摘要：目的采用scot分子标记方法对血叶兰Ludisia discolor及其近缘属植物资源进行亲缘关系及DNA指纹图谱构建,从分子水平对血叶兰及其近缘属种质进行区分。方法使用正交设计方法,对scot-PCR反应体系进行优化,筛选适合血叶兰的反应体系、最佳退火温度及scot引物。以供试的12份种质资源为材料,利用筛选的引物对其进行分析,用POPgene计算材料间的遗传多样性系数,NTSYS软件进行聚类分析,并构建DNA指纹图谱。结果获得适用于血叶兰的scot-PCR反应体系,筛选出12条多态性好的血叶兰scot引物,多态性比率为98.98%。根据Nei’s遗传相似系数,在相似系数为0.45时,12份种质资源可被分为3个分支。其中,斑叶兰与7份血叶兰种质归为Ⅰ类,3份金线兰种质为Ⅱ类,而绿石蚕单独聚为Ⅲ类。利用SC8引物构建的DNA指纹图谱即可将12份材料鉴别开。结论12份血叶兰及其近缘属种质具有丰富的遗传多样性,构建的DNA指纹图谱可用于血叶兰及其近缘属品系鉴定。

摘要：为了明确陕西省本地群体种茶树种质资源的遗传多样性,为茶树育种提供依据。采用正交设计和单因素分析方法,对茶树scot-PCR体系进行优化。结果表明:20μL最佳反应体系为Mg2+2.5mmol/L,Taq酶0.75U,引物0.7μmol/L,dNTPs 0.25mmol/L,模板DNA 30ng。利用该体系对22份陕南茶树地方品种材料进行分析,扩增条带多且清晰,22条引物共检测出241个等位位点,其中多态性位点228个,多态性比率为94.6%,位点的PIC值为0.57~0.92。供试材料之间的遗传相似系数为0.58~0.89,平均值达到0.72。基于scot标记的聚类与茶树叶片形态有很大的相关性。研究表明茶树scot体系结果稳定,重复性好,为后续研究茶树资源遗传多样性提供技术支撑。

摘要：【目的】进一步从分子水平分析朱顶红Hippeastrum rutilum品种间的遗传多样性、亲缘关系和亲本鉴定。【方法】利用正交试验设计方法筛选朱顶红目标起始密码子多态性分子标记(scot)体系,并以41份朱顶红品种为材料对遗传多样性和亲缘关系进行分析。【结果】①朱顶红scot标记最佳反应体系(20μL):包括DNA 40 ng,引物0.1μmol·L^−1;MgCl22.0 mmol·L^−1,dNTPs 0.4 mmol·L^−1和rTaq DNA聚合酶0.75 U(1 U=16.67 nkat)。②12条scot引物从41份朱顶红品种获得77条多态性条带,平均多态性比率高达86.52%。朱顶红品种间遗传相似系数为0.2923~0.8343,表明41份朱顶红品种间遗传多样性较高,遗传范围广。③非加权配对算术平均法(UPGMA)聚类表明:朱顶红scot标记聚类与花色的相关性较大,但与瓣型相关性不大。在遗传相似系数0.4200处将41份朱顶红品种分为两大类:第Ⅰ大类既有重瓣品种又有单瓣品种,第Ⅰ大类又分为4个小类,其中相似花色的聚为一类,Ⅰd小类中单瓣、白色的‘绣球’‘Hydrangea’(20号)和红色的‘奇迹’‘Miracle’(22号)可能是重瓣、橙红和白色组成的复色花(21号‘迎春’‘Yingchun’)的亲本;第Ⅱ大类品种多为复色花。【结论】scot标记技术可有效地应用于朱顶红品种间遗传多样性分析和可能亲本的鉴定。

摘要：以4个不同继代的白芨快繁苗为试材,采用L_(16)(4~5)正交实验设计,建立了白芨scot-PCR的反应体系,并利用该体系分析不同继代的白芨快繁苗遗传稳定性。结果表明:白芨的scot-PCR最佳反应体系(20μL)中包含2.500 mmol·L^(-1) Mg^(2+),0.25mmol·L^(-1) dNTPs,1.50 U Taq DNA聚合酶,1.000μmol·L^(-1)引物,10ng模板DNA。遗传稳定性分析发现,scot引物均能在4个不同继代的白芨快繁苗中扩增出清晰、丰富而稳定的条带,但每个引物的条带均无多态性。说明白芨快繁苗并未发生变异,其遗传稳定性较好。

摘要：目标起始密码子多态性(Start condon targeted polymorphism,scot)分子标记是一种新型的标记,结合了ISSR标记和RAPD标记的优点.本研究针对scot-PCR反应体系的影响因素,以甘蔗叶片DNA为材料,在单因子实验的基础上,采用L16(45)正交实验设计,进一步探讨了模板DNA、Mg2+、dNTPs、引物及Taq酶等5个因素对甘蔗scot-PCR扩增效果的影响,建立了甘蔗scot-PCR的优化反应体系.25μL PCR反应混合液中,含50 ng DNA模板、2.0μL 10×Ex Taq Buffer(Mg2+Plus)、0.625 U Ex Taq酶,dNTP和引物的终浓度分别为0.22 mmol/L和0.9μmol/L.以我国种植面积最大的栽培品种新台糖22号为模板,应用优化体系,对40条scot标记引物进行测试,筛选出16条有效扩增的引物,且均为多态性引物,其GC含量在50%～67%之间.该体系的稳定性和scot标记引物的扩增能力,通过基于随机选择的4条引物对9份具有地理来源和遗传背景不同的甘蔗种质进行标记分析来验证,结果共扩增出84条带,其中多态性条带占82.14%,平均单条引物可扩增出21条.研究结果为在甘蔗上进一步开发和应用功能性scot标记奠定了基础.

