摘要：数量迅速增加的EST为开发新的ssr标记提供了宝贵的资源。本研究对4584条白菜EST进行了搜索,共检索出474个ssr,检出率为10·3%,包括40种重复基元。其中二核苷酸和三核苷酸重复单元的EST-ssr占主导地位,二者出现的频率基本相近,占总ssr的近83%;其它重复类型所占比例均不足5%。GA和GAA是二、三核苷酸中的优势重复类型,分别占二、三核苷酸重复类型的71·5%和37·5%。设计了15对EST-ssr引物,在合适的PCR反应体系下,以构建EST的白菜自交系A的DNA为模板,对设计的EST-ssr引物进行筛选,发现15对EST-ssr引物都能扩增出产物。进一步用这些可扩增的引物对28个白菜品种进行PCR扩增,发现7对引物显示多态性,占引物总数的46·7%。此结果表明,根据EST建立EST-ssr标记是一条简便而又有效的途径。

摘要：在1589条茶树EST中,共发掘出了281个EST-ssr,分布于246条EST中,出现频率是17.68%,平均长度为33.06bp,平均分布频率是1/2.61kb。在茶树EST-ssr中,二核苷酸重复是主要的重复类型,出现最多的重复基元类型是AG/CT重复。设计了19对ssr引物,在对引物、dNTP、MgCl2的浓度及退火温度等参数进行测试后,建立了合适的PCR反应体系。以衍生绝大多数EST-ssr的龙井43DNA为模板,对引物进行了筛选,有16对引物显示扩增,可用率为84.2%;进一步在10个茶树品种中进行多态性测试,显现出多态性的引物占可扩增引物的62.5%。本文研究结果证明了根据茶树EST建立ssr标记是有效、可行的。

摘要：对5 472条蝴蝶兰无冗余EST序列进行了ssr搜索,共检索出376条EST含有419个ssr位点,平均每7.4 kb EST序列出现1个ssr。共有60种ssr的重复基元,其中二核苷酸和三核苷酸重复基元占主导地位,分别占ssr总数的67.1%和30.3%;AG/CT在ssr基元中出现频率最高(46.1%),AT/AT次之(18.6%)。根据搜索结果设计了100对蝴蝶兰EST-ssr引物,并随机合成了20对引物。以2个蝴蝶兰品种的DNA为模板,对引物进行了筛选和评价,有16对引物扩增出稳定且清晰的目标产物,其中12对引物扩增的产物存在多态性。

摘要：利用生物信息学方法,从dbEST数据库用ssrHunter软件对4 500条核桃EST序列进行搜索,发现462个ssr分布于399条EST序列中,EST-ssr出现频率10.27%,平均每5.65 kb EST出现一个ssr。核桃二核苷酸重复基元占主导地位,其次为三核苷酸重复基元,分别占总ssr的49.57%和27.27%。核桃二核苷酸EST-ssr的优势类型为AG,其次为AT,分别占二核苷酸ssr的67.25%和28.38%。核桃三核苷酸EST-ssr的优势重复基元为AAG,其次为ACC、AAT、AGG,分别占三核苷酸ssr的25.40%、21.43%、16.67%和11.11%。用Primer Primer 5.0软件设计了11对引物,对核桃属5个样品进行PCR扩增,10对引物有扩增产物,引物有效扩增率90.9%,其中7对引物有多态性,多态性引物占可扩增引物的70%。表明,利用核桃EST序列开发EST-ssr标记是可行的。

摘要：本文对从NCBI下载的鼠尾草属11747条EST序列(其中,丹参10228条)进行分析,搜索到含ssr的序列1911条,共含有ssr2156个,出现频率为18.35%。在丹参EST-ssr中,核苷酸重复基元种类共77种。单核苷酸重复最多,出现频率为10.45%,二、三核苷酸的出现频率为3.72%、4.40%。三核苷酸重复中ACG/CTG为主要类型,占27.3%。共设计引物143对,合成13对(其中,丹参6对,Salvia fruticosa7对),在对引物、dNTP、MgCl2进行测试后,建立了合适的PCR反应体系。引物筛选发现7对引物(丹参6对,***1对)对丹参基因组DNA均有良好的扩增,并对11个不同产地丹参样品进行扩增均呈现良好的多态性。本研究结果证明根据丹参EST资源建立丹参EST-ssr标记是可行的。

摘要：目的分析鱼腥草Houttuynia cordata转录组中的ssr位点信息,并设计简单重复序列(ssr)引物,以期为鱼腥草分子标记辅助育种提供有力工具。方法利用MISA工具筛选了鱼腥草转录组测序获得的63 954条unigenes,对其ssr位点信息进行了分析;在此基础上利用Primer 3设计ssr引物,并随机选择50对ssr引物对16株不同来源的鱼腥草进行多态性扩增分析。结果在鱼腥草的转录组中,共搜索到4 800个ssrs,分布于4 413条unigenes,ssr位点出现频率为7.51%。ssrs位点中三核苷酸重复是主要类型,占总ssrs的41.54%;其次是单核苷酸重复基序(占27.35%)。ssrs所包含的重复基元中,单核苷酸重复基元A/T是优势重复基元类型,占总ssrs的27.0%。利用Primer3共设计出3 068对ssr引物。随机选择50对引物进行PCR扩增,其中43对(86.0%)扩增出清晰、可重复的条带,且表现出多态性。利用UPGMA作图,将16个样品分为2类。结论鱼腥草转录组中ssr位点出现频率高,类型丰富;大量的ssr为其遗传多样性分析和遗传图谱构建奠定基础。

