摘要：设计18对引物,采用PCR-RFLP、PCR-PAGE及PCR-SSCP技术检测过氧化物酶增殖激活受体γ辅激活蛋白1α(peroxisome proliferator activated receptor gamma coactivator 1 alpha,ppargc1a)基因在435头荷斯坦母牛中的多态性,分析该基因对荷斯坦母牛5个产奶性状(305 d产奶量、蛋白率、乳脂率、乳糖率、干物质率)的影响。结果表明仅引物P1、P2、P16和P18扩增片段存在多态性。引物P1扩增片段经HaeⅢ酶切产生CC、CT、TT3种基因型;TT和CT基因型乳脂率最小二乘均值显著高于CC基因型所对应的值(P0.05)。引物P2扩增片段经NheⅠ酶切产生AA、AC、CC 3种基因型;AA和AC基因型蛋白率最小二乘均值显著高于CC基因型所对应的值(P0.05)。对于引物P16扩增片段,检测到EE、EF、FF 3种基因型;EE、EF和FF基因型5个产奶性状最小二乘均值差异均不显著(P>0.05)。对于引物P18扩增片段,检测到GG、GH、HH3种基因型;GG、GH和HH基因型5个产奶性状最小二乘均值差异均不显著(P>0.05)。本研究结果初步表明ppargc1a基因C85330T多态位点的T等位基因是提高奶牛乳脂率的一个潜在DNA标记,A103592C多态位点的A等位基因是提高奶牛乳蛋白率的一个潜在DNA标记。

摘要：文章旨在获得昆明犬ppargc1a基因的编码区域cds序列,并对其进行生物信息学分析。根据Gen Bank中公布的序列设计一对特异性引物,采集昆明犬的肌肉组织提取总RNA,反转录成c DNA。以c DNA为模板进行RT-PCR扩增,并获得目的基因片段,将其插入载体,利用生物信息学软件对所获序列进行分析。试验成功克隆出昆明犬基因,cds长度为2 246 bp,共编码724个氨基酸序列。比对结果显示,昆明犬ppargc1a基因与参考序列的同源性为100%。同源性比对结果昆明犬ppargc1a基因的同源性与赤狐(登录号:XM025997319.1)、野牦牛(登录号:XM005897079.2)、牛(登录号:NM177945.3)、人(登录号:NM013261.5)、家鼠(登录号:NM008904.2)、卡氏小鼠(登录号:XM021162167.2)、欧亚野猪(登录号:NM213963.2)的同源性分别为99.6%、95%、95%、95.4%、91.7%、91.6%、95%。系统进化树分析发现,昆明犬与家犬的遗传距离最近,与小鼠遗传关系最远。ppargc1a蛋白分子质量0971.82 ku,理论等电点p I为11.20。氨基酸组成亮氨酸Leu(L)占比最高,比例为11.3%。ppargc1a蛋白不稳定性指数(Ⅱ)为59.16,这表明ppargc1a基因编码蛋白质分类是不稳定的。脂肪指数为81.60,平均亲水系数(GRAVY)为-0.336,表明此蛋白亲水性差,脂溶性强。昆明犬ppargc1a编码蛋白存在1个跨膜结构,二级结构预测昆明犬ppargc1a蛋白中α螺旋、延伸链、β转角及无规则卷曲分别占28.04%、20.99%、6.77%、48.62%,三级结构与二级结构相一致。试验成功克隆出昆明犬ppargc1a基因的编码区域cds序列,并对其进行生物信息学分析,为研究ppargc1a基因对警犬的肌肉形成机理和产能等影响提供理论依据。

摘要：试验旨在研究过氧化物酶体增殖物激活受体γ辅助激活因子1α(ppargc1a)在金华猪和大白猪中的遗传特征和表达情况,探究ppargc1a基因在mRNA水平和蛋白质水平的表达模式。以金华猪和大白猪为试验动物,分别提取背脂组织的总RNA,根据GenBank中公布的猪ppargc1a基因序列(登录号:NM_213963.2)设计编码区和实时定量PCR引物,以猪GAPDH基因和β-actin蛋白作为内参,应用多种生物信息学方法对ppargc1a基因编码蛋白进行功能分析,并通过实时荧光定量PCR及Western blotting检测其在金华猪背脂中的表达水平。结果表明,金华猪ppargc1a基因CDS区全长2361 bp,编码786个氨基酸,该蛋白分子大小90336.01 u,其中丝氨酸(ser)所占比例最高(13.7%),色氨酸(Trp)所占比例最低(0.8%)。同源性比对结果显示,金华猪ppargc1a基因与山羊、牛和绵羊的同源性较高,分别为95.0%、94.9%和94.9%,在物种进化中具有较强的保守性;金华猪ppargc1a蛋白不稳定指数为74.88,属于不稳定亲水蛋白,无跨膜结构,其二级结构由α-螺旋、延伸链、β-转角及无规则卷曲4种结构组成,所占比例分别为26.59%、5.73%、5.73%和61.96%,ppargc1a蛋白同源建模经折叠、弯曲等一系列复杂的过程获得三级结构模型;实时荧光定量PCR试验和Western blotting试验结果一致,显示ppargc1a基因在背脂较厚的金华猪中表达量显著低于瘦肉型的大白猪(P<0.05)。本研究为探明ppargc1a基因对猪脂肪沉积的分子生物学功能提供了理论基础。