摘要：利用MISA软件对藤茶转录组测序获得的92472条Unigene进行ssr位点信息分析,共检测到单核苷酸至六核苷酸重复类型的ssr位点34420个,分布在27096条Unigene中,出现频率为37.22%,平均分布距离为31.69 kb。ssr重复类型主要以单核苷酸重复为主,占66.11%,其次是二、三核苷酸,各占19.95%和12.52%。34420个ssr位点中共发现77种重复基序,重复次数在5~24次之间,其中出现频率高的基序有A/T、AG/CT、AT/AT、AC/GT、AAG/CTT和AAT/ATT。利用Primer 3.0共设计得到34440对ssr引物,从中随机选取40对引物进行PCR扩增检测,有30对引物扩增出预期大小的条带,其中9对引物在8份藤茶种质材料中表现出多态性。以上结果表明,基于藤茶转录组序列的ssr标记开发是有效可行的,开发的ssr标记为后续藤茶种质资源鉴定及遗传多样性分析等研究提供了科学依据。

摘要：中华蜜蜂是东方蜜蜂的一个亚种,也是我国的特有蜂种。本研究基于已获得的中华蜜蜂幼虫肠道转录组数据预测ssr分子标记,并进行ssr位点的信息分析和ssr引物的发掘。利用MISA软件对幼虫肠道转录组中数据组装得到的43557条unigenes进行搜索,共预测出13448个ssr位点,它们分布于7763条unigene中,其中最主要的重复类型为二核苷酸重复(58.03%),其次为三核苷酸重复(28.23%)和四核苷酸重复(9.72%)。二核苷酸重复中的基序主要是AT/AT(占总量的30.4%)。对于所有的ssr位点,利用Primer Premier 5软件成功设计出21627对引物,随机选取48对引物对5个不同来源的中华蜜蜂幼虫肠道样品进行ssr位点扩增,共有15对成功扩增出符合预期的目的片段。研究结果表明利用转录组数据大规模开发中华蜜蜂幼虫的ssr引物是可行的,本研究开发出的ssr引物为研究中华蜜蜂分子遗传学奠定了基础。

摘要：楠木(Phoebe zhennan)是我国特有的珍贵用材树种。利用14对多态性ssr引物对四川省10个种源39个楠木家系进行遗传多样性特征分析,以期揭示其遗传背景及家系间的遗传关系,为楠木优良种源(家系)的选择与利用提供理论依据。结果显示,14对ssr引物共检测出178个等位基因(Na),平均有效等位基因数(Ne)为7.058。PIC值在0.306~0.939间变化,均值为0.746,多态性较高。Shannon’s信息指数(I)在1.306~1.511之间变化,平均值为1.368,表明楠木种源(家系)具有较高的遗传多样性水平。期望杂合度(He)与观测杂合度(Ho)分别在0.646~0.0.703之间和0.920~1.000之间,平均分别为0.676和0.550。分子方差分析(AMOVA)结果显示,99%的遗传变异来源于种源内,仅1%的遗传变异来源于种源间。基于STRUCTURE对39个家系进行群体结构分析,当K=3时,ΔK有最大峰值,表明适宜被分为3个群组。基于遗传距离的聚类分析将楠木39个家系分为4个类群,除F20单独一个类群外,其余三个类群混合了成都、泸州、雅安、乐山各地的楠木家系,类群划分与种源地无明显联系。研究结果为楠木优异基因资源的发掘和杂交亲本的选配提供了理论参考。