摘要：目的分析野三七Panax vietnamensis ***(PVF)转录组中的ssr位点信息,并设计简单重复序列(ssr)引物,以期为野三七分子标记辅助育种提供有力工具。方法利用MISA工具筛选了野三七转录组测序获得的126 758条unigenes,对其ssr位点信息进行了分析;在此基础上利用Primer3设计ssr引物,并随机选择30对ssr引物对13株不同来源的野三七进行多态性扩增分析。结果在野三七的转录组中,共搜索到21 320个ssrs,分布于17 780条unigenes,ssr位点出现频率为16.82%。ssrs位点中二核苷酸重复是主要类型,占总ssrs的52.52%;其次是三核苷酸重复基序(28.08%)。ssrs所包含的重复基元中,二核苷酸重复基元AG/CT和AT/AT是优势重复基元类型,占总ssrs的46.25%。利用Primer3共设计出39 336对ssr引物。随机选择30对引物进行PCR扩增,其中29对(96.67%)扩增出清晰、可重复的条带,15对(50.00%)扩增条带表现出多态性。利用UPGMA作图,将13个材料分为2类。结论野三七转录组中ssr位点出现频率高,类型丰富;大量的ssr为其遗传多样性分析和遗传图谱构建提供了丰富的候选分子标记。

摘要：目的:通过对灯盏花转录组中ssr位点信息的分析,设计ssr引物,为开发新的ssr标记奠定了基础。方法:利用MISA工具筛选灯盏花转录组测序获得的52 060条unigenes,对其ssr位点信息进行了分析;Primer3设计ssr引物,随机选取36对引物对13株采自不同地方的灯盏花进行多态性扩增分析。结果:灯盏花转录组搜索到3 639个ssr位点,分布于3 260条unigenes上,ssr位点出现频率是6.99%。其中,二核苷酸重复是主要的类型,占总ssr的34.41%,其次是单核苷酸和三核苷酸重复基元,分别占总ssr的31.41%,30.04%。二核苷酸重复基元中以AT/AT和AC/GT为优势重复基元,占总ssrs的28.71%,三核苷酸重复基元以AAT/ATT为主,占7.94%。随机选取36对引物进行PCR扩增,其中34对(94.44%)扩增出清晰、可重复的条带,19对(52.78%)表现出多态性差异。利用UPGMA作图,将13个材料分为2类。结论:灯盏花转录组中ssr位点出现频率高,类型丰富;大量的ssr为其遗传多样性分析和遗传图谱构建提供了丰富的候选分子标记。

摘要：本研究通过对两种黄连,即黄连（Coptis chinensis Franch.）和云南黄连（*** Wall.）转录组中ssr位点信息的分析,设计ssr引物,为开发新的ssr标记提供理论基础。利用MISA工具筛选黄连及云南黄连转录组测序获得的55 903和49 741条Unigenes,对其ssr位点信息进行了分析;Primer3设计ssr引物,随机选取60对引物对两种黄连,每种20株,共40株进行多态性扩增分析。黄连和云南黄连转录组分别搜索到4 071和4 041个ssr位点。两种黄连中二核苷酸和三核苷酸重复皆是主要的类型,分别占总ssr的87.71%和87.58%。黄连中,二核苷酸重复基元出现最多的为AG/CT,共953个,占总ssr的23.40%,三核苷酸重复基元出现最多的为AAG/CTT,共746个,占总ssr的18.3%;在云黄连中,AG/CT和AAG/CTT分别为934（23.10%）和773（19.10%）。随机选取60对引物进行PCR扩增,其中12对（20.00%）表现出多态性差异。利用Populations软件作图,将40个材料分为2类。两种黄连转录组中ssr位点出现频率高,类型丰富;大量的ssr为其遗传多样性分析和遗传图谱构建提供了丰富的候选分子标记。

摘要：利用Micro SAtellite软件分析筛选芒果转录组中的ssr位点。结果表明,在54 207条Unigene中共搜索得到4 103个ssr位点,出现频率为7.57%。其中,三核苷酸重复为主导重复类型,占ssr总数的38.19%,其次是单核苷酸重复(26.91%)。AG/CT和AAG/CTT分别是二核苷酸和三核苷酸重复的优势基元。根据ssr侧翼序列共设计6 915对ssr引物,随机挑选了230对进行PCR检测,获得93对多态性引物。由此可见,芒果转录组数据可以作为大量开发ssr标记的资源,这些ssr标记也将有助于芒果遗传多样性和种质资源鉴定的研究。