摘要：【目的】基于三代全长转录组测序数据,开发极边扁咽齿鱼ssr分子标记,积累和丰富该物种遗传信息,为后期指导和优化人工繁殖技术提供理论参考。【方法】基于极边扁咽齿鱼三代全长转录组测序结果(PRJNA792686),分析ssr分布情况,筛选出具有多态性的ssr引物,并对2个流域37尾边扁咽齿鱼的遗传多样性进行分析。【结果】极边扁咽齿鱼单核苷酸重复ssr个数最多,占37.87%,二核苷酸~六核苷酸重复序列依次占31.77%、10.32%、1.29%、0.25%和0.10%;二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸和六核苷酸重复序列均以重复次数5~8次居多,分别占各自ssr总数的55.26%、94.90%、70.92%和89.52%;之后随重复次数增加而逐渐减少,当重复次数为21~24次时最低,分别占各自ssr总数的2.63%、0.04%、2.68%和0。单核苷酸重复序列以重复次数9~12次居多,占其ssr总数的71.43%;五核苷酸重复序列的重复次数主要集中在5~8次,占其ssr总数的83.33%;三核苷酸、四核苷酸和五核苷酸重复序列中,排名前5的序列分别是TA(17.07%)、AT(16.95%)、TG(15.29%)、AC(12.51%)和CA(9.71%);TTA(7.53%)、GAT(6.07%)、TAT(5.93%)、CAG(5.50%)和GAG(5.50%);TATC(4.83%)、TTTA(4.32%)、TTCT(3.81%)、TATT(3.56%)和TGTT(3.18%)。共设计38对ssr引物,最终筛选得到9对ssr多态性引物。2个流域的极边扁咽齿鱼等位基因数(Na)为3~29,其中,A流域极边扁咽齿鱼的期望杂合度(He)为0.484~0.931,香农指数(H′)为0.677~2.793;B流域极边扁咽齿鱼的He为0.315~0.948,H′为0.578~3.075。【结论】2个流域的极边扁咽齿鱼具有较高的遗传多样性。开发的9个多态性ssr分子标记可用于极边扁咽齿鱼育种和种质保护。

摘要：不同产地黄花蒿品质差异较大,因此开发黄花蒿特异性分子标记对于筛选鉴定优质种源具有重大意义。本研究结合形态标记及化学计量学对相同环境下不同种源黄花蒿的特征进行统计分析;再利用Krait软件对黄花蒿不同覆盖度CCS数据及全基因组进行ssr位点数据挖掘,使用Primer Premier 3.0软件设计引物,筛选出具有多态性的引物并鉴定种源。结果表明,相同培养环境下黄花蒿的形态特征及有效成分含量具有显著性差异;同时,黄花蒿1X CCS数据能够有效反映基因组ssr的特征,二者的6种ssr重复类型的重复次数集中于5~13次,长度大多分布于10~30 bp。以1X CCS数据筛选出的ssr位点为基础,设计筛选得到373187对引物,随机挑选的20对引物用于有效性检测,14对引物扩增出条带,其中引物S1能在材料间扩增出特异性条带,可用于对不同产地黄花蒿进行区分。本研究以1X CCS数据为基础,开发黄花蒿ssr标记,结合形态学标记及有效成分含量,能够有效区分不同种源的黄花蒿,为黄花蒿遗传多样性分析、资源鉴定保护、基因功能研究等方面提供了丰富的分子标记。另外低覆盖度CCS具有测序量小,无需拼接组装,读长长,精确度较高且成本较低等优势,可作为开发ssr标记的基础数据,为具有超大基因组的物种提供了一种新的思路。

摘要：柑橘几丁质酶基因cs8g01810位于第8染色体上,它可能在柑橘抗真菌病的过程中起重要作用,为了在柑橘的抗病育种中快速鉴定该基因,需要开发与该基因紧密连锁的分子标记。本研究通过在柑橘基因组测序数据库中检索,获得该基因上游50 kb和下游50 kb的基因组DNA序列,再使用ssrIT软件寻找这段序列中的短串联重复序列,从而设计引物扩增,筛选获得基因连锁的ssr分子标记。以甜橙、砂糖橘、贡柑、沃柑4个品种的基因组DNA作为模板进行PCR扩增,将产物进行电泳比较和测序验证后,开发出4个与柑橘cs8g01810基因紧密连锁的ssr分子标记,它们与cs8g01810基因的物理距离在11~47 kb,扩增产物长度在70~212 bp,在不同柑橘品种中长度变异在2~9 bp,通过PCR扩增和3%琼脂糖凝胶电泳得到有效区分。开发的ssr分子标记将在分子辅助育种、基因图位克隆和种质资源鉴定等过程中发挥重要作用。

