摘要：电子指纹图谱的绘制可对电泳结果进行规范化、可视化操作,进而提高小麦分子标记的流通性,加速小麦育种进程。本研究用MicroSAtellite(MISA)软件对小麦属、山羊草属共61个叶绿体和13个线粒体的全基因组ssr标记进行搜索,发现ssr位点的出现频率与基因组类型有关,线粒体、叶绿体基因组均以2次重复的五核苷酸和六核苷酸重复基序为主,同一种类型的基序重复次数与ssr数目成反比;基于电子PCR技术(e-PCR)并结合MapChart软件共筛选出30对引物,其中来源于二倍体和四倍体山羊草属叶绿体全基因组的引物分别有16和2对,来源于四倍体和六倍体小麦属叶绿体全基因组的引物分别有5和2对,来源于六倍体小麦属线粒体全基因组的引物有5对,最后用MapChart软件绘制电子指纹图谱。本研究采用了一种新的ssr引物设计和筛选方法,完成了小麦属、山羊草属叶绿体和线粒体共74个全基因组序列ssr分子标记的初步开发和电子指纹图谱的绘制,为引物开发提供了新思路,有利于提高分子标记的流通性以及小麦种质资源亲缘关系的鉴定。

摘要：以Non-Reid群骨干自交系PH4CV、PHB1M为基础材料,采用DH育种技术等方法,经2轮遗传改良分别育成4个改良系(J9D207、J1886、J1518、J1608)。以4个改良系及2个基础系为父本,5个Reid群骨干自交系为母本,组配30个杂交组合。首先,利用ssr分子标记技术,对改良系的遗传多样性进行分析;其次,通过NCⅡ设计方法,对改良系的遗传增益、杂种优势及配合力进行分析。结果表明:基础系与改良系之间存在遗传差异性;遗传增益分析表明,第2轮改良系J1518在百粒重和单株产量上的遗传增益高于基础系12.06%和15.70%,高于第1轮改良系6.00%和7.35%;杂种优势分析表明,百粒重最高的组合为J1598×J1518;单株产量最高的组合为J1595×J1518。配合力分析表明,第2轮改良系的J1518均有较高的配合力。可见第2轮改良系J1518改良效果最好。

摘要：山西油松种子园正处于从初级向高世代发展的关键时期。本文以山西省吕梁山国有林管理局上庄油松初级种子园优树自由授粉子代测定林为研究对象,系统研究了第二代种子园建设中的优良家系选择、优良家系内单株选择、ssr亲缘分析、ssr遗传多样性分析、配置设计等问题。结果表明,子代测定林内家系间的材积生长存在显著差异,在77个测定家系中选出20个优良家系。按照单株材积优势比的相对大小从油松种子园自由授粉子代测定林的20个优良家系中各选出1个最优单株,优良单株的平均材积优势比和平均材积遗传增益分别为0.25和0.13。优良单株间亲缘分析结果表明,20个单株间存在不同程度的亲缘关系,其中3号单株与其余19个单株间的亲缘关系最远;15和17号单株间的亲缘关系最近。优良单株间遗传多样性分析结果表明,单株间的遗传多样性水平较高,其多态信息含量(PIC)的平均值为0.532 4;由单株构成的群体处于相对平衡状态,其杂合度(H)、期望杂合度(He)和固定指数(F)的平均值分别为0.595 5、0.570 3和-0.018 4。根据亲缘分析结果,第二代种子园采用不平衡、不完全固定区组设计的配置方式,考虑无性系间亲缘关系的同时提高了最优无性系出现的比例,实现了材积遗传增益的有效提高。研究结果为指导山西第二代种子园建设提供了重要理论依据,为推进分子标记在油松遗传改良中的应用提供了重要思路。

