摘要：高分辨率熔解曲线分析法可准确检测单核苷酸多态性,具有稳定性和高效性的特点。建立基于HRM的snp检测方法,确立最佳的反应体系和反应条件是后续基因分型研究的前提和基础。Fad3a基因为大豆脂肪酸合成的关键酶基因,以Fad3a基因为研究对象,通过测序获得大豆品种合丰25(亚麻酸含量5.94%)和L-5(亚麻酸含量2.75%)在Fad3a基因序列上的单核苷酸多态性位点,根据这2个品种的Fad3a基因测序结果,利用Lighter scannerprimer design软件设计产物长度不同的snp突变引物5对,探索PCR产物长度和不同的退火温度对HRM分型结果的影响。结果表明:HRM分型的扩增子适宜长度应小于150 bp,且在扩增成功的基础上使用相对较高的退火温度可使待测PCR产物熔解峰单一,熔解曲线平稳。

摘要：目的建立一种利用双碱基延伸法与荧光偏振技术(Fluorescence polarization,FP)快速检测甲型H1N1流感病毒NA基因耐药突变位点的新方法。方法从GenBank随机下载30条甲型H1N1的NA(neuraminidase)基因序列,通过MEGA分析,利用Primer Premier软件设计3条特异引物,其中一对引物通过RT-PCR用于扩增含有耐药位点H275Y的NA基因,第3条引物是应用双碱基延伸终止法与荧光偏振技术检测NA基因对达菲类药物耐药位点H275Y的突变情况,再随机选取50株甲型H1N1流感病毒进行检测,与测序结果进行比对,验证检测结果的准确性。结果 50株甲型H1N1流感病毒的NA蛋白第275位氨基酸均为组氨酸,未发生H Y的替换,在灵敏度与特异性方面,与传统的基因测序结果一致性均达100%。结论本方法操作简便、敏感性及特异性高、判读结果直观明确、检测费用低,能实现对耐药位点突变的快速、准确检测,可应用于与snp相关疾病的快速分型和突变位点的实时监测和临床检测。

摘要：藏羚Pantholops hodgsonii是藏羚属Pantholops现存的唯一物种,由于Y染色体基因较保守,基于近缘物种的Y染色体多态性遗传位点筛选受到了很大的限制。本研究对15份藏羚新鲜组织样品进行基因组重测序,生物信息分析筛选出Y染色体雄性特异区(MSY)对应的scaffolds,对部分snp及SSR位点进行多态性验证。共比对出44个scaffolds,以其中序列最长、候选变异位点最多且最完整的KE113803.1为参考,对其中190个snp变异位点设计引物进行验证,共获得45条MSY DNA序列,其中15对引物扩增到的11898 bp DNA序列中检测到27个snp位点;同时对KE113803.1中除单核苷酸重复以外的134个SSR位点设计引物并验证多态性,筛选出56个Y-SSR位点,其中5个具有多态性。本研究结果为后续分析藏羚Y染色体遗传多样性及父系遗传奠定了良好基础。

摘要：研究选取291只新杨绿壳纯系蛋鸡,利用Hi Seq2500测序仪对试验鸡群进行GBS测序,检测群体snps。结果获得267.402 Gb有效数据,平均每个样本918.910 Mb,平均测序深度为10.15,平均覆盖度为15.46%,Q30≥85%。经过严格过滤后,最终鉴定421 142个高质量snps(MAF≥5%),其中4 682个(1.11%)snps位于外显子上,8 727个(2.07%)位于基因上下游1 kb区域内,183 821个(43.65%)snps在内含子区域,位于基因间的snps有220 779个(52.42%)。将这些高质量snps与db snp库进行比对,发现45 034个新的snps,约占总snps的10.4%。研究表明,GBS技术适用于新杨绿壳纯系蛋鸡基因组的snps开发,成本低,可为后续经济性状的全基因组关联分析和全基因组选择提供更丰富的遗传标记。

摘要：为探讨猪DHRS 4基因在骨骼肌中的表达及其与生长性状的相关性,本研究分析了DHRS 4基因在长白猪出生后30、180和300 d不同类型骨骼肌中的表达,并在蓝思白猪资源群体中筛选DHRS 4基因的多态性位点,进一步通过Sequenom snp分型技术对DHRS 4基因进行基因分型,分析了DHRS 4基因多态性位点与猪生长性状(料重比、平均日增重和平均背膘厚)的相关性。结果显示,DHRS 4基因在30、180和300 d长白猪的胸肌、腿肌和背肌中均有表达,在胸肌和腿肌中,DHRS 4基因在30 d的表达显著或极显著高于180和300 d(P0.05)。此外,本研究在蓝思白猪资源群体中找到了3个位于DHRS 4基因上的单核苷酸多态性位点:rs334250151、rs342446613和rs326982309。关联分析结果表明,rs334250151位点与料重比呈显著相关,该位点AA基因型个体的料重比显著低于TT基因型个体(P<0.05)。研究揭示,DHRS 4基因可能参与猪的骨骼肌发育,rs334250151位点可以作为一个新的分子标记应用于猪生长性状的遗传改良中。

