摘要：为筛选适宜的DNA混合池法,采用两因素交叉分组设计,以混合样本数量(20、60和150个)和终质量浓度(50、100和150ng/μL)为组合因子,分析不同混合池对PCR扩增质量及snps检出率的影响。结果表明:在同一混合样本数量下,以终质量浓度100ng/μL建立的DNA混合池扩增的PCR产物纯度和OD260/OD280均优于50ng/μL,但对测序结果无显著影响;以终质量浓度150ng/μL建立的DNA混合池扩增的PCR产物杂带较多,不符合测序要求。在同一混合样本终质量浓度下,混合样本数越多,snps检出率越高。综上,从PCR扩增质量、snps检出率和试验成本来分析,以混合样本150个、终质量浓度100ng/μL组合建立的DNA混合池效果最好。

摘要：本文研究兔的UCP2基因的多态性,为地方兔种的选种和选育提供一定的依据。分别以比利时兔、加利福尼亚兔和新西兰兔构建其DNA池,设计6对引物扩增3个兔种UCP2基因的外显子序列和部分内含子序列,用PCR产物直接进行双向测序快速的筛选出兔的UCP2的多态位点。结果表明:在兔UCP2基因中筛选到8个多态性位点:intron2-G2217T、exon3-A63C、exon3-G169A、intron5-C61A、exon6-C11G、intron6-C7T、intron6-C46T、intron6-C73A,其中exon3-A63C和exon3-G169A位于第3外显子上,且exon3-A63C为错义突变,导致编码的酪氨酸(Tyr)变为丝氨酸(Ser)。exon6-C11G在第6外显子上,其余的多态位点都在内含子中,除了intron6-C7T外,其余的多态位点在三种兔种中都有。结论:通过生物信息学对兔UCP2基因的分析发现m RNA二级结构、二级结构和蛋白质的三级结构在突变前后都发生变化。

摘要：以京海黄鸡为试验材料,采用PCR-SSCP技术检测斑联蛋白(zyxin)基因第7外显子SNP,探讨zyxin基因该位点多态性与京海黄鸡屠宰性能以及肉品质之间的关系。结果发现该位点存在1个SNP突变位点,表现为3种基因型,分别为AA、AB和BB。统计分析表明公鸡的肝质量、屠宰率,BB基因型显著高于AA型(P0.05)。

摘要：本文以莱茵鹅为实验材料,根据鹅生长激素(GH)基因CDS序列设计引物进行PCR扩增,获得了鹅GH基因内含子2序列,并对扩增产物进行SSCP分析。结果表明:第441位碱基发生了C-A突变;第449位碱基发生了T-C突变。经最小二乘分析,这两个多态性位点所产生的6种基因型的个体间体重差异极显著(P<0.01),BB基因型个体体重显著高于其他基因型个体。这提示我们可以利用该多态位点对鹅体重性状进行标记辅助选择。

摘要：以MC3R基因为候选基因,根据鸡的MC3R基因序列(GenBank登录号:AB017137)在编码区设计2对引物,采用PCR-SSCP和DNA测序技术,检测该基因在蛋用鹌鹑群体中的单核苷酸多态性(snps),同时对候选基因与鹌鹑早期屠体性状的相关性进行了分析。结果表明,鹌鹑MC3R基因在所测序列的27(G→A)和138(C→T)碱基处发生了2个突变,检测到了AA、BB、CC、AB、AC、BC 6种基因型;A等位基因频率为0.347,B等位基因频率为0.218,C等位基因频率为0.435。方差分析结果显示,MC3R基因多态位点与蛋用鹌鹑的肝脏重和肝脏比率相关。因此,推测MC3R基因可能为影响鹌鹑屠体性状的主效基因或与主效基因相连锁。

摘要：利用黔北麻羊、贵州黑山羊和贵州白山羊构建DNA池,设计1对引物扩增其STAT5A基因第10外显子及部分内含子序列。PCR产物纯化后进行双向测序。DNAStar和BLAST分析确定多态性位点。利用生物信息学软件分析snps位点对STAT5A基因RNA二级结构、STAT5A蛋白二级及三级结构的影响。结果表明:在扩增的STAT5A基因中筛选到3个snps:C-32A、G+71A和G+158A,其中G+71A为错义突变,导致编码的丙氨酸(Ala)变为苏氨酸(Thr);C-32A和G+158A均在内含子区,不参与氨基酸编码。snps位点对STAT5A基因RNA二级结构和STAT5A蛋白结构均有一定影响。