摘要：为开发用于小麦条锈菌Puccinia striiformis ***群体遗传研究的竞争性等位基因特异性PCR-单核苷酸多态性(kompetitive allele specific PCR-single nucleotide polymorphism,KASPSNP)标记,以中国小麦条锈菌流行小种CYR32的基因组为参考,与美国小麦条锈菌流行小种PST78和印度小麦条锈菌流行小种38S102的基因组进行比对,根据比对到的SNP位点设计KASP-SNP引物,用64个中国小麦条锈菌标样对其进行筛选,同时用13对多态性引物组成的简单重复序列(sim‐ple sequence repeat,ssr)分子标记分析这64个标样,并利用Powermarker 3.25和Structure 2.3软件通过多态性指数和群体遗传结构分析来评价KASP-SNP和ssr两种分子标记。结果显示,共比对到29929个SNP位点,设计出462对KASP-SNP引物,经64个中国小麦条锈菌标样筛选到43对多态性较好的引物,所开发的这43对KASP-SNP引物多态性信息含量指数平均为0.346,基因多样性指数平均为0.420,而ssr引物的2种指数分别为0.237和0.265,前者较后者分别高出46.0%和58.5%。2种标记结果的群体遗传结构分析可得到类似结果,最佳聚类数K值都为4,云南菌系是遗传结构相对最简单的菌系,湖北菌系是遗传结构相对最复杂的菌系,但个别菌株的遗传划分存在较大差异。表明本研究开发的KASP-SNP分子标记多态性较ssr分子标记更加丰富,具有较好的应用前景。

摘要：杜鹃是杜鹃花科(Ericaceae)杜鹃花属(Rhododendron spp.)的灌木植物。野生种质资源主要分部于我国四川、云南、贵州及长江流域各省,中国北方的大兴安岭、小兴安岭地区等也有分布。中国的杜鹃种类约占全世界种类的70%。杜鹃花是重要的花卉植物,也兼有保健食品、化妆品、药物开发及生物研究等价值。ssr标记是植物品种鉴定中最广泛使用的理想分子标记。在杜鹃花种质资源的系统分类、品种资源搜集、整理等方面,相关的研究还比较欠缺。杜鹃花属内种类繁多,至今在系统划分和某些种类的归属上仍然众说纷纭。我们鉴定了NCBI数据库公开杜鹃花属基因组序列的ssr序列位点;分析了杜鹃花属基因组序列中ssr位点的基序、重复数、碱基组成的特征;并设计了1 643对杜鹃花属ssr扩增引物。本研究是第一个杜鹃花属基因组序列ssr位点特征系统分析的尝试。本研究设计的ssr引物可满足所有常见杜鹃花品系的遗传关系分析,对促进杜鹃花野生种质资源保护、新品种培育,具有重要的意义。

摘要：基于RAD-seq简化基因组测序技术获得椭圆叶花锚(Halenia ellipitica ***)简化基因组水平上的序列信息并开发ssr分子标记。利用SR search软件检测而得到双端各有至少100 bp的五种类型的ssr(二、三、四、五、六核苷酸)位点共6 201个,并成功设计其中3 865个ssr引物。在能成功设计引物的ssr位点中,三核苷酸ssr位点最多;重复序列长度包括17种(12~36 bp);重复序列的基序共达316种,其中五核苷酸基序种类最多(91种)。从中挑选65对可对应五种ssr类型的引物,经梯度PCR检验后,利用椭圆叶花锚的4个居群32个个对可扩增的引物进行PCR和聚丙烯酰氨凝胶电泳检测,其中14对引物能在绝大多数个体中扩增,且13对具多态性。13个多态性位点的等位基因数量均值为5.462,多态性较高且不连锁(P<0.05);其中10个位点在多数居群中偏离哈迪温伯格平衡(P<0.01)且存在较高的纯合子数量(观测杂合度Ho均值0.226);近交系数在-0.443~1,均值为0.656;基因流N_m为0.474。