摘要：用混合品集分析方法 (BL A) ,在保持系和恢复系中的 DNA各取 2 0个样混合 ,对 PMRF、OSR- 33、RM2 94、RG30 4、RG2 5 7和 RM2 2 8六对引物进行筛选 ,结果发现 PMRF、OSR- 33和 RM2 2 8三对 ssr引物在保持系和恢复系的混合之间有遗传差异。用这三对引物分别对不同的 4 0个保持系和 6 0个恢复系 DNA样品进行扩增。另外 ,用滇 -型杂交粳稻的保持系 4 0份和恢复系 6 0份与不育系进行测交 ,杂种 F1 花粉的育性经 1 %的 I- KI染色 ,其花粉的可育率有高有低。用扩增出的带型与 F1 花粉的育性进行相关分析 ,结果表明扩增出带型与花粉的育性呈显著正相关 ,两种带型对应的花粉可育率均值经 t测验差异极显著 ,表明 PMRF、OSR- 33和 RM2 2 8标记与滇 -型细胞质雄性不育育性恢复基因连锁 ,并且PMRF、OSR- 33ssr和 RM2 2 8引物是设计在第 1 0染色体长臂的中部 ,所以 ,滇 -型细胞质雄性不育育性恢复的一个基因可初步定位于第 1

摘要：为筛选适宜贵州省栽培种植的优良品种,以Y10、ZY、Y42、QL、Y43、Y8、Y160、ZF等8个薏苡新材料为试验材料,以‘兴仁小白壳’为对照,采用ssr标记对8个材料间的亲缘关系进行了鉴定,随机区组设计进行品种比较试验。结果表明:将20对组合的ssr引物扩增结果进行聚类,遗传相似系数变化范围为0.467～0.922,供试材料间存在差异,说明这9个参试材料间各不相同;2015—2016年品种比较试验结果表明,Y10、ZY、Y42、QL、Y160与对照的产量比较均达到极显著水平,Y10 2年产量均最高,说明筛选出的Y10、ZY、Y42、QL、Y160薏苡新材料具有显著的优势,为薏苡新品种选育提供参考。

摘要：采用磁珠富集法,以芍药叶型半夏作为开发基因组ssr分子标记的材料,利用获得的部分ssr引物进行了4种叶型半夏品种的初步鉴定工作,共筛选到841条半夏基因组序列,其中可用来开发ssr引物的序列有406条,最终成功设计出231对半夏ssr引物,随机挑选62对ssr引物。通过多态性分析,筛选到7对可进行四种表型鉴定的ssr分子标记。结果极大地丰富了半夏基因组信息,获得的ssr序列的重复次数平均值大于20,具有较好的多态性信息显示潜力,为下一步构建半夏指纹图谱和遗传多样性分析等研究奠定了基础。

摘要：甘蔗是雌雄同株高度杂合的异源多倍体植物。为去除杂交育种过程中因母本去雄不彻底导致的自交现象的干扰,有必要对杂交后代进行杂种真实性鉴定。本研究以‘新台糖25号’为母本、‘云蔗89-7’为父本进行有性杂交构建大规模遗传群体,获得F1代实生苗共17923株。从54个甘蔗ssr标记中筛选出一个具有父本特异性的ssr标记SMC31CUQ,通过多态性序列分析,重新设计了可特异性检测父本序列的PCR引物对SMC31CUQ-F/SMC31CUQ-1-R,并用其对整个遗传群体实生苗进行PCR鉴定,发现其中有9310株具有该父本特异性ssr标记,占群体的51.94%。大规模真杂种的获得,为进一歩构建甘蔗特定农艺性状亚群体奠定了基础。

