摘要：本研究以372只60周龄麻黄鸡的DNA为模版,通过设计引物,Sanger测序,以及位点分析,发现ALKBH5基因的第五外显子中存在6个snps位点,且均表现出不同程度的多态性。其中g.1112T>N发生四等位基因突变,g.984A>g、g.1033A>g、g.1112T>N、g.1194T>C位点与300日龄母本产蛋性能显著相关,g.1112T>N和g.1194T>C与390日龄母本产蛋性能显著相关。因此ALKBH5基因的6个snp位点,可作为辅助选择优质繁殖性能蛋鸡的标记,为提高家禽产蛋性能和品种改良提供理论依据。

摘要：为了挖掘与‘红叶’杜仲(Eucommia ulmoides‘Hongye’)红叶性状紧密联系的snp位点,进一步揭示红叶性状的遗传基础和分子机理。以‘红叶’杜仲和普通绿叶杜仲‘小叶’杜仲(Eucommia ulmoides‘Xiaoye’)为研究材料,进行覆盖深度约为10x的全基因组重测序。使用snpEff软件预测变异位点对蛋白编码的影响,结合花色苷的代谢通路和关键酶基因,筛选与‘红叶’杜仲叶色形成相关的差异位点。利用Sanger测序二代测序筛选的snp位点,分子标记验证群体是‘红叶’杜仲和‘小叶’杜仲。结果表明,‘红叶’杜仲测序产生Clean data为14.16 Gb,‘小叶’杜仲产生Clean data为14.29 Gb。在‘红叶’杜仲中注释到严重影响蛋白质功能的有1516个snp,中度影响的41328个snp,在‘小叶’杜仲中存在严重影响蛋白质功能的snp为1640个,中度影响功能的snp为47192个。测得26722条基因中有228条基因是与花色苷或类黄酮合成相关的酶基因。经过筛选,确定了12个特异性的snp位点,均属于外显子区域的错义突变。利用一代测序验证,根据snp位置设计了7对引物,snp准确率达到100%。

摘要：建立了一种基于DNA适配器连接介导的等位基因特异性扩增法测定多重snp。以CYP2D6基因中的5个snp位点(100C>T,1661G>C,1758G>T,2470T>C和2850C>T)为例,用PCR法预扩增得一段含所有待测snp位点的长片段,然后用限制性内切酶将其消化成短片段,在连接酶的作用下与设计的DNA适配器(adapter)相连;该适配器的一端与限制性内切酶降解后留下的粘性末端相同,另一端带有一段公共序列。在两管中加入与适配器连接的片段作为PCR扩增模板,并分别加入snp特异性引物和一种适配器特异性的通用引物进行PCR扩增,最后用凝胶电泳法分离PCR扩增产物。由于每管与snp的两种特异性引物中的一种对应,可以根据每管中扩增片段的大小判断snp的类型。通过凝胶电泳法可以一次分离与5种snp类型相对应的引物特异性延伸反应产物;采用该法成功测定了20名健康中国人的CYP2D6基因中5个snp位点的基因多态性,与限制性片段长度多态性法(RFLP)测定结果完全一致。该方法采用n+1种引物(n种snp特异性引物和一种通用引物)进行n重PCR反应,极大提高了PCR反应的特异性,结果准确,可用于同时测定多个snp位点。

摘要：通过对四个中华鳖(Pelodiscus sinensis)养殖品系(太湖品系、台湾品系、日本品系、黄河品系)的线粒体部分序列进行测序对比,筛选出不同品系中华鳖的品系特异性snp位点,并设计特异性引物,利用高分辨率熔解曲线法进行snp分型与鉴定。结果表明,所设计的7对引物组均可扩增出80—150bp大小不等的中华鳖线粒体序列,并成功用于中华鳖的snp分型。在这7个位点中,其中可鉴定中华鳖日本品系和太湖品系的各1个,可鉴定台湾品系的有2个,可鉴定黄河品系的有3个。此方法能够快速、简便地鉴别以上四个中华鳖品系,为鉴别市场中出现的假冒鳖,并指导品种选育工作提供技术支持。

摘要：【目的】在白皮松全基因组范围内开发大量特异性snp分子标记,为白皮松关键基因定位、分子标记辅助选择和种质资源评价提供足够多的分子标记资源。【方法】本研究以5个群体的共52份白皮松资源为材料,选择火炬松基因组为参考基因组,利用特异性位点扩增片段测序技术(SLAF-seq),在多态性SLAF标签上开发大量特异性snp位点,并过滤出一批高质量snp位点用于白皮松不同群体的遗传多样性分析。【结果】通过序列对比分析,共获得23597049个SLAF标签,其中具多态性的SLAF标签有370659个,共开发得到1291290个白皮松群体snp。在缺失率小于20%、次要等位基因频率(MAF)大于5%的条件下,对所有snp位点进行过滤,共得到346840个高一致性的白皮松群体snp,占snp总量的26.9%,其中包含9个仅在北京鹫峰(JF)群体中存在变异的snp位点、148个仅在陕西蓝田(LT)群体中存在变异的snp位点、425个仅在甘肃麦积山(MJS)群体中存在变异的snp位点、1466个仅在陕西午子山(WZS)群体中存在变异的snp位点、4个仅在山西柏洼山(BWS)群体中存在变异的snp位点。基于过滤后的346840个snp分子标记在5个白皮松群体中进行的遗传多样性分析表明,白皮松不同群体间的遗传多样性存在显著差异,其中MJS和WZS群体的遗传多样性水平相对较高,JF群体的遗传多样性水平相对较低。【结论】研究结果表明,利用SLAF-seq技术可以实现全基因组范围内大量snp标记位点的开发,且开发的snp标记在白皮松不同群体中表现出较为丰富的遗传多态性,为白皮松种质资源鉴定、QTL定位、遗传连锁图谱构建以及重要性状的关联分析等研究奠定了基础,对今后白皮松种质资源保护和分子标记辅助选择育种具有重要意义。