摘要：目的　研制肝癌多种相关基因芯片 ,进行肝癌组织中基因编码区单核苷酸多态性(csnp)检测分析研究。方法　选取定位于肝癌高频缺失区的基因 ,经NCBIdbsnp数据库查询 ,获得基因csnp序列 ,且根据多态位点设计寡核苷酸探针 ,制备成含 2 5个肝癌相关基因的 4 8个csnp芯片。并对 10例肝癌患者csnp进行检测分析 ,而对 7例患者的部分检测结果用聚合酶链反应 单链构象多态性法 (PCR SSCP)和测序进行验证。结果　芯片检测的灵敏度为 6× 10 3 ng/ μl,检测重复率高于 95 83% ,随探针浓度降低 ,杂交信号逐渐减弱。 10份肝癌患者组织中 ,检测到半胱氨酸酶caspase9(rs2 30 894 1)C→T多态性和停泊蛋白DOK2 (rs2 2 4 2 2 4 1)T→G各 7份 ,表皮生长因子类似物EGFL3(rs94 7345 )A→G多态性、caspase9(rs2 30 8938)C→G多态性和磷酸甘油酸盐脱氢酶PHGDH(rs180 195 5 )T→A多态性各 6份 ,启动子结合因子E2F2 (rs32 18170 )G→A多态性 5份 ,DNA切除修复糖基化酶MUTYH(rs114 0 5 0 7)T→C和胞内蛋白BNIP3L(rs10 5 5 80 6 )G→T多态性 4份 ,肿瘤坏死因子家族成员TNFRSF1B (rs10 6 16 2 2 )T→G多态性 1份。经PCR SSCP检测 ,7例肝癌患者有多态性单链迁移率改变。选取有caspase9(rs2 30 894 1G)与 (rs2 30 894 1A)

摘要：为丰富甜瓜分子标记类型,并为后续甜瓜种质、品种及种子纯度鉴定提供简便、高效的检测方法,分别在甜瓜每条染色体上挑选6个核心snp位点,共72个标记,通过KASP技术对11份甜瓜种质进行基因分型,确定了45对具有较好分型效果的标记,标记设计成功率为62.5%。从45对分型较好的标记中挑选25个基因型分簇集中的最优标记,对31份甜瓜种质进行基因分型,明确了各种质在25个snp位点的多态性,通过聚类分析,分成了3组,并构建了31份甜瓜种质的指纹图谱,为甜瓜种质资源利用和种子纯度鉴定提供了参考。

摘要：为了探究贵州特产长顺绿壳蛋鸡ITPR1基因RYDR-ITPR结构域的多态性对蛋壳品质的影响,采用在线引物设计软件Primer Premier 3.0设计1对引物,扩增ITPR1基因RYDR-ITPR结构域,利用双向直接测序和序列比对法挖掘单核苷酸多态性(snp)位点,应用SPSS 18.0软件分析snp位点对长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质的影响。结果显示,在ITPR1基因第17~19内含子区共发现3个snp位点,分别为位于18内含子上的g.18853584 G>T、g.18853600 A>G突变位点和19外显子上的g.18853848 C>T突变位点;3个snp位点均为中度多态,均未偏离Hardy-Weinberg平衡(P>0.05),共检测到4种单倍型和7种双倍型。关联分析结果显示,位于19外显子上的g.18853848 C>T突变对蛋壳厚度有显著影响,TT、CC基因型显著高于TC基因型(PT突变可能是影响蛋壳厚度的标记位点,双倍型H3H3可能是蛋壳厚度和蛋壳强度的有利双倍型。

摘要：根据载脂蛋白E(apoE)基因在GenBank中的已知序列设计了8对引物,采用PCR-SSCP的方法在1个大白猪和长白猪群体中对apoE基因的全部编码区序列及部分5′-调控区的序列进行snp检测。结果表明:在外显子3发现了1个T1826C突变,在5′-调控区-512^-544位置处发现33 bp长度的片段缺失。对这2个突变位点与产仔数进行了关联分析,表明该snp和缺失突变的基因型效应对总产仔数和产活仔数影响均不显著(P>0.05)。

摘要：采用PCR-SSCP、PCR-RFLP技术对6个猪群共计276头猪的POU1F1基因的4个位点的多态性进行多态性分析,在针对Intron1设计的2对引物扩增的片段中分别发现1处突变位点,各存在2个等位基因(A和B、C和D);在引物P2位点,海南4个品系的猪种(五指山猪、五指山猪近交系、临高猪、屯昌猪)均没有发现多态性,而在滇南小耳猪、香猪2个猪种中BB基因型频率较AA基因型频率占优势,群体遗传多态性检测处于中度多态;在引物P3位点,在6个猪群体中,DD基因型频率较CD基因型频率占优势,群体遗传多态性检测均处于中度多态。SPSS软件分析五指山猪POUIF1基因P3位点的多态性与3个生长阶段及其日增重的关联程度,结果表明P3位点不同基因型对五指山猪3个阶段的生长及日增重间均无显著差异。