摘要：【目的】分析宽体金线蛭基因组ssr序列特征,并开发多态性ssr分子标记,为宽体金线蛭种质遗传多样性分析及良种选育等提供有效的分子标记。【方法】利用基因组de novo测序技术对宽体金线蛭基因组进行扫描,通过序列拼接得到基因组序列,利用Tandem Repeats Finder v4.09查找拼接序列ssr位点,分析ssr序列特征并使用PRIMER3 Input(version 2.3.7)设计引物,随机选择三碱基、四碱基和五碱基ssr分子标记引物50对对8份宽体金线蛭DNA样品进行PCR验证,并以多态性ssr分子标记分析宽体金线蛭江苏高邮群体遗传多样性。【结果】测序拼接共得到148803个scaffolds序列,scaffold序列长度181～564229 bp,平均1544 bp,总长度230 Mb,N50为5948 bp,GC含量36.94%。宽体金线蛭基因组中三碱基重复ssr位点最多,有136890个,占总ssr位点的68.43%;其次为四碱基重复,有33769个,占总ssr位点的16.88%;六碱基、五碱基、二碱基和单碱基重复分别有11813、7110、6546和3907个,占总ssr位点的5.91%、3.55%、3.27%和1.95%。基序为AAT/ATA/TAA/ATT/TTA/TAT的ssr位点数量最多,其次为ATG/TGA/GAT/TAC/ACT/CTA、AGT/GTA/TAG/TCA/CAT/ATC和AAC/ACA/CAA/TTG/TGT/GTT,其他基序位点数量较少。有11871个ssr位点设计出引物,占总ssr位点的5.93%;选择的50对引物中有18对引物在8份宽体金线蛭DNA样品中具有多态性;群体遗传多样性检测发现宽体金线蛭江苏高邮群体18个ssr位点的平均等位基因(Na)3.81个,观测杂合度(HO)为0.0000～0.6429,平均为0.3631,期望杂合度(He)0.0701～0.7792,平均为0.4869,群体遗传多样性水平低。【结论】采用高通量测序技术开发ssr分子标记效率高,且新开发的18个宽体金线蛭ssr分子标记多态性丰富,可用于宽体金线蛭资源保护和利用。

摘要：为了挖掘与荷花花器官性状显著相关的分子标记,对60份荷花种质资源的18个花器官性状进行鉴定描述,用筛选得到的16个具有多态性的ssr标记进行遗传多样性分析,并使用TASSEL5.0软件的广义线性模型(general linear mode,GLM)和混合线性模型(mixed linear mode,MLM)对18个花器官性状进行关联分析。研究结果显示,16个ssr标记以二核苷酸重复和三核苷酸重复类型为主,两者占比均为43.75%;在60份荷花种质中扩增出105个多态性位点,平均多态性位点为6.5625;引物多态性含量(PIC)为0.2898~0.7029,平均值为0.5242;Shannon’s信息指数(I)平均值为1.1548;观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)平均值分别为0.4308和0.5819。60份荷花品种的遗传相似系数(GS)为0.38~0.92,平均值为0.67;在GS为0.60处将60份荷花种质分为3大种群。GLM模型分析共检测到31个ssr位点,表型解释率为15.72%~76.76%;MLM模型分析共检测到13个ssr位点,表型解释率为20.25%~78.40%;其中有10个位点被二者同时检测到。此外有9个ssr标记的位点在2~5个花器官性状中被检测到,表现出显著的“一因多效”现象。

摘要：枫香是广西重要的乡土树种之一,具有较高的用材、观赏及药用价值。为验证枫香ssr引物的实际应用效果,该研究基于转录组测序技术,检测枫香ssr位点并设计引物,通过PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选出具有较高多态性的枫香EST-ssr引物,并对1个枫香天然群体进行遗传多样性分析。结果表明:(1)共发掘到23777个ssr位点,单核苷酸重复类型ssr位点占总位点比例最高(46.54%),在重复次数上5~12次之间的ssr位点占比最高(72.36%)。(2)共开发出262对ssr引物,有效扩增率为53.1%,最终筛选出扩增稳定、条带清晰的引物18对。(3)多态性检测结果显示所有位点均具有多态性,天然群体遗传多样性结果显示该天然群体中等位基因数量(Na)、有效等位基因数量(Ne)、Shannon多样性指数(I)、观测杂合度(Ho)变化范围分别为2~4、1.1128~2.6096、0.2089~1.1127和0.2759~1.0000,平均值分别为2.3333、1.9574、0.7085和0.7226。综上认为,枫香中占优势的ssr位点重复类型和重复基序与其他物种基本相同,所开发的18对枫香EST-ssr引物可以满足开展枫香群体遗传学研究的需要。该研究结果为后续枫香种群遗传多样性研究提供了丰富的标记引物,对该树种的保护、开发和利用具有重要意义。