摘要：刺五加是中国珍贵的药食两用植物,果实和根部富含多种生物活性成分。本研究基于刺五加果实、根、茎和叶的转录组测序数据,利用Trinity软件共组装86315条Unigene。利用MISA软件在所有Unigene中共检测到12096个ssr位点,分布于10333条Unigene中。优势重复基序为单核苷酸,占总ssr位点数的40.37%;其次为二核苷酸,占总ssr位点数的35.79%;三核苷酸占总ssr位点数的21.11%。AG/CT是二核苷酸中最多的重复类型(17.96%),三核苷酸重复类型以AAG/CTT为主(5.83%)。根据Unigene注释,挖掘到与刺五加品质(皂苷,SOD,维生素,糖,酸,脂肪酸等)相关功能基因序列,利用Primer3.0软件设计了107对目的基因ssr引物,以刺五加叶片的基因组DNA为模板对这些引物进行有效性验证,其中56对引物能扩增出清晰条带。开发的目的基因ssr标记为刺五加种质遗传多样性分析、指纹图谱构建和果实品质性状关联分析提供有效标记。

摘要：【目的】优化基于毛细管凝胶电泳（CGE）技术的甘蔗ssr-PCR反应体系,为甘蔗遗传多样性和亲缘关系研究、分子辅助育种及遗传图谱构建提供技术支持。【方法】基于CGE技术,采用正交试验设计,选择dNTPs浓度、DNA聚合酶量、引物浓度和DNA模板量为考察因素进行优化,确定最佳ssr-PCR反应体系,并用于8个甘蔗种质资源材料的遗传多样性分析。【结果】最佳ssr-PCR反应体系（20μL）：dNTPs浓度0.15 mmol/L,DNA聚合酶1.5U,引物浓度0.50μmol/L,DNA模板量25 ng。利用该体系对8份来自不同国家地域的甘蔗种质材料进行遗传多样性分析,发现8对ssr引物共扩增出101个片段,其中多态性片段为93个,多态性比率为92.1%。聚类分析结果表明,参试材料间的遗传相似性系数为0.521-0.871,在相似性系数为0.614处,所有参试材料可分为两大类,3份国外种质材料PINDAR、CP72-1210、CP84-1198与ROC20、GT69-156聚为一类;而ROC26、GT02-237和GT97-69聚为另一类。【结论】基于CGE技术的ssr-PCR反应体系检测结果稳定,重复性好,适用于甘蔗的遗传分析及遗传作图。

摘要：选用152个ssr引物扩增11个粳稻细胞质雄性不育系和9个粳稻恢复系的分子标记基因型,并按NCⅡ遗传设计配制99个F1组合,检测20个亲本中有关糙米率、精米率、整精米率、垩白粒率、垩白度、碱消值、胶稠度和直链淀粉含量8个米质性状的一般配合力的分子标记区段。结果发现27个分子标记区段与亲本8个米质性状一般配合力显著相关,共包含49个分子标记区段基因型。其中,31个ssr分子标记区段基因型与亲本8个米质性状优异一般配合力显著相关,涉及14条染色体臂;18个ssr分子标记区段与亲本8个米质性状不良一般配合力显著相关。49个分子标记区段基因型中,有2个分子标记区段基因型与亲本4个米质性状一般配合力共相关;2个分子标记区段基因型分别与亲本3个米质性状一般配合力共相关,8个分子标记区段基因型分别与亲本2个米质性状一般配合力共相关。第7染色体长臂上的分子标记区段基因型RM542-80/105与碱消值相关,增效37.0%;第1染色体短臂上的分子标记区段基因型RM246-95/105与直链淀粉含量有关,减效23.8%;第8染色体长臂上的分子标记区段基因型RM3754-80/90可使F1糙米率、精米率、整精米率和碱消值分别增加1.1%、2.0%、2.4%和43.6%。这些分子标记区段基因型可直接用于改良杂交粳稻亲本米质性状一般配合力。

摘要：以南方地区的蓝莓品种为主要对象,利用ssr标记分析现有品种种质的遗传多样性。设计合成了56对蓝莓ssr分子标记引物,进行扩增和多态性引物筛选,将多态性好的引物用于66份蓝莓不同类型种质的遗传多样性分析。结果表明,56对引物均能扩增出预期大小条带,其中条带清晰多态性较好的引物为25对,占引物数的44.64%,多数引物扩增的位点数在5~7个。25对引物在66份蓝莓供试种质中检测多态性,共检测到165个等位变异,平均每个位点有6.6个等位变异,PIC值变幅为0.656~0.947,平均值为0.777。多态性最好的引物Vc26可以检测到15个等位基因数目。北高丛、南高丛和兔眼类型66份蓝莓种质的遗传相似系数为0.60~0.96,品种间遗传差异较丰富。利用UPGMA聚类将3种类型种质进行分析,发现除了兔眼类型品种"红粉佳人"外,其余明显分为3个类群,且同一类型的种质基本聚在一起。结合不同类型种质的系谱分析,发现分类与品种种质的遗传成分相似有一定的相关。研究利用ssr分子标记揭示了蓝莓不同类型种质的遗传多样性,对今后杂交育种亲本选择利用有一定借鉴意义。

