芦笋品种种质资源的DNA为模板,经8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,通过筛选验证获得了42对多态性引物,表明开发的EST-SSR具有较好的多态性。这些EST-SSR标记的开发不仅丰富了芦笋的分子标记数量,而且为其种质资源的遗传分析提供了理论依据。

摘要：介绍了山东省千佛山医院基于ncbi开放编程接口的局域网PubMed检索平台的设计和实现。

摘要：目的建立检测细胞因子肿瘤坏死因子(TNF)α、白细胞介素(IL)10、转化生长因子(TGF)β1、IL4、IL6及其受体单核苷酸多态性位点的寡核苷酸芯片,通过测序等方法评价其性能。方法根据相关文献、参照ncbi的SNP数据库和NCI的SNP500Cancer数据库,选取临床上有意义的细胞因子及其相应受体单核苷酸多态性位点基因和相应序列,设计寡核苷酸探针59条,基因组DNA通过多重多聚酶链反应(PCR)扩增,Cy5标记。标记后的产物与芯片上探针杂交,激光扫描,荧光信号值分析,判断各位点的基因型,并通过测序验证。结果130份外周血样,除10份因时间过久,没有PCR产物外,余120份均检测成功,3次重复检验无差异,测序验证无位点错误。结论寡核苷酸芯片技术检测细胞因子及其受体单核苷酸多态性位点,具有特异性高、敏感性高、重复性好、高通量、操作简便等优点,是一种较为理想的方法。

摘要：目的:克隆幽门螺杆菌(Helicobacterprlori,Hpylori)前炎症外膜蛋白基因oipA,并对其进行生物信息学分析.方法:利用GenBank已公布序列设计引物,用PCK进行扩增后,酶切,连入载体pGEX-5X-1,并进行序列测定.用数据库Blast,ncbiCDD,Swiss—model,Propred以及生物学软件Omigav2.0和Antheprotv5.0分析其生物学特性.结果:克隆片段与GenBank公布序列完全一致.经Blast比对未发现与oipA同源的其他种属基因,通过ncbiCDD未找到已知保守区域和oipA编码氨基酸序列相关.应用Omigav2.0,Antheprotv5.0软件预测显示该蛋白具有良好的疏水性和抗原性,将该分析结果和Propred结果比对得到预测的抗原表位.结论:应用生物信息学技术,对幽门螺杆菌基因oipA进行分析,将为Hpylori与相关致病发生机制研究,Hpy-lori疫苗的开发等工作奠定一定基础.

摘要：从ncbi下载了大豆的EST和GSS序列,以SSR两侧序列各100 nt的片段作为分析材料,统计SSR数目、计算侧翼序列碱基组成,对SSR侧翼序列进行了序列比对和数据库blast搜索。结果表明:大豆SSR分布频率为1/6.67kb,侧翼序列GC含量为37.83%,二核苷重复是SSR的主要类型(65.7%),同一种重复基元的SSR存在多类型侧翼序列,同一类型的侧翼序列高度保守,不同类型的侧翼序列之间相似性较小,尤其是非SSR区域可以存在与SSR侧翼序列相同的序列。由上述结果推断SSR引物可能扩增出不含SSR的产物,易位可以产生形成新类型SSR。这一分析结果有助于提高SSR引物设计效率和进一步阐明SSR的形成机理。

摘要：目的　研制肝癌多种相关基因芯片 ,进行肝癌组织中基因编码区单核苷酸多态性(cSNP)检测分析研究。方法　选取定位于肝癌高频缺失区的基因 ,经ncbidbSNP数据库查询 ,获得基因cSNP序列 ,且根据多态位点设计寡核苷酸探针 ,制备成含 2 5个肝癌相关基因的 4 8个cSNP芯片。并对 10例肝癌患者cSNP进行检测分析 ,而对 7例患者的部分检测结果用聚合酶链反应 单链构象多态性法 (PCR SSCP)和测序进行验证。结果　芯片检测的灵敏度为 6× 10 3 ng/ μl,检测重复率高于 95 83% ,随探针浓度降低 ,杂交信号逐渐减弱。 10份肝癌患者组织中 ,检测到半胱氨酸酶caspase9(rs2 30 894 1)C→T多态性和停泊蛋白DOK2 (rs2 2 4 2 2 4 1)T→G各 7份 ,表皮生长因子类似物EGFL3(rs94 7345 )A→G多态性、caspase9(rs2 30 8938)C→G多态性和磷酸甘油酸盐脱氢酶PHGDH(rs180 195 5 )T→A多态性各 6份 ,启动子结合因子E2F2 (rs32 18170 )G→A多态性 5份 ,DNA切除修复糖基化酶MUTYH(rs114 0 5 0 7)T→C和胞内蛋白BNIP3L(rs10 5 5 80 6 )G→T多态性 4份 ,肿瘤坏死因子家族成员TNFRSF1B (rs10 6 16 2 2 )T→G多态性 1份。经PCR SSCP检测 ,7例肝癌患者有多态性单链迁移率改变。选取有caspase9(rs2 30 894 1G)与 (rs2 30 894 1A)

摘要：目的　对单管 套式多重聚合酶链反应 (PCR)鉴定间日疟原虫基因型方法的应用价值进行研究。方法　以间日疟原虫环子孢子蛋白 (CSP)基因为模型 ,综合套式多重PCR、等位特异PCR和标签引物扩增等技术 ,使用PrimerPremier 5 0软件和ncbi的BLAST网络改进与优化引物设计 ,并用矩阵试验法优化反应条件和程序 ,同时 ,用单管 套式多重PCR和套式PCR对 71份间日疟患者血标本的间日疟原虫基因型鉴定结果作比较。结果　单管 套式多重PCR可同时扩增出 3种不同长度的基因型 /族特异片段 ,且基本消除了二聚体等噪音。用单管 套式多重PCR鉴定检测 71份间日疟患者血标本 ,6 2份与套式PCR鉴定结果一致 ,并新发现 6份不同基因型和PV Ⅱ型的混合感染 ;还将 2份套式PCR鉴定为热带族的血标本纠正为PV Ⅱ型 ,1份阴性血样鉴定为温带族。结论　研究建立的单管 套式 /多重PCR鉴定间日疟原虫基因型的方法 ,简化了试验步骤 ,节省了试剂耗材 ,消除了PCR噪音 ,提高了检出间日疟原虫混合感染和低度感染的敏感性 ;

摘要：为了在辣椒中开发EST-SSR功能性标记,对来源于ncbi公共数据库中EST序列进行简单重复序列搜索,共获得了非冗余序列110 396条和6 182个EST-SSR,平均每相隔11.23 kb/SSR。在所有的650种重复基序中,二核苷酸重复基序的SSR所占比例最高为45.6%,其次是三核苷酸(30.2%)和六核苷酸(16.3%)。其中,GA/TC出现的频率最高有767次,占全部重复基序的12.41%(767/6 182)。在收集获得的6 182个EST-SSR位点中,共设计出5 874对引物,并随机合成了30对引物进行SSR位点扩增,其中27对扩增出产物;24对有清晰的目标扩增条带,占引物总数的80%;且所检测出的辣椒等位基因数量丰富,平均4.93个/对。这些EST-SSR标记的开发,将有助于辣椒分子遗传的研究。