摘要：为研究距瓣尾囊草种质资源遗传背景和系统进化提供理论依据和技术支持,本研究利用L16(45)正交设计,研究Mg^(2+)等5个因素对PCR扩增结果的影响。研究结果表明,在距瓣尾囊草SCo T-PCR的最优反应体系(20μL)中,Mg^(2+)、d NTPs、Taq DNA聚合酶、引物以及模板DNA等5个因素的最优浓度分别是2.188 mmol/L、0.113 mmol/L、1.0 U、0.625μmol/L和30 ng。在此基础之上,从18条引物中初步筛选出12条扩增结果稳定、条带清晰的SCo T引物。建立了距瓣尾囊草SCo T-PCR反应体系,经过18条引物和13份种质资源的验证,证明体系稳定性好、可靠性高,能满足距瓣尾囊草分子水平上的研究。

摘要：以甘蔗黑穗病菌(Sporisorium scitamineum)交配型菌株基因组DNA为模板,在单因素优化试验的基础上,采用L16(45)正交试验设计,对影响甘蔗黑穗病菌scot-PCR反应体系的Mg2+、dNTPs、引物、r Taq DNA聚合酶和模板用量5个因素进行优化,建立优化的甘蔗黑穗病菌scot-PCR反应体系:DNA模板12.50ng、dNTPs 0.17mmol/L、引物0.46μmol/L、Mg2+1.7 mmol/L、r Taq DNA聚合酶0.85U、1×Buffer(Mg2+free),总体积25μL。应用优化体系从30条scot引物中筛选扩增条带清晰且多态性丰富的10条引物,并利用这10条引物对10份地理来源和寄主来源不同的甘蔗黑穗病菌交配型菌株基因组DNA进行scot标记,结果共扩增出86条带,多态性比率为58.67%,平均每条引物扩增8.60条。UPGMA聚类分析结果表明:在遗传相似系数为0.75的水平上,可将10个菌株分为3类,聚类结果与菌株的地理来源有一定的相关性。

摘要：选用国家柿种质资源圃中24个牛心柿和22个野柿为实验材料，采用L16（4^5）正交试验设计，建立了最优scot-PCR反应体系（20μL反应体系中，含Mg^2＋ 2．0mmol／L，dNTPs0．2mmol／L，Taq聚合酶l.0U，引物0．5μmol／L，DNA模板80ng），并对不同引物的退火温度进行了优化，以探讨scot标记在柿亲缘关系鉴定和品种分类方面的应用。结果显示：（1）10条scot引物对46份材料共扩增出176个位点，其中多态性位点170个，多态率达96．6％；46份材料的遗传相似系数在0．619～O．852之间。（2）UPGMA聚类分析显示，scot标记能将46份材料完全区分开，其中：红花雄野毛柿、红花雌野毛柿单独被聚为一组，独立于牛心柿和野柿之外，与形态特征观察结果一致；璧山牛心柿与野柿聚为一组，在形态特征上璧山牛心柿也更趋于野柿，且璧山牛心柿为四倍体，与其他牛心柿（六倍体）不同，璧山牛心柿应属于野生柿。研究表明，scot标记是研究柿种质资源遗传多样性的有效手段；46份材料存在着较高的遗传多样性，在一定程度上反映了品种的地理分布情况，也说明地理因素对柿的亲缘关系有很大影响。

摘要：为优化建立木榄的SCo T-PCR体系,利用建立的SCo T方法进行分析木榄不同地理种源的遗传多样性,基于L25(56)正交设计,本研究在5个水平上优化试验了5个影响木榄SCo T-PCR的因素:模板DNA、Mg^(2+)、d NTPs、Taq酶和引物。同时,运用优化的SCo T体系对木榄8个不同地理种源进行遗传多样性分析。本研究结果建立了木榄SCo T-PCR最佳反应体系(20μL):模板DNA 20 ng,引物0.75μmol/L,d NTPs 0.5 mmol/L,Mg^(2+)2.5 mmol/L,Taq酶1.25 U。同时,筛选出了带谱清晰、多态性丰富的16条SCo T引物进行遗传多样性分析。共扩增出115个位点,其中73个为多态性位点,多态性比例为62.33%。从UPGMA聚类和PCo A分析结果可以看出8个地理种源间的遗传多样性及亲缘关系。研究表明SCo T分子标记可以用于木榄种群的遗传多样性。

摘要：【目的】优化制干辣椒SCo T-PCR反应体系,为新疆制干辣椒种质资源、分子遗传学研究奠定基础。【方法】以制干辣椒为材料,采用L25(55)正交设计方法对影响制干辣椒SCo T-PCR反应体系的Mg2+、模板DNA、引物、DNA聚合酶、d NTPs等因素进行优化筛选。【结果】从25个正交设计组合中筛选获得5个组合的扩增效果较好,扩增条带丰富且清晰度适中、分散性好;经引物SC-12、SC-13、SC-19筛选,获得适用于制干辣椒材料的SCo T-PCR最佳反应体系20.0μL,包含10×Buffer 2.0μL、30 ng模板DNA 0.8μL、2.0 mmol/L Mg2+1.8μL、1.0μmol/L引物1.0μL、1 U Taq DNA聚合酶0.4μL、0.25 mmol/L d NTPs 0.5μL、dd H2O 13.5μL。运用优化体系从80条引物中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的SCo T引物24条。【结论】优化的SCo T-PCR反应体系及筛选的引物可用于新疆制干辣椒种质鉴定、遗传图谱构建、遗传多样性的分析等。