摘要：由寄生霜霉(Hyaloperonospora parasitica)引起的油菜霜霉病(downy mildew)是油菜主要病害之一。本研究通过将抗霜霉病和感病亲本油菜杂交、F_1自交,得到F_2分离群体,构建抗、感病混池,采用BSA和SLAF(specific length amplified fragment sequencing)技术开发甘蓝型油菜霜霉病抗性相关分子标记。参考已公布油菜(Brassica napus)基因组设计酶切方案,构建SLAF文库并进行双端测序,共开发出132 519个SLAF标签,再通过分析SLAF标签的多态性,检测到264 256个snp位点。利用snp-index方法定位关联区域,分析关联区域内的基因在两个亲本之间snp,对这些snp进行变异的注释,发现2个非同义突变的snp,分别是BDsnp01和BDsnp02。经验证,这2个snp位点是与霜霉病抗性相关的并且在亲本和F2中稳定遗传。使用SNAPER软件设计2对特异引物能够利用电泳直接检测这两个snp。

摘要：选取分布在内蒙古、宁夏、甘肃10个地点的沙冬青个体,用SLAF-seq简化基因组技术进行测序。以大豆基因组为参照,通过生物信息学分析进行实验方案的系统设计,筛选特异长度的DNA片断,构建SLAF-seq文库,并通过高通量测序的方式获得海量序列,再通过软件分析比对,获得多态性SLAF标签,最后在多态性SLAF标签上开发大量特异性snp位点。结果共获得374 265个SLAF标签,其中多态性SLAF标签56 295个。通过序列分析,共开发得到127 278个snp。对所有的snp根据完整度>0.5,MAF>0.05过滤,共得到102 025个高一致性的群体snp。基于过滤后的snp,运用数学统计学方法,对10份沙冬青个体完成系统进化树、群体结构、PCA分析,从基因组水平揭示不同个体之间的遗传分化关系。结果表明,通过群体结构分析发现这10个地点的沙冬青都来源于同一祖先,但由于地理位置的影响使得这10个地点的沙冬青在生长发育过程中发生了遗传分化。通过系统进化树发现分布在内蒙古的沙冬青具有较近的亲缘关系,甘肃和宁夏的沙冬青有较近的亲缘关系。

摘要：利用直接测序方法检测番茄抗感品种I-2基因的DNA序列,发现了2个snps。以其为3′端,设计等位基因特异引物及其互补引物,研究了特异引物3′端碱基错配类型和位置对等位基因特异PCR的影响,并对52份种质资源进行了snp分型。结果表明在下游引物3′末端第1、2位引入错配碱基可以提高反应的准确性;引入C-T碱基错配的引物,退火温度在58℃时能把I-2基因的突变位点和感病品种的对应位点区分开来,为番茄抗枯萎病辅助育种提供了有力工具。

摘要：本试验研究了pIgR基因5′侧翼区的多态性及其对IgA和IgM含量的影响。从NCBI上的Map Viewer数据库下载牛pIgR基因的5′侧翼区的序列(NW_174143),长度为3.2 kb,设计4对引物进行PCR扩增,通过对25头奶牛的PCR产物直接测序发现并确定snp位点,并用snp Stream标签微列阵基因分型系统对189头牛进行基因分型,将其与牛奶和血液中的IgA和IgM的含量进行关联分析。结果表明,pIgR基因在-3128、-3072、-2834、-2348和-515位发现了5个snp位点,其中snp1和snp2为A/G突变,snp3、snp4和snp5为T/C突变。方差分析结果表明,snp1对牛奶IgM和血液IgA含量有显着的影响(P<0.05),snp3和snp5对血液IgM含量有显着影响(P<0.05),其他snp位点与单倍型组合对乳及血液中IgA和IgM的含量均没有显著影响(P<0.05);多重比较分析表明,snp1位点的基因型AB个体与BB个体的牛奶IgM和血液IgA含量的最小二乘均数差异显著(P<0.05),snp3和snp5的不同基因型对血液IgM含量的最小二乘均数分别达到了显著水平(P<0.05)。因此得出,牛pIgR基因5′侧翼区的多态性影响牛奶和血液中的IgA和IgM的含量,这为进一步研究牛奶中IgA和IgM分泌转运机理提供了理论依据。

摘要：根据猪Leptin基因的已知序列设计引物(序列号:U66254、AF026976),PCR扩增产物用变性高效液相色谱技术(DHPLC)和直接测序法进行单核苷酸多态性(snp)筛查,对其中的4个snp位点(C3469T、C3952G、C4115T和C4227T)进行基因型与生长性状的关联分析。结果共获得35个多态位点,其中C4115T和C4227T位点在长蓝F2资源群中分别缺少1个基因型,且与各性状相关不显著;C3469T位点与猪的平均日增重存在极显著相关(P<0.01),TT型和CC型显著高于TC型;C3952G位点与猪的体长和眼肌面积等存在一定相关(P<0.1)。