摘要：为研究 3 种缬草ssr分子标记的差异,开发相应的引物用于缬草的鉴定及分子育种.本研究采用Ex-cel和MISA软件对 3 种缬草转录组中ssr位点数据进行分析,利用Primer 3.0 软件随机设计ssr引物,并进行PCR扩增及琼脂糖凝胶电泳验证引物的有效性和ssr的多态性.结果显示,缬草Valeriana officinalis L.(VOL)、Valeriana officinalis *** Miq.(VOI)及Valeriana officinalis *** Linn.(VOO)的转录组数据分别包含29 462、40 840和29 280个序列总数(Unigene),这些Unigene分别包含7 515、8 046和7 330个ssr位点.3 种缬草的ssr位点的发生频率为 25.50%、19.71%、25.05%,平均距离为 4.16 kb、4.20 kb、4.22 ***单碱基重复基元的主要类型为A/T型,占ssr总数的 41.76%、41.30%、38.50%.VOL、VOI、VOO 3 种缬草的独有重复基元数量分别是 44 种、45 种、25 种.随机设计的引物扩增ssr的有效率为 77.78%,具有ssr高多态性的引物占比 55.56%.总之,3 种缬草的ssr位点具有分布密度高、出现频率高、重复基元类型多等特点,多态性好,可为 3 种缬草后续的鉴定及分子育种提供理论依据.

摘要：以金针菇(Flammulina velutipes)基因组序列为基础,对其ssr位点进行分析,设计16对引物对其中16个ssr位点进行标记设计,并对6个商业化的金针菇品种进行筛选。统计结果表明,金针菇基因组有1279个位点,ssr位点密度为35.53/Mb,并以三核苷酸基序为主,重复数≥10的ssr(即高频)基序数目总计246个,占所有ssr位点的19.23%。设计的16对ssr标记均能扩增条带,多态率仅为18.75%。

摘要：采用生物信息学方法对槟榔(Areca catechu L.)果实转录组中的ssr位点信息进行分析,以期为槟榔ssr标记开发提供依据。利用MISA工具对槟榔转录组测序获得的Unigene序列进行ssr检索、位点信息分析和ssr引物设计。从94 562条Unigene中共检索到51 245个ssr位点,分布在31 482条Unigene序列中,平均分布距离为1/2.12 kb,发生频率为54.19%。单核苷酸是主要重复类型,所占比例为30.14%。优势重复基元是A/T、AG/TC、GA/CT和TA/AT,分别占单核苷酸的80%、二核苷酸的27%、26%和25%。重复次数以3~11次重复为主,所占比例为69.37%。大部分基序长度集中在12~20 bp之间,所占比例为92.77%。设计获得34 983对ssr引物。研究结果表明槟榔ssr位点分布频率较高、类型丰富、具有较高的多态性潜能和可用性,可为槟榔ssr标记开发、种质资源鉴定、遗传多样性分析、分子标记辅助育种等方面提供的理论基础。

摘要：珊瑚菜(Glehnia littoralis)又名北沙参,是一种常用药食同源植物。现珊瑚菜野生种群十分稀缺,是国家二级保护植物之一。本研究通过MISA软件对珊瑚菜转录组78828条Unigenes中简单重复序列(simple sequence repeats,ssr)位点信息进行挖掘与分析,共鉴定出14421个ssr位点,ssr发生频率为15.43%。珊瑚菜转录组ssr位点的种类从单碱基到六碱基重复均有分布,主要重复类型是单核苷酸和双核苷酸,分别占ssr总数的39.98%和40.98%。ssr位点的最小重复次数分布为5次,最大重复次数分布为24次,6和10次是ssr位点数量最多的重复次数,分别有3102和2672个,分别占总ssr数目的21.51%和18.53%。利用引物设计软件Primer 6.0软件,共设计出2894对引物。随机筛选出20对引物进行扩增验证,有12对引物扩增出片段。本研究结果表明珊瑚菜转录组ssr位点出现频率与密度较高且重复类型丰富,可为珊瑚菜遗传图谱的建立、遗传多样性的分析、物种的鉴定和育种等研究提供技术依据。

摘要：运用富集技术构建富集中国栗微卫星的基因组文库,从富集(AC)n微卫星的基因组文库中筛选出的10个微卫星中设计出5对引物.使用安徽省的14个板栗品种分析5个ssr位点的多态性,从5个微卫星位点得到29个等位基因,每个位点的等位基因数量在4～7个之间,微卫星位点的平均PIC为0.63.利用微卫星数据进行聚类分析,14个品种分为2个类群,聚类结果与品种来源基本一致.(AC)n微卫星的高多态性表明其在板栗遗传图构建和品种指纹分析方面具有优越性.