摘要：本研究旨在为蒙古莸在分子水平上提供理论依据,以便对濒危稀有种制定科学的保护策略。本研究下载GenBank数据库公布的蒙古莸叶绿体基因组信息,利用生物信息学对蒙古莸叶绿体基因组进行cpssr分析。利用MISA软件全面搜索蒙古莸叶绿体基因组ssr分子标记,并对其分析;运用Primer Premier 3.0设计并筛选多态性较好的引物用于后续研究。在全长151 707 bp的蒙古莸叶绿体基因组中,共鉴定出31个cpssr位点,位点间平均分布距离为4 893.77 bp,其中以单核苷酸重复为主,且主要分布于LSC区,占ssr位点总数的74.19%;其次是四核苷酸重复,分布于LSC及SSC两区,占ssr位点总数的19.35%,分布最少为三核苷酸,仅占总位点数的3.23%。将所有31个位点合成31对叶绿体微卫星引物,通过毛细管电泳检测,最终筛选出8对多态性引物。此外,挑选多态性好的马鞭草EST-ssr引物,扩增结果产生非特异性条带,且与马鞭草扩增片段范围相差较大。基于软件的参数设置,单核苷酸重复数量占比最多,三核苷酸重复占比最少;从31对引物筛选出8对多态性引物,扩增率达100%,多态率为26%;此外,马鞭草与蒙古莸的扩增条带范围相差较大,说明二者有较大差异的遗传背景。在此基础上,本研究为后续蒙古莸的种质鉴定、系统发育、群体遗传进化分析提供理论依据。

摘要：揭示珍稀濒危植物石山苏铁(Cycas sexseminifera)种群的遗传多样性水平和遗传分化大小,确定优先保护种群,对石山苏铁的有效保护和管理策略的制定具有重要意义。本研究基于简化基因组序列分析设计Simple Sequence Repeats(ssr)引物,并利用ssr引物进行遗传多样性检测。实验共获得6对ssr引物,6对引物共检测出37个观测等位基因(N a),其中最小观测等位基因数目为3,最大观测等位基因数目为12,平均每个位点等位基因数目为6.167。位点GZST002、GZST055、GZST065、GZST088是高度多态性位点(PIC>0.5)。石山苏铁各种群期望杂合度(H e)为0.330-0.533,平均值为0.444,表明石山苏铁遗传多样性处于中等水平;7个种群的H e值大小顺序为广西植物研究所引种(ZWS)>崇左广河(GH)>崇左排汝(PR)>隆安陇怀(LH)>崇左中干(ZG)>百色作登(ZD)>隆安新会(XH)。固定系数(F)为-0.161-0.480,平均值为0.074,其中LH、PR、XH 3个野生种群为负值,GH、ZD、ZG 3个野生种群的固定系数则大于0;7个种群的F值大小顺序为百色作登(ZD)>广西植物研究所引种(ZWS)>崇左中干(ZG)>崇左广河(GH)>隆安陇怀(LH)>隆安新会(XH)>崇左排汝(PR)。因此,综合各个遗传指标,石山苏铁需要重点保护和引种的野生种群是遗传多样性相对较高的崇左广河(GH)种群。同时建议开发更多的ssr引物和采集更广范围的石山苏铁野生种群,精准筛选遗传多样性高的优良种群,以利于更全面和准确地评估石山苏铁的遗传多样性水平和濒危机制。

摘要：为揭示三角梅的遗传背景,本研究采用软件MicroSAtellite搜索其苞片转录组ssr位点,使用Primer Premier 5软件设计50对ssr引物,将筛选出的多态性引物用于55份三角梅材料的聚丙烯酰胺凝胶电泳,采用Popgene 32、PowerMarker V3.25和Structure V2.3.4等软件分析三角梅遗传多样性。结果显示,从50对ssr引物中筛选出25对条带清晰且多态性好的引物,25对ssr引物共检测到76个等位基因,平均每对引物有3个等位基因,平均有效等位基因数为2.30,引物多态性信息量(PIC)在0.01~0.66之间,均值为0.38。55个三角梅材料间的遗传距离为0.01~0.92,平均遗传距离为0.43;在遗传距离0.44处,聚类分析将55份材料分为3个群体。与印度三角梅栽培种比较而言,本实验研究的三角梅材料的遗传多样性水平不高,结果可为三角梅品种鉴定、保护及进化提供一定参考价值。

