摘要：ssr标记是一种基于DNA长度多态性的分子标记技术,是进行群体遗传结构分析、构建遗传连锁图谱非常有效的工具。由于ssr标记是特异引物标记,必须在知道某个物种DNA序列的前提下,才能设计引物进行PCR扩增,故而存在一个引物开发的问题。从ssr标记的发展历程来看,开发ssr引物的方法有经典的构建与筛选基因组文库的方法、微卫星富集法、省略筛库法和数据库搜索法等四种。综述了这4种方法的操作流程及其在实际应用中的优缺点,并对近年来ssr引物在相近的物种间转移使用的情况作了介绍。

摘要：用磁珠富集法筛选毛竹基因组DNA的ssr分子标记,利用磁珠法对毛竹基因组DNA的AFLP片段进行了富集,分别构建了富含GT、AG、CCA重复基元的富集文库,利用克隆PCR法对文库进行筛选,检测菌落数分别为1080、620、630个,阳性菌落中含目的重复的序列分别为137、73、41个,富集效率分别为12.7%、11.8%、6.5%。双碱基重复的富集效率高于三碱基富集效率。根据获得的序列结果,设计了53对ssr引物,其中31对引物在毛竹中成功扩增出目的大小的条带,扩增成功率为58.9%。

摘要：分别利用Issr-PCR和链亲和素磁珠吸附法分离白菜基因组微卫星,共得到41对ssr引物。Issr-PCR法运用巢式PCR,分别设计微卫星两侧引物IP2和IP3,ssr引物得率为12%。磁珠吸附法首先利用生物素标记的ssr探针与文库杂交,链亲和素磁珠吸附富集含ssr的片段。然后用接头引物扩增,克隆。根据测序结果,设计ssr两侧引物PL和PR,引物得率为9.6%。

摘要：以来自中国5个省份12个居群的龙须草为材料,通过锚定PCR开发复合ssr引物、数据库检索和近缘物种ssr引物的引用等3种方法开发龙须草的ssr引物。结果显示:在锚定PCR开发复合ssr位点所设计的33对引物中筛选到有效扩增引物13对,表现多态性的引物有6对;利用基因特异序列法得到多态性引物3个;所用18条同源物种引物中有83%的ssr引物在供试的12个龙须草居群中都有清晰的ssr条带,其中56%的引物表现出多态性。3种方法在龙须草12个居群中共筛选得到了19对多态性引物,多态性比率约为73%。利用筛选得到的ssr多态性引物对来自2个居群的杂交F1代进行检测,鉴别出只有母本带型的无融合生殖后代和具有双亲带型的杂交后代,在子代中还出现偏父本带型、亲本缺失带型和变异带型等,证明所开发的ssr引物可以揭示龙须草生殖方式的复杂性,适用于龙须草遗传分析及亲缘关系鉴定。

摘要：利用正交设计方法对柳杉ssr反应体系中的Mg2+、DNA模板、聚合酶、dNTP、引物等5个反应因子进行了优化,同时对反应程序中的退火温度进行筛选。结果表明:(1)柳杉10μL的ssr反应体系的最优条件为Mg2+浓度2.0 mmol/L、4种dNTP浓度均为0.15 mmol/L、正反引物均为0.3μmol/L、Taq聚合酶为0.5μmol/min、DNA模板为20 ng;(2)从柳杉属植物的106对ssr引物中筛选出了多态性高,稳定性好的26对引物;(3)优化了筛选出的26对引物的退火温度。

摘要：指出了冬枣为黄河三角洲重要的耐盐碱植物。通过对冬枣叶绿体基因组进行分析,共检测到ssr位点90个,长度为10～17bp,并且大多数ssr位点均位于叶绿体基因的非编码区且富含A或T碱基。根据分析结果,设计了11对冬枣的ssr引物,可为黄河三角洲地区冬枣资源的起源进化、遗传分化及进一步的开发利用奠定基础。

摘要：以梨网蝽为材料,从其转录组中筛选功能微卫星序列(EST-ssr),并进行ssr位点的信息分析,开发梨网蝽ssr引物,旨在为深入探究梨网蝽的分子结构奠定理论基础。对梨网蝽转录组中 16 449 条基因数据库的数据进行搜索,共找到6 641个ssr位点,分布在4 420条基因数据库中,发生频率(含有ssr位点的基因数据库与基因数据库总数之比)为26.87%。在对其各组分数量分析中,发现梨网蝽转录组中ssr的主要重复类型是单核苷酸重复,占ssr总数的40.41%;其次是三核苷酸重复,占ssr总数的22.76%。本试验共设计80对梨网蝽EST-ssr引物,其中9对引物可以扩增得到预期的条带。

摘要：优化槟榔ssr-PCR反应体系,筛选适用于槟榔的ssr引物。以槟榔(Areca catechu L.)叶片DNA为模板,利用正交设计方法对槟榔ssr反应体系中的Mg^(2+)、TaqDNA聚合酶、dNTPs和引物等4种因子三个水平进行了优化,并通过比较模板DNA浓度对PCR扩增结果进行研究,确定了最佳反应体系。利用该体系筛选出适用于槟榔的ssr引物,对该体系稳定性进行验证。槟榔L9(34)正交试验设计的ssr反应体系的最优条件为,即20μL反应体系中含Mg^(2+)Buffer 2.0 mmol/L、dNTPs 0.15 mmol/L、Taq DNA聚合酶1.0 U、引物0.4μmol/L、模板DNA量为60 ng为最优的反应体系。利用6份不同地理来源的槟榔资源DNA样品对50对ssr引物进行筛选,得到条带清晰、多态性好的引物6对。优化后的槟榔ssr-PCR反应体系和筛选的多态性引物可应用于槟榔种质资源遗传多样性分析、分子标记辅助育种等研究。

摘要：利用改进的Issr-PCR分离不结球白菜基因组微卫星,进行两步PCR,分别设计出ssr两端引物IP2和IP3(即ssr引物对),ssr引物产率为12%,明显高于传统方法。不结球白菜ssr序列以(GA)n为主,占70%。将69对ssr引物用于芸苔属其它8种作物的扩增,97%引物有显著扩增,扩增率最高的为四倍体白菜和甘蓝(85.5%),最低的为青花菜(49.3%)。10对为通用引物,在所检测的8种作物中片段大小一致,其余的扩增片段和数目差异较大,表现出较为丰富的多态性。尤其是在C基因组的甘蓝和花椰菜上,最多可检测到5个位点,表明运用Issr-PCR开发出的引物多态性较高。

摘要：通过对5800条大豆疫霉菌EST进行电子查询, 在369条EST中发现415个ssr. 在筛选的EST序列中ssr平均密度为每 8.9 kb含有1个ssr. 在鉴定的ssr中, 三核苷酸重复基元的ssr类型最多, 占鉴定总数的50.1%, 四核苷酸重复基元的ssr类型最少, 为8.2%. 设计40个ssr引物对对5个大豆疫霉菌菌株基因组DNA进行PCR扩增, 有33个引物对扩增出ssr特征条带, 其中有28个引物对扩增出在预期片段大小范围之内的条带. 在33个功能性引物对中, 有15个引物对在5个大豆疫霉菌菌株间扩增出多态性, 多态性引物对占45.5%. 基于ssr标记进行聚类分析, 可将5个检测大豆疫霉菌菌株划分为不同的3个组. 本研究建立了大豆疫霉菌的ssr标记, 为大豆疫霉菌及相关属种的鉴定、遗传变异、分子作图等研究提供了一种更加有效的分子标记系统.