摘要：为探究黄牛生长激素受体(GHR)基因多态性,筛选出对贵州地方黄牛生长性状有显著影响的snps位点,本研究以150头贵州地方黄牛(关岭牛、思南牛、威宁牛各50头)为研究对象,以GHR为候选基因,根据GenBank收录的黄牛GHR基因外显子序列设计引物,提取贵州地方黄牛血液基因组DNA并构建混池;通过PCR扩增测序法验证GHR基因snps和分型,运用DNAStar、SPSS 19.0软件对GHR基因snps进行遗传学分析,并与贵州地方黄牛生长性状进行关联性分析,寻找各位点不同基因型间贵州地方黄牛生长性能差异,同时使用生物信息学分析GHR突变前后mRNA二级结构的变化,预测分析贵州地方黄牛GHR蛋白的结构与功能。结果显示,贵州地方黄牛GHR基因共检测出8个snps,分别为Exon9-C162T、Exon9-C201T、Exon9-G243C、Exon9-G383A、Exon9-A495T、Exon9-C622T、Exon9-C642T和Exon9-A650C,其中思南牛无Exon9-G243C。遗传学分析表明,除Exon9-G243C位点在威宁牛中偏离Hardy-Weinberg平衡外,其余snps均未偏离Hardy-Weinberg平衡。相关性分析发现,GHR基因突变位点在关岭牛和思南牛中均未检测到显著性差异,但在威宁牛中,Exon9-G243C基因型GC个体胸围显著低于GG和CC基因型(P0.05)。生物信息学分析发现突变前后,除Exon9-G383A mRNA二级结构未发生改变外,其余snps mRNA二级结构均发生了改变,Exon9-G243C、Exon9-A650C会影响蛋白质二级结构的变化,但突变不影响蛋白质三级结构的变化。此外,贵州地方黄牛GHR蛋白是一种分泌蛋白,具有信号肽剪切位点且具有6个N-糖基化位点,证实该基因变异程度高。本研究提示GHR基因Exon9-G243C、Exon9-A650C这2个snps对贵州地方黄牛生长性状具有显著影响,可作为贵州地方黄牛生长发育的候选分子标记。

摘要：本实验将肌细胞生成素(MyoG)基因作为研究边鸡生长和屠体性状的候选基因,采用PCR-SSCP技术对边鸡的MyoG基因进行snps检测,并利用荧光定量PCR技术探讨MyoG基因的多态性与边鸡生长和屠体性状之间的关系。结果表明:在MyoG基因上发现2处同义突变,MyoG基因多态位点对边鸡生长和屠体性状有显著或极显著影响(P<0.05或P<0.01);MyoG基因在胸肌中的表达量极显著高于腿肌中的表达量(P<0.01)。由此推测,边鸡MyoG基因的多态性对其生长和屠体性状有一定影响,对肌纤维的生长发育存在调控机制,但是否可以作为影响边鸡生产性状的遗传标记需进一步研究。

摘要：探究绵羊诱导型一氧化氮合酶(iNOS)基因多态性与布鲁菌易感性的关系。使用虎红平板血清凝集试验检测哈萨克羊布鲁菌患病情况。参考GenBank中绵羊iNOS基因序列,针对其15、16、17外显子及其邻近内含子片段设计引物,PCR扩增出目的基因片段。采用SSCP凝胶电泳检测不同基因型分型,DNA测序进行多态性检测,分析其snps与哈萨克羊布鲁菌易感性之间的关系。经检测发现阳性羊数67只,占比29.00%。在哈萨克羊iNOS基因的exon 15片段上有F15-C29002T和F15-G29076A两个多态位点。在exon 16片段上有F16-A30045G位点。在exon 17片段上有F17-T31213G位点。卡方检验表明,F15-C29002T和F15-G29076A多态位点与布鲁菌易感性的相关性不显著(P>0.05),F16-A30045G和F17-T31213G多态位点与布鲁菌易感性的相关性极显著(P<0.01)。哈萨克羊iNOS基因F15-C29002T和F15-G29076A与布鲁菌易感性没有相关性,F16-A30045G和F17-T31213G与布鲁菌易感性存在相关性。

摘要：以MB基因作为影响猪肉肉色的候选基因,利用PCR-SSCP技术,以野猪、野家杂种猪、民猪、大白猪、长白猪5个猪种为研究对象,根据GenBank上猪的MB序列设计了3对引物,对此基因的3个外显子进行snps检测。基因型检测结果表明:MB基因在第1、第2外显子上没有发现多态,在第3外显子上检测到了多态。在第3外显子上的第437 bp处存在一个T→C的碱基突变,该突变未导致氨基酸的改变,属沉默突变。经计算各基因型频率、基因频率和试验统计表明:随野猪、野家杂种猪、民猪、长白猪、大白猪肉色的变浅,等位基因N的基因频率也呈下降趋势。