摘要：为了探究猪蛔虫全基因组微卫星分布规律,本研究以已公布的猪蛔虫全基因组为基础,通过生物信息学方法,应用MSDB（microsatellite search and building database）从中搜索微卫星序列,并进行统计分析。针对微卫星序列设计40对引物,并通过e-PCR进行验证。得到结论,猪蛔虫基因组中存在682个微卫星位点,总长度为23 572 bp,占全基因组的8.67%。重复类型以短重复类型为主（单碱基重复至三碱基重复）。在这些重复单元中（A）n最为丰富,其次是（C）n,（AT）n,（AAT）n,（AG）n,占全部ssrs的86.67%。其中高频率的ssr类型（≥10）,依次是A/T、G/C、AT/AT、AAT/ATT、AG/CT、AC/GT、TAA/TTA、ATTT/AAAT、TAAA/TTTA、TATCTA,占全基因组ssrs总数的75.1%。猪蛔虫基因组长度以10～20 bp为主,有484个（71%）。研究还发现ssr中AT含量明显高于GC含量,占ssrs总数的83.6%。此研究表明在猪蛔虫全基因组上系统的进行微卫星研究工作,有助于分子标记的进一步开发,同时也为猪蛔虫分子鉴定、遗传变异、功能基因等的发展提供了科学素材。

摘要：为分析无芒雀麦(Bromus inermis)遗传多样性及对其进行分子标记开发利用,采用正交设计建立ssr-PCR扩增最优体系,通过多态性、相似系数和聚类等分析方法对16份无芒雀麦种质材料的遗传多样性进行分析,结果表明:无芒雀麦ssr-PCR扩增最佳反应体系为:DNA 15 ng,Mg^(2+)3 mmol/L,dNTPs 0.25mmol/L,引物0.2μmol/L,Taq酶1 U。通过最佳体系从22对引物中筛选出6对引物,并对其进行扩增,共扩增出57条谱带,全部为多态性。材料间的遗传相似系数的变化范围为0.438~0.877,Nei’s基因多样性指数(h^(*))平均为0.3488,Shannon’s信息指数(I^(*))平均为0.5273,聚类分析将16份种质材料分为4个类群。无芒雀麦种质资源遗传多样性丰富,本研究建立的无芒雀麦ssr-PCR反应体系稳定可靠,可为无芒雀麦物种亲缘关系鉴定和分子遗传育种等提供科学参考。

摘要：研究利用生物信息学方法对美味牛肝菌全基因组中的ssr位点进行了统计分析,并与其他3种担子菌基因组(灰盖鬼伞、裂褶菌、糙皮侧耳)进行了比较。结果表明,在美味牛肝菌基因组中存在2 732个ssr位点,ssr间的平均距离为17.1kb。73.02%的ssr位点分布在基因组中的非编码区,并以单核苷酸和三核苷酸重复类型为主。分布于5?或3?非编译区的ssr的相对丰度最高,为86个/Mb,而分布于编码序列的ssr相对丰度最低,为31个/Mb。同时,高通量筛选出41个长ssr位点设计引物并通过e-PCR进行了验证。最后通过与其他3种担子菌基因组相比,发现ssr数量与基因组大小无关,ssr类型都以短重复类型(单核苷酸至三核苷酸)为主,比较发现美味牛肝菌基因组中的ssr位点数量相对较多,密度也较高。

摘要：辣椒资源遗传多样性丰富,育种的潜力大,本研究从分子水平研究不同种间辣椒种质资源的遗传多样性差异,为辣椒种质资源的收集、研究及合理利用提供参考。并首次利用基于辣椒全基因组编码区序列设计152对ssr辣椒基因组引物,用不同地理来源且性状差异显著的11个种(亚种)的24份辣椒种质资源对152对ssr引物进行筛选,从而获得条带清晰、稳定性好的41对ssr多态性引物,并利用NTSYS-pc2.10e和POPGENE32软件分析24份辣椒种质资源的遗传多样性数据。结果表明:41对ssr引物扩增出211个多态性条带,平均每对引物扩增出5.15个位点,说明ssr引物在辣椒遗传分析中有较高的实用性。有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、香农指数(Shannon-Weaver)(I)、多态信息含量(PIC)的均值结果分别为4.086 1、0.419 8、0.724 7、1.423 2、0.665 4,表明辣椒遗传信息非常丰富。UPGMA方法聚类分析及主成分分析将24份辣椒聚为7类,结果基本与辣椒种类来源相符。