摘要：为开发黄麻ssr引物,为黄麻分子标记辅助育种等研究提供有利工具,在黄麻转录组测序的基础上,采用MicroSAtellite(MISA)软件进行ssrs搜索,并对部分ssr引物的多态性进行验证,结果表明:1)在1kb以上的13 718条unigene中,共检测到8 571个ssr位点,占评估序列数目的62.47%,平均每3.47kb有1个ssr;2)所开发的ssr标记中,单核苷酸重复序列最多,占42.15%,二核苷酸和三核苷酸序列也较丰富,分别占14.80%和16.74%;3)利用Primer3.0软件设计了与木质素合成酶基因及MYB转录因子相关的880对引物,随机选取29对引物,以8份不同类型黄麻种质进行多态性验证,获得8对具有稳定多态性的引物,多态性引物比率为27.58%。结果表明,基于黄麻转录组序列的ssr标记开发是可行的,开发的ssr标记可为黄麻属遗传多样性分析、遗传图谱构建及功能基因的挖掘等研究提供有利工具。

摘要：应用ssr分子标记技术对超级杂交稻5 个组合(HYS 1/R105、培矮64S/E32、两优培九、88S/0293、J23A/Q611)及其9个亲本进行了鉴定。用144对ssr引物进行筛选,有47对能够在实验材料中显示较好的多态性,其中,RM337与RM154呈现丰富多态性,可鉴别供试组合并分别与其亲本区分开。对于水稻的每一条染色体,各筛选出两条产生多态性的引物,共24对,并提供一组作为鉴定参考的图谱;通过杂种表现为父母本互补带型的特点,找到在杂交稻组合及其亲本间具有多态性的引物,筛选出5对引物分别作为鉴定上述5个超级杂交稻组合的特异引物,进而针对杂交稻不同的纯度问题设计鉴定方法。

摘要：为开发石蒜属简单重复序列(ssr)分子标记,并研究ssr引物在石蒜属内的通用性,本研究对石蒜属石蒜、忽地笑、中国石蒜、长筒石蒜、换锦花、香石蒜6个种质转录组测序,检测ssr位点并设计引物,通过PCR扩增和毛细管电泳判断引物的有效性和多态性,绘制石蒜属17个种质资源的指纹图谱并对杂交后代的真实性进行早期检测。结果表明,共获得404 481条Unigenes,利用数据库进行同源比对和功能注释,并对Unigene进行ssr位点挖掘和分析,共检测到59 612个ssr位点。其中,单核苷酸重复>二核苷酸重复>三核苷酸重复,分别占ssr总数的62.88%、20.06%和14.66%,四核苷酸及以上重复单元相对较少。选取并合成8对荧光引物进行PCR扩增,通过毛细管电泳检测发现,8对荧光引物共检测到60个多态位点,多态位点数平均为7.50,多态性信息含量(PIC)值变化范围为0.148 0~0.940 8,平均值为0.593 0。利用引物扩增带型组合法构建了石蒜属17个种资源的指纹图谱,其中引物QZ209可区分所有供试材料,并可用于杂交后代鉴定。本研究开发的ssr标记具有丰富的多态性,在石蒜属植物的资源多样性分析、杂交种鉴定及遗传图谱的构建应用中具有重要意义。

摘要：【目的】窄足真蚋Simulium(Eusimulium)angustipes属嗜血蚋种,并传播禽类疾病。本研究旨在通过RNA-seq技术获得窄足真蚋的转录组数据,进而开发其微卫星标记,为窄足真蚋的种群遗传学研究提供可靠的分子标记。【方法】以采自陕西宝鸡和新疆阿勒泰地区的窄足真蚋幼虫为材料,构建转录组数据库。使用软件MISA(microsatellite identification tool)搜索窄足真蚋unigenes库中的所有ssr位点,并随机挑选ssr位点,利用软件Primer Premier 5.0和Oligo 6.7设计微卫星引物。经PCR扩增和电泳检测,用Cervus 3.0.7等生物信息学软件进行统计分析,筛选多态性微卫星引物。利用Blast X比对Nr和Swiss-Prot蛋白质数据库,对含多态性ssr位点的unigenes进行功能注释。【结果】共鉴定出29 471个ssrs。最丰富的重复基序是单核苷酸重复类型,占总ssr数的87.05%;其次是三核苷酸重复类型,占7.95%。共发现34种碱基重复基序,主要是A/T基序重复,占86.93%。15对微卫星引物均成功扩增出特异性产物,含12对具多态性的微卫星分子标记。比对结果显示,7个ssr位点来自注释基因序列。【结论】基于RNA-seq二代测序技术可实现窄足真蚋ssr分子标记的高效率开发,对窄足真蚋的种群遗传学研究具有重要意义。