摘要：由寄生霜霉(Hyaloperonospora parasitica)引起的油菜霜霉病(downy mildew)是油菜主要病害之一。本研究通过将抗霜霉病和感病亲本油菜杂交、F_1自交,得到F_2分离群体,构建抗、感病混池,采用BSA和slaf(specific length amplified fragment sequencing)技术开发甘蓝型油菜霜霉病抗性相关分子标记。参考已公布油菜(Brassica napus)基因组设计酶切方案,构建slaf文库并进行双端测序,共开发出132 519个slaf标签,再通过分析slaf标签的多态性,检测到264 256个SNP位点。利用SNP-index方法定位关联区域,分析关联区域内的基因在两个亲本之间SNP,对这些SNP进行变异的注释,发现2个非同义突变的SNP,分别是BDsnp01和BDsnp02。经验证,这2个SNP位点是与霜霉病抗性相关的并且在亲本和F2中稳定遗传。使用SNAPER软件设计2对特异引物能够利用电泳直接检测这两个SNP。

摘要：用分蘖与主茎株高一致的高粱品系K35-Y5与分蘖明显高于主茎的高粱恢复系1383杂交,F1自交获得F2分离群体,构建两混池,采用BSA(bulked segregation analysis)和slaf(specific length amplified fragment sequencing)技术将高粱分蘖与主茎株高一致基因定位。遗传分析表明,分蘖与主茎株高一致性状由1对隐性核基因控制。参考已公布高粱基因组设计酶切方案,构建slaf文库并测序。对高粱参考基因组序列进行电子酶切预测,确定限制性内切酶为Rsa I+Hae III,酶切片段长度为364~414 bp;测序Q30为91.70%,GC含量为45.79%,达到测序要求;与水稻的测序数据相比,高粱的双端比对效率为93.35%,酶切效率为90.60%,slaf建库正常。共获得30.80 M reads,开发出133,246个slaf标签,再通过分析slaf标签的多态性,检测到319,428个SNP位点。利用SNP-index法和Euclidean distance法及取两者交集进行关联分析,最后得到一个关联区域,位于第9染色体上的54,788,026~56,740,873区间内,关联区域长度1.95 Mb。分析关联区域内的基因在2个亲本之间SNP,对这些SNP进行变异的注释,发现4个非同义突变的SNP。经验证,这4个SNP位点和分蘖与主茎株高一致性状相关。对应到Sobic.009G197901.1、Sobic.009G213300.1和Sobic.009G221200.1三个基因上,这些基因可能是与性状直接相关的功能基因。