摘要：中国特有的菊科植物华蟹甲是潜在的抗肿瘤、抗氧化、抗菌等特效药物资源,同时也是具有潜在入侵性的一种大型草本植物.通过简化基因组测序的方法,对华蟹甲的ssr信息进行全面的分析,并据此开发其ssr分子标记.结果表明:华蟹甲简化基因组ssr位点数量和类型丰富,共得到双端含有100 bp六种类型的ssr(一至六核苷酸)的ssr位点46674个,其中包含均有引物片段的ssr数目为43235,片段引物设计率为92%.单核苷酸重复、二核苷酸重复和三核苷酸重复类型的数量较多,占主导地位.在321种重复单元中,最常见的是单核苷酸重复(A/T)10.利用已合成的200对引物对16个华蟹甲样品进行荧光ssr扩增,共筛选出20对特异性和多态性较高的引物.本研究通过华蟹甲简化基因组测序进行ssr引物开发,为华蟹甲遗传结构、图谱构建、标记辅助育种以及物种管理等方面提供依据并奠定了基础.

摘要：以芸薹属下的6个栽培种,共计39份种质资源为材料,分别提取细胞质DNA,利用ssr标记技术对其进行多态性分析和聚类比较。结果表明,13对细胞质特异性引物在所有供试材料中共检测到38条多态性带,每个位点的等位基因为2~6个,平均为3个,PIC值为0.10~0.76,11对多态性引物中有5对引物为高度多态性信息引物,表明该5个特异性引物能较好地鉴别6个芸薹属栽培种。39份材料的遗传相似系数为0.32~1.00,39份材料可明显分为6类,与供试材料的分类吻合,表明本研究所设计的标记引物能够准确区分芸薹属6种常见的栽培种的细胞质类型。

摘要：ssr序列开发策略主要有3大类:传统的基因文库筛选法、GenBank筛选法和富集文库筛选法。文中在对传统的基因文库筛选法、GenBank筛选法的优缺点及在食用菌ssr分子标记的开发应用进行综述的基础上,重点综述了富集文库筛选法,即基于RAPD技术的ssr开发策略、ssr兼并引物法、序列标签法构建ssr富集文库、vectorette PCR染色体步移法分离ssr位点、Suppression PCR染色体步移法分离ssr位点、引物延伸法构建ssr富集文库以及ssr杂交捕获法构建ssr富集文库的具体设计原理和步骤,并提出食用菌中ssr分子标识的开发现状和展望。

摘要：[目的]优化玉叶金花ssr-PCR扩增反应体系。[方法]以红纸扇为材料,采用正交设计和单因素试验方法,从Mg^(2+)、dNTPs、TaqDNA聚合酶、引物、模板DNA浓度以及退火温度4个方面对玉叶金花ssr-PCR体系进行优化,并采用4对ssr引物和4种玉叶金花植物样品进行验证。[结果]玉叶金花20μL的ssr-PCR反应最优体系为Mg^(2+)浓度1.50 mmol/L、d NTPs浓度0.150 mmol/L、引物浓度0.45μmol/L、TaqDNA聚合酶2.00 U、模板DNA 15 ng、退火温度53.4℃。[结论]该反应体系的扩增条带清晰、稳定、重复性好,可用于玉叶金花的ssr分子标记开发、物种分子鉴定、遗传多样性分析和谱系关系构建等相关研究。

摘要：利用公布的家蚕基因组序列,设计特定的家蚕微卫星引物,对8个不同品种家蚕的微卫星位点进行PCR扩增,所得PCR产物经变性与非变性聚丙烯凝胶(PAGE)分离,银染后发现在非变性PAGE上,条带较粗且模糊,非特异带较多,导致读带误差增大;而在变性PAGE上,所得条带较细且比较清晰,非特异带明显减少,有利于降低统计误差。

摘要：为进一步了解辣椒种质资源的遗传多样性,利用基于辣椒全基因组编码区序列设计的152对ssr标记引物,对4份不同辣椒资源材料的152对ssr引物进行筛选,从中筛选出条带清晰、稳定性好的14对ssr多态性引物。并利用其对26份辣椒种质资源进行遗传多样性分析。结果表明:14对ssr引物共扩增出39个多态性条带,平均每对引物扩增出2.79个位点,说明ssr引物在辣椒遗传分析中具有较高的实用性。利用Phylip软件将26份辣椒资源材料进行聚类分析,结果将不同的26份辣椒材料聚为7类,基本与辣椒种类相符。研究为后续辣椒种质资源的研究及合理利用提供了理论依据。